Přírodovědecké muzeum je jednou z pěti složek Národního muzea, která je zaměřená na přírodní vědy a sbírku přírodnin. Má vlastní areál v Horních Počernicích a nejznámějším exponátem v jeho expozici v historické budově Národního muzea je kostra plejtváka myšoka.

V současné době jej tvoří osm oddělení: Mineralogicko-petrologické, Paleontologické, Mykologické, Botanické, Entomologické, Zoologické, Antropologické a Kroužkovací stanice. Přírodovědecké muzeum zaměstnává přes 80 pracovníků a jeho sbírky obsahují více než 15 milionů sbírkových předmětů, z nichž je vystaven pouze zlomek.

Svou činností muzeum plní tři hlavní úkoly: rozšiřuje a spravuje sbírky přírodovědného charakteru a průběžně dokumentuje přírodu nejen na území České republiky; vědecky sbírky zpracovává a organizuje vlastní výzkum na mezinárodní úrovni; představuje vlastní sbírky a vědeckou činnost široké veřejnosti prostřednictvím expozic, výstav, populárně naučných publikací, přednášek, doprovodných programů k expozicím a výstavám atd. Zároveň zapojuje veřejnost do vědeckého výzkumu formou projektů občanské vědy.

Historie Přírodovědné obory s bohatými sbírkami představovaly jedno z hlavních zaměření Národního (původně Vlastenského) muzea již od jeho založení v roce 1818. Podstatný podíl na tom měl Kašpar Maria hrabě Šternberk, všestranný přírodovědec a vůdčí osobnost mezi zakladateli muzea.

Díky velkorysým darům zakladatelů a členů Společnosti Vlasteneckého muzea v Čechách disponovalo muzeum již od svého založení rozsáhlým sbírkovým fondem. Již v druhé polovině 19. století můžeme muzeum označit za významnou evropskou instituci. Jeho sbírky tvořily přírodniny prakticky z celého světa. Vedle Univerzity Karlovy představovalo muzeum hlavní centrum přírodních věd v Českých zemích a jsou s ním těsně spojena jména předních přírodovědců (kromě hraběte Kašpara M. Šternberka např. August Carl Joseph Corda, Karel Bořivoj Presl i Jan Svatopluk Presl, Franz Xaver Maxmilian Zippe, Maxmilian Dormitzer, August Emanuel Reuss, Jan Krejčí, Antonín Frič a další).Kouřimský, J. (1968): Přírodní vědy v Národním muzeu. V: Burian, M. a Špét, J: Sborník 150 let Národního muzea v Praze, 33–40.

Od 28. ledna 1851 fungoval při muzeu samostatný Přírodovědecký sbor sdružující jednotlivé přírodovědecké obory a organizující vědeckou a popularizační činnost. O sto let později byla v rámci Národního muzea vyčleněna skupina oddělení zaměřených na přírodní vědy. Přírodovědecké muzeum, jako samostatná organizační složka Národního muzea, však bylo formálně ustanoveno až 1. května 1964.

Kostra „velryby“ Výraznou dominantou zoologických expozic v Historické budově Národního muzea je 22,5 metrů dlouhá, přes čtyři tuny vážící kostra plejtváka myšoka (Balaenoptera physalus). Tělo plejtváka byla v listopadu 1885 vyvrženo na jihozápadním pobřeží Norska.Štěpánek, O. (1969–1970): Stopadesát let zoologie Národního muzea v Praze (1818-1968). Časopis Národního muzea, oddíl přírodovědný 138–139, 1–159. Kompletní kostra byla později norskou velrybářskou společností nabízena evropským muzeím za poměrně vysokou cenu 2500 zlatých. Václav Frič, bratr tehdejšího ředitele zoologických a paleontologických sbírek Antonína Friče, pomohl získat potřebný finanční obnos zorganizováním sbírky mezi významnými pražskými měšťany. Kostra byla představena veřejnosti v listopadu 1888 v tehdejším Náprstkově průmyslovém muzeu na Betlémském náměstí. Od roku 1893 je kostra vystavena v dnešní Historické budově Národního muzea.

Pracoviště Současné sídlo Přírodovědeckého muzea se nachází v pražské městské části Horní Počernice v areálu někdejšího zimoviště Čsl. státních cirkusů a varieté. V návaznosti na rekonstrukci Historické budovy proběhlo v letech 2001 – 2011 stěhování sbírek a pracovišť do stávajících prostor, kde v letech 1996 – 2001 došlo díky výstavbě nových budov k navýšení kapacity areálu. V současné době se v Horních Počernicích nachází sedm oddělení Přírodovědeckého muzea (mimo Kroužkovací stanici), včetně depozitářů a technického zázemí. Areál není přístupný veřejnosti.

Oddělení

Mineralogicko-petrologické oddělení Mineralogicko-petrologické oddělení spravující šest samostatných sbírek funguje pod tímto názvem od roku 1893. Součástí oddělení je mineralogická sbírka, která představuje nejstarší sbírku Národního muzea. Na jejím budování a spravování se podílely tak významné osobnosti jako Franz Xaver Maxmilian Zippe nebo profesor Karel Vrba.

Mineralogická sbírka Národního muzea zahrnuje asi 1800 druhů minerálů a je tradičně řazena mezi deset nejvýznamnějších světových sbírek minerálů. Petrologická sbírka čítá 25 tisíc ukázek hornin převážně z českých, ale i zahraničních lokalit dokumentujících horninové složení zemské kůry. Geologická sbírka obsahuje více než 3700 ukázek hornin, na nichž lze demonstrovat rozmanité geologické pochody. Sbírka broušených drahých kamenů zahrnuje 4850 inventárních položek broušených drahokamů z celého světa. Ve sbírce meteoritů je celkem 500 ukázek českých i světových meteoritů rozmanitých typů. Sbírka tektitů zahrnuje 23 tisíc ukázek převážně českých a moravských vltavínů, ale i zahraničních tektitů.

Kromě spravování a doplňování sbírek se pracovníci mineralogicko-petrologického oddělení věnují badatelské, vědecko-výzkumné a publikační činnosti. Muzejní mineralogové jsou autory či spoluautory popisů 25 nových minerálních druhů. Publikují rovněž popularizační články a knihy, které jsou doplňovány fotografiemi předmětů ze sbírek spravovaných mineralogicko-petrologickým oddělením. Pracovníci oddělení poskytují konzultace veřejnosti, úzce spolupracují s mineralogickou sekcí Společnosti Národního muzea a podílejí se na přípravě výstav přírodovědeckého, ale i historického zaměření.

Paleontologické oddělení Paleontologické oddělení bylo vyčleněno v roce 1864, dlouhá léta ale fungovalo ve svazku se zoologickým oddělením a dále jako oddělení Geologicko-paleontologické. Novodobá historie Paleontologického oddělení začíná rokem 1964.

Sbírky oddělení čítají okolo 5 miliónů exemplářů, především z území České republiky, součástí jsou však i významné zahraniční kolekce. Sbírkové fondy jsou soustavně doplňovány jak sběrem pracovníků oddělení, tak dary a nákupy od institucí, vědeckých pracovníků i soukromých sběratelů. Mezi nejvýznamnější sbírky Paleontologického oddělení patří mimo jiné paleobotanická sbírka hraběte Kašpara M. Šternberka, sbírka prvohorních bezobratlých Joachima Barranda nebo sbírka fosilních živočichů českého permokarbonu od Antonína Friče. Vědecky nejhodnotnější část sbírek tvoří rozsáhlá kolekce typového materiálu čítající přes 2 500 kusů.

Kromě zkamenělin uchovává oddělení také množství terénní a sbírkové dokumentace, doklady k paleontologickým dílům i osobní vybavení předních osobností české paleontologie a rozsáhlou sbírku vědeckých ilustrací a obrazových rekonstrukcí.

Pracovníci Paleontologického oddělení se zabývají studiem taxonomie, morfologie, ontogeneze a fylogeneze živočišných a rostlinných skupin v celém průběhu jejich geologické historie (od prvohor po čtvrtohory) a rekonstrukcí prostředí v jednotlivých geologických obdobích. K pracovní náplni, kromě vlastní správy sbírek, patří i terénní výzkumy v ČR a zahraničí, rozvoj metod pro ochranu sbírkových fondů či digitalizace sbírkových fondů a popularizace přírodních věd.

Mykologické oddělení Mykologické oddělení, které existuje samostatně od roku 1965 je zaměřeno na budování sbírek, vědecké studium, popularizaci a zvýšení povědomí o houbách a lišejnících. Ve sbírce oddělení se nachází okolo 600 tisíc herbářových položek, tekutinových preparátů a modelů hub. Typová sbírka čítá asi 7 tisíc položek a stále se doplňuje.

Jedním z nejcennějších a nejvzácnějších fondů Mykologického oddělení je typový materiál popsaný Augustem C. J. Cordou. Na začátku dvacátého století obohatil sbírky Národního muzea také profesor Univerzity Karlovy Josef Velenovský. Sbírky se rozšiřovaly vlastními sběry pracovníků oddělení, výměnou položek se zahraničními odborníky a díky duplikátům zasílaným Albertu Pilátovi a Mirkovi Svrčkovi mykology z celého světa.

Do lichenologického herbáře byly nakoupeny celé sbírky slavných českých lichenologů (Jindřicha Suzy, Miroslava Servíta a Václava Kuťáka) a také jeden válečný konfiskát v podobě části sbírky Oscara Klementa.

Přírodovědecké muzeum vlastní vzácnou sbírku originálních ilustrací hub od několika významných autorů. Jde o mistrovské akvarely Otto Ušáka, kvaše Bohuslava Dvořáka nebo akvarely a kresby od Rudolfa Veselého.

V současné době se pracovníci zabývají hlavně taxonomií, floristikou a ekologií vybraných skupin hub a výzkumem taxonomie, ekologie a floristiky lišejníků. Dále pracovníci slučují herbáře jednotlivých podsbírek, zařazují nové přírůstky a především digitalizují samotné sbírky.

Botanické oddělení Základem botanických sbírek se stal rozsáhlý evropský herbář a cenná přírodovědecká knihovna hraběte Kašpara M. Sternberga, jednoho ze zakladatelů muzea. Sbírky Botanického oddělení čítají na 2 milióny herbářových položek, tekutinových preparátů a vzorků dřev a suchých plodů z celého světa.

Systematicky jsou ve sbírkách zastoupeny kvetoucí rostliny, kapraďorosty, mechy a řasy, geograficky je nejvíce zastoupena střední Evropa, Balkánský poloostrov, ale i střední Asie, Mongolsko a Sibiř.

Mezi nejvýznamnější kolekce patří herbářová kolekce Tadeáše Haenkeho z pacifického pobřeží obou Amerik, Mariánských ostrovů a Luzonu, australská kolekce Karla Domina, kolekce z Íránu a Iráku Jiřího Sojáka a Emila Hadače a Waldsteinův herbář z území historických Uher.

Herbář Botanického oddělení obsahuje světově nejvýznamnější kolekci rodu mochna (Potentilla).

Celá kolekce obsahuje velké množství typového materiálu nejrůznějšího charakteru. Těchto typů se zde nachází odhadem 30 000. Botanické oddělení taktéž spravuje nejvýznamnější českou a jednu z nejvýznamnějších středoevropských kolekcí botanické literatury 17. až 19. století.

Pracovníci oddělení se zabývají především taxonomií a ekologií středoevropských cévnatých rostlin, evolucí, fylogenezí a taxonomií tropických jednoděložných, především z čeledi zázvorníkovité (Zingiberaceae) a digitalizací a on-line zpřístupněním cenných fondů uchovávaných ve sbírkách oddělení.

Entomologické oddělení Entomologické oddělení bylo vyčleněno ze Zoologického oddělení roku 1953. Sbírky oddělení zahrnující více než 7 milionů exemplářů z celého světa a jsou členěny do sedmi referátů podle zoologického systému: rovnokřídlí (orthopteroidní řády), polokřídlí (Hemiptera) blanokřídlí (Hymenoptera), brouci (Coleoptera), motýli (Lepidoptera), dvoukřídlí (Diptera) a tzv. „referát malých řádů“ sdružující zbývající méně početné skupiny.

Díky tradičnímu zájmu sběratelů převažují ve sbírkách především brouci a motýli, ale v posledních desetiletích je věnována zvýšená pozornost i rozšiřování sbírek ostatních řádů hmyzu. Ve sbírkách jsou uchovávány entomologické sběry některých známých českých cestovatelů, např. sbírka Jana Viléma Helfera z Barmy nebo Emila Holuba z Jižní Afriky, materiály z přírodovědeckých expedic do Íránu, sbírky bývalých i současných pracovníků oddělení, a také desítky specializovaných sbírek českých amatérských i profesionálních entomologů. Mezi nejatraktivnější patří sbírka krascovitých brouků zakladatele Entomologického oddělení, profesora Jana Obenbergera.

Výzkumná činnost Entomologického oddělení je zaměřena především na obory, které se neobejdou bez rozsáhlých sbírek, tedy na systematiku, srovnávací morfologii a zoogeografii různých skupin hmyzu.

Zoologické oddělení