El Partido Nacionalista Vasco se encuentra presente oficialmente en la Comunidad Foral de Navarra desde 1906, año en el que se inauguró su primera sede navarra. Entre 2004 y 2011, el PNV estuvo integrado en la coalición Nafarroa Bai (NaBai). Desde el año 2011 forma parte de Geroa Bai (GBai).
Sabino Arana y la Gamazada 150px|thumb|Monumento a los Fueros en Pamplona, realizado tras la Gamazada. El contexto histórico de Navarra, que se caracterizaba por ser una sociedad eminentemente agraria y rural, no se asemejaba al de la industrial Vizcaya en la que Sabino Arana pronunciaría en 1893 su Discurso de Larrazabal y su grupo fundaría en 1895 el Partido Nacionalista Vasco.
Los aranistas asistieron en febrero de 1894 a la manifestación convocada en Pamplona en protesta por el proyecto del ministro de Hacienda Germán Gamazo de subir las contribuciones de Navarra (la Gamazada). La delegación jeltzale, invitada por la Diputación Foral de Navarra, portaba un estandarte alusivo a su ideología (Luis Arana, hermano de Sabino Arana, en un artículo del semanario nacionalista Amayur explicó que ese estandarte, realizado en una mesa del histórico Café Iruña, sito en la plaza del Castillo de Pamplona por Juana de Irujo, no fue la actual ikurriña, aunque sí que constaba ya de una cruz de San Andrés roja sobre fondo blanco, con un lema bilingüe: "Jaun-Goikua eta Lagi-Zarra. Bizkaitarrak agur eiten deutse Naparrei" - "Dios y Ley Vieja. Bizkaya saluda a Navarra"; aunque la actual ikurriña tiene fondo rojo y la cruz de San Andrés es verde, se considera ese estandarte como un diseño primigenio de lo que sería la bandera nacionalista tricolor, que ondearía meses después por primera vez en la sede del partido). Los nacionalistas recibieron una cálida recepción, según describieron en los artículos publicados en su órgano de expresión Bizkaitarra, en los que se alababa la patriótica defensa que los navarros hacían de sus leyes. Arana intervino ante la Diputación con las siguientes palabras:
De vuelta en Bilbao, Arana redactó un mensaje de felicitación que finalizaba así "¡Viva Navarra! ¡Viva Euskeria unida!". Arana además repetidamente insistió en la idea de que la consecución del objetivo nacionalista no debía llevar los mismos tiempos y estrategias en todos los territorios y que, siendo él vizcaíno, no era quien para inmiscuirse en los asuntos de Navarra.
Arana estuvo acompañado en sus jornadas navarras por Daniel Irujo (Arana había coincidido en el colegio de los jesuitas de Orduña con Daniel Irujo, que posteriormente, tras estudiar en Deusto, se establecería profesionalmente en Bilbao, siendo el abogado personal de Arana en los procesos judiciales de 1895 y 1902). La importante familia navarra Irujo-Aranzadi, algunos de cuyos miembros habían participado en la formación de la Asociación Euskara de Navarra, una asociación foralista y vasquista, de carácter protonacionalista vasco, tendría un papel muy importante en el devenir del nacionalismo vasco en Navarra.
Origen y expansión del PNV en Navarra El Partido Nacionalista Vasco inició su actividad en Navarra a partir de 1903 coincidiendo con la primera expansión del partido, bajo la dirección de Luis Arana. La expansión del PNV en Álava y Navarra era débil, estando fundamentalmente circunscrita a sus capitales. En 1906 el PNV apoyó la creación de la escuela seráfica del dominico Evangelista de Ibero en Estella que comenzaría a impartir clases de euskera y en 1907, el delegado del PNV, Oyarzun, junto con Manuel Aznar, creó el primer batzoki del partido en Echalar. En 1910 se fundó el primer centro vasco en Pamplona y se comenzó a editar Napartarra (1911-1919). La creación del Napar Buru Batzar (NBB) en 1912 permitió completar la organización interna del PNV en las cuatro provincias (BBB, GBB, ABB y NBB) y la creación del Consejo Nacional (Euzkadi Buru Batzar, EBB). Aunque en 1911 se había creado Solidaridad de Obreros Vascos (SOV), el sindicato no tuvo implantación inicialmente en Navarra. Pamplona era el lugar de mayor implantación del partido. En 1917, el partido, que había cambiado el nombre a Comunión Nacionalista Vasca, poseía tres concejales en Pamplona y al año siguiente se llegó a los ocho ediles, obteniendo además su primer diputado, Manuel de Aranzadi, por el distrito de Pamplona. Aranzadi revalidaría su escaño en otras tres ocasiones, en 1919, 1920 y 1923. Entre 1920 y 1923, Aranzadi, que se declaraba contrario al independentismo, fue el único diputado nacionalista en las Cortes Españolas.
A principios de los años veinte, Comunión en Navarra inició un acercamiento hacia los "jaimistas" (una de las ramas carlistas, tradicionalista, corporativista, regionalista y con cierta preocupación social, siempre dentro del corporativismo) y ultimaron una alianza electoral con ellos, denominada Alianza Foral, que controló el ayuntamiento de Pamplona y la Diputación Foral entre 1921 y 1923, con un programa de defensa de la religión y reintegración foral plena. El periódico nacionalista La Voz de Navarra consigue ser, aunque a distancia del Diario de Navarra, el segundo periódico de Navarra, por delante del El Pensamiento Navarro.
La escisión de Aberri apenas contó con apoyo en Navarra, circunscribiéndose básicamente a Vizcaya.
La progresión de Comunión es cortada de raíz por la dictadura de Primo de Rivera del año 1923 al 1930, que eliminó los partidos políticos.
La Segunda República Hasta 1920 Comunión poseía diez organizaciones municipales en las principales localidades navarras de la zona media y norte (Pamplona, Estella, Tafalla, Cáseda, Urroz, Aoiz, ...). En 1931 el partido poseía 86 organizaciones, con implantación además en el sur de Navarra (Corella,Breve noticia del corellano Diego Pascual Eraso (1891-1974). Cascante, Tudela...) y 22 secciones femeninas.
En noviembre de 1930 se produjo la reunificación del nacionalismo vasco en la Asamblea de Vergara: Comunión y Aberri confluyeron en el de nuevo denominado Partido Nacionalista Vasco. Sin embargo, un pequeño grupo reformista no aceptó la unificación, propugnando una renovación ideológica de carácter laico y abierta a la alianza con las izquierdas no nacionalistas, y fundó Acción Nacionalista Vasca. Ninguno de estos acontecimientos tuvo repercusión en Navarra, al carecer prácticamente de apoyo Aberri en Navarra y no conseguirlo tampoco ANV, a pesar de que algunos dirigentes navarros procedentes de la Comunión influyeron en la creación de ANV. Sin embargo, ante la debilidad del nacionalismo en Navarra, la mayoría de dirigencia y militancia navarra optó por continuar en el PNV y no dar el salto a ANV.(La Granja 2002, 42)
Durante el periodo republicano, el nacionalismo vasco en Navarra iba a vivir una época convulsa, fruto de las malas relaciones del nacionalismo vasco y las derechas navarristas. Se dio la paradoja de que el nacionalismo en Navarra, uno de los más débiles de las provincias vasco-navarras, fue poco influyente en la vida del partido. No así uno de sus dirigentes, Manuel Irujo, perteneciente a la nueva generación de dirigentes que, junto a personalidades como Juan Ajuriaguerra o José Antonio Aguirre, tomaron el control del partido en la Asamblea de Tolosa de 1932, logrando una renovación organizativa, con la aprobación de un nuevo reglamento de organización, política, con la labor parlamentaria de los diputados del PNV en pro de un estatuto para el País Vasco, y, en menor medida, ideológica, del partido, desde su integrismo inicial a posiciones más cercanas a la democracia cristiana.(La Granja 2002, 41) Irujo fue también uno de los dirigentes peneuvistas que más destacaron durante el periodo republicano en la lucha política y parlamentaria por la consecución del Estatuto de autonomía. Durante todo el periodo republicano sobresale también la labor del secretario del NBB, Ramón de Goñi Nagore, quien además era el administrador de La Voz de Navarra.
De cara a las elecciones municipales de abril de 1931, los nacionalistas vascos, como en el resto del País Vasco-Navarro, se presentaron en solitario. En Pamplona, el bloque de derechas había sobrepasado a la Conjunción Republicano-Socialista (por 7.547 a 6.538, con 2.762 votos para el PNV, encabezado por Aranzadi), lo que se tradujo en 17 concejales para el bloque de derechas y 12 para los republicano-socialistas, sin representación nacionalista. Sin embargo, las elecciones fueron impugnadas y se repitieron el 31 de mayo del mismo año. Aranzadi, presidente del NBB, decidió no concurrir en las nuevas elecciones, sin dar su apoyo a ninguna candidatura. Los resultados dieron un resultado opuesto al de abril (6.997 votos del bloque de derechas frente a los 8.645 de la Conjunción), con 13 concejales de derechas y 15 republicano-socialistas. Este hecho causó un hondo malestar en el bloque de derechas. El influyente Diario de Navarra acusó a los nacionalistas de haber votado a la candidatura de izquierdas.
Las elecciones constituyentes de 1931 se afrontaron con una alianza entre el tradicionalismo y el nacionalismo vasco, con un programa autonomista y clerical, buscando la consecución de un estatuto de autonomía para el País Vasco-Navarro de carácter foralista, antirrepublicano y clerical, el "Estatuto de Estella", que le salvaguardase de "anticlericalismo republicano". El Estatuto de autonomía venía alentado por un movimiento municipalista liderado por el PNV. Sin embargo, la consecución de la alianza en Navarra fue extremadamente dificultosa. Los nacionalistas de Navarra se negaron a aliarse con la derecha como defendían los medios eclesiásticos y había pactado la dirección del PNV. De hecho, el NBB llegó a presentar una lista exclusivamente nacionalista, encabezada por Manuel Aranzadi, e incluyendo a otros dirigentes navarros como Santiago Cunchillos o Manuel Irujo. Sin embargo, la dirección del partido no aceptó las medidas de los navarros, y forzó a retirar la lista, eliminando de la candidatura a Aranzadi. Las negociaciones entre derecha navarrista, jaimistas y nacionalistas llegó a una fórmula de compromiso:
El pacto impuesto por el EBB consiguió incluir un único representante en la candidatura católico-fuerista (que no varió sobre la previa al pacto más que este único caso): el alcalde de Guecho José Antonio Aguirre, líder del movimiento municipalista por la autonomía, que sería posteriormente el primer lehendakari. Este compromiso causó gran malestar en la dirigencia navarra. Aranzadi dimitió de su puesto de presidente del NBB y miembro del EBB en septiembre, en tanto que Cunchillos se dio de baja del partido.(La Granja 2008, 201) Los resultados de las elecciones fueron inmejorables en las provincias vascas y Navarra. Las candidaturas católico-fueristas obtuvieron 15 de los 24 de los diputados en juego (cinco de los siete escaños navarros), resultando Aguirre elegido diputado por Navarra (también lo fue por Vizcaya-provincia, renunciando a este último escaño).
Con estas fuerzas mayoritarias se había acordado el "Estatuto de Estella", avalado por la presencia de 480 de los 528 ayuntamientos vasco-navarros. Las denominadas "enmiendas de Azpeitia", que introducían una serie de modificaciones que pretendían impedir la aplicación de la legislación laicista de la República, como el concordato con la Santa Sede del futuro Estado vasco (motivo por el que fue visto por las fuerzas republicanas y de izquierdas como un intento de instaurar "una Gibraltar Vaticanista", en palabras de Indalecio Prieto), y el hecho de que el Estatuto fuese inconstitucional, de acuerdo con la Constitución aprobada en diciembre de 1931, hicieron naufragar el Estatuto en las Cortes españolas. Un día antes de la aprobación de la Constitución, el gobierno de la República emitía un decreto abriendo el nuevo proceso estatutario, encomendando la dirección del proceso a las Comisiones Gestoras de las diputaciones provinciales. Socialistas y republicanos se mostraban ahora partidarios de la autonomía.