thumb|Almnaratårn fra oldtiden i Somalia Somalias historie strækker sig fra de ældste tider, som viser, at der var bosættelse i palæolitisk tid, og der er fundet hulemalerier, som er daterede tilbage til 9.000 f.Kr. For oldtidens egyptere var Somalia, beliggende på Afrikas horn, kendt som landet Punt, og de kom til Somalias nordlige kyster på jagt efter røgelse og vellugtende planter. Fra 800-tallet e.Kr. begyndte folk i Somalia at trænge syd over fra kysten af Adenbugten, og på samme tid begyndte arabiske og persiske bosættere at etablere sig langs kysten af Det Indiske Ocean. Portugisiske udforskere forsøgte uden held at etablere overherredømme over kysten af Somalia, men herskede over flere kystbyer. Mens kysten blev befolket af nye bosættere, var det indre af landet, meget af det goldt og ugæstfrit, overladt til landets oprindelige befolkning.
Briterne okkuperede Aden, en havneby i Yemen, i 1839, blev kysten af Somalia dens madkilde. Franskmændene etablerede drift af kulminer i 1862 med station i Djibouti, og længere nord på etablerede italienerne en koloni i dagens Eritrea. I 1920 havde det britiske og det italienske protektorat overtaget det område, som i dag udgør Somalia, og briterne overtog hele området efter 1941.
I 1960 fik begge de to tidligere britiske og italienske områder deres uafhængighed og blev slået sammen til Republikken Somalia den 1. juli samme år. Somalia brød de diplomatiske forbindelser til Storbritannien i 1963, da briterne overgav et område bosat af somaliere til Kenya. Den 15. oktober 1969 blev præsident Abdi Rashid Ali Shermarke myrdet, og hæren greb magten. General Mohamed Siad Barre blev gjort til præsident i den nydøbte Somaliske demokratiske republik og søgte støtte hos Sovjetunionen. I 1977 støttede Somalia åbent oprørere i nabolandet Etiopiens område Ogaden. I den otte måneder lange krig, som brød ud mellem de to lande, måtte Somalia trække sig ud efter at have mistet det meste af sin hær på 30.000 mand og sine kampvogne og fly. Præsident Siad Barre flygtede fra landet i januar 1991, og i tomrummet lå Somalia åbent for en række stammebaserede guerillagrupper og islamistiske fundamentalister. Den islamistiske retsunion (ICU), en organisation med forbindelser til al-Qaeda, spredte sig i Somalia i 2006, og i december samme år gik den etiopiske hær ind i landet. I januar 2009 trak de etiopiske styrker sig ud. Somaliske pirater har i løbet af 2000'erne drevet udstrakt piratvirksomhed i Det Indiske Ocean, hvilket har ført til omfattende international militær involvering i havområdet.
Forhistorie thumb|right|Hulemalerier som viser en kamel. Somalia har været bosat af tidlige mennesker siden paleolitisk tid, menneskehedens første stenalder. Det er fundet hulemalerier i det nordlige Somalia daterede tilbage til 9.000 f.Kr.Bradbury, Mark (2008): Becoming Somaliland, African Issues, James Currey. . Side 9 Mest berømt af disse er i Laas Geel-komplekset, som indeholder en del af de ældste kendte hulemalerier på det afrikanske kontinent. Der er afdækket en form for inskriptioner under hver af hulemalerierne, men arkæologerne har ikke været i stand til at tyde denne form for oldtidsskrift.Hassig, Susan M.; Latif, Zawiah Abdul (2007): Somalia, Marshall Cavendish, s. 22 I løbet af stenalderen blomstrede doikulturen og den hargeisanske kultur her med deres respektive stenindustrier.
De ældste beviser på gravskikke på Afrikas horn kommer fra gravsteder i Somalia, som er daterede tilbage til 3000-tallet f.Kr.Brandt, Steven A. (1988): Early Holocene Mortuary Practices and Hunter-Gatherer Adaptations in Southern Somalia, World Archaeology, ss 40 Stenværktøj fra det arkæologiske fundsted Jalelo i det nordlige Somalia er blevet forsøgt forstået som den vigtigste forbindelse i beviserne på en palæolitisk kultur mellem øst og vest.Seton-Karr, Heywood W. (1909): «Prehistoric Implements From Somaliland». Man. Volume 9 #106. ss. 182-183.
Antikken left|thumb|200px|Silkevejen strakte sig fra det sydlige Europa via Arabien, Somalia, Egypten, Persien, Indien og Java til Kina. thumb|Ruiner fra oldtidsbyen Qa’ableh i Somalia.
Somalia havde en sofistikeret civilisation i oldtiden, som en gang blomstrede på den somaliske halvø. Pyramidestrukturer, grave, byer i ruiner og stenmure som Wargaademuren, som omkransede en stor bosættelse, er beviser på dette.Funk & Wagnalls (1900): The Missionary review of the world, bind 23, ss. 132 Fund ved arkæologiske udgravninger i Somalia har vist, at denne civilisation fra oldtiden havde et gammelt skriftsystem, som endnu ikke er blevet tydet.Royal Geographical Society (Storbritannia): Proceedings of the Royal Geographical Society of London, Volume 22, «Mr. J. M. Hildebrandt on his Travels in East Africa», (Edward Stanford: 1878), s.447. Civilisationen havde en lukrativ handel med oldtidens Egypten og den mykenske kultur i oldtidens Hellas siden mindst 1000-tallet f.Kr., hvilket støtter synet på Somalia som oldtidens kongedømme Punt, som findes omtalt i egyptiske skrifter. Puntierne "handlede ikke bare i deres egne produkter af røgelse, elfenben og krøtter med korte horn, men også i varer i fra andre naboregioner, herunder guld, elfenben og dyreskind."Tyldesley, Joyce A. (1998): Hatchepsut: the female pharaoh, Penguin, s.147. I henhold til tempelrelieffer ved Deir el-Bahari var landet Punt på den tid styrt av kong Parahu og dronning Ati.Manley, Bill (1996): The Penguin historical atlas of ancient Egypt, Penguin, s. 59.
thumb|right|Ruinerne af sulfatet Adal i byen Zeila i Somalia. Oldtidens somalier domesticerede kamelen en gang mellem 2000- og 1000-tallet f.Kr., og derfra spredte den sig til oldtidens Egypten og til hele det nordlige Afrika.Richard, Suzanne (2003): Near Eastern archaeology: a reader, Eisenbrauns, s. 120. I antikken udviklede bystaterne Mossylon, Opone, Malao, Mundus og Tabae i Somalia et lukrativt handelsnetværk, som sammenknyttede handelsfolk fra Fønikien, ptolemeerdynastiets Egypten, Hellas, partiske Persien, kongedømmet Saba, Nabataea og Romerriget. De benyttet et somalisk oldtidsfartøj kendt som beden for at fragte deres laster.
Efter, at romerne havde erobret Nabataea, og den romerske marine etablerede sig ved Aden i Yemen for at hindre piratvirksomhed, blev arabiske og somaliske handelsmænd enige om at nægte indiske handelsskibe at handle med de frie havne på den arabiske halvøWarmington, Eric Herbert (1925, nyudgave i 1996): The Commerce Between the Roman Empire and India, Munshiram Manoharlal Publishers, s. 54. for at beskytte egne interesser i den meget indbringende handel mellem Det Røde Hav og Middelhavet.Warmington, Eric Herbert: The Commerce Between the Roman Empire and India, s.229. Imidlertid fortsatte indiske handelsmand at lave handel i havnebyerne på den somaliske halvø, der romerne ikke havde indflydelse.Warmington, Eric Herbert: The Commerce Between the Roman Empire and India, s. 187.
Indiske handelsmænd har i århundreder ført store mængder af kanel fra Sri Lanka og Indonesien til Somalia og Arabien. Dette var efter sigende den største hemmelighed hos arabiske og somaliske handelsmænd i deres handel med den romerske og græske verden. Romerne og grækerne troede, at kilden til kanel var i Somalia, men i virkeligheden blev den fragtet dertil af indiske skibe.Warmington, Eric Herbert: The Commerce Between the Roman Empire and India, s. 185-186. Via den hemmelige aftale melløm somaliere og arabere blev også kanel eksporteret til langt højere priser til Nordafrika, Mellemøsten og Europa, hvilket gjorde kanelhandelen meget indtægtsindbringende, især for somaliere.
Islams fødsel og middelalderen thumb|Moskeen Fakr ad-Din fra 1200-tallet. Islams historie på Afrikas horn er lige så gammel som religionen selv. Tidligt forfulgte muslimer flygtede til havnebyen Zeila i det etiopiske kongedømme Aksum, men som i dag tilhører Somalia, for at søge beskyttelse fra Qureishstammen (Muhammeds stamme) ved hoffet hos kongen af Aksum. Nogen af muslimerne, som fik beskyttelse, skal efter sigende have bosat sig i flere dele af Afrikas horn for at sprede islam.
Muslimernes sejr over Quraysh i 600-tallet fik en betydelig virkning på Somalias handelsmænd og søfolk, da deres arabiske handelspartnere på den tid alle havde konverteret til islam, og de store handelsruter i Middelhavet og Det Røde Hav kom ind under det muslimske kalifats herredømme. Via handel spredte islam sig blandt den somaliske befolkning i kystbyerne, og ustabiliteten på den arabiske halvø førte til yderligere udvandring af arabiske familier til kysten af Somalia, hvilket øgede andelen af muslimer på den somaliske halvø.
Byen Mogadishu blev centrum for islam på den østafrikanske kyst, og somaliske handelsmænd etablerede en koloni i Mozambique for at skaffe sig guld fra minerne i Munhumutapaimperiet i Sofala. I det nordlige Somalia var Adal i dets tidligste faser et lidet handelssamfund, som blev etableret af nykonverterede muslimer fra Afrikas horn, og som hovedsagelig var af somalisk oprindelse, i henhold til arabiske og somaliske krøniker.
thumb|right|150px|Møntenheder fra Mogadishu; kongedømmet Mogadishu var en betydelig støtte for sultanatet Adal.
Århundredet mellem 1150 og 1250 markerede et afgørende vendepunkt for islams rolle i somalisk historie. Yaqut al-Hamawi og senere Ibn Said noterede, at berbere (= somaliere) var en voksende muslimsk nation i løbet af denne tid. Adalsulfatet var nu centrum for et kommercielt rige, som strakte sig fra Kapp Gardafai til kongedømmet Hadiya i Etiopien. Adal kom der efter under indflydelse af det ekspanderende sulfat Ifat på Afrikas horn og blomstrede under dets beskyttelse.
Hovedstaden i Ifat var Zeila, nord i dagens Somalia, og derfra marcherede Ifatsulfatets hær for at erobre oldtidsriget Shoa i 1270. Denne erobring igangsatte en rivalisering om overherredømme mellem de kristne salomoniske kejserne i Etiopien og det muslimske Ifatsulfat, som førte til flere ødelæggende krige. Ifatsulfatet gennemførte flere hurtige krigstogter ind i Etiopien, hvilke udgjorde en vanskelig udfordring for den etiopiske kejser, og det var ikke før at sultanen blev forfulgt dybt ind i Adals område, at etiopierne endelig fik løst problemet. Efter et stort slag mellem Etiopien og Ifatsulfatet blev sidstnævntes hær besejret. Sultanen flygtede tilbage til Zeila, men han blev forfulgt af etiopierne, som belejrede byen. Her blev sultanen dræbt.Pankhurst, Richard (1997): The Ethiopian Borderlands, Lawrenceville: Red Sea Press, s. 51. Sultanens familie søgte tilflugt hos kongen af Yemen, hvor hans sønner planlagde hævn over Etiopien.
I løbet af ajurraanernes tidsalder, sultanaterne og republikkerne blomstrede de somaliske byer Marka, Mogadishu, Barawa, Hobyo og deres respektive havne, og gennem en lønsom og omfattende udenlandshandel med skibe, som sejlede til Arabien, Indien, Venezia,Fage, John Donnelly; Oliver, Roland Anthony (1969): Journal of African History, s.50. Persien, Egypt, Portugal og så langt væk som til Kina. Portugiseren Vasco da Gama, som passerede Mogadishu i 1400-tallet, rapporterede, at det var en stor by med huse i flere etager og store paladser i byens centrum, foruden flere moskeer med cylindriske minareter.Vasco da Gama, Ravenstein, Ernest George (1995): A journal of the first voyage of Vasco da Gama, 1497-1499, Asian Educational Services, s. 88.