Wprowadzone zmiany okazały się skuteczne i kolejne próby udowodniły, że flatter nie występuje nawet przy prędkości 275 km/h.
Po zakończeniu prób podjęto produkcję seryjną w Zakładach Sprzętu Lotnictwa Sportowego nr 5 w Krośnie, gdzie zbudowano około 100 egzemplarzy szybowca. 14 kolejnych zbudowały warsztaty Zakłady Sprzętu Lotnictwa Sportowego w Gdańsku pod oznaczeniem SZD-12 bis, a kilkanaście kolejnych powstało Zakłady Sprzętu Lotnictwa Sportowego we Wrocławiu.
W 1954 r. w Dziale Badań w Locie Instytutu Lotnictwa w Warszawie, kierowanym wówczas przez inż. Tadeusza Chylińskiego przeprowadzono państwowe próby kontrolne seryjnego szybowca SZD-12 „Mucha 100”. W 1955 r. w Zakładzie Wytrzymałości (TK) IL. pod kierunkiem szefa tego Zakładu inż. Tadeusza Chylińskiego wykonano próby zmęczeniowe skrzydła szybowca SZD-12 „Mucha 100”.
W 1958 r. weszła do produkcji ulepszona wersja szybowca oznaczona SZD-12A „Mucha 100 A”, w której zmianie uległy m.in. tylne okucia skrzydła, napęd hamulców aerodynamicznych w skrzydle. Zmieniono także drewniane płyty hamulców na metalowe, sposób wyważenia lotek zastępując ciężarek na wysięgniku prętem wklejonym w nosek lotki, tablicę przyrządów oraz sposób mocowania usterzenia wysokości.