La geografía de Puerto Rico abarca las características geográficas físicas y humanas de Puerto Rico, una nación insular caribeña centrada en una identidad colectiva basada en su territorio, historia, etnia, cultura e idioma. Organizado como un territorio autónomo no incorporado bajo la soberanía de los Estados Unidos, el archipiélago puertorriqueño consiste de la isla principal del mismo nombre de Puerto Rico y otras 142 islas, islotes y cayos, incluyendo las islas de Vieques, Culebra, Mona, Desecheo, Caja de Muertos, Palominos y Icacos. Este está localizado entre el océano Atlántico del Norte y el noreste mar Caribe, al este de La Española en las Antillas Mayores, oeste de la Islas Vírgenes en las Antillas Menores, norte de Venezuela en Sudamérica y sur de la fosa de Puerto Rico, el punto más profundo en todo el Atlántico.
Como la más pequeña y oriental de las Antillas Mayores, la isla principal de Puerto Rico mide de largo unos 178 kilómetros (110 millas terrestres; 96 millas náuticas) y de ancho unos 65 kilómetros (40 millas terrestres; 35 millas náuticas). Con una superficie de tierra y aguas costeras interiores de 9100 kilómetros cuadrados (3513 millas cuadradas), está es la 4.ª isla más grande del Caribe, la 81.ª isla más grande del mundo y el 175.° país o territorio más grande del mundo.
Separadas geológicamente de la Antilla Mayor de La Española por el canal de la Mona, y del arco insular de las Antillas Menores por el canal de la Anegada, la isla principal de Puerto Rico, las Islas Vírgenes Españolas de Vieques y Culebra, las Islas Vírgenes Británicas y las Islas Vírgenes de los Estados Unidos, excepto la isla más meridional de Saint Croix, se encuentran en la misma plataforma continental, el Banco de Puerto Rico, entre la fosa de Puerto Rico en el océano Atlántico Norte y el noreste mar Caribe.
Aproximadamente 60 % montañosa, la isla tiene tres cadenas montañosas: la Sierra de Cayey en el sureste, la Sierra de Luquillo en el noreste y la Cordillera Central en la región central y occidental. El punto de elevación más alta en Puerto Rico, Cerro de Punta, con 4389 pies (1338 m), se encuentra en la Cordillera Central mientras que Pico El Yunque, unos de los picos más populares en Puerto Rico, localizado en la Sierra de Luquillo en el Bosque nacional El Yunque, tiene una elevación máxima de 3540 pies (1080 m).
La isla tiene siete valles: Valle de Caguas, Valle de Yabucoa, Valle de Lajas, Valle de Añasco, Valle de Coloso y Culebrinas, Valle del Río Cibuco y Valle del Río Guanajibo, y dos llanuras costeras: una que se extiende a lo largo de la costa norte y la otra a lo largo de la costa sur. La capital San Juan y área metropolitana principal se encuentran en la llanura costera del norte en el noreste. También tiene una formación cárstica extensa en su región noroeste central llamada Cinturón del Carso Norteño y dos batolitos prominentes, uno al sureste en San Lorenzo y el otro al centro oeste en Utuado. La isla cuenta con 47 ríos principales y 26 embalses, lagunas o lagos, entre los que se encuentra Laguna Grande de Fajardo, una de tres bahías bioluminiscentes en el archipiélago de Puerto Rico localizada en el extremo noreste.
Relieve thumb|300px|Regiones geomórficas de Puerto Rico. El amarillo marca la región costera, el azul la región cárstica y el verde el interior montañoso; esta última es la región más grande de la isla. El 40 % de la isla está cubierta de montañas, siendo las principales la Cordillera Central (divide a la isla en dos partes), la Sierra de Luquillo y la Sierra de Cayey. Otro 34 % está cubierto por lomas y el 26 % restante lo ocupan llanuras, principalmente en la región costera del norte. La parte más elevada de la isla se halla en el Cerro Punta, en la Cordillera Central, con una altura de 1339 metros. A poca distancia de la costa norte, y paralela a ella, la fosa de Puerto Rico es la más profunda del océano Atlántico con 9129 metros bajo el nivel del mar. Puerto Rico es uno de los países más interesantes del mundo para el estudio de los suelos. Es así porque en una extensión de solo 9100 km² se encuentran casi todos los grandes grupos de suelos del planeta: 115 series y 352 tipos y fases.
La costa norte (Atlántico) es húmeda y verde. La costa sur (mar Caribe) es propicia para los cactus, yucas y el maguey, que crecen en un paisaje semidesértico. Hacia el noroeste el terreno se caracteriza por sus colinas verdes, grutas y barrancos. El sistema cárstico del Río Camuy es uno de los más extensos del hemisferio. En el suroeste los manglares han creado un singular sistema de canales.
Puerto Rico cuenta con parques nacionales los cuales muchos son forestales y otras seis a punto de ser declaradas. El más importante es el Bosque Nacional El Yunque. Antiguamente cubría un área más extensa que la actual, 113 km². Algo más de 180 pulgadas de agua de lluvia se registran en El Yunque cada año, creando una frondosa selva, hábitat de numerosas especies de plantas y árboles. El Bosque de Guajataca, con decenas de senderos, y el Bosque Nacional de Guánica, bosque seco con gran número de especies de aves, son otras reservas importantes. Los mayores atractivos solían ofrecen las dos bahías bioluminiscentes: en La Parguera y en la isla-municipio de Vieques. Hoy día la bahía bioluminiscente de La Parguera ha ido perdiendo su luminosidad debido a la contaminación producida por la gran cantidad de embarcaciones navegando en el área. Otra bahía luminiscente que se está volviendo popular es la del municipio de Fajardo, la cual, al navegarse de noche en kayak, ofrece una de las mejores experiencias luminiscentes en la isla. También al noreste de la isla se encuentra parte del llamado Triángulo de las Bermudas.
Hidrografía Los ríos de la vertiente norte son caudalosos; los de la vertiente sur cortos y con fuertes estiajes. La mayoría de los ríos de Puerto Rico desembocan en embalses rodeados de exuberante vegetación tropical. Entre los ríos más importantes están: Río La Plata - Es el más largo (97 kilómetros) pero no es el más caudaloso. Nace en el cerro La Santa (municipio de Cayey) y desemboca en el Atlántico, en la jurisdicción de Dorado. Cruza los municipios de Cayey, Guayama (donde queda represado y forma el lago Carite) Cidra, Aibonito, Barranquitas, Comerío (donde se ubican los embalses más antiguos de la Isla, Comerío1 y Comerío2), Naranjito, Bayamón, Toa Alta (donde se ubica la represa del Lago La Plata), Toa Baja y Dorado. Sus tributarios principales son los ríos: Guavate, Matón, Usabón, Hondo, Arroyata, Cuesta Arriba, Guadiana, Cañas, Mucarabones y Lajas. Río Guajataca - Nace en una región montañosa a pocos kilómetros al sur de Lares. Tras recorrer 41 km desemboca en el Atlántico, entre Isabela y Quebradillas. Forma el embalse de Guajataca. Río Camuy - 35 kilómetros de longitud; pertenece a la vertiente norte del Atlántico. Pasa por los municipios de Camuy, Hatillo, Lares y Utuado. Al este de Lares forma un cañón estrecho que finaliza en el sumidero Blue Hole, donde se hace subterráneo. Llega después al sumidero Espiral y a 200 metros al noroeste discurre otros 100 a través del sumidero Tres Pueblos para hacerse subterráneo de nuevo hasta el sumidero Empalme. Tras 800 metros de recorrido subterráneo su cauce reaparece al norte. Río Bayamón - Nace al sureste de Cidra en el barrio Beatriz y desemboca en la bahía de San Juan. Sus 41 kilómetros de longitud cruzan los municipios de Cidra, Aguas Buenas, Bayamón, Guaynabo, Toa Baja y Cataño. Forma el lago de Cidra y la represa de San Juan. Entre sus tributarios están los ríos: Sabana, Minillas, Guaynabo y Hondo. Este río en la actualidad no desemboca en la Bahía de San Juan como lo hacía originalmente, pues fue canalizado con el río Hondo formando cauces gemelos y desagua en la Ensenada de Boca Vieja al noreste de Toa Baja para disminuir el problema de inundaciones en Bayamón y Cataño. Río Grande de Arecibo - El Abacoa de los taínos se origina por la unión de los ríos Vacas y Cidra, a 2 kilómetros al noroeste de Adjuntas. Desemboca en la bahía de Arecibo tras recorrer 52.8 km. Pasa por los municipios de Adjuntas, Utuado y Arecibo; y forma los embalses de Adjuntas y Dos Bocas. Sus tributarios son los ríos: Vacas, Cidra, Saltillo, Pellejas, Roncador, Viví, Caguana, Caonillas, Jauca, Grande de Jayuya, Saliente, Caricaboa, Zamas, Limón, Yunes, y Tanama.
Otros ríos son: Río Grande de Manatí (40.2 km; pasa por Barranquitas (Puerto Rico), Naranjito, Corozal, Morovis, Orocovis, Ciales, Barceloneta y Manatí. Cibuco (35.1km; pasa por Corozal, Vega Alta y Vega Baja), Puerto Nuevo. Río Piedras (16 km; geografía de Río Piedras), también conocido como el río Puerto Nuevo, río Piedras es el nombre correcto según la Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos y por el Servicio de Conservación de Recursos Naturales del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos.U.S. Department of Agriculture The Río Piedras Watershed - Ariel E. Lugo, Olga M. Ramos, González Carlos Rodríguez Pedraza - (en inglés) Consultado el 26-10-2012 thumb|225px|Plano actual de las cuencas hidrográficas de la cuenca del río Piedras Río Puerto Nuevo (16 km; otro nombre para el río Piedras, cambio no oficial por el gobierno local con la anexión del municipio de Río Piedras al municipio de San Juan en 1951. En el sector de Puerto Nuevo (1 km) se lo conoce como Canal Puerto Nuevo.) Río Grande de Loíza (64 km; pasa por San Lorenzo, Caguas, Gurabo, Trujillo Alto, Carolina, Canóvanas y Loíza; forma el embalse de Loíza) Espíritu Santo (19.2 km; cruza por Río Grande y forma un área rica en vida marina de gran belleza natural por la exuberancia de sus manglares). Río Grande de Patillas (después del embalse de Patillas desemboca en el mar Caribe. En su curso queda el Charco Azul, charca natural de agua cristalina) Tiene su nacimiento al norte del Barrio Mulas en la sierra de Cayey del municipio de Patillas a una altitud de 690 metros (2263 pies) sobre el nivel del mar. Este río corre hacia el sur por 14.6 km hasta descargar en el lago Patillas y luego 8 km más hasta desembocar en el mar Caribe al sur de Puerto Rico. En el curso de este río está Charco Azul, piscina natural de montaña con agua cristalina, de un tamaño de metros aproximadamente. Forma el lago Patillas, el cual está localizado dentro de los límites de los Barrios Jagual, Marín y Cacao Alto del municipio de Patillas.www.linktopr.com
Río de Coamo (30.4km; pasa por Coamo (Puerto Rico) y Santa Isabel; forma el embalse de Coamo) Río Yagüez (20.8km; nace cerca de Maricao; desemboca en el canal de la Mona) Río Culebrinas (54 km; desemboca en la costa de Aguada; es célebre por haber fondeado, cerca de su delta, Cristóbal Colón en su segundo viaje) Río Grande de Añasco (64 km; desemboca en la costa oeste, en el Canal de la Mona; en este río murió ahogado por los indios Diego Salcedo).
Topografía thumb|right|500px|Mapa topográfico de Puerto Rico (1952)
Puerto Rico es en su mayoría montañoso, con grandes áreas costeras en el norte y el sur. La cordillera principal se llama Cordillera Central. La elevación más alta de Puerto Rico, Cerro de Punta ,CIA – The World Factbook – Puerto Rico#Geography.se encuentra en este rango. Otro pico importante es El Yunque, el segundo pico más alto de la Sierra de Luquillo en el Bosque nacional El Yunque, con una elevación de .
Geología
Puerto Rico está compuesto por rocas Cretáceas a Eoceno volcánicas y plutónicas, que están superpuestas por rocas del Oligoceno más jóvenes y rocas carbonatadas y sedimentarias más recientes. La mayoría de las cavernas y la topografía kárstica de la isla se producen en el Oligoceno del norte a carbonatos recientes. Las rocas más antiguas tienen aproximadamente 190 millones de años (Jurásico) y se encuentran en Sierra Bermeja en la parte suroeste de la isla. Estas rocas pueden representar parte de la corteza oceánica y se cree que provienen del Océano Pacífico.