, officielt , er Japans hovedstad og største by. Byen ligger midt på Japans hovedø Honshū ved Tokyobugten på øens sydkyst mod Stillehavet. Tokyo er landets politiske og økonomiske centrum samt sæde for Japans kejser og den nationale regering. Selve byen Tokyo (præfekturet) har indbyggere. Hele storbyområdet Stortokyo har indbyggere inklusive forstæder og er dermed det befolkningsmæssigt største storbyområde i verden. Stortokyo er over 80 km i udstrækning, hvilket gør området til det næststørste sammenhængende byområde i verden efter New Yorks storbyområde.
Byen var oprindeligt et fiskerleje ved navn Edo. I 1603 blev byen et fremtrædende politisk centrum, da den blev sæde for Tokugawa-shogunatet. I midten af 1700-tallet var Edo en af de mest folkerige byer i verden med over en million indbyggere. Efter afslutningen af shogunatet i 1868 blev den kejserlige hovedstad i Kyoto flyttet til byen, der blev omdøbt til Tokyo (bogstaveligt talt "den østlige hovedstad"). Tokyo blev ødelagt af det Store Kantou-jordskælv i 1923 og igen af allierede bombeangreb under Anden Verdenskrig. Fra 1950'erne foregik der en hurtig genopbygning og ekspansion af byen, der fortsatte med at føre an i Japans økonomiske opsving efter krigen.
Navn Tokyo hed oprindelig , hvilket betyder flodmunding. Navnet blev ændret til Tokyo (Toukyou: tou (øst) + kyou (hovedstad)), da byen blev de facto-hovedstad i 1868. I den tidlige del af Meiji-perioden blev byen også kaldt Toukei, en alternativ udtale af de samme kinesiske tegn for Tokyo. Nogle overlevende officielle engelske dokumenter bruger stavemåden Tokei, men det er i dag forældet.
Historie thumb|left|Edo-borgen. Tokyo var oprindelig et lille fiskerleje ved navn Edo. Edo blev første gang befæstet af Edo-klanen i slutningen af 1100-tallet. I 1457 byggede samuraien Ōta Dōkan Edo-borgen ved byen. I 1590 gjorde daimyoen Tokugawa Ieyasu Edo til sin base, og da han blev shogun i 1603, blev byen center for hans nationale militære styre. Byen lagde navn til den efterfølgende Edo-periode, idet den var den reelle hovedstad i denne periode, hvor Tokugawa-shogunatet regerede landet fra borgen i Edo, uanset at kejseren fortsat residerede i Kyoto.
thumb|left|Kort over Edo i 1840'erne. I løbet af Edo-perioden nød byen fordel af en længere periode med fred kendt som Pax Tokugawa, og i lyset af fredsperioden vedtog Edo en streng isolationspolitik, som hjalp med at fastholde fraværet af nogen alvorlig militær trussel mod byen. Fraværet af krigsbetingede ødelæggelser gav Edo mulighed for at afsætte størstedelen af sine ressourcer til genopbygning i kølvandet på de tilbagevendende brande, jordskælv og andre ødelæggende naturkatastrofer, der plagede byen. I løbet af denne periode voksede Edo til en af verdens største byer med en befolkning, der rundede en million i 1700-tallet.
Efter ca. 263 år blev shogunatet væltet for at genoprette det kejserlige styre ved Meiji-restaurationen. I 1869 flyttede den 17-årige Meiji-kejser til Edo. Tokyo var allerede landets politiske og kulturelle centrum, og kejserens tilstedeværelse gjorde den til de facto kejserlig hovedstad, lige så vel som den tidligere Edo-borg blev til det kejserlige palads. Tokyo By var etableret og fortsatte med at være hovedstad, indtil den blev fusioneret med præfekturet i 1943.
Det centrale Tokyo blev ligesom Osaka fra omkring 1900 designet til at centrere omkring vigtige jernbanestationer på tætbygget vis, så forstadsbaner kunne bygges relativt billigt i gadeplan med egne særskilte traceer. Dette i modsætning til andre verdensbyer som f.eks. Los Angeles, der er mindre tætbyggede og tilpasset biler. Til trods for at der er bygget motorveje, er det grundlæggende koncept ikke ændret.
Tokyo blev ramt af to store katastrofer i det 20. århundrede men trodsede begge. Den ene var det Store Kantou-jordskælv i 1923, og den anden var de allierede bombardementerne under Anden verdenskrig. Bombardementerne i 1945 kostede mellem 75.000 og 200.000 mennesker livet og lagde halvdelen af byen i ruiner og havde derved næsten lige så ødelæggende virkning som atombomberne over Hiroshima og Nagasaki tilsammen. Efter krigen blev Tokyo komplet genopbygget og fremvist for verden ved Sommer-OL 1964. 1970'erne bragte nye højhuse så som Sunshine 60, en ny og kontroversiel lufthavn ved Narita og et befolkningstal, der voksede til omkring 11 millioner i præfekturet.
thumb|200px|Menneskemylder i Shibuya, 2003. thumb|200px|Shibuya Tokyos undergrundsbane og øvrige jernbanenet blev et af de travleste i verden, efterhånden som flere og flere flyttede til området. I 1980'erne steg ejendomspriserne med raketfart under en økonomisk boble. Boblen bristede i begyndelsen af 1990'erne, og mange firmaer, banker og privatpersoner blev fanget, da ejendomspriserne faldt. En stor lavkonjuktur fulgte og gjorde 1990'erne til Japans "tabte årti", fra hvilket det nu langsomt rejser sig.
Tokyo ser stadig ny byudvikling på store mængder af mindre rentable landområder. Nylige projekter omfatter Ebisu Garden Place, Tennozu Isle, Shiodome, Roppongi Hills, Shinagawa (nu også station for Shinkansen) og Marunouchisiden af Tokyo Station. Betydningsfulde bygninger rives ned til fordel for mere up-to-date shoppingmuligheder så som Omotesando Hills. Landindvinding har også stået på i Tokyo i århundreder. Den mest prominente er Odaiba-området, nu et vigtigt shopping- og forlystelsescentrum.
Der har været fremsat forskellige planer om flytte centraladministrationsfunktioner til andre byer andre steder i Japan for at dæmpe den rivende udvikling i Tokyo og revitalisere økonomisk haltende områder i landet. Disse planer er dog kontroversielle i Japan og er ikke blevet realiserede.
Administrativ inddeling Administrativ opbygning Tokyo Metropolis er en af Japans 47 præfekturer og har ca. indbyggere. Af disse bor ca. 8,6 mio. i Tokyos bykerne, de 23 såkaldte . De udgør den historiske Tokyo By, der den 1. juli 1943 blev slået administrativt sammen med Tokyo-præfekturet. De 23 specielle bydistrikter har siden 2000 status omtrent som byer og udgør hver især en kommune med hver deres selvstyre, med egen valgt borgmester og byråd og med flere beføjelser end en bydel men med færre beføjelser end en kommune. De adskiller de sig fra disse ved at ting som vandforsyning, kloaker og brandvæsen varetages af præfekturet. Til sammen udgør de Tokyo Metropolitan, som driver en række fælles services for Tokyos specielle bydistrikter.
Præfekturet rummer udover bykernen desuden 26 andre , 5 og 8 hver med sit lokale styre med samme status som tilsvarende byer og landsbyer i det øvrige Japan. Udover at tjene som "sovebyer" for det egentlige Tokyo har nogle af disse også handel og industri. Tilsammen kaldes de også for eller Vesttokyo.
De 23 specielle bydistrikter thumb|De 23 specielle bydistrikter. De 23 specielle bydistrikter i Tokyos bykerne, til daglig kendt som , varierer stærkt i areal (fra 10 til 60 km²) og indbyggertal (fra mindre end 40.000 til 830.000), og nogle udvides endda efterhånden som kunstige øer bygges. Største bydistrikt målt på indbyggertal er Setagaya, mens nabobydistriktet Oota har det største areal. Shinjuku er hjemsted for præfekturet.
NavnKanjiIndbyggertalIndb. pr. km²)Areal (km²)NabolagAdachi足立区621.84811.688,8753,20 Kitasenju, TakenotsukaArakawa荒川区186.27518.262,2510,20 Arakawa, Machiya, Nippori, MinamisenjuBunkyou文京区181.06516.009,2811,31 Hongou, Yayoi, HakusanChiyoda千代田区37.9883.263,5711,64 Nagatacho, Kasumigaseki, Otemachi, Marunouchi, Akihabara, Yurakucho, IidabashiChuuou中央区81.9968.078,4210,15 Nihonbashi, Kayabachou, Ginza, Tsukiji, Hatchoubori, Shinkawa, Tsukishima, Kachidoki, TsukudaEdogawa江戸川区637.57112.787,2249,86 Kasai, KoiwaItabashi板橋区525.96916.349,6732,17 Itabashi, TakashimadairaKatsushika葛飾区426.40312.238,8934,84 Tateishi, Aoto, KoiwaKita北区327.08615.885,6720,59 Akabane, Ouji, TabataKoutou江東区398.80510.111,6939,44 Kiba, Ariake, Kameido, Touyouchou, Monzennakachou, Fukagawa, Kiyosumi, Shirakawa, Etchuujima, Sunamachi, AomiMeguro目黒区255.83317.403,6114,70Meguro, Nakameguro, JiyugaokaMinato港区167.0988.215,2420,34 Odaiba, Shinbashi, Shinagawa, Roppongi, Toranomon, Aoyama, Azabu, Hamamatsuchou, TamachiNakano中野区313.32520.097,8215,59 NakanoNerima練馬区674.82614.012,1748,16 Nerima, Ooizumi, HikarigaokaOota大田区661.15711.119,3659,46 Oomori, Kamata, Haneda, Den-en-choufuSetagaya世田谷区829.62414.284,1658,08 Setagaya, Sangenjaya, Shimokitazawa, TamagawaShibuya渋谷区201.52413.337,1315,11 Shibuya, Ebisu, Harajuku, Hiroo, Sendagaya, Yoyogi Shinagawa品川区332.53614.636,2722,72 Shinagawa, Ooimachi, GotandaShinjuku新宿区297.13516.299,2318,23 Shinjuku, Takadanobaba, Ookubo, Kagurazaka, IchigayaSuginami杉並区530.30715.588,1034,02 Kouenji, Kamiogi, AsagayaSumida墨田区221.09316.079,4913,75 Kinshichou, Morishita, RyougokuToshima豊島区252.76419.428,4413,01 Ikebukuro, Senkawa, KomagomeTaitou台東区162.68516.139,3810,08Ueno, AsakusaI alt 8.324.91313.500,22616,65
Vesttokyo thumb|De 26 større byer og de specielle bystrikters respektive områder. Disse 26 større byer ligger i Vesttokyo:
Akiruno Akishima Choufu Fuchuu Fussa Hachiouji Hamura Higashikurume Higashimurayama Higashiyamato Hino Inagi Kiyose Kodaira Koganei Kokubunji Komae Kunitachi Machida Mitaka Musashimurayama Musashino Nishitoukyou Oume Tachikawa Tama
Øer thumb|Izu-øerne. Udover den del der ligger på Honshū tæller Tokyo også et antal afsidesliggende øer, hvoraf den fjerneste ligger så langt væk som 1850 km. På grund af afstanden administreres øerne lokalt.
Izu-øerne er en gruppe af vulkanøer og udgør en del af Fuji-Hakone-Izu Nationalpark. Regnet fra Tokyo er øerne Izu Ooshima, Toshima, Niijima, Shikinejima, Kozushima, Miyakejima, Mikurajima, Hachijojima og Aogashima. Administrativt er Izu Ooshima og Hachijojima byer. De øvrige er landsbyer, i det Niijima og Shikinejima udgør en tilsammen.
Ogasawara-øerne inkluderer fra nord til syd Chichi-jima, Nishinoshima, Haha-jima, Kita Iwo Jima, Iwo Jima og Minami Iwo Jima. Ogasawara administrerer også to små afsidesliggende øer: Minami Torishima, der med sine 1850 km fra Tokyo både er den længstvækliggende og Japans østligste punkt, og Okino Torishima, der er Japans sydligste punkt. De to sidstnævnte øer og Iwo-øerne har ingen permanent befolkning men benyttes af det japanske forsvar. Derimod er Chichi-jima og Haha-jima befolkede og udgør tilsammen administrativt landsbyen Ogasawara.
Nationalparker Tokyo-præfekturet er hjemsted for fire nationalparker:
Chichibu Tama Kai Nationalpark i Nishitama. Rækker også ind over Yamanashi- og Saitama-præfekturerne. Meiji no Mori Takao Quasi-Nationalpark omkring Takaobjerget. Fuji-Hakone-Izu Nationalpark inkluderende alle Izu-øerne. Ogasawara Nationalpark som kandiderer til UNESCO's Verdensarvsliste.
Arkitektur thumb|Tokyo. thumb|Zoujou-ji-templet og Tokyo Tower. 1900-tallet var ikke udelt nådig ved Tokyo og dens borgere, der to gange måtte se deres by lagt i ruiner. Første gang var 1. september 1923, da det store Kantou-jordskælvet ramte Tokyo og flere andre byer og dræbte mindst 100.000 mennesker. Og mindre end en generation senere fulgte de amerikanske bombninger under 2. verdenskrig, hvorved anslået andre 100.000 døde, og 41 km² af byen blev ødelagt. Følgen er at nutidens Tokyo præges af moderne og nutidig arkitektur, mens gamle bygninger er sjældne.
Kendte bygninger i byen tæller: Tokyo Tower Regnbuebroen Japans parlament Yoyogi National Gymnasium Tokyo Metropolitan Government Building Tokyo Big Sight Tokyo Station Tokyo International Forum Roppongi Hills
Klima og seismologi Tokyo ligger i det nordlige subtropiske bælte med varme fugtige somre og generelt milde vintre med kølige perioder. Snefald er sporadiske men forekommer næsten hvert år. Tokyo er et eksempel på urbant varmemøde, i det byens befolkning udgør en betydelig bidragsyder til dens klima. Tokyo er blevet citeret som et "overbevisende eksempel på forholdet mellem byudvikling og klima".