Se celebraron elecciones generales para elegir al Presidente y a la Asamblea Nacional de Guinea Ecuatorial el 22 de septiembre de 1968, con una segunda ronda para las elecciones presidenciales celebrada el 29 de septiembre del mismo año.

Francisco Macías Nguema, líder de Idea Popular de Guinea Ecuatorial (IPGE) ganó las elecciones presidenciales, derrotando al hasta entonces primer ministro Bonifacio Ondó Edu. En la segunda ronda los candidatos eliminados Atanasio Ndongo y Edmundo Bossio pidieron el voto a favor de Macías; Ndongo se convirtió en el primer ministro de Relaciones Exteriores de Guinea Ecuatorial y Bossio se convirtió en su primer Vicepresidente.

Los candidatos Ondó y Ndongo recibieron apoyo del gobierno español, el primero en particular de la Presidencia del Gobierno y el segundo en particular del Ministerio de Asuntos Exteriores.

El Movimiento de Unión Nacional de Guinea Ecuatorial (Munge) y el Movimiento Nacional de Liberación de Guinea Ecuatorial (Monalige), cuyos candidatos quedaron en segundo y tercer lugar en las elecciones presidenciales, consiguieron diez escaños cada uno en la Asamblea Nacional.Elections in Equatorial Guinea African Elections Database

Contexto histórico Las elecciones fueron convocadas por el Ministerio de la Gobernación el 14 de agosto tras la aprobación del proyecto de Constitución de 1968 en el referéndum de independencia del 11 de agosto. El Gobierno de Franco nombró, a los solos y exclusivos efectos de supervisar la limpieza democrática de las elecciones, a la Junta Electoral de Guinea Ecuatorial. La Junta Electoral de Guinea Ecuatorial estaba presidida por el magistrado del Tribunal Supremo, Angel Escudero del Corral, y tenía su sede en Madrid. También estuvieron presentes unas misiones observadoras de las Naciones Unidas y la Organización de la Unidad Africana. El 16 de agosto, el Gobierno promulgó un decreto sobre la presentación de candidatos, el cual establecía que podrían presentar candidatos tanto a la Asamblea como a presidente los partidos políticos (legales solo en Guinea Ecuatorial desde un año antes) que hubiesen participado en la Conferencia Constitucional de 1967 o contaran con el apoyo del 2% del censo electoral (en el caso de los candidatos a la Asamblea, en sus respectivas circunscripciones).

Se instalaron un total de 223 mesas a lo largo de toda la región autónoma, y los 35 nuevos diputados de la Asamblea Nacional fueron elegidos mediante representación proporcional.

Podían votar, de conformidad con la legislación vigente en la época, todos los españoles mayores de 21 años cuya última residencia conocida se encontrase en la región autónoma de Guinea Ecuatorial.

Los candidatos presidenciales se identificaban con un símbolo electoral para facilitar el sufragio de los analfabetos.

Candidatos y campaña

A los solos efectos de emitir propaganda electoral, RTVE reservó espacios electorales en sus emisiones. Así, tanto Radio 1 de RNE como La 1 de TVE emitieron propaganda electoral en exclusiva desconexión territorial para la región autónoma. La legislación vigente en la época prohibía tajantemente la existencia de partidos políticos en España, por lo que se tuvo que aprobar una excepción expresa para estas elecciones, limitada al territorio autonómico ecuatoguineano.

Al final de la campaña electoral, los candidatos presidenciales dispusieron de cinco minutos de emisión en La 1 de Televisión Española para dar a conocer su programa y pedir directamente el voto. Además, durante la campaña se emitió por La 1 Guinea Ecuatorial un programa titulado "Campaña Electoral", donde se daban a conocer los programas políticos con más detalle. Los candidatos fueron:

Edmundo Bossio Candidato de la Unión Bubi, procurador en Cortes y presidente de la Cámara Agraria de Fernando Poo. Partidario de la autodeterminación de la isla de Bioko o, en su defecto, de la integración de la misma como Estado en una forma de República Federal. Su partido era muy cercano al Gobierno español. Recibió el apoyo del dictador Franco y del vicepresidente Luis Carrero Blanco, y su principal objetivo era representar a la etnia bubi. Su candidatura estaba únicamente enfocada a este grupo étnico, por lo que no recibió el apoyo de partidos como la Unión Democrática Fernandina (UNDEMO), de ideología similar pero a quienes les molestó la actitud de Bossio y terminaron apoyando a otros candidatos.

Tenía el apoyo de los cultivadores de cacao y su símbolo de campaña era la campana bubi. Realizó campaña únicamente en la isla, ya que sabía que en la zona continental no conseguiría apoyo. En general, su campaña fue muy reducida. Prácticamente no realizó propaganda y tampoco apeló a los medios de comunicación.

Atanasio Ndongo Candidato oficial del Monalige (Movimiento Nacional de Liberación de Guinea Ecuatorial), partido de tendencia centroizquierdistaParece que han muerto en Guinea Ecuatorial Bonifacio Ondó y Atanasio Ndongo, diario ABC, 01/04/1969. (Continuación) y fuertemente nacionalista, aunque sin caer en lo exacerbado. Pertenecía a la etnia fang, pero casi no hablaba su idioma. Era un gran intelectual con formación occidental y vastos conocimientos de política (especialmente de política exterior, teniendo una concepción más amplia en cuanto a la necesidad de relaciones con Occidente y no solo con España) y estrategias de negociación. Sin embargo, sus quince años de exilio le habían desconectado de la realidad política ecuatoguineana. Presentó un programa electoral demasiado científico y técnico —influenciado por la ciencia estratégica euroamericana— que muchos no entendieron. Ndongo tenía conexiones con el gobierno de Estados Unidos (país donde había pasado su exilio) y era partidario de un sistema capitalista afín a este país. Recibió el apoyo del Departamento de Estado de los Estados Unidos. Era asesorado por un grupo de intelectuales, entre los cuales se encontraban Saturnino Ibongo Iyanga y Armando Balboa. Realizó su campaña principalmente a través de los medios de comunicación, que le eran favorables.

Su programa incluía la reorganización de la Administración Pública y la planificación de la educación, además del fomento a la agricultura, la ganadería y la pesca. También incluía la electrificación de los poblados, el abastecimiento de agua y el centuplicar las becas para que los estudiantes se trasladaran a España, y de esa forma se formaran cuadros profesionales.

Era apoyado por el Ministerio de Asuntos Exteriores de España, en aquellos tiempos ocupado por Fernando María Castiella, y en sus discursos se dirigía a la juventud, a los universitarios, a las personas cultas, a los nacionalistas modernos y a los intelectuales.

De ideología moderada, proponía establecer un gobierno provisional que preparara la independencia total. Era partidario de mantener vínculos a España sin caer en la dependencia. Su símbolo de campaña era una palmera.

Bonifacio Ondó Edú Candidato oficial del Munge (Movimiento de Unión Nacional de Guinea Ecuatorial), partido de extrema derecha afín al régimen franquista y de ideología nacionalista y conservadora. Era un candidato poco carismático. Pertenecía a la etnia fang.

Presidente del gobierno autónomo, representante del continuismo del orden colonial, de la colaboración con España y de los intereses españoles, y por consiguiente candidato más cercano al Gobierno español, al igual que Bossio contaba con el apoyo de Luis Carrero Blanco y de la Presidencia del Gobierno de España, ya que esta esperaba que Ondó y Bossio gobernaran juntos como Presidente y Vicepresidente, respectivamente. Carrero, a diferencia de Castiella, se había negado a apoyar a Ndongo puesto que lo consideraba un comunista.

Ondó Edu, gracias al apoyo de España (que incluía la financiación de su campaña), estaba muy confiado de su triunfo. Ondó siempre reconoció el apoyo extranjero con el que contaba e incluso llegó a declarar que no le importaba que no le votasen, ya que estaba seguro de ganar «sólo con el voto de mi mujer y del mío propio». Al estar tan seguro de su triunfo, no le prestó mucha atención al pueblo y mostró una actitud desconsiderada con él.

Sin embargo, la división interna de su partido (algunos se habían alejado de él acusándolo de ser autoritario, lo cual produjo que el Munge se dividiera en dos facciones) y el desgaste de su gobierno (muy impopular por aquel entonces, acusado entre otras cosas de corrupción) hicieron mella en su apoyo. Además, si bien el candidato del Munge disponía de medios (disponía, por ejemplo, de un equipo eficaz de colaboradores), no los utilizó suficientemente.

En sus discursos, se dirigía a la gente mayor (si bien gran parte de los mayores votaron a Macías), conservadora y partidaria de la ley y el orden, además de todos los partidarios del sistema colonial que se habían beneficiado de aquel orden en cualquiera de sus etapas. También recibió el apoyo de los madereros, la Iglesia católica y los colonos, especialmente de los propietarios de fincas españoles. Su símbolo de campaña era una gacela. Al igual que Atanasio Ndongo, Ondó Edu también era partidario de un sistema capitalista, pero siempre vinculado a España. Su campaña se caracterizó por el esfuerzo propagandístico (retratos, pósteres, regalos), el cual fue apoyado por España. Al igual que Atanasio Ndongo, los medios de comunicación (en especial la televisión) le fueron favorables. Para muchos guineanos, todo esto era prueba de la mano oculta de España, por lo que perdieron la confianza en el candidato.

Ondó Edu también proponía una "independencia asociada" con España y la posibilidad de que españoles formaran parte de su gobierno. Abogaba por una independencia gradual, sin cortes radicales.

Francisco Macías Nguema Candidato oficial de la IPGE (Idea Popular de Guinea Ecuatorial), aunque también recibió el apoyo de disidientes del Munge y el Monalige que se habían separado de sus candidatos oficiales, siendo esta coalición de apoyo conocida como "Grupo Macías", "Coalición Tripartita" o "Secretariado Conjunto".

Oriundo de Mongomo, era vicepresidente del gobierno autónomo. Tenía fama de ser oportunista y era considerado el más inculto de los candidatos. Representante del nacionalismo radical y el progresismo, Macías llevó adelante una campaña populista y demagógica, y gozaba del asesoramiento económico y político del abogado antifranquista español Antonio García-Trevijano. Trevijano invirtió alrededor de 50 millones de pesetas en la campaña electoral, y habría aconsejado a los dirigentes del Munge que no presentaran candidato a la presidencia y apoyasen a Macías.García-Trevijano Forte, Antonio. Toda la verdad. Mi intervención en Guinea. Madrid: Ediciones Dronte, 1977, p. 19. García-Trevijano, según se dice, escribió los discursos del candidato durante la campaña, y apeló al "orgullo" de Macías como principal fuerza para dirigir el país:

Detrás de la candidatura de Macías, había también intereses económicos españoles y franceses. García-Trevijano estaba supuestamente involucrado en ellos.

Otro director de campaña de Macías fue José Nsue, quién poco después sería nombrado por Macías como Ministro de Educación. Macías contaba con un equipo eficaz que le ayudó a organizar su campaña.

El candidato de la IPGE, quién aún se desempeñaba como Consejero de Obras Públicas, movilizó los camiones de este servicio para distribuir su propaganda electoral en Río Muni, sin que la autoridad militar española pusiera inconvenientes.

Macías presentó un programa electoral de cinco puntos: Primero: Creación de una conciencia nacional. Segundo: Política Social. Tercero: Política Económica. Cuarto: Relaciones Internacionales. Quinto: Relaciones con España.