Etelä-Afrikan siirtomaahistoria alkoi ensimmäisten hollantilaisten siirtolaisten saapuessa maahan vuonna 1652. Ajanjaksoa leimasivat konfliktit toisaalta siirtolaisten ja maan alkuperäisasukkaiden ja toisaalta buurien ja 1790-luvulla alueelle saapuneiden brittien välillä. Siirtomaakausi päättyi vuonna 1910 perustetun Etelä-Afrikan unionin muodostamiseen. Siirtomaa-aikana nykyisen Etelä-Afrikan valtion alueella sijaitsi Kapmaan ja Natalin siirtokuntien, itsenäisten Transvaalin ja Oranjen vapaavaltion buuritasavaltojen sekä erilaisten protektoraattien lisäksi joukko alkuperäisasukkaiden kuningaskuntia, joista merkittävin oli kuningas Shakan luoma zuluvaltio.
Kapmaa oli aluksi Hollannin Itä-Intian kauppakomppanian hallussa ja sinne asettui hollantilaisten siirtolaisten lisäksi muun muassa ranskalaisia hugenotteja. Britit ottivat alueen hallintaansa pysyvästi vuonna 1806. Tuhannet brittihallintoon tyytymättömät buurit lähtivät Kapmaasta niin sanotulle "Suurelle vaellukselle" kohti sisämaata, mikä johti itsenäisten buuritasavaltojen Oranjen vapaavaltion ja Transvaalin perustamiseen. Tunkeutuessaan syvemmälle sisämaahan buurit ajautuivat yhteenottoihin maan alkuperäisväestön kanssa.
Valtavien timantti- ja kultaesiintymien löytäminen Etelä-Afrikan sisäosista 1800-luvun jälkipuoliskolla ajoi buurit ja britit vastakkain, kun molemmat tahtoivat luonnonrikkaudet hallintaansa. Lopulta Yhdistynyt kuningaskunta kukisti itsenäiset buuritasavallat toisessa buurisodassa ja ryhtyi ajamaan yhtenäistä Etelä-Afrikan liittovaltiota.
Varhainen siirtomaakausi
thumb|Jan van Riebeeck saapuu Etelä-Afrikkaan 6. huhtikuuta 1652. thumb|Trekboereja Karoo-arolla. Maalaus vuodelta 1898.
Tiettävästi ensimmäisinä eurooppalaisina Etelä-Afrikan maaperällä vierailivat portugalilaiset, jotka 1400-luvun lopulla etsivät meritietä Intiaan. 1500-luvun aikana portugalilaiset vierailivat maan rannikolla säännöllisesti, ja muut eurooppalaiset seurasivat 1500-luvun lopulla.
Vuonna 1602 perustettu Hollannin Itä-Intian kauppakomppania edisti Hollannin taloudellisia etuja Aasiassa ja pyrki turvaamaan sinne johtavan merireitin Afrikassa. Tämän vuoksi kauppakomppanian palkkaama Jan van Riebeeck saapui vuonna 1652 Kapmaahan tehtävänään järjestää huolto Aasiaan matkaaville laivoille. Muutaman vuoden kuluttua alueelle saapuivat ensimmäiset hollantilaiset siirtolaiset, jotka ryhtyivät viljelemään maata ja käymään kauppaa kauppakomppanian kanssa. Vuoteen 1707 mennessä Kapmaahan oli asettunut 1 779 hollantilaista, saksalaista siirtolaista ja uskonnollista vainoa paennutta ranskalaista hugenottia. Siirtokunta kasvoi vuosisadan loppuun mennessä 15 000 ihmiseen ja sen pinta-ala laajeni suhteessa vielä nopeammin. Monet siirtokuntalaiset muuttivat rannikolta sanien ja khoiden asuttamaan sisämaahan. Vuoteen 1770 mennessä hollantilainen asutus oli siirtynyt noin 650 kilometrin päähän Kapkaupungista. Sisämaassa siirtolaiset elivät puolinomadisina paimentolaisina. Näitä sisämaahan siirtyneitä perheitä ryhdyttiin nimittämään trekboereiksi, eli vaeltaviksi maanviljelijöiksi, ja nimitys lyheni pian boeriksi. Trekboerit kahakoivat jatkuvasti ympäröivien afrikkalaisheimojen kanssa ja vuosien 1785–1795 välisenä aikana kahakoissa kuoli 2 000 san-heimoon kuulunutta miestä ja naista. Lisäksi 700 joutui orjuuteen. Kapmaahan rannikolle jääneitä hollantilaisperäisiä siirtolaisia ryhdyttiin puolestaan nimittämään Kapmaan hollantilaisiksi erotukseksi trekboereista.
1700-luvun puolivälissä Kapmaassa oli enemmän orjia kuin vapaita kansalaisia, eli eurooppalaisia siirtolaisia. Maahan tuodut aasialaiset orjat olivat pääasiassa keskittyneet kaupunkeihin ja työskentelivät käsityöläisinä. Heidän mukanaan Etelä-Afrikkaan saapui myös islamin usko. Afrikkalaisperäiset orjat puolestaan työskentelivät pääasiassa maatiloilla ja kaupunkien ulkopuolella.
Buurien lähestyttyä xhosa-heimon aluetta heidän kohtaamansa vastarinta koveni. Vuodesta 1779 alkaen buurien ja xhosien välillä käytiin sarja rajasotia. Trekboerit pettyivät siihen, etteivät Kapmaan hollantilaiset tukeneet heitä sodassa ja julistivat vuonna 1795 Graaff Reinetin alueen itsenäiseksi tasavallaksi. Käytännössä tämä johti buurien ja Kapmaan hollantilaisten lopulliseen irtaantumiseen kahdeksi eri väestöryhmäksi. Trekboerit ryhtyivät myös käyttämään itsestään ilmaisua afrikaanerit korostaakseen sitä, että olivat syntyneet Afrikassa. Itsenäisyyssuunnitelmat kuitenkin kaatuivat samana vuonna brittiläisten saapumiseen Kapmaahan.
Zulu-kuningaskunta thumb|170px|Shaka 1824 thumb|350px|left|Zulu-sotureita 1800-luvun lopulla
1700-luvun lopulla pohjoisten ngunien keskuudessa syntyi poliittisia levottomuuksia liiallisen väestönkasvun ja kaupallisen kilpailun seurauksena. Koska ngunien hallitsema itäinen rannikkoalue rajoittui Intian valtamereen, Lohikäärmevuoristoon ja eurooppalaisten hallitsemaan Kapmaahan, kasvavan väestön vaatiman uuden viljelysmaan hankkiminen oli mahdollista vain sisäisten sotien avulla. Ngunien väliset etniset yhteenotot johtivat uudenlaisen sotilaallisen ja hallinnollisen järjestelmän syntymiseen. ”Mustaksi Napoleoniksi” kutsutun Shaka Zulun johdolla alueen johtavaksi voimaksi nousi uusi vahva zuluvaltio.
Nguni-heimot jakautuivat alkujaan kolmeen pääryhmään, Dingiswaoyn johtamaan Mtethwan, Sobhuzan johtamaan Ngwanen ja Zwiden johtamaan Ndwandwen kuningaskuntiin. Vuonna 1817 Zulumaan hallinnasta kamppailivat Zwide ja Dingiswaoy. Sodan aikana Shaka nousi Dingiswaoyn joukkojen tärkeimmäksi komentajaksi. Hän aloitti uudenlaisen zulukuningaskunnan rakentamisen pääasiassa valloitusten avulla. Shakaa pidetään yhtenä Afrikan merkittävimmistä armeijan ja sodankäynnin organisoijista. Hän korvasi aikaisemmin aseina käytetyt pitkät heittokeihäät lyhyillä iskukeihäillä, joita voitiin käyttää taistelussa toistuvasti. Zulusoturit ryhtyivät lähestymään vihollista myös mahdollisimman hiljaa ja näkymättömissä ja pyrkivät yllättämään sen äkillisellä rynnäköllä. Uuden sotataktiikan avulla Shaka löi pian Zwiden joukot.
1820-luvun puoleenväliin mennessä Shaka hallitsi jo yli 100 000 ihmisen valtakuntaa ja hänen armeijassaan oli 40 000 miestä. Shaka keskitti vallan kuninkaan hoviin ja ryhtyi perimään heimopäälliköiltä veroja. Hän myös sijoitti armeijansa yksiköitä ympäri valtakuntaa taatakseen alueiden uskollisuuden. Shaka loi zulujen keskuuteen myös uudenlaisen kansallistunteen korostaessaan valtakuntansa ”zulumaisuutta”. Koko valtakunnan väestön katsottiin kuuluvan zulu-heimoon ja kaikkien alamaisten tuli osoittaa uskollisuutta suoraan kuninkaalle. Perinteisistä ngunijuhlista tehtiin valtakunnan virallisia festivaaleja. Uusi zuluidentiteetti korvasi pian hänen alaisuudessaan olleiden heimojen ja ryhmien alkuperäiset identiteetit.
1820-luvun aikana Shaka laajensi valtakuntaansa pohjoisessa nykyisen Mosambikin rajalle asti, lännessä Lohikäärmevuorten taakse ja etelässä myöhemmän Transkein bantustanin rajoille asti. Hän toivotti myös brittiläiset kauppiaat tervetulleiksi alueelleen ja lähetti diplomaattisia lähetystöjä Englannin hoviin.
Vuonna 1828 Shakan velipuoli Dingane toteutti onnistuneen salajuonen Shakan salamurhaamiseksi ja nousi zulujen kuninkaaksi. Dinganen asema valtaistuimella ei kuitenkaan koko hänen valtakaudellaan ollut täysin vakaa."Dingane." Biographies. Answers Corporation, 2006. Answers.com 08 May. 2007. Voortrekkerien ja zulujen välisessä Blood Riverin taistelussa buurit tuhosivat Andries Pretoriuksen johdolla suuren zuluarmeijan. Taistelun jälkeen zuluvaltakunta ajautui sisäpoliittiseen kriisiin ja hajosi. Dinganen velipuoli Mpande pakeni etelään tuhansien seuraajien kanssa voortrekkerien vasalliksi ja löi Dinganen joukot buurien tuella Magongon taistelussa 1840. Dingane pakeni ja murhattiin vuotta myöhemmin Lebombovuoristossa.
Zulut puolustivat elinalueitaan brittejä vastaan aina 1870- ja 1880-lukujen taitteeseen asti, mutta he joutuivat lopulta tappiolle eurooppalaisten tehokkaiden tuliaseiden vuoksi.
Mfecaneliike thumb|Lesothon perustaja kuningas Moshoeshoe
Shakan valloituksia pakoon lähti suuri joukko väestöä. Pakolaiset muodostivat niin sanotun Mfecaneliikkeen (, tunnetaan myös sesothonkielisellä nimellä Difaqane ja Lifaqane) jonka vaikutukset tuntuivat Keski- ja Itä-Afrikassa saakka. Mfecaneliikkeen väestöhistorialliset vaikutukset ovat epäselviä. Aikaisemman tutkimuksen perusteella luultiin, että sen seurauksena suuret alueet Afrikassa autioituivat, mutta uudemman tutkimuksen mukaan tämä näkemys on ollut liioiteltu. Sen poliittiset vaikutukset olivat kuitenkin merkittäviä. Eri banturyhmien valtiollinen kehitys nopeutui, ja Afrikkaan syntyi useita uusia kuningaskuntia kuten Ndebele ja Gaza sekä edelleen olemassa olevat Besotho (nykyinen Lesotho) ja Swazi (nykyinen Swazimaa). Mfecane aiheutti alueella laaja kärsimystä. Tuhansia ihmisiä kuoli sodissa ja nälänhädissä ja lukuisat ihmiset joutuivat pakenemaan kodistaan. Monet pakolaiset ajautuivat Kapmaahan siirtotyöläisiksi huonoihin olosuhteisiin. Mfecanen aikainen sekasorto mahdollisti myös buurien levittäytymisen pohjoisemmaksi 1830-luvulta alkaen ja loi pohjan apartheidin aikana esitetylle myytille buurien muuttamisesta "tyhjään maahan".
Brittihallinnon aika
Vuonna 1795 britit valloittivat Kapmaan strategiseksi tukikohdaksi ranskalaisia vastaan hallitakseen meritietä itään. Napoleonin sotien aikana se palautui lyhyeksi aikaa hollantilaisille, mutta jo vuonna 1806 britit valtasivat sen uudelleen. Hollantilaisten merkantilistinen talousjärjestelmä uudistettiin ja Kapmaan siirtokunta integroitiin brittiläisen imperiumin talousjärjestelmään.
Brittien mukana alueelle tuli protestanttisten lähetystyöntekijöiden mukana myös evankelisia lähetystyöntekijöitä, jotka uskoivat, että alueen alkuperäisväestö voitaisiin täydellisesti assimiloida länsimaiseen kristilliseen kulttuuriin. Lähetystyöntekijöiden vaikutuksesta vuonna 1828 siirtokunnan värilliselle väestölle taattiin täydet kansalaisoikeudet ja kiellettiin lakiin perustunut syrjintä. Vuonna 1834 voimaan tulleella lailla alueella lakkautettiin myös orjuus neljän vuoden siirtymäkauden jälkeen. Entisten orjien asema ei kuitenkaan oleellisesti parantunut vapauttamisen jälkeen ja värillisiä syrjittiin edelleen heidän sosiaalisen asemansa sekä rotunsa vuoksi.
Vuonna 1843 britit anneksoivat Natalin alueen turvatakseen Port Natalin (nykyinen Durban) kautta kulkeneen laivaliikenteen. Natalin alueen suuri musta väestö ei mahdollistanut Kapmaan kaltaista assimiloivaa politiikkaa ja siirtokunnan sisään perustettiin erillisiä mustien alueita, joissa heillä oli perinteisten tapojensa mukainen itsehallinto. Natalin kaupungit olivat varattu valkoiselle väestölle. Natalin hallintomallia on pidetty mallina myöhemmille 1900-luvun rotuerottelujärjestelmille. Siirtokuntaan perustettiin laajoja sokeriplantaaseja, joita varten Intiasta tuotiin halpaa työvoimaa 1860-luvulla. Pian alueelle muutti myös intialaisia kauppiaita ja maanviljelijöitä.
Suuri vaellus
thumb|Voortrekkerien leirin rekonstruktio Blood Riverin varrella. thumb|Etelä-Afrikan kartta vuodelta 1905. Karttaan merkitty buuritasavallat (Transvaal ja Oranje), Britannian siirtokunnat (Kapmaa ja Natal) ja Bechuanamaan protektoraatti sekä Saksan Lounais-Afrikka.