Naturstyrelsen under Miljøministeriet har udarbejdet 257 Natura 2000-planer for Internationale naturbeskyttelsesområder i Danmark. Der er udpeget 254 habitatområder, 113 fuglebeskyttelsesområder, og 27 ramsarområder; det giver mere end 246 områder i alt, da nogle områder hører under flere kategorier, og/eller flere områder indgår i samme naturplan.
Ved hvert naturbeskyttelsesområde er angivet nummer og navn, samt Naturstyrelsens nummer for det eller de EU-habitatområder (H) Kort, Habitatområder 2016Liste, habitatområder 2016 , fuglebeskyttelsesområder (F) Kort fuglebeskyttelsesområder 2016liste fuglebeskyttelsesområder 2016og Ramsarområder (R) Kort, ramsarområder 2016Liste, ramsarområder 2016, som det enkelte område dækker.
1: Skagens Gren og Skagerrak (H1)
2: Råbjerg Mile og Hulsig Hede (H2, F5)
3: Jerup Hede, Råbjerg og Tolshave Mose (H3, F6)
4: Hirsholmene, havet vest herfor og Elling Å's udløb (H4, F11, R8)
5: Uggerby Klitplantage og Uggerby Å's udløb (H5)
6: Kærsgård Strand, Vandplasken og Liver Å (H6)
7: Rubjerg Knude og Lønstrup Klint (H7)
8: Åsted Ådal, Bangsbo Ådal og omliggende overdrevsområder (H8, H216)
9: Strandenge på Læsø og havet syd herfor (H9, F10, R10)
10: Holtemmen, Højsande og Nordmarken (H10)
11: Solsbæk (H11)
12: Store Vildmose (H12)
13: Svinkløv Klitplantage og Grønne Strand (H13)
14: Ålborg Bugt, Randers Fjord og Mariager Fjord (H14, F2, F15, R11)
15: Nibe Bredning, Halkær Ådal og Sønderup Ådal (H15, F1, R7)
16: Løgstør Bredning, Vejlerne og Bulbjerg (H16, F8, F12, F13, F19, F20, R6)
17: Lille Vildmose, Tofte Skov og Høstemark Skov (H18, F7)
18: Rold Skov, Lindenborg Ådal og Madum Sø (H20, F3, F4)
19: Lundby Hede, Oudrup Østerhede og Vindblæs Hede (H21)
20: Havet omkring Nordre Rønner (H176, F9, R9)
21: Ejstrup Klit, Egvands Bakker og Lien med Underlien (H193, H219)
22: Kielstrup Sø (H22)
23: Vullum Sø (H23)
24: Hanstholm-reservatet, Hanstholm Knuden, Nors Sø og Vandet Sø (Se også Nationalpark Thy) (H24, H220, F22)
25: Vangså Hede (H25, F18)
26: Ålvand Klithede og Førby Sø (H26, F17)
27: Hvidbjerg Å, Ove Sø og Ørum Sø (H27, F21)
28: Agger Tange, Nissum Bredning, Skibsted Fjord og Agerø (H28, F23, F27, F28, F39, R5)
29: Dråby Vig (H29, F26)
30: Lovns Bredning, Hjarbæk Fjord og Skals Ådal (H30, F14, F24)
31: Kås Hoved (H31)
32: Sønder Lem Vig og Geddal Strandenge (H32)
33: Tjele Langsø og Vinge Møllebæk (H33, F16)
34: Brandstrup Mose (H34)
35: Hald Ege, Stanghede og Dollerup Bakker (H35)
36: Nipgård Sø (H36)
37: Rosborg Sø (H37)
38: Bredsgård Sø (H38)
39: Mønsted og Daugbjerg Kalkgruber og Mønsted Ådal (H39)
40: Karup Å, Kongenshus og Hessellund Heder (H40, H226, H227)
41: Hjelm Hede, Flyndersø og Stubbergård Sø (H41, F29)
42: Mågerodde og Karby Odde (H177, F25)
43: Klitheder mellem Stenbjerg og Lodbjerg (H184)
44: Lild Strand og Lild Strandkær (H185)
45: Korsø Knude (H187)
46: Anholt og havet nord for (H42, F32, R12)
47: Eldrup Skov og søer og moser i Løvenholm Skov (H43)
48: Stubbe Sø (H44)
49: Gudenå og Gjern Bakker (H45)
50: Tved Kær (H46)
51: Begtrup Vig og kystområder ved Helgenæs (H47)
52: Salten Å, Salten Langsø, Mossø og søer syd for Salten Langsø og dele af Gudenå (H48, F33, F35)
53: Sepstrup Sande, Vrads Sande, Velling Skov og Palsgård Skov (H49, F34)
54: Yding Skov og Ejer Skov (H50)
55: Stavns Fjord, Samsø Østerflak og Nordby Hede (H51, F31, R14)
56: Horsens Fjord, havet øst for og Endelave (H52, F36, R13)
57: Silkeborgskovene (H181)
58: Nordby Bakker (H182)
59: Kysing Fjord (F30)
60: Skørsø (H53)
61: Skånsø og Tranemose (H54)
62: Venø, Venø Sund (H55, F40)
63: Sønder Feldborg Plantage (H56, F42)
64: Heder og klitter på Skovbjerg Bakkeø, Idom Å og Ormstrup Hede (H57, H225)
65: Nissum Fjord (H58, F38, R4)
66: Stadil Fjord og Vest Stadil Fjord (H59, F41, R3)
67: Borris Hede (H60, F37)
68: Skjern Å
69: Ringkøbing Fjord og Nymindestrømmen (H61, H62, F43, R2)
70: Mose ved Karstoft Å (H63)
71: Kimmelkær Landkanal (H178)
72: Husby Sø og Nørresø (H188)
73: Lønborg Hede (H196)
74: Husby Klit (H197)
75: Harrild Hede, Ulvemosen og heder i Nørlund Plantage (H64)
76: Store Vandskel, Rørbæk Sø, Tinnet Krat og Holtum Ådal øvre del (H65, H235)
77: Uldum Kær, Tørring Kær og Ølholm Kær (H66, F44)
78: Skove langs nordsiden af Vejle Fjord (H67, F45)
79: Munkebjerg Strandskov (H68)
80: Højen Bæk (H69)
81: Øvre Grejs Ådal (H70)
82: Randbøl Hede og klitter i Frederikshåb Plantage (H71, F46)
83: Blåbjerg Egekrat, Lyngbos Hede og Hennegårds Klitter (H72)
84: Kallesmærsk Hede, Grærup Langsø, Fiilsø og Kærgård Klitplantage (H73, F50, F56, R1)
85: Hedeområder ved Store Råbjerg (H74, F48)
86: Vejen Mose (H75, F54)
87: Nørrebæk ved Tvilho (H76)
88: Nørholm Hede, Nørholm Skov og Varde Å øst for Varde (H77)
89: Vadehavet (H78, H86, H90, H239, F49, F51, F52, F53, F55, F57, F60, F65, F67, R27)
90: Sneum Å og Holsted Å (H79)
91: Kongeå (H80)
92: Pamhule Skov og Stevning Dam (H81, F59)
93: Lindet Skov, Hønning Mose, Hønning Plantage og Lovrup Skov (H82, F66)
94: Rinkenæs Skov, Dyrehaven og Rode Skov (H83, F68)
95: Hostrup Sø, Assenholm Mose og Felsted Vestermark (H84, F58)
96: Bolderslev Skov og Uge Skov (H85)
97: Frøslev Mose (H87, F70)
98: Tinglev Sø og Mose, Ulvemose og Terkelsbøl Mose (F62)
99: Kongens Mose og Draved Skov (H88, F61)
100: Sølsted Mose (H89)
101: Sønder Ådal (F63)
102: Flensborg Fjord og Nybøl Nor (F64) (udgået)
103: Kogsbøl og Skast Mose (F69)
104: Lilleskov og Troldsmose (H189)
105: Augustenborg Skov (H200)
106: Mandbjerg Skov (H201)
107: Fyns Hoved, Lillegrund og Lillestrand (H91)
108: Æbelø, havet syd for og Nærå (H92, F76, R16)
109: Havet mellem Romsø og Hindsholm samt Romsø (H93, F77)
110: Odense Fjord (H94, F75)
111: Røjle Klint og Kasmose Skov (H95)
112: Lillebælt (H96, F47, R15)
113: Urup Dam, Brabæk Mose, Birkende Mose og Illemose (H97)
114: Odense Å med Hågerup Å, Sallinge Å og Lindved Å (H98)
115: Østerø Sø (H99)
116: Centrale Storebælt og Vresen (H100, F73 F98)
117: Kajbjerg Skov (H101)
118: Søer ved Tårup og Klintholm (Nyborg Kommune) (H102)
119: Storelung (H103)
120: Skove og søer syd for Brahetrolleborg (H104, F74)
121: Arreskov Sø (H105, F78)
122: Store Øresø, Sortesø og Iglesø (H106)
123: Bøjden Nor (H107)
124: Maden på Helnæs og havet vest for (H108)
125: Vestlige del af Avernakø (H109)
126: Stenrev sydøst for Langeland (H110)
127: Sydfynske Øhav (H111, F71, F72, R17)
128 : Hesselø med omliggende stenrev (H112)
129: Gilbjerg Hoved (H113)
130 : Teglstrup Hegn og Hammermølle Skov (H114)
131: Gurre Sø (H115)
132: Rusland (H116)
133 : Gribskov, Esrum Sø, Esrum Å og Snævret Skov (H190, H117, F108)
134: Arresø, Ellemose og Lille Lyngby Mose (H118, F106)
135: Tisvilde Hegn og Melby Overdrev (H119)
136: Roskilde Fjord og Jægerspris Nordskov (H120, H199, F105, F107)
137: Kattehale Mose (H121)
138: Bøllemose (H122)
139: Øvre Mølleådal, Furesø og Frederiksdal Skov (H123, F109)
140 : Vasby Mose og Sengeløse Mose (H124)
141 : Brobæk Mose og Gentofte Sø (H125)
142 : Saltholm og omliggende hav (H126, F110)
143: Vestamager og havet syd for (H127, F111)
144: Nedre Mølleådal og Jægersborg Dyrehave (H191, H251)
145: Ejby Ådal og omliggende kystskrænter (H128)
146: Hejede Overdrev, Valborup Skov og Valsølille Sø (H129)
147: Ølsemagle Strand og Staunings Ø (H130)
148 : Køge Å (H131)
149: Tryggevælde Ådal (H132)
150: Gammel Havdrup Mose (F103)
151: Ramsø Mose (F104)
152: Vallø Dyrehave (H198)
153: Havet og kysten mellem Hundested og Rørvig (H134, F102)
154: Sejerø Bugt, Saltbæk Vig, Bjergene, Diesebjerg og Bollinge Bakke (H135, H244, F94, F99, R18)
155: Udby Vig (H136)
156: Store Åmose, Skarresø og Bregninge Å (H137)
157: Åmose, Tissø, Halleby Å og Flasken (H138, F100)
158: Allindelille Fredskov (H139)
159: Bagholt Mose (H140)
160: Nordlige del af Sorø Sønderskov (H141)
161: Søer ved Bregentved og Gisselfeld (H142, F101)
162: Skælskør Fjord og havet og kysten mellem Agersø og Glænø (H143, F95, F96, R19)
163: Suså, Tystrup-Bavelse Sø, Slagmosen, Holmegårds Mose og Porsmose (H145, H146, H194, F91, F93)
164: Hov Vig (F97)
Natura 2000-område nr. 165: Sprogø og Halskov Rev (F98) er udgået
166: Røsnæs, Røsnæs Rev og Kalundborg Fjord (H195)
167: Skove ved Vemmetofte (H144, F92)
168: Havet og kysten mellem Præstø Fjord og Grønsund (H147, F84, F89, R22)
169: Havet og kysten mellem Karrebæk Fjord og Knudshoved Odde (H148, F81, R20)
170: Kirkegrund (H149)
171: Klinteskoven og Klinteskov kalkgrund (H150, H207, F90)
172: Lekkende Dyrehave (H151)
173: Smålandsfarvandet nord for Lolland, Guldborg Sund, Bøtø Nor og Hyllekrog-Rødsand (H152, F82, F83, F85, F86, R21, R25)
174: Maltrup Skov (H153)
175: Horreby Lyng og Listrup Lyng (H154, H252)
176: Krenkerup Haveskov (H155)
177: Maribosøerne (H156, F87, R24)
178: Halsted Kloster Dyrehave (H157)
179: Nakskov Fjord og Inderfjord (H158, F88, R23)
180: Stege Nor (H179)
181: Oreby Skov (H180)
182: Holtug Kridtbrud (H183)
183: Busemarke Mose og Råby Sø (H192)
184: Hammeren og Slotslyngen (H160)
185: Gyldenså (H161)
186: Almindingen, Ølene og Paradisbakkerne (H162, F80)
187: Kystskrænter ved Arnager Bugt (H163)
188: Dueodde (H164)
189: Ertholmene (H210, F79, R26)
190: Kims Ryg (H165)
191: Herthas Flak (H166)
192: Læsø Trindel og Tønneberg Banke (H168)
193: Store Middelgrund (H169)
194: Briseis Flak (H170)
195: Schultz Grund (H171)
196: Ryggen (H172)
197: Bredgrund (H173)
198: Hatter Barn (H174)
199: Broen (H175)
200: Navnsø med hede (H17)
201: Øster Lovnkær (H19)
202: Lønstrup Rødgrund (H202)
203: Knudegrund (H203)
204: Hastens Grund (H204)
205: Munkegrunde (H205)
206: Stevns Rev (H206)
207: Lysegrund (H167)
208: Bøchers Grund (H208)
209: Davids Banke (H209)
210: Spællinge Ådal, Døndal og Helligdomsklipperne (H159)
211: Hvideodde Rev (H211)
212: Bakkebrædt og Bakkegrund (H212)
213: Randkløve Skår (H213)
214: Tolne Bakker (H214)
215: Tislum Møllebæk (H215)
216: Saltum Bjerge (H248)
217: Nymølle Bæk og Nejsum Hede (H217)
218: Hammer Bakker, østlig del (H218)
219: Sandbanker ud for Thyborøn (H253) 220: Sandbanker ud for Thorsminde (H254)
221: Risum Enge og Selde Vig (H221)
222: Villestrup Ådal (H222)
223: Kastbjerg Ådal (H223)
224: Flynder Å og heder i Klosterhede Plantage (H224)
225: Ovstrup Hede med Røjen Bæk (H249)
226: Svanemose (H250)
227: Mols Bjerge med kystvande (H186)
228: Stenholt Skov og Stenholt Mose (H228)
229: Bjerre Skov og Haslund Skov (H229)
230: Kaløskovene og Kaløvig (H230)
231: Kobberhage kystarealer (H231)
232: Lillering Skov, Stjær Skov, Tåstrup Sø og Tåstrup Mose (H232)
233: Brabrand Sø med omgivelser (H233)
234: Giber Å, Enemærket og Skåde Havbakker (H234)
235: Jægerspris Skydeterræn (H133)
236: Bygholm Ådal (H236)
237: Ringive Kommuneplantage (H237)
238: Egtved Ådal (H238)
239: Ryegård Dyrehave, Bramsnæs og Garveriskov og Egernæs med holme og Fuglsø (H246, H247)
240: Svanninge Bakker (H240)
241: Rødme Svinehaver (H241)
242: Thurø Rev (H242)
243: Ebbeløkke Rev (H243)
244: Kyndby Kyst (H245)
245: Ålborg Bugt, østlige del (F112)
246: Sydlige del af Nordsøen (F113) 247: Thyborøn Stenvolde (H256) 7.804 ha 248: Jyske Rev, Lillefiskerbanke (H257) 24.083 ha 249: Store Rev (H258) 2010 10.892 ha 250: Gule Rev (H259) 47.059 ha 251: Femern Bælt (H260) 11.456 ha 252: Adler Grund og Rønne Banke (H261) 31.910 ha 253: Stensbæk Plantage og Heder 767 ha 254: Sønderskoven og Lambjerg Indtægt 474 ha 255: Stigtehave, Bræmlevænge og Mørkholm Skov på Nordlangeland 391 ha 256: Bangsebro Skov og Sønder Kohave 153 ha 257: Halskov Vænge 42 ha 258: Rude Skov 579 ha 259: Folehave Skov 264 ha