Tämä on luettelo 2000-luvun Turtlesien jaksoista. Jaksot ovat tuotantokausikohtaisessa luettelossa Yhdysvaltain alkuperäisessä esitysjärjestyksessä. Viidettä tuotantokautta ei lainkaan esitetty Suomessa. Lisäksi kolmas tuotantokausi nähtiin Suomessa vasta kuudennen ja seitsemännen kauden välissä eli 2000-luvun lopulla.

Ensimmäinen tuotantokausi: 2003

# Nimi Ensiesitys Suomen ensiesitys Tuotantokoodi 1 "Kaikki muuttuu" () 8. helmikuuta 2003 5. lokakuuta 2003 S01E01 2 "Hiirenpyydys" () 15. helmikuuta 2003 19. lokakuuta 2003 S01E02 3 "Mouserien hyökkäys" () 22. helmikuuta 2003 26. lokakuuta 2003 S01E03 4 "Casey Jones" () 1. maaliskuuta 2003 2. marraskuuta 2003 S01E04 5 "Nanobotti" () 8. maaliskuuta 2003 9. marraskuuta 2003 S01E05 6 "Kaupungin pimeydessä" () 15. maaliskuuta 2003 16. marraskuuta 2003 S01E06 7 "Näkymättömyyden tie" () 22. maaliskuuta 2003 23. marraskuuta 2003 S01E07 8 "Harhautunut Angel" () 29. maaliskuuta 2003 30. marraskuuta 2003 S01E08 9 "Roskakuski" / "Roskisdyykkari" () 5. huhtikuuta 2003 7. joulukuuta 2003 S01E09 10 "Silppurin isku, osa 1" () 12. huhtikuuta 2003 14. joulukuuta 2003 S01E10 11 "Silppurin isku, osa 2" () 19. huhtikuuta 2003 21. joulukuuta 2003 S01E11 12 "Teini-titaani" () 3. toukokuuta 2003 28. joulukuuta 2003 S01E12 13 "Tarinoita maan alta, osa 1" () 10. toukokuuta 2003 4. tammikuuta 2004 S01E13 14 "Tarinoita maan alta, osa 2" () 17. toukokuuta 2003 11. tammikuuta 2004 S01E14 15 "Tarinoita maan alta, osa 3" () 24. toukokuuta 2003 18. tammikuuta 2004 S01E15 16 "Sarjakuvien kuningas" () 31. toukokuuta 2003 25. tammikuuta 2004 S01E16 17 "Silppuri iskee takaisin, osa 1" () 7. kesäkuuta 2003 1. helmikuuta 2004 S01E17 18 "Silppuri iskee takaisin, osa 2" () 14. kesäkuuta 2003 8. helmikuuta 2004 S01E18 19 "Tarinoita Leosta" () 13. syyskuuta 2003 15. helmikuuta 2004 S01E19 20 "Hirviönmetsästäjä" () 20. syyskuuta 2003 22. helmikuuta 2004 S01E20 21 "Paluu New Yorkiin, osa 1" () 27. syyskuuta 2003 29. helmikuuta 2004 S01E21 22 "Paluu New Yorkiin, osa 2" () 4. lokakuuta 2003 7. maaliskuuta 2004 S01E22 23 "Paluu New Yorkiin, osa 3" () 11. lokakuuta 2003 14. maaliskuuta 2004 S01E23 24 "Raphael ja poju" () 18. lokakuuta 2003 21. maaliskuuta 2004 S01E24 25 "Tikkua etsimässä, osa 1" () 25. lokakuuta 2003 28. maaliskuuta 2004 S01E25 26 "Tikkua etsimässä, osa 2" () 1. marraskuuta 2003 4. huhtikuuta 2004 S01E26

Toinen tuotantokausi: 2003–2004

# Nimi Ensiesitys Suomen ensiesitys Tuotantokoodi 27 "Kilpikonnat avaruudessa, osa 1: Fugitoidi" () 8. marraskuuta 2003 22. huhtikuuta 2005 S02E01 28 "Kilpikonnat avaruudessa, osa 2: Triceraton-ongelmia" () 15. marraskuuta 2003 29. huhtikuuta 2005 S02E02 29 "Kilpikonnat avaruudessa, osa 3: Telkien takana" () 22. marraskuuta 2003 6. toukokuuta 2005 S02E03 30 "Kilpikonnat avaruudessa, osa 4: Areena" () 29. marraskuuta 2003 13. toukokuuta 2005 S02E04 31 "Kilpikonnat avaruudessa, osa 5: Triceraton-sodat" () 6. joulukuuta 2003 20. toukokuuta 2005 S02E05 32 "Salainen alkuperä, osa 1" () 17. tammikuuta 2004 27. toukokuuta 2005 S02E06 33 "Salainen alkuperä, osa 2" () 24. tammikuuta 2004 3. kesäkuuta 2005 S02E07 34 "Salainen alkuperä, osa 3" () 31. tammikuuta 2004 3. kesäkuuta 2005 S02E08 35 "Heijastuksia" () 14. helmikuuta 2004 6. tammikuuta 2006 S02E09 36 "Ylivertainen ninja" () 7. helmikuuta 2004 13. tammikuuta 2006 S02E10 37 "Nanon paluu" () 21. helmikuuta 2004 20. tammikuuta 2006 S02E11 38 "Mikä kroko!" () 28. helmikuuta 2004 27. tammikuuta 2006 S02E12 39 "Paluu maan alle" () 6. maaliskuuta 2004 3. helmikuuta 2006 S02E13 40 "Kaupunki sodassa, osa 1" () 13. maaliskuuta 2004 10. helmikuuta 2006 S02E14 41 "Kaupunki sodassa, osa 2" () 20. maaliskuuta 2004 17. helmikuuta 2006 S02E15 42 "Kaupunki sodassa, osa 3" () 27. maaliskuuta 2004 24. helmikuuta 2006 S02E16 43 "Jätelantis" () 3. huhtikuuta 2004 3. maaliskuuta 2006 S02E17 44 "Kultainen kiekko" () 10. huhtikuuta 2004 10. maaliskuuta 2006 S02E18 45 "Roisto on palannut, osa 1" () 17. huhtikuuta 2004 17. maaliskuuta 2006 S02E19 46 "Roisto on palannut, osa 2" () 24. huhtikuuta 2004 24. maaliskuuta 2006 S02E20 47 "Aprilin artefakti" () 1. toukokuuta 2004 31. maaliskuuta 2006 S02E21 48 "Oikeusryhmän paluu" () 8. toukokuuta 2004 7. huhtikuuta 2006 S02E22 49 "Suuri taistelu, osa 1" () 15. toukokuuta 2004 14. huhtikuuta 2006 S02E23 50 "Suuri taistelu, osa 2" () 18. syyskuuta 2004 21. huhtikuuta 2006 S01E24 51 "Suuri taistelu, osa 3" () 25. syyskuuta 2004 28. huhtikuuta 2006 S02E25 52 "Suuri taistelu, osa 4" () 2. lokakuuta 2004 5. toukokuuta 2006 S02E26

Kolmas tuotantokausi: 2004–2005

# Nimi Ensiesitys Suomen ensiesitys Tuotantokoodi 53 "Hyökkäys avaruudesta, osa 1" () 9. lokakuuta 2004 4. huhtikuuta 2009 S03E01 Triceratonit jahtaavat professori Honeycuttia Maasta aiheuttaen tuhoa tiellään, eivätkä usko että tämä on jo lähtenyt planeetalta. 54 "Hyökkäys avaruudesta, osa 2" () 16. lokakuuta 2004 11. huhtikuuta 2009 S03E02 Triceratonit etsivät edelleen professori Honeycuttia, ja Donatello on vaarassa. 55 "Hyökkäys avaruudesta, osa 3" () 23. lokakuuta 2004 18. huhtikuuta 2009 S03E03 Veljekset lähtevät pelastamaan Donatelloa Triceratonien käsistä ja Donatello todistaa, että professori Honeycutt todella on lähtenyt planeetalta. 56 "Maailmojen törmäys, osa 1" () 30. lokakuuta 2004 25. huhtikuuta 2009 S03E04 Triceratonit poistuvat maasta, mutta onko seikkailu kuitenkaan vielä ohi? 57 "Maailmojen törmäys, osa 2" () 6. marraskuuta 2004 2. toukokuuta 2009 S03E05 Triceratonit eivät peräänny professori Honeycuttia etsiessään, ja tilanteeseen puuttuu myös agentti Bishop. 58 "Maailmojen törmäys, osa 3" () 13. marraskuuta 2004 9. toukokuuta 2009 S03E06 Triceratonit löytävät lopulta tohtori Honeycuttin, joka on kuitenkin varannut takataskuun muutamia yllätyksiä. 59 "Tiukka paikka" () 20. marraskuuta 2004 16. toukokuuta 2009 S03E07 Mestari Tikku ja Michelangelo tutustuvat uusiin vihollisiin kun edessä on Tiukka ja Paikka. 60 "Takaa-ajettu" () 27. marraskuuta 2004 23. toukokuuta 2009 S03E08 Agentti Bishopin tekemät kokeet ovat vaikuttaneet Nahkapään itsehillintään, ja häntä uhkaa sekä sisäinen että ulkoinen vaara. 61 "V.I.H.A." () 4. joulukuuta 2004 30. toukokuuta 2009 S03E09 Veljesten rentoutuminen maatilalla keskeytyy kun kiihkojärjestö V.I.H.A. yrittää tuhota kaikki, jotka eivät ole ihmisiä. 62 "Näkeekö Kukaan?" () 11. joulukuuta 2004 6. kesäkuuta 2009 S03E10 Michelangelo ja Leonardo tutustuvat kaupungin puolustajaan, joka on henkilökohtaisella kostoretkellä. 63 "Oppitunti" () 18. joulukuuta 2004 13. kesäkuuta 2009 S03E11 April pyytää apua harjoitteluun ja saa kuulla opettavaisen tarinan kilpikonnien lapsuudesta. 64 "Joulu-alien" () 25. joulukuuta 2004 20. kesäkuuta 2009 S03E12 Purppuralohikäärmeet aikovat varastaa kaupungin lasten joululahjat, mutta Michelangelo näkee tilanteen ja puuttuu asiaan. 65 "Uutta verta" () 22. tammikuuta 2005 27. kesäkuuta 2009 S03E13 Kilpikonnat huomaavat, että Jalka-klaani on kovempi kuin ennen. 66 "Sisäinen pimeys" () 29. tammikuuta 2005 4. heinäkuuta 2009 S03E14 Angelin veli on pulassa ja kilpikonnat lähtevät selvittämään tilannetta. 67 "Painovoimatehtävä" () 5. helmikuuta 2005 11. heinäkuuta 2009 S03E15 Triceratonien jäljiltä ilmassa leijuva kaupunki on pulassa kun Silppuri haluaa sieltä teknologiaa käyttöönsä. 68 "Maanalainen olento" () 6. helmikuuta 2005 18. heinäkuuta 2009 S03E16 Selvittäessään outoja maanjäristyksiä veljekset joutuvat maanalaisen vallankumouksen keskelle 69 "Ajan ongelmat" () 7. helmikuuta 2005 25. heinäkuuta 2009 S03E17 Veljekset palaavat uuden ystävänsä kanssa vuosisatojen taakse ja kohtaavat yllättäviä tuttuja ja vieraita vastustajia. 70 "Karannut Hunni" () 8. helmikuuta 2005 1. elokuuta 2009 S03E18 Hunni saa uuden mahdollisuuden todistaa lojaaliutensa Silppurille kun Karai on kaapattu. 71 "Takaisin todellisuuteen" () 5. maaliskuuta 2005 8. elokuuta 2009 S03E19 Taisteluyhteydestä tutut viholliset lähettävät Michelangelon ulottuvuuteen, jossa ninjakilpikonnilla on supervoimia. 72 "Halki universumin" () 12. maaliskuuta 2005 15. elokuuta 2009 S03E20 Taisteluyhteydestä tutut viholliset lähettävät Raphaelin galaktiseen ajokilpailuun. 73 "Kaikki on ennallaan" () 17. maaliskuuta 2005 22. elokuuta 2009 S03E21 Taisteluyhteydestä tutut viholliset lähettävät Donatellon tulevaisuuteen, jossa Silppuri on vallannut maailman ja kilpikonnien veljeys on joutunut koetukselle.

Tämä jakso tunnetaan fanien keskuudessa synkimpänä ja surullisimpana jaksona koko sarjassa. 74 "Todellinen maailma, osa 1" () 26. maaliskuuta 2005 29. elokuuta 2009 S03E22 Taisteluyhteydestä tutut viholliset lähettävät Leonardon ulottuvuuteen, jossa ninjaklaanit taistelevat verisesti, mutta hän tapaa vanhan ystävän. 75 "Todellinen maailma, osa 2" () 2. huhtikuuta 2005 5. syyskuuta 2009 S03E23 Leonardo tekee kaikkensa päästäkseen takaisin kotiin, mutta ensin on selvitettävä, mitä outoa Taisteluyhteydessä tapahtuu. 76 "Bishopin temppu" () 9. huhtikuuta 2005 12. syyskuuta 2009 S03E24 Agentti Bishop kaappaa Mestari Tikun ja aikoo luoda tämän avulla uuden superihmisrodun. 77 "Maastamuutto, osa 1" () 16. huhtikuuta 2005 19. syyskuuta 2009 S03E25 Silppuri valmistautuu lähtemään maasta ja aikoo suorittaa joukkomurhiaan toisilla planeetoilla. Kun New Yorkin kansalaiset juhlivat Oroku Sakin apua kaupungin kunnostuksessa Triceratonien hyökkäysten jälkeen, Turtlesit ja heidän tukijansa päättävät livahtaa Silppurin tukikohtaan ja estämään näiden lähtöään hinnalla millä hyvänsä. 78 "Maastamuutto, osa 2" () 23. huhtikuuta 2005 26. syyskuuta 2009 S03E26 Hävittyään verisesti Silppurin edessä, tähtialuksen kyydissä olevat Tikku ja kilpikonnat joutuvut vaikeiden päätösten eteen, jotta he voivat pysäyttää arkkivihollisensa.

Neljäs tuotantokausi: 2005–2006