La Segona Guerra Civil sudanesa fou un conflicte civil al Sudan que va enfrontar el nord musulmà i el sud cristià i animista entre 1983 i 2005. Va provocar més d'un milió de morts.
Antecedents, període 1972-1982 Els acords d'Addis Abeba el 26 de febrer de 1972 van posar fi a la primera guerra civil sudanesa. Milers de membres de l'Anya-Anya I es van integrar a l'exèrcit sudanès com a Anya Nya Absorbed Forces.
Entre 1972 i 1983 es van formar alguns moviments que van mantenir la seva lluita per la independència del sud de Sudan: el National Action Movement (NAM) de Joseph Oduho, Akuot Atem de Mayen; Benjamin Bol Akok i Samuel Gai Tut entre d'altres; i el Movement for the Total Liberation of Southern Sudan, dirigit per estudiants d'Equatoria i de l'organització estudiantil sudanesa SOSSA a Egipte. Però el principal moviment fou l'Anya Nya Absorbed Forces Underground Movement, que va estar actiu durant els més de deu anys de pau; era una organització clandestina, principalment a l'exèrcit, formada per veterans oposats a l'acord d'Addis Abeba, especialment procedents de Bahr al-Ghazal, dirigits secretament pel coronel Emmanuel Abuur Nhial, el capità John Garang de Mabior, el tinent coronel Stephen Madut Baak, el tinent coronel Joseph Kuol Amoum, el tinent coronel Deng Aluk i el major Albino Akol Akol.
Quan els serveis secrets sudanesos van detectar la seva activitat es va ascendir a Abuur i se li va nomenar un adjunt que l'hauria de vigilar; Garang, com universitari, fou enviat a Bor com a comandant de les "Absorbed Forces" (les forces Anya-Anya integrades a l'exèrcit sudanès) i després transferit al nord i obligat a seguir cursos a l'estranger durant anys; Stephen Madut Baak fou traslladat a Port Sudan i la resta posats sota vigilància i si mostraves símptomes de revolta rebien llocs al govern.
Progressivament els oficials sudistes eren apartats dels centres de decisió i una vegada eliminats el principals s'esperava que els oficials i soldats dels batallons dels antics Anyanya serien enviats al nord aviat. Contra aquesta situació, el 1975 va esclatar la revolta dels antics militars de l'Anya Nya a Akobo, que va fracassar, i els seus caps, Vincent Kuany i James Bol Alangjok van formar l'Anya-Anya II el 1977. El 1976 es va revoltar el capità Aguet a Wau, i també va fracassar; va fugir a l'estranger, però enganyat per alguns sudistes, fou assassinat.
El febrer de 1978 el general Joseph Lago va deposar Abel Alier com a president del govern autònom i assolí el càrrec personalment fins al maig de 1980. Numeyri va decretar llavors canvis en les fronteres del sud (deixant fora els camps petrolers) i va destituir inconstitucionalment a Lago, retornat Alier al poder. El 5 d'octubre de 1981 es va formar un govern interí dirigit pel general Gismalla Abdallah Rassass. Alguns militars membres o simpatitzants de l'Anya Nya Absorbed Forces Underground Movement van ser inclosos al govern del general Rassass i altres van rebre una jubilació anticipada o van rebre llocs civils a l'administració del sud.
Joves oficials entre els quals Francis Ngor Makiech, Salva Kiir Mayardit, Abdalla Chuol i Chagai Atem, i John Garang (que acabava de retornar al Sudan el 1981 després de seguir un curs als Estats Units) estaven disposats a passar a l'acció. Garang fou destinat al quarter general de l'Exèrcit a Khartum, però aquest lloc, pensat per allunyar-lo, fou favorable a Garang que va poder organitzar la revolució a distància.
A les eleccions generals de 1982 la Unió Socialista Sudanesa va ocupar tots els escons, però a les eleccions de la regió sud la tendència que afavoria la divisió en tres regions es va imposar sobre la que volia mantenir una sola regió que fins aleshores representava el president sortint Abel Alier. Gismalla Abdalla Rassas del Moviment d'Alliberament del Sud del Sudan, regionalista, va exercir com a president fins al 23 de juny de 1982 quan fou designat president Joseph James Tombura, de la Unió Nacional Africana del Sudan, que acceptava la divisió. Nimeyri, amenaçat per Líbia, es va acostar a Anwar al-Sadat, el president egipci, i aquest va visitar Khartum mentre Nimeyri va visitar el Caire durant el 1981, i l'octubre Nimeyri fou un dels caps d'estat que va estar present als funerals de Sadat.
Al començament de 1982 es va fundar a Trípoli de Líbia el Front Popular Socialista Sudanès (Al-Jabhah ash-Shabiyab al-Ishtirakiyah asn Sudaniyah, SSPF), dirigit per Maghoub Elfil. Camps d'entreament de l'organització van funcionar a Líbia. El 12 d'octubre de 1982 Sudan i Egipte (ara dirigir per Hosni Mubarak) van signar un acord d'unió a portar a terme en deu anys. L'abril del 1983 Nimeyri fou reelegit com a president per un tercer període de 6 anys, sense que es pogués presentar cap candidat contrari. Una vegada reelegit va proclamar la imposició de la xaria a partir del setembre; es va concedir una amnistia que va beneficiar a 13.000 presoners, però al mateix temps es van fer operacions contra la venda de begudes alcohòliques. la resistència al sud es va generalitzar.
Desenvolupament del conflicte
El coronel John Garang un antic capità de l'Anya Anya que havia estat integrat a l'exèrcit regular el 1972 i havia fet diversos cursos, fou enviat a Bor per fer de mediador en un motí de soldats originaris del sud que no volien ser desplaçats al nord; però Garang i altres oficials ja estaven de fet d'acord amb els amotinats; les forces del govern van atacar Bor (maig) i Garang i els soldats sudistes que se li van unir es van retirar cap a Etiòpia on va reorganitzar el juliol un exèrcit de tres mil soldats sota el nom d'Exèrcit Popular d'Alliberament del Sudan, braç armat del Moviment Popular d'Alliberament del Sudan (coneguts en anglès per les sigles SPLA/M, en català EPAS/MPAS) que va declarar l'oposició a la llei islàmica i va cridar a les guarnicions sudistes a amotinar-se. Això va iniciar la guerra civil que culminaria el 2011 amb la independència del Sudan del Sud. El juny de 1983 el govern regional del sud quedava suprimit i sorgien tres governs separats (Nil Blau, Equatoria i Bahr al-Ghazal).
El 1984 l'activitat guerrillera al sud del país posava en dificultats al govern. El 14 de març de 1984 el govern va acusar Líbia d'un atac aeri sobre Omdurman mentre Líbia atribuïa la responsabilitat a dissidents dins la Força Aèria Sudanesa. El 28 de juliol de 1984 Jaba Buram Said i nou persones més suposats membres del Front Popular Socialista Sudanès-Comandament general, foren arrestades a Khartum acusades de voler assassinar Nimeyri i d'activitats terroristes i el govern del Sudan va acusar Etiòpia i Líbia. Posteriorment el moviment, dirigit ara per Mohammed Kafi Gibriel, va tenir ja poca activitat.
El descontentament va augmentar el 1985 mentre la guerra al sud es feia general. El deute havia pujat a 9.000 milions i el Fons Monetari Internacional va exigir noves pujades de preus que es van anunciar el març de 1985 mentre Nimeyri era als Estats Units. Hi va haver manifestacions i es va declarar una vaga general (inicis de l'abril). Les forces de l'oposició van formar l'anomenada Aliança Nacional i van pactar amb les Forces Armades un cop d'estat pel 6 d'abril; Numeyri podria refugiar-se a Egipte i el general Abd ar-Rahman Siwar al-Dahad dirigiria un Consell Militar Transitori (CMT) amb un gabinet de 7 militars i 7 civil, que convocaria eleccions pel 1986. El guió previst es va complir i Nimeyri fou enderrocat. Uns dies després declarava el seu suport al nou govern.
Les Forces Armades van mantenir el seu compromís. En un dels temes més conflictius, el sud, es va restablir la presidència regional sent nomenat president James Loro Sirisio de la Unió Socialista Sudanesa. Després de dotze mesos de transició, l'abril de 1986 es van celebrar eleccions generals (ajornades a 37 de les 68 circumscripcions del sud a causa de la guerra i al fet que els sudistes no acceptaven participar sense la derogació de la llei islàmica). Van participar seixanta partits però tres foren els principals: Umma, de Saddiq al-Mahdi i la secta Ansar; Partit Unionista Democràtic d'Ahmad Ali al-Mirghani i la secta Khatamiyya, i el Front Nacional Islàmic dirigit per Hasan Abdalla al-Turabi. El CMT fou substituït per un consell suprem de 5 membres presidit per Ahmad Ali al-Mirghani, i la presidència de la regió sud fou abolida altre cop. El 15 de maig Saddiq al-Mahdi formava un govern de coalició dels dos principals partits. El 21 d'agost de 1986 al-Mahdi va anunciar que la llei islàmica seria derogada en deu dies però per les fortes pressions de tots els costats no ho va poder fer. El SPLA (EPAS) controlava tot el territori del sud excepte les guarnicions del govern que estaven virtualment assetjades i on s'havien acollit milers de refugiats. El juliol l'EPAS va abatre un avió comercial i 60 passatgers van morir. Les relacions del Sudan amb Líbia es van normalitzar durant la segona meitat del 1986 i es van fer acords amb Etiòpia, i les estretes relacions amb Egipte i els Estats Units es van refredar.
El 1987 el Front Nacional Islàmic es va seguir oposant a la derogació de la xaria i el cap sudista John Garang es negava a aturar el conflicte mentre no es procedís a aquesta derogació. Saddiq al-Mahdi, el primer ministre, només podia negociar alguns aspectes menors. Així el gener de 1987 es va crear un Consell pel Sud la presidència del qual fou per a Matthew Abor Ayang que va exercir les funcions un any. L'exèrcit sudanès i les tribus àrabs del sud van començar a formar milícies que van iniciar ràtzies contra poblacions petites on només hi havia civils i el març un miler de gent d'ètnia dinka va foren massacrats per àrabs rezigat. A cause dels conflictes entre els partits del govern, el maig el president Mirghani el va dissoldre i el primer ministre al-Mahdi va haver de negociar un nou govern en que l'Umma va perdre pes en benefici del Partit Unionista Democràtic. A l'agost centenars de pobladors sudistes foren assassinats a Wau, capital de Bahr al-Ghazal. Milers de persones van fugir cap a Etiòpia establint-se a la població fronterera de Gambela on a finals d'any hi havia dos-cents mil refugiats sud-sudanesos. El novembre de 1987 el EPAS va ocupar Kurmuk per demostrar que podia atacar qualsevol ciutat important e les províncies del sud; el govern la va poder recuperar al cap d'unes setmanes.
El 1988 el govern no havia aconseguit estabilitat i es van produir algunes crisis. El gener Angelo Beda va ocupar la presidència del consell del Sud. El 14 de maig de 1988 al-Mahdi va poder formar un nou govern en el que va entrar el Front Nacional Islàmic d'Hasan al-Turabi (aquest fou ministre de Justicia) i alguns partits sudistes. L'agost es va produir la crescuda més catastròfica del Nil el 40 anys, deixant a dos milions de persones sense casa. El setembre de 1983 al-Turabi presentava el projecte de llei pel qual s'enduria considerablement la llei islàmica i que s'aplicaria a tota la població fos o no musulmana encara que l'aplicació seria més estricta al nord (on hi havia tres milions de residents de diversos lloc que no eren musulmans). El Partit Unionista Democràtic va mantenir negociacions a Addis Abeba amb partits del sud, especialment amb el MPAS/SPLM i el 14 de novembre de 1988 van arribar a un acord pel qual els dos grups treballarien per establir una constitució d'un Sudan federal i per l'abolició de la xaria. Aquest acord fou mal acollir pels islamistes que van treure a la seva gent al carrer en manifestacions i el desembre el Partit Unionista Democràtic abandonava el govern.