Aquesta és una llista de les banderes municipals d'Estònia. Les banderes estan agrupades per comtats (subdivisió administrativa de primer ordre) i els noms dels municipis segueixen l'ordre alfabètic de l'estonià.
Comtat de Harju
Municipis històrics
Districtes de Tallinn
Comtat de Hiiu
Municipis històrics
Comtat d'Ida-Viru
Municipis històrics
Comtat de Järva
Municipis històrics
Comtat de Jõgeva
Municipis històrics
Comtat de Lääne
Municipis històrics
Comtat de Lääne-Viru
Municipis històrics
Comtat de Pärnu
Municipis històrics
Comtat de Põlva
Municipis històrics
Comtat de Rapla
Municipis històrics
Comtat de Saare
Municipis històrics
Comtat de Tartu
Municipis històrics
Comtat de Valga
Municipis històrics
Comte de Viljandi
Municipis històrics
Comtat de Võru
Municipis històrics
Banderes municipals Estònia