thumb|Mapa de Europa Oriental, al final se puede ver la anexión de las repúblicas bálticas por la Unión Soviética. La ocupación de las repúblicas bálticas implicó la ocupación militar en junio de 1940 de las tres repúblicas bálticas (Estonia, Letonia y Lituania) por parte de la Unión Soviética, entre 1940 y 1941, así como por la Alemania nazi de 1941 a 1945 en el teatro de la operación Barbarroja. Luego, estos territorios volvieron a estar bajo el control de la Unión Soviética como repúblicas constituyentes en agosto de 1940 (RSSs de Estonia, Letonia y Lituania), aunque la mayoría de las potencias occidentales nunca reconocieron ni aceptaron esta incorporación forzada y en buena medida arbitraria.En junio de 1940, bajo los auspicios del Pacto Mólotov-Ribbentrop, la URSS ocupó las repúblicas. El 22 de junio de 1941, la Alemania nazi atacó la Unión Soviética y en pocas semanas ocupó los territorios bálticos. En julio de 1941, el Tercer Reich incorporó el territorio báltico en su Reichskommissariat Ostland. Como resultado de la ofensiva báltica del Ejército Rojo de 1944, la Unión Soviética recobró la mayoría de los Estados bálticos y atrapó a las fuerzas alemanas restantes en la bolsa de Curlandia hasta su rendición formal en mayo de 1945. Esta "ocupación o anexión" soviética () u ocupación sui generisMälksoo (2003), p. 193. de los Estados bálticos, duró hasta agosto de 1991, cuando los tres países recuperaron finalmente su independencia.

Los propios Estados bálticos, The Occupation of Latvia at Ministry of Foreign Affairs of the Republic of Latvia los Estados Unidos y sus tribunales de justicia, el Parlamento Europeo, Motion for a resolution on the Situation in Estonia by the European Parliament, B6-0215/2007, 21.5.2007; passed 24.5.2007. Retrieved 1 January 2010. el Tribunal Europeo de Derechos Humanos y el Consejo de Derechos Humanos de las Naciones Unidas han declarado que estos tres países fueron invadidos, ocupados e incorporados ilegalmente en la Unión Soviética en virtud de las disposiciones del Pacto Mólotov-Ribbentrop de 1939. Siguió la ocupación por la Alemania nazi de 1941 a 1944 y luego la ocupación por la Unión Soviética de 1944 a 1991."The Soviet Red Army retook Estonia in 1944, occupying the country for nearly another half century." Frucht, Richard, Eastern Europe: An Introduction to the People, Lands, and Culture, ABC-CLIO, 2005 , p. 132 Country Profiles: Estonia, Latvia, Lithuania at UK Foreign OfficeThe World Book Encyclopedia The History of the Baltic States by Kevin O'Connor See, for instance, position expressed by the European Parliament, which condemned "the fact that the occupation of these formerly independent and neutral States by the Soviet Union occurred in 1940 following the Molotov/Ribbentrop pact, and continues." "After the German occupation in 1941–44, Estonia remained occupied by the Soviet Union until the restoration of its independence in 1991." Esta política de no reconocimiento ha dado lugar al principio de continuidad legal de los Estados bálticos, que sostiene que de jure, o como cuestión de derecho, los Estados bálticos habían permanecido como Estados independientes bajo ocupación ilegal durante el período de 1940 a 1991.David James Smith, Estonia: independence and European integration, Routledge, 2001, , pXIX

En su revaluación de la historia soviética que comenzó durante la Perestroika en 1989, la Unión Soviética condenó el protocolo secreto de 1939 entre Alemania y ella misma.The Forty-Third Session of the UN Sub-Commission at Google Scholar Sin embargo, la Unión Soviética nunca reconoció formalmente su presencia en el Báltico como una ocupación o que anexó estos EstadosMarek (1968). p. 396. "Insofar as the Soviet Union claims that they are not directly annexed territories but autonomous bodies with a legal will of their own, they (The Baltic SSRs) must be considered puppet creations, exactly in the same way in which the Protectorate or Italian-dominated Albania have been classified as such. These puppet creations have been established on the territory of the independent Baltic states; they cover the same territory and include the same population." y consideró a las Repúblicas Socialistas Soviéticas de Estonia, Letonia y Lituania como tres de sus repúblicas constituyentes. Por otro lado, la República Socialista Federativa Soviética de Rusia reconoció en 1991 los sucesos de 1940 como "anexión".Zalimas, Dainius "Commentary to the Law of the Republic of Lithuania on Compensation of Damage Resulting from the Occupation of the USSR" - Baltic Yearbook of International Law. Martinus Nijhoff Publishers, La historiografía rusa nacionalista-patriótica y los libros de texto escolares continúan sosteniendo que los Estados bálticos se unieron voluntariamente a la Unión Soviética después de que todos sus pueblos llevaron a cabo revoluciones socialistas independientes de la influencia soviética. El gobierno postsoviético de la Federación Rusa y sus funcionarios estatales insisten en que la incorporación de los Estados bálticos se realizó de conformidad con el derecho internacional y se ganó el reconocimiento de jure por los acuerdos celebrados en las conferencias de Yalta de febrero de 1945 y Potsdam de julio y agosto de 1945 y por los Acuerdos de Helsinki de 1975,МИД РФ: Запад признавал Прибалтику частью СССР, grani.ru, May 2005Комментарий Департамента информации и печати МИД России в отношении "непризнания" вступления прибалтийских республик в состав СССР , Ministerio de Asuntos Exteriores (Rusia), 7 May 2005 que declararon la inviolabilidad de las fronteras existentes.Khudoley (2008), Soviet foreign policy during the Cold War, The Baltic factor, p. 90. Sin embargo, Rusia aceptó la demanda de Europa de "ayudar a las personas deportadas de los Estados bálticos ocupados" al unirse al Consejo de Europa en 1996. Además, cuando la República Socialista Federativa Soviética de Rusia firmó un tratado por separado con Lituania en 1991, reconoció que el 1940 la anexión como una violación de la soberanía lituana y reconoció la continuidad de jure del Estado lituano.

La mayoría de los gobiernos occidentales sostenían que la soberanía báltica no había sido legítimamente anulada y, por lo tanto, seguía reconociendo a los Estados bálticos como entidades políticas soberanas representadas por las legaciones, designadas por los Estados bálticos anteriores a 1940, que funcionaban en Washington y en otros lugares. Los Estados bálticos recuperaron la independencia de facto en 1991 durante la disolución de la Unión Soviética. Rusia comenzó a retirar sus tropas de los países bálticos (a partir de Lituania) en agosto de 1993. La retirada total de las tropas desplegadas por Moscú finalizó en agosto de 1994.Baltic Military District globalsecurity.org Rusia finalizó oficialmente su presencia militar en los países bálticos en agosto de 1998 al retirar la estación de radar Skrunda-1 en Letonia. Las instalaciones desmanteladas se repatriaron a Rusia y el sitio volvió a ser controlado por Letonia, y el último soldado ruso salió del suelo báltico en octubre de 1999.The Weekly Crier (1999/10) Baltics Worldwide. Accessed 11 June 2013.Russia Pulls Last Troops Out of Baltics The Moscow Times. 22 October 1999.

Contexto y antecedentes thumb|left|Mapa de las fronteras acordadas en el pacto Ribbentrop-Mólotov, y mapa de las fronteras a las que se llegó realmente en 1939. Temprano en la mañana del 24 de agosto de 1939, la Unión Soviética y la Alemania nazi firmaron un pacto de no agresión de diez años, el llamado Pacto Ribbentrop-Mólotov. El pacto contenía un protocolo adicional secreto por el cual los Estados del norte y el este de Europa se dividían en "esferas de influencia" alemanas y soviéticas.Text of the Nazi-Soviet Non-Aggression Pact , executed August 23, 1939 En el norte, Finlandia, Estonia y Letonia fueron asignados a la esfera soviética. Polonia se dividiría en el evento de su "reorganización política": las zonas al este de los ríos Narev, Vístula y San que iban a la Unión Soviética, mientras que Alemania ocuparía el oeste. Lituania, adyacente a Prusia Oriental, estaría en la esfera de influencia alemana, aunque un segundo protocolo secreto acordado en septiembre de 1939 asignó la mayor parte del territorio lituano a la Unión Soviética.Christie, Kenneth, Historical Injustice and Democratic Transition in Eastern Asia and Northern Europe: Ghosts at the Table of Democracy, RoutledgeCurzon, 2002, Según este protocolo secreto, Lituania recuperaría su capital histórica Vilna, anteriormente subyugada durante el período de entreguerras por Polonia.

Tras el fin de la invasión soviética de Polonia el 6 de octubre, los soviéticos presionaron a Finlandia y los repúblicas bálticas para que concluyan tratados de asistencia mutua. Los soviéticos cuestionaron la neutralidad de Estonia después de la huida de un submarino polaco internado el 18 de septiembre. Una semana después, el 24 de septiembre, el ministro de Asuntos Exteriores de Estonia recibió un ultimátum en Moscú. Los soviéticos exigieron la conclusión de un tratado de asistencia mutua para establecer bases militares en Estonia.Hiden & Salmon (1994). p. 110.The Baltic States: Estonia, Latvia and Lithuania by David J. Smith, Page 24, Los estonios no tuvieron más remedio que aceptar bases navales, aéreas y militares en dos islas estonias y en el puerto de Paldiski. El acuerdo correspondiente se firmó el 28 de septiembre de 1939. Letonia siguió el 5 de octubre de 1939 y Lituania poco después, el 10 de octubre de 1939. Los acuerdos permitieron a la Unión Soviética establecer bases militares en el territorio de los Estados bálticos durante la guerra europea y estacionar 25 000 soldados soviéticos en Estonia, 30 000 en Letonia y 20 000 en Lituania desde octubre de 1939.David J. Smith (2002). The Baltic States: Estonia, Latvia and Lithuania. Londres: Routledge, pp. 24. En inglés. ISBN 978-0-41528-580-3.

La ocupación soviética y anexión (1940–1941)

thumb|right|Esquemas del bloqueo militar soviético e invasión de Estonia en 1940. (Archivos Navales del Estado ruso). En septiembre y octubre de 1939, el gobierno soviético obligó a los Estados bálticos a concluir pactos de asistencia mutua que le dieron el derecho de establecer bases militares soviéticas. En mayo de 1940, los soviéticos recurrieron a la idea de una intervención militar directa, pero todavía tenían la intención de gobernar a través de regímenes títeres.Hiden & Salmon (1994). p. 113. Su modelo era la República Democrática Finlandesa, un régimen títere establecido por los soviéticos el primer día de la Guerra de Invierno.Hiden & Salmon (1994). p. 112. Los soviéticos organizaron una campaña de prensa contra las simpatías supuestamente pro aliadas de los gobiernos bálticos. En mayo de 1940, los alemanes invadieron Francia, que fue invadida y ocupada un mes más tarde. A finales de mayo y principios de junio de 1940, los Estados bálticos fueron acusados de colaboración militar contra la Unión Soviética al celebrar reuniones el invierno anterior. El 15 de junio de 1940, el gobierno lituano no tuvo más remedio que aceptar el ultimátum soviético y permitir la entrada de un número no especificado de tropas soviéticas. El presidente Antanas Smetona propuso resistencia armada a los soviéticos, pero el gobierno se negó, proponiendo a su propio candidato para dirigir el régimen. Sin embargo, los soviéticos rechazaron esta oferta y enviaron a Vladímir Dekanózov a hacerse cargo de los asuntos mientras el Ejército Rojo ocupaba el Estado.Hiden & Salmon (1994). p. 114.