Les Grutes vaticanes s'estenen per sota d'una part de la nau de la basílica de Sant Pere del Vaticà tres metres per sota del sòl actual, des de l'altar major (l'anomenat altar papal) fins aproximadament la meitat del passadís; formant una veritable església subterrània que ocupa l'espai entre el pis actual de la basílica i el de l'antiga basílica constantiniana del .
Descripció Allò que inadequadament és diu grutes en realitat representa la diferència entre l'antiga basílica constantiniana i l'actual: en caminar per les grutes es camina en el que va ser la basílica construïda per l'emperador i es va perllongar fins al . Aquesta és la raó per la qual no cobreixen tota la longitud de la nau central de la basílica actual, sinó que només arriben fins a la nau central de la basílica constantiniana.
La planta de les grutes del Vaticà, que es ramifiquen en nínxols, passadissos laterals i capelles, és la d'una església de tres naus (les anomenades «grutes antigues») amb capelles que allotgen les tombes dels papes; l'absis de l'església semicircular, amb capelles i tombes, (les anomenades «grutes noves») té el centre ideal la capella de Sant Pere, que correspon, per sobre de les grutes, a l'altar papal i la cúpula de Miquel Àngel, i, a la necròpolis subterrània, la tomba de l'apòstol Pere, el primer papa.
Les grutes constitueixen un conjunt monumental amb molta memòria històrica. A més d'albergar les tombes de nombrosos papes, són plenes d'obres d'art de l'antiga basílica. Entre les les més importants hi ha el monument funerari del papa Bonifaci VIII, d'Arnolfo di Cambio. Important també és el monument funerari del cardenal Berardo Eroli, de Giovanni Dalmata, i fragments de frescos atribuïts a Pietro Cavallini.
El sarcòfag de Giuniu Basso, i la tomba de bronze del Sixt IV (Francesco della Rovere), fet per Antonio Pollaiolo el 1493 s'emmagatzemen a la Cambra del Tresor de Sant Pere. S'hi accedeix per la nau dreta de la basílica superior.
Els sepulcres Ser enterrat a les grutes, prop de la tomba de Pere, era el desig de molts papes, reis i reines; tal com era per als primers cristians.
Entre les personalitats més antigues enterrades a les grutes es recorda el vint-i-cinquè papa alemany Gregori V (996-999), l'emperador Otó II (mort a Roma el 983) i Adrià IV (1154-1159), l'únic papa anglès a la història; Bonifaci VIII (1294-1303), que va proclamar el primer Any Sant Jubilar i que reposa sota la bella escultura d'Arnolfo di Cambio; Pius VI Braschi (mort un presoner dels francesos el 1799) és en un sarcòfag paleocristià, però reviu en el marbre en què Antonio Canova el va immortalitzar en oració. Entre els reis, fins i tot James Francis Edward Stuart i els seus fills, així com la reina Cristina de Suècia (1626-1689), adjacents al nínxol de Joan Pau II i molt a prop de la cripta de la confessió que visitava sovint per pregar, com el papa Braschi del Canova.
Amb l'excepció dels últims papes enterrats en les grutes del Vaticà (Benet XV, Pius XI, Pius XII, Pau VI i Joan Pau I), molts papes del passat, però, preferiren un altre lloc: Pius IX, per exemple, reposa a la basílica de Sant Llorenç fora de les Muralles, o Lleó XIII a Sant Joan del Laterà. Altres papes que, inicialment, van ser inhumats a la basílica de Sant Pere, van ser traslladats a d'altres esglésies romanes: Eugeni IV a l'església de San Salvatore in Lauro Calixt III i Alexandre VI a l'església de Santa Maria de Montserrat dels espanyols amb motiu de la construcció de la nova basílica Pius II a la basílica de Sant'Andrea della Valle
Pius XI va voler ser enterrat «tan proper com fos possible a la Confessió de Pere», i va provocar per casualitat el seu successor, Pius XII, ordenés una gran campanya arqueològica entorn de la tomba de Pere per establir l'autenticitat del lloc. De fet, el sepulcre de Pius XI està gairebé enfront de la Confessió, a l'esquerra, mentre que el de Pius XII està alineat exactament amb el costat posterior i amb la corresponent Capella Clementina.
El cos de Joan XXIII reposava a la dreta de la Confessió, però va ser traslladat després de la seva beatificació a la basílica, en una urna d'or especial, dins de la qual es pot veure el cos del papa Roncalli encara en bones condicions: el fet bon estat del cos permeté, en el moment del trasllat, cobrir la seva cara amb un simple màscara de cera, en lloc d'una màscara com va ser el cas per als altres dos papes enterrats en vitrines, Innocenci XI i Pius X. De la mateixa manera, el cos de Joan Pau II (que s'havia situat al mateix nínxol on era Joan XXIII), es va traslladar, després de la canonització, a la basílica i va ser enterrat sota l'altar de la Capella de San Sebastià.
Tanmateix, a les Grutes del Vaticà, no només reposen els cossos de papes, sinó també els de personalitats que s'han distingit durant segles per motius morals o religiosos particulars. Per exemple, el cardenal Rafael Merry del Val, un col·laborador proper de Pius X, va ser enterrat a les Grutes, així com dues poderoses reines catòliques com Carlota de Xipre i Cristina de Suècia.
La tomba de Pere vegeu també: Tomba de Sant Pere A partir de 1940 es van començar les excavacions per a la recerca de la tomba de Sant Pere i es van estendre durant deu anys, fins i tot durant la Segona Guerra Mundial.
Dins de la tomba, els arqueòlegs van trobar una petita ossera que per al context arqueològic els va donar la seguretat que era el lloc. Pius XII es va fer l'anunci per la ràdio l'any sant de 1950: «Ha estat trobada la tomba del Príncep dels Apòstols».
Només a partir de 1953 la professora Margherita Guarducci va començar a estudiar sistemàticament les excavacions: el descobriment fortuït d'alguns ossos d'un home de 60-70 anys, embolicat en una tela preciosa porpra teixida amb fils d'or i provinent de manera fiable del nínxol (però traslladat en temps de Constantí a l'edicle, com revelen fragments de paret de color vermell amb la inscripció en grec, interpretat com «En Pere és aquí»), va donar dotze anys més tard a Pau VI la convicció que havien de ser amb tota probabilitat la restes del cos de Pere.
Llista dels 149 papes inhumats
Pere († 67) - 1r papa de 33 a 67 Lli († 78) - 2n papa de 67 a 78 Anaclet († 88) - 3r papa de 76 a 88 Evarist († 105) - 5è papa de 97 a 105 Alexandre I († 115) - 6è papa de 105 a 115 Sixt I († 125) - 7è papa de 115 a 125 Telèsfor († 136) - 8è papa de 125 a 136 Higini († 140) - 9è papa de 136 a 140 Pius I († 155) - 10è papa de 140 a 155 Anicet († 166) - 11è papa de 155 a 166 Soter († vers 174) - 12è papa de 166 a 174 Eleuteri († 24 de maig de 189) - 13è papa de 174 a 189 Víctor I († 199) - 14è papa de 189 a 199 Lleó I († 10 de novembre de 461) - 45è papa de 440 a 461 Simplici († 10 de març de 483) - 47è papa de 468 a 483 Gelasi I († 21 de novembre de 496) - 49è papa de 492 a 496 Anastasi II († 19 de novembre de 498) - 50è papa de 496 a 498 Simmac († 19 de juliol de 514) - 51è papa de 498 a 514 Hormisdes († 6 d'agost de 523) - 52è papa de 514 a 523 Joan I († 18 de maig de 526) - 53è papa de 523 a 526 Fèlix IV († 22 de setembre de 530) - 54è papa de 526 a 530 Bonifaci II († 17 d'octubre de 532) - 55è papa de 530 a 532 Joan II († 8 de maig de 535) - 56è papa de 533 a 535 Agapit I († 22 d'abril de 536) - 57è papa de 535 a 536 Vigili († 7 de juny de 555) - 59è papa de 537 a 555 Pelagi I († 4 de març de 561) - 60è papa de 556 a 561 Joan III († 13 de juliol de 574) - 61è papa de 561 a 574 Benet I († 30 de juliol de 579) - 62è papa de 575 a 579 Pelagi II († 7 de febrer de 590) - 63è papa de 579 a 590 Gregori I († 12 de març de 604) - 64è papa de 590 a 604 Sabinià († 22 de febrer de 606) - 65è papa de 604 a 606 Bonifaci III († 10 de novembre de 607) - 66è papa de 607 a 608 Bonifaci IV († 25 de març de 615) - 67è papa de 608 a 615 Deodat I († 8 de novembre de 618) - 68è papa de 615 a 618 Bonifaci V († 25 d'octubre de 625) - 69è papa de 619 a 625 Honori I († 12 d'octubre de 638) - 70è papa de 625 a 638 Severí († 12 d'agost de 640) - 71è papa de 638 a 640 Joan IV († 12 d'octubre de 642) - 72è papa de 640 a 642 Teodor Ier († 14 de maig de 649) - 73è papa de 642 a 649 Eugeni I († 2 de juny de 657) - 75è papa de 654 a 657 Vitalià († 27 de gener de 672) - 76è papa de 657 a 672 Deodat II († 17 de juny de 676) - 77è papa de 672 a 676 Donus († 11 d'abril de 678) - 78è papa de 676 a 678 Agató († 10 de juny de 681) - 79è papa de 678 a 681 Lleó II († 3 de juliol de 683) - 80è papa de 682 a 683 Benet II († 8 de maig de 685) - 81è papa de 684 a 685 Joan V († 2 d'agost de 686) - 82è papa de 685 a 686 Conó († 21 de setembre de 687) - 83è papa de 686 a 687 Sergi I († 8 de setembre de 701) - 84è papa de 687 a 701 Joan VI († 11 de gener de 705) - 85è papa de 701 a 705 Joan VII († 18 d'octubre de 707) - 86è papa de 705 a 707 Sisini († 4 de febrer de 708) - 87è papa en 708 Constantí I († 9 d'abril de 715) - 88è papa de 708 a 715 Gregori II († 11 de febrer de 731) - 89è papa de 715 a 731 Gregori III († 27 de novembre de 741) - 90è papa de 731 a 741 Zacaries († 22 de març de 752) - 91è papa de 741 a 752 Esteve II († 25 d'abril de 757) - 92è papa de 752 a 757 Pau I († 28 de juny de 767) - 93è papa de 757 a 767 Esteve III († 24 de gener de 772) - 94è papa de 767 a 772 Adrià I († 25 de desembre de 795) - 95è papa de 772 a 795 Lleó III († 12 de juny de 816) - 96è papa de 795 a 816 Esteve IV († 24 de gener de 817) - 97è papa de 816 a 817 Pasqual I († 11 de febrer de 824) - 98è papa de 817 a 824 Eugeni II († 27 d'agost de 827) - 99è papa de 824 a 827 Valentí († d'octubre de 827) - 100è papa en 827 Gregori IV († 25 de gener de 844) - 101è papa de 827 a 844 Sergi II († 27 de gener de 847) - 102è papa de 844 a 847 Lleó IV († 17 de juliol de 855) - 103è papa de 847 a 855 Benet III († 17 d'abril de 858) - 104è papa de 855 a 858 Nicolau I († 13 de novembre de 867) - 105è papa de 858 a 867 Adrià II († 14 de desembre de 872) - 106è papa de 867 a 872 Joan VIII († 16 de desembre de 882) - 107è papa de 872 a 882 Marí I († 15 de maig de 884) - 108è papa de 882 a 884 Esteve V († 14 de setembre de 891) - 110è papa de 885 a 891 Formós († 4 d'abril de 896) - 111è papa de 891 a 896 Bonifaci VI († 26 d'abril de 896) - 112è papa en 896 Esteve VI († agost de 897) - 113è papa de 896 a 897 Romà I († novembre de 897) - 114è papa en 897 Teodor II († 20 de desembre de 897) - 115è papa en 897 Joan IX († 26 de març de 900) - 116è papa de 898 a 900 Benet IV († de juliol de 903) - 117è papa de 900 a 903 Sergi III († 14 d'abril de 911) - 119è papa de 904 a 911 Anastasi III († de juny de 913) - 120è papa de 911 a 913 Landó († 5 de febrer de 914) - 121è papa de 913 a 914 Lleó VI († de desembre de 928) - 123è papa en 928 Esteve VII († 15 de març de 931) - 124è papa de 928 a 931 Lleó VII († 13 de juliol de 939) - 126è papa de 936 a 939 Esteve VIII († octubre de 942) - 127è papa de 939 a 942 Marí I († 1 de maig de 946) - 128è papa de 942 a 946 Benet VI († juny de 974) - 134è papa de 973 a 974 Joan XIV († 20 d'agost de 984) - 136è papa de 983 a 984 Joan XV († 1 d'abril de 996) - 137è papa de 985 a 996 Gregori V (en 973 - 18 de febrer de 999) - 138è papa de 996 a 999 Joan XVIII († 18 de juliol de 1009) - 141è papa de 1004 a 1009 Benet VIII († 9 d'abril de 1024) - 143è papa de 1012 a 1024
Joan XIX († v. 6 de novembre de 1032) - 144è papa de 1024 a 1032 Lleó IX (21 de juny de 1002 – 19 d'abril de 1054) - 152è papa de 1049 a 1054 Urbà II (en 1042 - 29 de juliol de 1099) - 159è papa de 1088 a 1099 Eugeni III († 8 de juny de 1153) - 167è papa de 1145 a 1153 Adrià IV (vers 1100 - 1 de setembre de 1159) - 169è papa de 1154 a 1159 Gregori IX (vers 1145 – 22 d'agost de 1241) - 178è papa de 1227 a 1241 Celestí IV († 10 de novembre de 1241) - 179è papa en 1241 Nicolau III (vers 1210/1220 - 22 d'agost de 1280) - 188è papa de 1277 a 1280 Honori IV (en 1210 - 3 d'abril de 1287) - 190è papa de 1285 a 1287