El comtat d'Empúries fou un dels comtats catalans que es constituí en el territori de la Gòtia, que alguns cronistes francs del denominaren marca hispànica. S'estenia per la plana de l'Empordà. Comprenia la seva franja litoral des de la serra de l'Albera fins més al sud del Ter, i era limitat pels comtats de Rosselló, Besalú i Girona. El sector septentrional corresponia a l'antic pagus de Peralada i el meridional al pagus d'Empúries.
Orígens Conquerides les terres gironines el 785, els pagus de Peralada i Empúries van quedar inicialment sota l'autoritat del comte de Girona.
Les primeres notícies que es tenen del comtat daten del 812. Aquest va estar caracteritzat des dels seus inicis per una forta inclinació marinera. Malgrat que entre els segles i la Mediterrània estava sota el poder islàmic, les esquadres emporitanes van contestar en repetides ocasions el domini musulmà.
Domini franc () El primer comte titular d'Empúries, en què s'incloïa el pagus de Peralada, fou Ermenguer cap al 813, probablement autòcton. Cap al 817, va passar a Gaucelm del Rosselló, unint-se ambdós territoris. El 832, al temps de la intromissió franca, passà a formar part dels territoris governats per Berenguer de Tolosa. A la seva mort (835), el territori de Rosselló-Empúries passà al comte Sunyer I, possible fill de Bel·ló de Carcassona.
Vers el 842 o el 843, Argila, fill de Berà, i el gendre d'aquest, Alaric I, s'emparà efímerament del comtat en lluita amb Sunyer I, el comte legítim nomenat pel rei franc Lluís I el Pietós.
Cap al 848, el rei Carles II el Calb confià aquests comtats (inclosos en un gran lot de comtats marítims, com els de Barcelona, Narbona i altres de satèl·lits fins al Roine) a Aleran i el seu adjunt Isembard, i posteriorment a Odalric. El 848, Guillem de Septimània, fill de Bernat de Septimània, ocupà el comtat, però el 850 morí i passà a comtes nomenats per l'emperador fins que el 858, amb els altres comtats, fou pres a Odalric i donat a Unifred, duc de Gòtia, que també en fou desposseït el 862, i el territori d'Empúries, ara ja com a comtat específic, fou confiat per Carles el Calb a Sunyer II i al seu germà Delà (dependent del primer). Sunyer i Delà eren probablement fills de Sunyer I, i llur cas és el primer de govern comtal plural en indivís de les terres catalanes.
L'any 891, les naus d'Empúries van emprendre una de les expedicions més agosarades contra el domini musulmà. Una flota de quinze vaixells comandada pel comte Sunyer II va atacar la població de Petxina –prop de l'actual ciutat d'Almeria– des d'on els musulmans controlaven el comerç marítim de la Mediterrània occidental, i acabà tot amb una treva. Uns quants anys més tard, sota el califat d'Abd-ar-Rahman III, els musulmans van atacar Castelló d'Empúries. La batalla va ser desfavorable per als emporitans: les seves naus foren incendiades i les infraestructures portuàries arrasades. A partir d'aquell moment, la flota emporitana, tot i que continuà sent una de les més poderoses, va perdre bona part de la seva capacitat anterior.
Independència del Regne de França El 895, a la mort de Miró el Vell, germà de Guifré el Pilós, Sunyer II obtingué el comtat de Rosselló i refeu, així, una unitat de govern que havia de durar gairebé un segle. Sunyer II és el que veritablement consolida el comtat, que havia absorbit el pagus de Toló o Peralada, damunt el Fluvià, que inicialment no tingué entitat política pròpia, però que mantingué sempre una certa consideració a part. Així, els territoris de Sunyer restaren constituïts per una franja litoral des de les Corberes i els estanys de Salses fins a les Gavarres. Sunyer instaurà una dinastia autòctona, i amb aquesta, una etapa de prosperitat.
A partir del 859, aproximadament, la seu del comtat deixà de ser Empúries, desfeta, sembla, per les incursions normandes, bé que Gausbert, fill i hereu de Sunyer, el 927 restaurà o reedificà Sant Martí d'Empúries, al costat de l'antiga ciutat.
L'any 915, a la mort de Sunyer, corregnaren els seus fills Benció i Gausbert. Benció morí el 916, i Gausbert governà sol fins al 931. El seu fill i hereu Gausfred I inicià el trasllat de la capital comtal a Castelló d'Empúries, que no fou definitiu fins al 1078 en temps d'Hug II, i afavorí el monestir de Sant Pere de Rodes, que esdevingué el més important del comtat. Hagué de mantenir -talment com el seu pare i els seus descendents- una constant vigilància davant la pirateria musulmana. Sembla que fou el primer comte emporità a intitular-se "per la gràcia de Déu" i el primer a encunyar moneda prescindint del nom del rei de França. A la mort de Gausfred, aquest va repartir els seus dominis entre dos fills, i així Empúries restà separada del Rosselló.
Primera nissaga comtal A la seva mort, el 991, el seu fill Hug I heretà el comtat d'Empúries (amb Peralada), i l'altre fill, Guislabert, el de Rosselló. La separació dels comtats fou definitiva, però restaren units per múltiples llaços jurídics, de propietat i de relacions íntimes durant més de dos segles, cosa que motivà nombrosos conflictes. Ja el 1014, en morir Guislabert, Hug I envaí el Rosselló. Hi intervingué Bernat Tallaferro de Besalú, com també l'abat Oliba, i Hug signà la pau amb el seu nebot Gausfred II de Rosselló el 1020.
El fill d'Hug I, Ponç I i el seu net Hug II propiciaren una etapa de tranquil·litat i prosperitat per al comtat. L'any 1035 el comte Hug I va vendre a la seva esposa, la comtessa Guisla, dos importants alous dels termes de Castelló i de Roses. Més tard, la comtessa cedia aquests dos alous i altres possessions al bisbe de Girona. D'aquesta forma, anava creixent la importància del bisbe dins el comtat d'Empúries, fet que, amb el temps, havia de ser fatal per a la primera dinastia comtal emporitana. A més, amb Hug I, s'inicià una llarga sèrie de disputes amb la casa comtal de Barcelona, per tal d'esdevenir hegemònica. miniatura|Hug IV d'Empúries i Pero Maça durant la croada contra Al-Mayūrqa
El 1078, Hug II feu el trasllat definitiu de la capital comtal a Castelló d'Empúries i fortificà la vila amb un recinte murat.
Ponç I inicià i feu consagrar, el 1064, l'església de Santa Maria de Castelló d'Empúries i fou el primer comte d'Empúries a retre vassallatge als comtes de Barcelona. En morir, deixà Peralada al seu segon fill, Berenguer, i la vila restà definitivament separada del comtat.
El govern de Ponç II fou poc favorable per al comtat a causa dels enfrontaments amb Ramon Berenguer III de Barcelona, els veïns senyors de Peralada i la seu de Girona. Ponç II s'hagué d'humiliar davant els comtes de Barcelona, als quals hagué de renovar vassallatge el 1123 i el 1138, que s'erigiren aquells en protectors dels feudals menys forts.
El comte Ponç III fou el primer a assistir a les corts catalanes, el 1197. Els conflictes amb el bisbat de Girona foren una constant de la història del comtat, talment com el vassallatge i l'amistat amb el casal de Barcelona, esdevingut clarament sobirà del comtat.
L'any 1218 Pons Hug III se va casar amb Maria de Vilademuls i així va incorporar al comtat d'Empúries la senyoria de La Roca d'Albera, de l'altre ban de l'Albera, avui a França, passat el castell de Requesens. Maria de Vilademuls era filla de Roger de Vilademuls, governador del comtat de Rosselló, i d'Alamanda de La Roca (casament l'any 1188). L'any 1164 Alamanda havia heretat la senyoria de son pare Bernat de La Roca. Roger de Vilademuls i Alamanda abandonaren el castell vell de "Roca vella" i feren construir el castell nou de La Roca (en gran part destruït pel Cardenal de Richelieu). Cap a l'any 1253 els comtes d'Empúries van acabar la construcció de l'imponent cellera castral a l'entorn del castell nou de La Roca. La sala d'arma és l'actual església Sant Feliu.
Durant el govern d'Hug IV el comtat participà en la Tercera Croada, en la batalla de les Navas de Tolosa i, potser, en la de Muret. També participà en la conquesta de Mallorca. El comte hi anà al capdavant d'un gran nombre d'empordanesos i hi morí. Molts dels seus súbdits es quedaren a l'illa per a repoblar-la. Ponç IV participà en la conquesta de València.
Hug V s'enemistà molt el 1274 amb Jaume I, i fou un dels principals elements de la lliga de barons agreujats amb el rei. El comte arribà a assetjar Figueres amb el seu exèrcit i s'endugué les portes d'aquella vila reial a Castelló. Després d'una forta lluita armada, Hug V fou vençut al Voló, al costat de Dalmau de Rocabertí, i s'hagué de sotmetre.
miniatura|Segell de Ponç V d'Empúries
Durant la invasió francesa del 1285, Ponç V s'identificà plenament amb la causa de Pere el Gran i lluitaren plegats, fet pel qual aconseguí que el rei li retornés el vescomtat de Bas i altres castells que havia venut a aquell la seva mare, Sibil·la de Palau. Ponç V també lluità amb Jaume el Just en la Guerra de Sicília, fou almirall de la seva flota, i l'acompanyà en el seu retorn a Catalunya el 1291. El 1293 trencà amb el rei, en part a causa de l'amistat de Ponç V amb Frederic II de Sicília, i el 1300 li fou confiscat el vescomtat de Bas. S'enemistà amb els bisbes de Girona, que l'acusaven d'haver intentat enderrocar el seu castell de la Bisbal. També empitjoraren les relacions amb el comte de Barcelona quan apujà el preu de la sal de Castelló que es venia als súbdits del rei o de l'Església, i impedí l'exportació de viandes a terra reial. Tot plegat donà lloc a llargs processos davant la justícia reial. L'any 1305 una galera d'Empúries capturà, en la costa d'Andalusia, 65 súbdits del soldà de Granada, aliat de Jaume el Just en aquells moments. Aquest fet ho empitjorà tot. El rei preparà un exèrcit contra Empúries i el comte no tingué més remei que sotmetre's, a causa del fet que les seves rendes estaven totalment embargades pels jueus.
L'últim comte de la dinastia, Ponç VI Malgaulí, morí el 1322 sense fills i amb ell s'accentuà la decadència. La seva filla pòstuma Marquesa no tingué successió i va morir el 1327. L'herència va recaure en una branca lateral representada per Hug VI de Cardona.
El 1325, Hug VI va permutar el comtat per la baronia de Pego, la vila de Xaló i el llogaret de Laguar, al Regne de València, amb l'infant Pere I d'Empúries.
Genealogia El comte Sunyer I d'Empúries i Rosselló devia ser fill del comte Bel·ló de Carcassona i germà de Sunifred I de Barcelona.
Alaric I (casat amb Rotruda, que tingué una filla anomenada Anna i potser una altra, Ridlinda) era probablement germà de Sunyer I, encara que alguns el consideren un intrús.
Sunyer II i Delà, comtes conjunts d'Empúries i Rosselló, eren fills de Sunyer I i tenien una germana anomenada Garsenda (+ després del 930), que es va casar amb Guifré II Borrell de Barcelona. Delà es va casar amb Quíxol de Barcelona i van tenir dues filles: Ranlo, abadessa de Sant Joan de Ripoll (+ 890), i Virgília (+957), amistançada de Miró II de Cerdanya. Sunyer II es va casar amb Ermengarda i van tenir cinc fills: Gausbert I, Benció, Emerard, Gaudall i Arsenda.
Gausbert I va heretar els dos comtats i hi va associar al seu germà Benció, que va morir uns mesos després (+916). Aquest últim estava casat amb Godliana de Conflent i no va tenir successió. Dos germans, Emerard (+920) i Gaudall (+947), van ser bisbes d'Elna, al Rosselló. La germana, Arsenda, es va casar amb Francó II, vescomte de Narbona.
Gausbert I, casat amb Trudegarda, va tenir tres fills: Sunyer, de qui res se sap; Ermengarda (+994), casada amb Oliba Cabreta, comte de Cerdanya i Besalú; i Gausfred I, que el va succeir com a comte a Empúries i al Rosselló.
Gausfred I, casat en primeres noces amb Ava de Cerdanya o Guisla de Roerga i en segones noces amb Sibil·la, va tenir del primer enllaç quatre fills: Hug I, Guislabert I, Sunyer i Guisla. Hug I va heretar Empúries i Peralada i Guislabert I, el Rosselló. Aquest últim es va casar amb Beliarda i ambdós són el tronc de la dinastia del Rosselló. Sunyer (+978) va ser bisbe d'Elna.