Budowa Cechą charakterystyczną Preludium jest jego niejednoznaczna tonalność, zaburzona chromatyką, skalą całotonową i dysonansami z nierozwiązanymi napięciami tonalnymi. Fragmenty czyste tonalnie pojawiają się jedynie w miejscach ważnych dla struktury utworu.
Dwa pierwsze takty tematu otwarcia są chromatyczną kombinacją tonów i półtonów, mieszczących się w obrębie trytonu. Linia melodyczna taktów trzeciego i czwartego rozszerza się do oktawy i może być postrzegana jako odpowiednio diatoniczna i dorycka zaczynająca się od dźwięku Cis.
thumb|600px|center|Claude Debussy, pierwsze cztery takty Preludium do „Popołudnia fauna”
Struktura utworu jest trzyczęściowa z dodaną codą. Część pierwsza ma również wewnętrzny trójpodział, a otwierający temat grany przez flet (takty 1–30) jest powtórzony na oboju (takty 37–54). Część trzecia jest skróconą, zmodyfikowaną repryzą części pierwszej.
Faktura muzyczna utworu jest w zasadzie homofoniczna, z kilkoma monofonicznymi wyjątkami, jak początkowe solo na flecie, podwojenie linii melodycznej instrumentów (w tym także w oktawie), homorytmia waltorni i skrzypiec w części pierwszej.