La Villa Coyoacán es una población fundada alrededor del por indígenas nahuas colhuas. Actualmente es la sede del gobierno de la alcaldía Coyoacán y uno de los centros turísticos más importantes de la Ciudad de México.https://web.archive.org/web/20140514025014/http://www.e-local.gob.mx/work/templates/enciclo/EMM09DF/delegaciones/09003a.html
http://eloficiodehistoriar.com.mx/2008/11/16/historia-y-cronica-de-coyoacan/ http://www.estudioshistoricos.inah.gob.mx/revistaHistorias/wp-content/uploads/historias_17_113-140.pdf https://web.archive.org/web/20140621045838/http://haciendadecortes.com.mx/historia.htm http://www.viveroscoyoacan.gob.mx/index.php?option=com_content&view=article&id=121&Itemid=123
http://catarina.udlap.mx/u_dl_a/tales/documentos/lar/soto_a_cv/capitulo3.pdf
Charles Gibson, Los Aztecas bajo el dominio español. 1519-1810 SIGLO XXI (MEXICO)ISBN 9789682301445
Historia
Época Prehispánica miniaturadeimagen|200px|Extensión del territorio que controlaba Coyoacán como parte de lo que se llama comúnmente Imperio Azteca antes de la Conquista en 1519.
La Villa de Coyoacán, Villa Coyoacán o Parque nacional Villa Coyoacánhttp://www.pgjdf.gob.mx/fedapur/DOCUMENTOS_IMPORTANTES/Decreto%20Historico%20Coyoacan.pdf Declaratoria como Parque Nacional de Coyoacán hoy conocida popularmente como Centro Histórico de Coyoacán, es una de las poblaciones más antiguas del valle de México, incluso muy anterior a la Ciudad de México, fundada alrededor del por indígenas nahuas Colhuas que crearon un Altépetl (Ciudad Estado Indígena) que controlaba la zona sur poniente del lago de Texcoco y la zona poniente del lago de Xochimilco, hacia el año 1332 pasó a formar parte de las ciudades sometidas por los nahuas tepanecas de Azcapótzalco, debido al siguiente periodo de paz bajo los tepanecas se fundan en sus alrededores otros pueblos o barrios entre los cuales se cuentan Copilco, Los Reyes Quiahuac Xotepingo, Tepetlapan y Coapan.
Es en 1410 que el tlatoani de Azcapotzalco Tezozómoc eleva el rango de la ciudad a señorío y le da como gobernante a su hijo Maxtla. Coyoacán fue una de las primeras ciudades tepanecas que cayeron en manos de los mexicas, las crónicas cuentan que Maxtla inició la guerra luego de que a los enviados mexicas a la fiesta en el templo de Coyoacán los humillara vistiéndolos y tratandolos como mujeres, tras lo cual se cerró el comercio entre las ciudades de México-Tenochtitlan y Coyoacán, luego de ser derrotados e incendiado su templo la ciudad de Coyoacán debió pagar tributo y entregar el producto de ciertas extensiones de tierras a los jefes guerreros y políticos mexicas que tomaron esas tierras como botín de guerra, para 1430 la Triple Alianza que derrota a Azcapotzalco deja en manos de los mexicas el destino de Coyoacán.
Fue bajo ese sometimiento que incluía esclavos y víctimas para los sacrificios humanos en el Templo Mayor de México-Tenochtitlan que en 1490 el Huey Tlatoani mexica Ahuizotl manda hacer un acueducto a los habitantes de Coyoacán desde sus tierras hasta la ciudad de México-Tenochtitlan, acueducto cuyas fuentes eran particularmente prósperas por lo que el Tlatoani de Coyoacán hace la advertencia de que por el volumen de agua que de vez en cuando baja podría provocar una inundación, Ahuitzotl molesto al sentirlo como una velada negativa le ordena construir el acueducto de todos modos, de esta manera al poco de terminarse ocurre la inundación predicha y ante un posible castigo a toda la ciudad su tlatoani XXXXX decide ponerse en manos de los mexicas quienes lo sacrifican como castigo.
De esta manera los españoles liderados por Hernán Cortés encuentran a los coyoacanenses receptivos a la idea de unirse a los españoles para liberarse del yugo mexica, lo cual ocurre en 1521 cuando Hernán Cortés logra hacerse no solo con su alianza, si no que estos le juran vasallaje eterno al rey español y a él como su enviado. Los coyoacanenses de inicio destruyen sus templos y edifican una de las primeras capillas católicas del valle de México y pintan de blanco con cal todas las paredes de las construcciones de la ciudad por orden de Cortés que de ese modo acaba con las pinturas religiosas indígenas que existían en Coyoacán, incluso Cortés toma a la ciudad de Coyoacán como su principal puesto de mando desde el cual puede controlar la calzada de Tlalpan, tras la derrota mexica algunos de sus principales dirigentes se instalarán en la renombrada San Juan Tenochtitlán desde la cual gobernarán sus tierras.
Como a la caída de México – Tlatelolco el 13 de agosto de 1521 tanto esta ciudad como México-Tenochtitlan se hallaban llenas de cadáveres que producían un gran hedor, Hernán Cortés ordenó a los indígenas mexicas restantes en la ciudad limpiar las ciudades para luego ser concentrados en Santiago Tlatelolco donde los gobernaría Cuauhtémoc con el título de Gobernador Indígena de la República de Indios de Santiago Tlatelolco, similar a como era antes de ser elegido Huey tlatoani de México-Tenochtitlan. Para ese momento Cortés ya había decidido dejar el gobierno de Coyoacán en manos de Hernando Cetochtzin hijo de Cuauhpopoca quien había sido muerto por hoguera en lo que hoy es la Plaza de la Constitución en la Ciudad de México, durante su gobierno entre 1521 a 1525, Coyoacán fue sede del gobierno de la Nueva España y en ella se formó el segundo ayuntamiento al estilo español en México en 1521, para lo cual se construyó el Antiguo Palacio del Ayuntamiento de Coyoacán (hoy sede delegacional), también por 1523 o 1524 se formó en ese mismo lugar el Ayuntamiento de México que fue trasladado hasta 1529 a su sede en la Ciudad de México. Se cuenta que al regresar Cortés de la Ciudad de México tras la conquista encontró en la blanca pared de una casa de Coyoacán un grafiti en la que se recriminaba no repartir equitativamente el botín de la conquista, en especial el oro perdido durante la llamada Noche Triste, por eso permitió que los demás españoles torturan a Cuauhtémoc junto a otros nobles y gobernadores indígenas, la tradición dice que esa tortura se dio en el Antiguo Palacio del Ayuntamiento de Coyoacán, aunque otras fuentes dicen que fue en el tepan de Santiago Tlatelolco. miniaturadeimagen|200px|Extensión del territorio que controlaba Coyoacán como parte del naciente Reino de la Nueva España en 1530.
Es en Coyoacán donde recibe el mismo año de 1521 al tlatoani purépecha Tangáxoan Tzíntzicha quien al ver la destrucción de México – Tlatelolco y México-Tenochtitlan decidió rendir su gobierno y jurar vasallaje a la Corona española con el fin de evitar una destrucción similar, luego de esto Hernando Cetochtzin acompaña a Cortés en su expedición a las Higueras donde es muerto junto a Cuauhtémoc y otros gobernadores indígenas del valle de México, por eso es nombrado Juan de Guzmán Ixtolinque como Gobernador Indígena, cargo que ejerció de 1525 a 1569 cuando muere y que le fuera confirmada por cédula real el 18 de julio de 1551 en la ciudad de Valladolid. http://www.colmich.edu.mx/files/relaciones/109/pdf/PatriciaCruzPazos.pdf pag. 54
thumb|150px|Escudo otorgado a la villa de Coyoacán el 24 de julio de 1561 por Felipe II y que les sirviera como escudo municipal hasta 1928, cuando fuera convertido en delegación.
Durante su gobierno Juan de Guzmán Ixtolinque funda junto a Cortés el templo de La Conchita junto al cual edifica su casa principal, casa donde reside habitualmente Hernán Cortés durante sus muchas estancias en Coyoacán. Este gobernador indígena es el primer dirigente de la República de Indios de Coyoacán lo que incluye una concesión real de las tierras y su nombramiento como noble con derecho a usar un escudo de armas propio, por eso Ixtolinque se hace del control al menos de todo el sureste y parte del poniente del actual Distrito Federal quedando bajo su gobierno más o menos lo que hoy constituyen los territorios de las delegaciones de Coyoacán, Tlalpan, Magdalena Contreras, Álvaro Obregón y Cuajimalpa de Morelos, de todos esos territorios es sobre todo al poniente donde Ixtolinque tiene problemas de jurisdicción ya que al otorgarse a Hernán Cortés el Marquesado del Valle de Oaxaca sus territorios se sobreponen, por eso se llevan varios juicios entre ambos para definir los límites de su jurisdicción, como derivado de ello es que por 1600 a 1700 se crean varios códices que en conjunto reciben el nombre de Códices Techialoyan los cuales en general marcan los límites de las muchas Repúblicas de Indios que crearon los españoles para mantener separados a indígenas y españoles, así como mantener cierta estructura de control heredada de tiempos prehispánicos, la particularidad de estos documentos, en especial los que pertenecen a poblaciones del poniente del Distrito Federal es que mencionan a Hernán Cortés como quien fundó los pueblos y que estos quedaban bajo el dominio del cacique y de otros señores de Coyoacán, casi siempre se menciona a Juan de Guzmán Ixtolinque, por ejemplo el Códice Techialoyan de Cuajimalpa.
Además de eso Juan de Guzmán Ixtolinque manda por derecho propio o en acuerdo con Hernán Cortés y otros fundar diferentes obras públicas entre las que destacan templos y conventos, como son los templos abiertos para indígenas de San Juan Bautista, el templo de San Jacinto Tenanitla, y el pueblo hospital de Santa Fe que dirigiera durante la mayor parte de su vida fray Vasco de Quiroga y cuyos terrenos nunca fueron disputados a la orden Franciscana hasta la implantación de las Leyes de Reforma en 1867; en cuanto a conventos funda los conventos de San Juan Bautista anexo al templo ya construido, el Convento del Carmen en San Jacinto Tenanitla, el primero para la orden Dominica y el segundo para los Carmelitas, de estos últimos destaca que existió una agria disputa entre las órdenes por el control de las diferentes zonas para evangelizar lo que llevó a Juan de Guzmán Ixtolinque a otorgarles tierras, entre ellas el Olivar del Conde y luego a sus descendientes lo que fuera el Santo Desierto de los Leones. Entre las otras obras que realizó a nombre de Coyoacán fue el prestar mano de obra y materiales para la construcción de la Catedral Metropolitana de la Ciudad de México a la que por ejemplo llevó piedra desde el Pedregal de San Jerónimo o madera desde San Pedro Cuajimalpa. Otras de las varias cosas que realizó a favor de Coyoacán fue el lograr que la Corona Española reconociera los méritos de la ciudad en la conquista y le otorgara título de Villa y un escudo propio por lo cual reconocía su soberanía sobre cierto territorio, eso ocurrió el 24 de julio de 1561 por Felipe II y que sirvió como escudo municipal hasta 1928.