Od 1928 do 1934 roku był dyrektorem Conservatorio Nacional de Música w Meksyku. Współzałożyciel Orquesta Sinfónica Mexicana, którą dyrygował w latach 1928–1948. W 1930 roku zainicjował Conciertos para trabajadores, cykl stałych koncertów dla robotników. Od 1947 do 1952 roku pełnił funkcję pierwszego dyrektora nowo utworzonego Instituto Nacional de Bellas Artes. Po 1948 roku wycofał się w zasadzie z życia publicznego, poświęcając się wyłącznie komponowaniu, sporadycznie występując także jako dyrygent. W latach 1957–1958 wykładał gościnnie na Uniwersytecie Harvarda. Otrzymał wiele prestiżowych wyróżnień i nagród, był także członkiem licznych instytutów i akademii.
Twórczość Wczesna twórczość muzyczna Cháveza pozostawała pod silnym wpływem Schumanna, później zauważalny jest wpływ de Falli, Ravela i Debussy’ego. Z czasem wyodrębniły się w niej dwa nurty – klasycyzujący, nawiązujący do tradycyjnego porządku formalnego oraz eksperymentatorski, w którym pod wpływem serializmu i poznanej w 1932 roku muzyki elektronicznej nastąpiło odrzucenie klasycznych zasad konstrukcji. Wielkie piętno na muzyce Cháveza odcisnęły elementy azteckie i tradycyjna meksykańska muzyka ludowa.