El Tour de Flandes 1999 fou la 83a edició del Tour de Flandes. La cursa es disputà el 4 d'abril de 1999, amb inici a Bruges i final a Meerbeke i un recorregut de 270 quilòmetres. El vencedor final fou el belga Peter Van Petegem per davant dels seus compatriotes Frank Vandenbroucke i Johan Museeuw.
Va ser la segona cursa de la Copa del Món de ciclisme de 1999.
Classificació final CiclistaEquipTemps1 Peter Van Petegem|BEL}} TVM-Farm Frites 6h 15' 00"2 Cofidis m. t.3 Mapei-Quick Step + 01"4 Mapei-Quick Step + 06"5 Lampre-Daikin m. t.6 Rabobank m. t.7 Lotto-Mobistar m. t.8 TVM-Farm Frites m. t.9 Polti m. t.10 La Française des Jeux m. t.
Referències Resultats a les-sports.info
1999 Categoria:Copa del Món de ciclisme de 1999