L'arxipèlag de Zanzíbar ha estat habitat des del període Paleolític. En una cova de l'arxipèlag s'hi han trobat eines microlítiques de fa uns 20.000 anys. Aquestes eines eren freqüents en les comunitats de caçadors i recol·lectors de l'Edat de Pedra tardana. Altres jaciments arqueològics datats amb tècniques de radiocarboni han indicat ocupacions més recents entre 2800 aC i l'any 0. En aquests jaciments s'hi han trobat objectes com ara granadura de vidre de les zones costaneres de l'oceà Índic, cosa que suggereix l'existència de cert comerç local, tot i que alguns autors han descartat aquesta teoria.
No s'han trobat restes ceràmiques de les primeres comunitats agrícoles i metal·lúrgiques de Zanzíbar, que van sorgir a la zona durant el primer mil·lenni, cap al . Les primeres estructures urbanes van ser construïdes amb argila i fusta. Les troballes són una mica anteriors al desenvolupament urbà d'altres llocs costaners d'Àfrica Oriental, que no sorgeixen fins al . Entorn de l'any 1000 sembla que hi van arribar nous residents urbans, avantpassats dels pobles Hadimu i Tumbatu, procedents de la costa oriental africana, que vivien en petits llogarets independents i no tenien una organització central, cosa que va facilitar la seva submissió per part dels estrangers.
Antiga presència àrab Antics fragments ceràmics demostren que existien rutes comercials amb Zanzíbar des de l'època dels antics assiris. Comerciants procedents d'Aràbia (principalment Iemen), el Golf Pèrsic, Iran (especialment Siraz) i de l'oest de l'Índia possiblement van visitar l'arxipèlag de Zanzíbar des època tan primerenca com el segle I de la nostra era. Van utilitzar els vents monsons per travessar l'Oceà Índic i arribar fins al port natural en l'actual Zanzibar City. Encara que les illes zanzibareses tenien pocs recursos d'interès per als comerciants, constituïen una bona localització per contactar i comerciar amb les poblacions de la costa oriental africana. El califa Abd-al-Màlik ibn Marwan va enviar grups de gent a fundar Zanzibar, Pate, Mombasa, Lamu (ciutat de Kenya), Kilwa i Malindi entre d'altres. Amb el comerç exterior va començar una fase de desenvolupament urbà associat amb la introducció de pedra en la construcció des del .
Els comerciants també van començar a assentar-se en petit nombre a Zanzíbar des de finals del o principis del , barrejant-se amb els indígenes africans. Finalment va sorgir un governant hereditari (conegut com a Mwenyi Mkuu o Jumbe), entre els Hadimu i un governant similar, anomenat el Sheha entre els Tumbatu. Cap d'ells no tenia molt poder, però van ajudar a solidificar la identitat ètnica dels seus respectius pobles.
Els iemenites van construir la primera mesquita de l'hemisferi sud en Kizimkazi, el llogaret més austral de l'illa de Unguja. Una inscripció kúfica del seu "mihrab" porta la data islàmica de l'any 500 (1107 dC).
Govern portuguès Vasco da Gama va visitar Zanzíbar l'any 1499, donant començament a la influència europea a l'arxipèlag. Els portuguesos van establir el seu control a l'agost de 1505 quan João Homere, que formava part de la flota de Francisco de Almeida, va conquistar les illes. Formaria part de les possessions de la Corona de Portugal durant gairebé dos segles.
Cap a finals del els portuguesos van començar a perdre poder a la zona, a causa de la competència anglesa, que també volien controlar la costa oriental africana i la ruta comercial cap a l'Índia. Tot i la construcció de forts (com el 1594 a Pemba), els perses van arrabassar el control del Regne d'Ormuz a Portugal el 1622 i els omanites van realitzar incursions a la costa oriental africana prenent Zanzíbar el 1668. Però la divisió interna del regne de Zanzibar a la mort del rei Yussuf a finals del va permetre que els portuguesos recuperessin breument el control de la zona aliant-se amb la reina suahili Fatuma, però els omanites van intervenir novament. En 1694 el vicari de Zanzíbar Fra Manuel de Conceiçao va ser assassinat i no va tenir successor. Els omanites van atacar Zanzíbar el desembre de 1696, van capturar la reina Fatuma i la van enviar a l'exili a Oman i van expulsar els últims portuguesos de la zona el 1698 després de la caiguda de Fort Jésus a Mombasa. Jurant fidelitat al sultà d'Oman, el fill de Fatuma es va convertir en rei de Zanzibar amb el títol de "Mwinyi Mikuu". Els governants locals es van mantenir en el poder però els sultans d'Oman van mantenir el control efectiu de Zanzíbar des 1698 fins a finals del .
Establiment del poder omanita miniatura|Bandera del sultà al (dubtosa) miniatura|Bandera ibadita, pròpia del soldanat fins al 10 de desembre del 1963 La pèrdua de Mombasa pels portuguesos el 1698 no va tenir immediata repercussió a Zanzíbar. El 1694 el vicari de Zanzíbar Fra Manuel de Conceiçao fou assassinat per membres de les tribus i ja no es va nomenar successor. Una reina de nom Fàtima va prendre el poder pacíficament i va establir el seu palau prop de la geraza. El 1710 ja pertanyia a Oman i la reina s'havia sotmès. El 1712 el virrei de Goa informà que els àrabs havien transformat la feitoria portuguesa i un edifici de pedra construït per Joao Nunes a finals del per fer un fortí inadequat. La monarquia local suahili s'havia mantingut però el poder real estava en mans dels omanites i després del 1734 en mans dels liwalis de Mombasa (des de 1739 els Mazrui) que no foren eliminats fins al 1837 per Sayyid Said.
Regnat de Sayyid Said La primera mesquita de la Ciutat de Pedra de Zanzíbar data del 1766; Sayyid Said va visitar l'illa el 1828 però no va instal·lar la seva cort a la Ciutat de Pedra fins al 1842. El 1830 es van construir tres mesquites un altre el 1840. Entre 1850 i 1890 se'n van construir almenys 27 i 5 més al . El savi xeic Muhyi al-Din ben Shaikh ben Abd Allah ak-Khaytani, cadi de Zanzíbar de 1840 a 1870 va escriure obres d'història i poesia.
Sayyid Said va tenir entre 60 i 70 concubines i d'acord amb el prestigi social de l'època va fer construir nombrosos palaus o palauets alguns dels quals encara es conserven; el principal i la seva residència era el de Mtoniu; un palau a Dunga allotjava als sobirans autòctons (Mwinyi Mkuu)
Sayyid Said ben Sultan al-Busaid va traslladar la seva cort a l'illa el 1840 i va introduir el clau cultivat a les plantacions per esclaus negres i amb una classe dirigent àrab; els indis van agafar el control del comerç. Va morir el 1856 i va esclatar la lluita per la successió i finalment el 6 d'abril de 1861 els dominis Al-Busaid es van dividir entre la branca de Zanzíbar representada per Sayyid Majid ben Said Al-Busaid (1856–1870), el seu sisè fill, i el tercer Thuwayni ibn Said esdevingué sultà de d'Oman. La costa africana va quedar en poder de Zanzíbar i territoris que anaven fins a Kindu al riu Congo on els mercaders àrabs comerciaven amb esclaus.
Pèrdua de territoris El novembre de 1886 una comissió germano-britànica va establir que els dominis de Zanzíbar només anaven fins a uns 19 km cap a l'interior, entre Cabo Delgado i Kipini a Kenya, a més de les illes, però aquestes s possessions es van perdre de fet entre 1887 i 1892 per l'establiment dels poders colonials, de vegades com a lloguers o compres, o simplement ignorant el dret de Zanzíbar. Alguns drets foren mantinguts i cedits més tard com Mogadiscio i altres llocs, a Itàlia, el 1905, i Lamu, Kau i Kapeni a Kenya el 8 de desembre de 1963.
Al passaven pels mercants d'esclaus de Zanzíbar 50000 esclaus a l'any. El comerciant més conegut fou Tippu Tip. Estats Units va establir un consolat a l'illa el 1837. Regne Unit es va interessar per l'illa per la seva política contra l'esclavatge. El primer tractat amb els britànics es va signar el 1822 però el tràfic d'esclaus no fou prohibit fins al 1876. L'illa va tenir el primer tren per decisió del sultà Bargash ben Said que va portar una màquina per anar de la ciutat al seu palau d'estiu a Chukwani.
Protectorat britànic Pel Tractat de Helgoland-Zanzíbar entre Gran Bretanya i Alemanya de 1890 pel qual es bescanviava Helgoland i la franja de Caprivi (a Namíbia) per Zanzíbar (18 de juny de 1890) el protectorat va passar als britànics (1 de juliol de 1890). El poder britànic s'exèrcia a través del cònsol general i el visir o primer ministre que era un britànic.
A la mort del sultà Hamad ben Thuwaini el 25 d'agost de 1896 va pujar al tron Khalid ben Barghash, fill del sultà Barghash ben Said. Els britànics no l'acceptaven i volien proclamar Hamud ben Muhammad, net de Bargash. Això va portar a l'anomenada guerra anglo-zanzibaresa en la matinada del 27 d'agost quan dos vaixells de la marina britànica van bombardejar i destruir el palau de Beit al Hukum i van donar un ultimàtum d'una hora a Khalid per sortir però va refusar. A les 9 els vaixells britànics van obrir foc i els zanzibaresos van respondre i van cremar accidentalment el consolat alemany; al cap de 38 minuts es va declarar l'alto el foc; fou considerada la guerra més curta de la història. Hamud fou declarat sultà.
Segons els desitjos britànics l'esclavatge fou abolit el 1897 (el tràfic ja ho havia estat abans) i els esclaus foren alliberats amb una compensació pels seus amos. El seu hereu Ali ben Hamud fou educat a la Gran Bretanya. Els soldans van tenir al seu costat després de 1913 un resident que era el que tenia el poder efectiu i feia les funcions de visir.
Independència A l'illa existien quatre partits: Partit Nacionalista de Zanzíbar (PNZ), àrab i moderat; Partit Popular de Zanzíbar i Pemba, escissió del Afro Shirazi i influent a Pemba; el partit Umma, del xeic Abdarrahman Mohammed Babu, àrab socialista; i el Partit Afro Shirazi, representant de la majoria negra. A les eleccions del 1963 el partit Nacionalista va obtenir 12 escons, el Afro Shirazi 13, el Popular 6, i l'Umma cap, ja que les va boicotejar. Molts negres no van poder votar per no estar registrats. Nacionalistes i popular van formar govern el 24 de juny de 1963
El soldanat va rebre la independència el 10 de desembre de 1963. El govern de coalició entre el Partit Nacionalista de Zanzíbar (PNZ), àrab i moderat, i el Partit Popular de Zanzíbar i Pemba, dirigit per Sheikh Muhammad Shamte Hamadi (del PNZ), va romandre en el poder però fou enderrocat al cap d'un mes (12 de gener de 1964) i el 17 de gener es va proclamar la República de Zanzíbar.
República de Zanzíbar miniatura|bandera decretada per Okello el 12 de gener de 1964 La República de Zanzíbar es va proclamar el 17 de gener de 1964, després de la revolució de John Okello del 12 de gener de 1964. El soldanat havia esdevingut independent el 12 de desembre de 1963. Governava al país una coalició entre els dos partits majoritaris: el Partit Nacionalista de Zanzíbar (PNZ), àrab i moderat, i el Partit Popular de Zanzíbar i Pemba, escissió del Partit Afri Shirazi basada a Pemba. L'oposició la formava el Partit Afro-Shirazi (PAS), d'esquerra radical i amb suport de la població negre de l'illa de Zanzibar.
La revolució miniatura|bandera del Partit Afro-Shirazi miniatura|Bandera de facto després del 17 de gener de 1964