Kilsfjorden er navnet på to fjorde og en sø i Norge:

Kilsfjorden (Volda) – en fjord i Volda kommune i Møre og Romsdal fylke. Kilsfjorden (Kragerø) – en fjord i Kragerø kommune i Telemark fylke. Kilsfjorden (Tinn) – en sø i Tinn kommune i Telemark.