thumb|Statue rejst af Tiwanaku-kulturen. Bolivias historie begynder med bosættelser i området for mere end 20.000 år siden, hvor det område, der i dag udgør Bolivia blev beboet af indvandrende stammer nordfra. Der blev grundlagt præ-columbianske indianske civilisationer i Andesregionen, såsom Tiwanaku og Aymara, ligesom lavlandet i den østlige del blev beboet af andre stammer. Fra omkring år 1440 blev højlandet underlagt Inkariget i forbindelse med inkaernes ekspansion.
Inkaernes indflydelse i området blev dog kortvarig, da spanierne koloniserede området i den tidlige del af det 16. århundrede. hvorefter det nuværende Bolivia blev underlagt Spaniens kontrol, der blev udøvet gennem Vicekongen i Peru.
Efter selvstændighed fra Spanien i 1825 har Bolivia været en selvstændig nation. Landet har været præget af fattigdom og politisk ustabilitet med en lang række militærkup og skiftende regeringsledere. Fra 1982 har Bolivia fungeret som et forholdsvis stabilt demokrati.
Præcolumbiansk tid thumb|Tiwanaku-kulturen ved sin kulmination omkring AD 950 (udbredelse markeret med blåt). Det område, der i dag udgør Bolivia blev oprindeligt beboet af indvandrende stammer nordfra. Tidspunktet for de første bosættelser er ikke klart.
Den første højkultur i Bolivia var den tidligere avancerede civilisation, der var bosat ved Tiwanaku i det vestlige Bolivia. Hovedstaden i Tiwanaku kan dateres tilbage til omkring 1.500 f.Kr., da det var en lille landsby, der var baseret på landbrug.
Samfundet i Tiwanaku voksede i perioden mellem 600 og 800 e.Kr. og blev et betydningsfuldt regional samfund i det centrale Andes. Det anslås, at byen på sit højeste havde et areal på ca. 6,5 km2 og mellem 15.000 og 30.000 indbyggere. Beregninger foretaget i 1996 baseret på satellitfotos af gamle oversvømmede marker i de tre primære dale Tiwanuku har vist, at området kunne understøtte en befolkning på mellem 285.000 og 1.482.000 mennesker.
Omkring 400 e.Kr. ændrede Tiwanaku karakter fra at være en lokal dominerende magt til at være en ekspansiv stat. Tiwanaku bredte sig ind i Yungas og bragte sin kultur og livsstil til mange andre kulturer i Peru, Bolivia og Chile. Tiwanaku opnåede ikke sin ekspansion ved militær magt, men gennem etablering af alliancer, kolonier og politisk og handelsmæssig afhængighed. Tiwanuku-kulturens ekspansion fandt sted parallelt med en udvikling i kunst og arkitektur, ligesom befolkningen i området voksede kraftigt. Tiwanaku fortsatte med at inkorporere den underlagte folks kulturer i Tiwanaku-kulteren i stedt for at udslette dem. Arkæologer har konstateret væsentlig ændringer i Tiwanaku op gennem denne periode, hvor det kan ses, at fremmede kulturers kunst inden for bl.a. pottemageri inspirerede og ændrede Tiwanaku egne traditioner.
Tiwanakus elite opnåede deres status ved det overskud af fødevarer som de kontrollerede og indsamlede fra fjerne regioner og som blev fordelt til områdets befolkninger. Elitens kontrol med bestanden af lamaer blev ligeledes et vigtigt element til kontrol af samfundet, da befolkningerne var afhængige af lamaerne som lastdyr for at kunne transportere varer over de store afstande i imperiet. Besiddelse af lamaer blev et vigtigt element i fastlæggelsen af social status i Tiwanaku-kulturen. Gennem kontrol og administration af imperiets ressourcer (fødevarer og lastdyr) voksede elitens magt frem til ca. 950 e.Kr., hvor der indtrådte dramatiske ændringer i klimaet, der medførte et væsentligt fald i mængden af nedbør i området omkring Titicacasøen, hvilket har forårsaget omfattende tørke i området.
Manglen på nedbør i imperiets centrale dele medførte, at byerne i imperiets periferi modtog færre fødevarer, hvilket førte til en svækkelse af elitens magt. Omkring år 1000 var imperiet smuldret som følge af den manglende produktion af fødevarer. Kulturen uddøde og området omkring Tiwanaku forblev ubeboet i flere hundrede år herefter.
De områder, der tidligere var kontrolleret af Tiwanaku-imperiet blev beboet af aymaraerne, der etablerede en række kongedømmer i Andesregioen.
Den spanske koloniperiode
Erobret af Spanien
thumb|left|Francisco Pizarro Francisco Pizarro, Diego de Almagro og Hernando de Luque ledte den spanske opdagelse og erobring af Inkariget. De sejlede sydpå fra stillehavskysten fra Panama for at få bekræftet eksistensen af det sagnomspundne land med guldrigdomme "Biru" (senere ændret til Peru).
Ved spaniernes møde med Inkariget i 1532 var riget præget af konflikten mellem Huayna Capacs sønner Huascar og Atahualpa, der netop havde kæmpet om kontrollen over riget efter faderens død. Selvom Atahualpa netop havde besejret sin bror, havde han ikke konsolideret sin magtbase, ligesom han ikke anså de få spaniere for nogen trussel mod Inkariget. Det lykkedes Atahualpa at få de få hundrede spaniere til at tage op i bjergene til Cajamarca, hvor Atahualpa gjorde holdt på sin rejse mod Cusco for at lade sig krone som kejser efter sejren over broderen Huascar. Atahualpa rådede over en hær på 80.000 mand, der netop havde besejret Huascars hær. Spaniernes styrke talte ca. 150 mand.
Det lykkedes imidlertid de spanske conquistadors at lokke Atahualpa i et baghold den 16. november 1532. Atahualpa havde til mødet kun medbragt de ca. 8.000 mand, der udgjorde elitestyrkerne, idet de resterende ca. 72.000 mand opholdt sig uden for byen. Inkaerne havde tydeligvis ikke forventet, at spanierne udgjorde nogen trussel og medbragte alene rituelle våben til mødet med spanierne. Da spanierne angreb Atahualpas styrker på pladsen i Cajamarca, blev inkaerne for første gang mødt med skydevåben og kavaleri. De godt 150 spanierne dræbte de 8.000 inkaer og tog Atahualpa til fange. Den øvrige del af inkaernes hær uden for byen flygtede, da de blev bekendt med nederlaget. Året efter faldt Cusco, og blev lagt ind under spansk overherredømme. thumb|Inkakejseren Atahualpa ved mødet med Francisco Pizarro i 1532 (illustration fra 1600-tallet). På trods af den overrumpende og hurtige sejr, var der dog løbende en lang række opstande blandt de underlage inkaer og andre folk i området. Manco Inca, der var indsat af spanierne som en marionet-kejser, gjorde i 1537 oprør og grundlagde en ny inkastat, der igennem flere årtier stod bag oprør mod spanierne i området. Den oprindelige befolkning i det område, der i dag udgør Bolivia gjorde hyppigt oprør, men oprørerne var lokale, og sjældent koordinerede. Det sidste store oprør i regionen fandt sted i 1780-1781 ledet af Túpac Amaru II, men også dette oprør endte uden succes.
I de to første årtier af under det spanske herredømme blev koloniseringen af det bolivianske højland - nu kaldet Alto Peru (Øvre Peru) eller Charcas - forsinket som følge af en væbnede kampe mellem Pizarros støtter og Almagros støtter. De to conquistadors havde opdelt Inkariget mellem sig, hvor Pizarro havde fået den nordlige del (omtrent det nuværende Peru) og Almagro den sydlige (omtrent det nuværende Bolivia og det nordlige Chile). Men allerede i 1537 udbrød kampe mellem de to, da Almagro belejrede Cusco. Pizarro besejrede Almagro i 1538 og henrettede ham herefter, men Pizarro blev selv dræbt i 1541 af Almagros tidligere støtter. Francisco Pizarros bror, Gonzalo Pizarro, overtog herefter kontrollen med øvre Peru.
Borgerkrig mellem spanierne om kontrollen med de erobrede provinser (1544-1548) Den spanske krones mål med koloniseringen var at skabe en stabil indkomst i Spanien af varer og mineraler (primært guld og sølv) og der blev i det spirende imperium tilrettelagt en administration, der skulle sikre en stabil indkomst for kronen.
Spanien havde ved kolonisationens begyndelse benyttet sig af den såkaldte Encomienda, der tildelte de enkelte conquistadors en række rettigheder over de indfødte. Conquistadorerne var forpligtet til at lære de indfødte spansk og omvende dem til kristendommen; til gengæld skulle de indfødte levere tribut i form af varer og arbejde til den spanske krone. Det spanske 'encomienda' medførte i realiteten, at den indfødte befolkning blev gjort til slaver, der var underlagt de enkelte conquistadors forgodtbefindende. Systemet viste sig imidlertid at være ineffektivt set fra den Spanske konges synspunkt, idet mængden af varer (og særlig guld og sølv) fra de nye kolonier viste sig at være mindre end forventet, bl.a. fordi de enkelte conquisatadors vilje til at sende tribut til den spanske konge var behersket.
Efter erobringen af Inkariget og koloniseringen af Peru og Bolivia, ønskede den spanske krone derfor at sikre sig kontrol med de egenrådige conquistadors, og at etablere en administration i de nye kolonier, der effektivt var i stand til sikre den spanske konge indtægter fra kolonierne.
thumb|Blasco Núñez Vela, den første Vicekonge i Peru. Maleri af ukendt maler, udstillet på Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia del Perú. Francisco Pizarro var blevet udnævnt som guvernør i den erobrede provins, der fik navnet Ny Kastilien (spansk: Nueva Castilla) med administrativt centrum i byen Lima. Da Piazarro blev myrdet, overtog Cristóbal Vaca de Castro i 1541 posten som guvernør, men allerede i 1542 blev det besluttet an nedlægge Ny Kastilien og i stedet etablere et vicekongedømme med en vicekonge, der skulle repræsentere den spanske konge i området, der ligeledes skulle styrkes med nedsættelse af en Audiencia. Som vicekonge i Peru blev udpeget spanieren Blasco Núñez Vela, der fik til opgave at gennemføre de nye love (spansk: Leyes Nuevas), som spaniens konge, Karl 5. af Det Tysk-Romerske Rige, havde udstedt. De nye love skulle stække de lokale conquistadorers og godsejeres magt og sikre en mere rimelig behandling af den lokale befolkning, der blev behandlet særdeles voldsomt af de nye koloniherrer.
Vela rejste fra Spanien i december 1542 og ankom til Lima den 17. maj 1544. Blasco Núñez Vela blev mødt med betydelig skepsis af den lokale elite i Lima. Francisco Pizarros bror, Gonzalo Pizarro, der kontrollerede de sydlige dele af provinsen nægtede at anerkende Velas autoritet. Vela anså guvernør Cristóbal Vaca de Castro for at samarbejde med Piazarro og lod ham arrestere. Vela måtte dog konstatere, at der var udbredt modstand mod de nye love, og han underskrev i samarbejde med de lokale stormænd en anmodning til Karl 5. om at suspendere indførelsen. Vela fastholdt dog, at han ikke på egen hånd kunne suspendere de nye love. I september 1544 kom Vela i skænderi med en spanier i Lima, som Vela beskyldte for forræderi, hvorefter Vela dræbte ham. Audienciaen brød herefter åbent med Vela, og fik ham arresteret og sendt tilbage til Spanien. Audienciaen udnævnte herefter i stedet Gonzalo Pizarro som guvernør i provinsen og til at være den spanske konges lovlige repræsentant.
Vela blev sendt tilbage til Spanien, men blev dog frigivet undervejs, hvorefter han samlede en hær af 1.200 veltrænede og veludrustede soldater, og vendte tilbage til Lima i oktober 1544. Vela rykkede ind i Lima, hvorefter hans hær i 1545 deltog i en række træfninger med Pizarros tropper i flere af provinsens byer. Den 18. januar 1546 stod de to hære overfor hinanden ved slaget om Añaquito. Slaget endte med et nederlag for Velas hær. Vela blev taget til fange og halshugget, hvorefter Velas hoved blev sat på en stejle til at understrege conquistadorernes sejr.
Efter nederlaget for Karl 5.'s vicekonge til conquistadorerne, lod kongen Pedro de la Gasca udnævne til ny Vicekonge af Peru. Karl 5. havde økonomiske problemer som følge af krige i Europa og havde ikke råd til at sende en større hær til den nye verden for at nedkæmpe oprørerne, hvorfor han valgte Pedro de la Gasca til at genoprette roen i kolonierne. de la Gasca havde tidligere vist betydelige diplomatiske evner i forhandlinger med kong Henrik 8. af England og Karl 5. gav Gasca ubegrænset autoritet til på sine vegne at nedkæmpe oprøret i kolonien med alle midler. thumb|Henrettelsen af Gonzalo Piazarro, illustration fra 1700-tallet.