Dla nowego Kościoła Aftimos konsekrował w latach 1927–1932 czterech biskupów pomocniczych: Sofroniusza (Beshara), Emmanuela (Abouhatab), Józefa (Żuka) i Ignacego (Nicholsa).
Wkrótce po powstaniu misja AOCC spotkała się z krytyką ze strony Kościoła Episkopalnego Stanów Zjednoczonych Ameryki. Arcybiskup Aftimos popadł w konflikt z hierarchią Metropolii Amerykańskiej. Uwikłał się w spory z biskupami rosyjskimi, a dotyczące polityki finansowania parafii oraz o własność nieruchomości kościelnych. W wyniku tych napięć, w 1930 roku, AOCC opuścił biskup Montrealu, Emmanuel (Abouhatab). Przeszedł on pod jurysdykcję metropolity Platona i został ustanowiony w opozycji do Aftimosa nowym biskupem Brooklynu. Amerykański Ortodoksyjny Kościół Katolicki stał się tym samym niezależny od rosyjskiej Cerkwi w Ameryce Północnej i de facto zerwał z nią współpracę.