thumb|370px|Los reptiles (en sentido amplio) son un grupo parafilético. El grupo puede hacerse monofilético si nos referimos a Amniota, porque incluye a mamíferos y aves o si nos referimos a Diápsida, porque incluiría a las aves. En filogenia, un grupo es parafilético cuando incluye al ancestro común de sus miembros, pero no a todos los descendientes de este. Un grupo se constituye como parafilético cuando a un clado (rama evolutiva) se le sustraen uno o más grupos holofiléticos.
Las clasificaciones tradicionales están cargadas de grupos parafiléticos, como invertebrados, pteridofitas, reptiles o póngidos. En cada uno de estos casos, el grupo se define por la exclusión de un grupo menor dentro de otro mayor; los invertebrados son los animales que no son vertebrados; las pteridofitas son las plantas vasculares que no son fanerógamas; los reptiles son tetrápodos de piel escamosa que no son aves o mamíferos; los póngidos son los antropoides que no son homínidos. Así, cada grupo aparece definido negativamente, por rasgos que le faltan, en vez de manera positiva, por los rasgos que comparten sus miembros.
La legitimidad del uso de grupos parafiléticos en la clasificación es muy discutida. Quienes lo defienden lo hacen solo para aquellos casos en que resulta un grupo de características primitivas o ancestrales bien definidas, las cuales conforman un grado evolutivo. Los que se oponen alegan que solo los grupos holofiléticos son legítimos en una clasificación evolutiva. Bajo un cierto concepto los grupos parafiléticos son llamados monofiléticos (grupos convexos), al igual que los holofiléticos.
En las clasificaciones, los grupos parafiléticos se suelen indicar escribiendo el nombre del taxón entre comillas o añadiendo (P) a continuación del nombre del taxón, por ejemplo, "Radiolaria" o Protalveolata (P).Adl, S.M. et al. (2012). The revised classification of eukaryotes. Journal of Eukaryotic Microbiology, 59(5), 429-514 En algunas publicaciones se escribe un asterisco a continuación del nombre del taxón, por ejemplo, Reptilia*.Tudge, C. (2001). La variedad de la vida: historia de todas las criaturas de la Tierra. Oxford University Press. ISBN 0-19-860426-2
Lista de taxones parafiléticos Los acelulares se clasifican en el superdominio Acytota, que fue llamado primeramente AphanobiontaNovak, F.A. (1930). Systematika Botanika. J.R. Vilimek, Praha., para luego en 1970 ser denominado con el nombre actual,Jeffrey, C. (1971). Thallophytes and kingdoms: a critique. Kew Bull. 25: 291-299. esta agrupación incluye virus, viroides, virus satélite, virusoides, plásmidos y protobiontes; estos no forman un grupo monofilético, pues los organismos celulares (Cytota) surgieron de un grupo de acelulares primitivos.Edward N Trifonov & Eduard Kejnovsky 2015, Acytota – associated kingdom of neglected life Journal of biomolecular Structure & Dynamics 34(8):1-13 DOI: 10.1080/07391102.2015.1086959 Eduard Kejnovsky, Zdenek Kubat & Judit E. Sponer (2025). Acytota and evolution of complexity. Springer link. Los bacteriófagos de cola o caudovirus son virus que infectan procariotas, ancestros de los herpesvirus y sus parientes. Los procariotas son una agrupación parafilética de organismos celulares que tradicionalmente se clasificaban en el reino Monera,Margulis, Lynn & Michael J. Chapman, 1908-1910-2022, Kingdoms and Domains: An Illustrated Guide to the Phyla of Life on Earth. pero estudios posteriores revelan una gran diferencia entre las arqueas y las bacterias,Simonson AB et al 2005. Decoding the genomic tree of life. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 May 3;102 Suppl 1:6608-13. Epub 2005 Apr 25. lo cual dividió al reino monera en Eubacteria y Archaebacteria, pues aún se consideraban bacterias a las arqueas, luego de la propuesta de los tres dominios que introdujo un nivel de clasificación por encima del reino, el término bacteria se restringió a solamente las que pertenecían al aquel entonces Eubacteria, mientras que las arqueas fueron consideradas sustancialmente diferentes de las bacterias,Whittaker, R.H. (1969). «New concepts of kingdoms of organisms». Science 163: pp. 150–160.Archaea Taxonomy Browser NCBI, rev. en diciembre de 2019 por análisis moleculares se notó que las arqueas estaban más emparentadas a los organismos eucariotas que a las bacterias,Tom A. Williams et al 2013. An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life. Nature 504, 231–236 doi:10.1038/nature12779 lo cual los colocó como el grupo hermano de Eukarya,Woese, Carl R.; O Kandler, M L Wheelis (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 87 (12): 4576–4579. formando Neomura, hasta que los hallazgos de arqueas Asgard (Promethearchaeota) sugirieron que las arqueas también son parafiléticas, habiendo surgido los eucariotas dentro de ellos,Tom A. Williams et al 2013. An archaeal origin of eukaryotes supports only two primary domains of life. Nature 504, 231–236 doi:10.1038/nature12779 estas arqueas pertenecían a un clado denominado Eukaryomorpha.Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka et al. 2016-2017, Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. Nature 541, 353–358 (19 January 2017) doi:10.1038/nature21031Fournier GP & Poole AM 2018, A Briefly Argued Case That Asgard Archaea Are Part of the Eukaryote Tree. Front Microbiol. 2018 Aug 15;9:1896. doi: 10.3389/fmicb.2018.01896. eCollection 2018. Con ello, Prokaryota, Archaea, y Promethearchaeota son parafiléticos al dominio Eukaryota. Los himenocárinos según estudios de 2022, forman un grupo parafilético hacia los euticarcinoideos y Fuxianhuiida, como un grupo hermano de los miriápodos. Los peces sin mandíbula son una agrupación parafilética hacia los peces con mandíbula, pero los agnatos vivos (Cyclostomi) forman un grupo monofilético gracias a análisis moleculares. Los ostracodermos tradicionalmente se consideraron un grupo que conducía a Gnathostomata, pero nuevos análisis colocan a los Anaspidomorphi más cercano a los ciclóstomos que a otros ostracodermos, haciendo a Ostracodermi doblemente parafilético. Los peces, una agrupación tradicional son un grupo parafilético que o incluye a los tetrápodos, específicamente estos últimos son parte de Sarcopterygii, Euteleostomi como Osteichthyes monofilético, y peces con mandíbula que al tener que incluir a los tetrápodos se convierte en vertebrados con mandíbula. En 1974 Alan Jack Charig y José Fernando Bonaparte, propusieron que Saurischia no era un grupo monofilético tomando en cuenta que la pelvis reptiliana eran en realidad una sinapomorfía de todos los dinosaurios y propusieron el grupo Phytodinosauria, no obstante hay muy poco apoyo para la agrupación y en su lugar favorecen a Saurischia o al controvertido Ornithoscelida, y en ambas los terópodos están más relacionados con un tipo de "fitodinosaurios" que a otros, así mismo los herrerasaurios están relacionados con los sauropodomorfos en el caso de que Ornithoscelida sea válido, formando Pachypodosauria, por lo que Phytodinosauria es poliparafilético en varios análisis. Los miácidos son una familia tradicional que resultó ser un taxón cajón de sastre, debido a que varios grupos de carnívoros surgieron de ellos de forma independiente, formando Carnivoraformes como la forma monofilética de Miacidae, así mismo Miacoidea cladísticamente se convierte en Carnivoramorpha. Además de los zorros verdaderos de la tribu Vulpini, otros grupos de caninos se pueden denominar comúnmente "zorros", formando un grupo parafilético hacia otros géneros de Caninae como hacia Canina. Pseudaelurus más que un género de félidos extintos, es un grado evolutivo que conduce hacia los panterinos, felinos de la subfamilia felinae, y a los extintos macairodontinos, con Miopanthera como pariente de los panterinos dentro del grupo corona de félidos (Felinae s. l.)Tedford et al. 1987Rothwell 2003 Los plesiadaspiformes son un orden de euarcontos extintos, aunque parecen ser los ancestros directos de los primates, con Purgatorius como el más basal, también se propuso que los dermópteros también surgieron de plesiadaspiformes. En 2021 se descubrió que los Purgatoridos eran hermanos de Dermoptera, mientras que el resto de los Plesiadapiformes parecen ser hermanos de los primates restantes. Prosimii fue un suborden tradicional que abarcaba cualquier primate que no sea parte de Simiiformes, no obstante los tarseros se agrupa como un grupo hermano de los monos, formando Haplorrhini en su lugar. Los omomyidos muy probablemente sean tarsiformes del tallo, aunque un estudio reciente los agrupa como un grado haplorino que conduce a los tarseros y simiiformes. Los monos son un término informal para varios primates Simiiformes cuyo rasgo más distintivo es la presencia de cola en la gran mayoría, esto excluye a los hominoideos acaudos, por lo que es un grupo parafilético. En la taxonomía tradicional, los grandes simios se agrupaba en la familia Pongidae, mientras que los seres humanos y sus parientes extintos se agrupaban en Hominidae, no obstante esa familia es obsoleta, por lo que todos los grandes simios fueron agrupados junto a los humanos en la familia Hominidae. Los primates del género Australopithecus no se extinguieron del todo, debido a que los del género Homo que siguen existiendo en la actualidad surgieron de entre los australopitecos, junto a otros géneros ya extintos como Kenyanthropus y Paranthropus
Cuadro comparativo de grupos parafiléticos +Grupo ParafiléticoGrupos clásicamente excluidos pero cladísticamente incluidoGrupo monofilético correspondienteAcytotaCytotaRijja Hussain Bokhari, Nooreen Amirjan, Hyeonsoo Jeong, Kyung Mo Kim, Gustavo Caetano-Anollés, Arshan Nasir (2020). Bacterial Origin and Reductive Evolution of the CPR Group. Oxford Academic. https://doi.org/10.1093/gbe/evaa024BiotaOrthornavirae (Virus ARN)Pararnavirae, Virus ADNAhmed A. Zayed, James M. Wainana, Guillermo Dominguez Huerta, Eric Pelletier, Matthew Sullivan (2022). Cryptic and abundant marine viruses at the evolutionary origins of Earth’s RNA virome. Science org.BiotaCaudoviricetes |Herpesvirales, MirusviricotaMorgan Gaïa, Lingjie Meng, Eric Pelletier, Patrick Forterre, Chiara Vanni, Antonio Fernandez-Guerra, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Hiroyuki Ogata, Tom O. Delmont. (2021). Plankton-infecting relatives of herpesviruses clarify the evolutionary trajectory of giant viruses. Biorxiv.|DuplodnaviriaDuplornaviricota |Ghabrivirales, Cystoviridae, ReoviralesRiboviria |- |PreplasmiviricotaNucleocytoviricota,Arshan Nasir, Kyung Mo Kim, Gustavo Caetano-Anolles (2012). Giant viruses coexisted with the cellular ancestors and represent a distinct supergroup along with superkingdoms Archaea, Bacteria and Eukarya. BMC Evolutionary Biology. ¿Cytota?Rijja Hussain Bokhari, Nooreen Amirjan, Hyeonsoo Jeong, Kyung Mo Kim, Gustavo Caetano-Anollés, Arshan Nasir (2020). Bacterial Origin and Reductive Evolution of the CPR Group. Oxford Academic. https://doi.org/10.1093/gbe/evaa024Bamfordvirae |- |TectiliviricetesEupolintoviridae, Virophaviricetes, Nucleocytoviricota y posiblemente CytotaBamfordvirae |- |ProkaryotaOrigin of Life: Hypothesis Traces First Protocells Back to Emergence of Cell Membrane Bioenergetics Science Daily 2012.Campbell, N. (2003). Biology: Concepts & Connections. San Francisco: Pearson Education. |EukaryotaKatarzyna Zaremba-Niedzwiedzka et al. 2016-2017, Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity. Nature 541, 353–358 (19 January 2017) doi:10.1038/nature21031 |Cytota |- |Negibacteria |Posibacteria |Bacteria |- |Archaea |Eukaryota |Neomura/Arkaryota |- |Promethearchaeota |Eukaryota |Eukaryomorpha |- |Protista |Animalia, Plantae, Fungi |Eukaryota |- |Excavata |Diaphoretickes, Podiata |Eukaryota |- |Hacrobia |Haptista, Cryptista, Provora, Telonemia |Diaphoretickes |- |Biliphyta |Viridiplantae, Rhodelphis