Mestarien liigan kausi 1998–1999 oli Mestarien liigan seitsemäs kausi ja Euroopassa pelattavan jalkapallocupin 44. kausi. Loppuottelu pelattiin Camp Noulla, Barcelonassa 26. toukokuuta 1999 Manchester Unitedin ja Bayern Münchenin välillä. Manchester United voitti ottelun 2–1 ja varmisti toisen Mestarien liigan voittonsa. Liigassa oli ensimmäistä kertaa mukana myös suomalaisjoukkue, Helsingin Jalkapalloklubi.

Karsintakierrokset Ensimmäinen karsintakierros

| colspan="5" | Kaikissa ottelupareissa ensimmäisen osaottelun kotijoukkue on ilmoitettu ensin.

Toinen karsintakierros

| colspan="5" | Kaikissa ottelupareissa ensimmäisen osaottelun kotijoukkue on ilmoitettu ensin.

Lohkovaihe Taulukkojen avainLohkon ensimmäiseksi sijoittunut joukkue pääsee pudotuspeleihin.Lohkojen toiseksi tulleiden sijoitukset vertaillaan, ja kaksi parasta toiseksi sijoittunutta pääsee pudotuspeleihin.Muille sijoille tulleet tippuvat jatkosta.

Lohko A Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Olympiakos FC 11 6 3 2 1 8 6 +2 Croatia Zagreb 8 6 2 2 2 5 7 -2 FC Porto 7 6 2 1 3 11 9 +2 AFC Ajax 7 6 2 1 3 4 6 -2 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Ottelut

16. syyskuuta 1998 Porto – Olympiakos 2–2 Croatia Zagreb – Ajax 0–0 30. syyskuuta 1998 Ajax – Porto 2–1 Olympiakos – Croatia Zagreb 2–0 21. lokakuuta 1998 Porto – Croatia Zagreb3–0 Olympiakos – Ajax1–0

4. marraskuuta 1998 Ajax – Olympiakos2–0 Croatia Zagreb – Porto3–1 25. marraskuuta 1998 Ajax – Croatia Zagreb0–1 Olympiakos – Porto2–1 9. joulukuuta 1998 Porto – Ajax3–0 Croatia Zagreb – Olympiakos1–1

Lohko B Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Juventus FC 8 6 1 5 0 7 5 +2 Galatasaray SK 8 6 2 2 2 8 8 0 Rosenborg BK 8 6 2 2 2 7 8 -1 Athletic Bilbao 6 6 1 3 2 5 6 -1 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Ottelut

16. syyskuuta 1998 Athletic – Rosenborg 1–1 Juventus – Galatasaray 2–2 30. syyskuuta 1998 Rosenborg – Juventus 1–1 Galatasaray – Athletic 2–1 21. lokakuuta 1998 Rosenborg – Galatasaray3–0 Athletic – Juventus0–0

4. marraskuuta 1998 Juventus – Athletic1–1 Galatasaray – Rosenborg3–0 25. marraskuuta 1998 Rosenborg – Athletic2–1 2. joulukuuta 1998 Galatasaray – Juventus1–1 9. joulukuuta 1998 Athletic – Galatasaray1–0 Juventus – Rosenborg2–0

Lohko C Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME FC Internazionale Milano 13 6 4 1 1 9 5 +4 Real Madrid 12 6 4 0 2 17 8 +9 FK Spartak Moskova 8 6 2 2 2 7 6 -1 SK Sturm Graz 1 6 1 3 2 5 6 -1 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Ottelut

16. syyskuuta 1998 Real Madrid – Internazionale 2–0 Sturm – Spartak 0–2 30. syyskuuta 1998 Spartak – Real Madrid 2–1 Internazionale – Sturm 1–0 21. lokakuuta 1998 Internazionale – Spartak2–1 Real Madrid – Sturm6–1

4. marraskuuta 1998 Spartak – Internazionale1–1 5. marraskuuta 1998 Sturm – Real Madrid1–5 25. marraskuuta 1998 Spartak – Sturm0–0 Internazionale – Real Madrid3–1 9. joulukuuta 1998 Real Madrid – Spartak2–1 Sturm – Internazionale0–2

Lohko D Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME FC Bayern München 11 6 3 2 1 9 6 +3 Manchester United FC 10 6 2 4 0 20 11 +9 FC Barcelona 8 6 2 2 2 11 9 +2 Brøndby IF 3 6 1 0 5 4 18 -14 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Ottelut

16. syyskuuta 1998 Man. United – Barcelona 3–3 Brøndby – Bayern 2–1 30. syyskuuta 1998 Barcelona – Brøndby 2–0 Bayern – Man. United 2–2 21. lokakuuta 1998 Bayern – Barcelona1–0 Brøndby – Man. United2–6

4. marraskuuta 1998 Man. United – Brøndby5–0 Barcelona – Bayern1–2 25. marraskuuta 1998 Bayern – Brøndby2–0 Barcelona – Man. United3–3 9. joulukuuta 1998 Man. United – Bayern1–1 Brøndby – Barcelona0–2

Lohko E Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME FK Dynamo Kiova 11 6 3 2 1 11 7 +4 RC Lens 8 6 2 2 2 5 6 -1 Arsenal FC 8 6 2 2 2 8 8 0 Panathinaikos FC 6 6 2 0 4 6 9 -3 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Ottelut

16. syyskuuta 1998 Lens – Arsenal 1–1 Panathinaikos – Dynamo 2–1 30. syyskuuta 1998 Arsenal – Panathinaikos 2–1 Dynamo – Lens 1–1 21. lokakuuta 1998 Arsenal – Dynamo1–1 Lens – Panathinaikos1–0

4. marraskuuta 1998 Dynamo – Arsenal3–1 Panathinaikos – Lens1–0 25. marraskuuta 1998 Arsenal – Lens0–1 Dynamo – Panathinaikos2–1 9. joulukuuta 1998 Lens – Dynamo1–3 Panathinaikos – Arsenal1–3

Lohko F Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME 1. FC Kaiserslautern 13 6 4 1 1 12 6 +6 SL Benfica 8 6 2 2 2 8 9 -1 PSV Eindhoven 7 6 2 1 3 10 11 -1 Helsingin Jalkapalloklubi 5 6 1 2 3 8 12 -4 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Ottelut

16. syyskuuta 1998 PSV – HJK 2–1 Kaiserslautern – Benfica 1–0 30. syyskuuta 1998 Benfica – PSV 2–1 HJK – Kaiserslautern 0–0 21. lokakuuta 1998 PSV – Kaiserslautern1–2 HJK – Benfica2–0

4. marraskuuta 1998 Benfica – HJK2–2 Kaiserslautern – PSV3–1 25. marraskuuta 1998 HJK – PSV1–3 Benfica – Kaiserslautern2–1 9. joulukuuta 1998 PSV – Benfica2–2 Kaiserslautern – HJK5–2

Toiseksi tulleiden sijoitukset Joukkue Pisteet O V T H TM PM ME Real Madrid 12 6 4 0 2 17 8 +9 Manchester United FC 10 6 2 4 0 20 11 +9 Galatasaray SK 8 6 2 2 2 8 8 0 SL Benfica 8 6 2 2 2 8 9 -1 RC Lens 8 6 2 2 2 5 6 -1 Croatia Zagreb 8 6 2 2 2 5 7 -2 O = ottelut, V = voitot, T = tasapelit, H = häviöt, TM = tehdyt maalit, PM = päästetyt maalit, ME = maaliero

Pudotuspelit Pudotuspelikaavio

Loppuottelu

Mestarien liigan voittaja1998–1999100px|border|EnglantiMANCHESTER UNITED FCToinen mestaruus

Maalintekijät

8 maalia: Dwight Yorke (Manchester United) Andri Ševtšenko (Dynamo Kiova)

7 maalia: Zlatko Zahovič (Porto)

6 maalia: Filippo Inzaghi (Juventus)

5 maalia: Nuno Gomes (Benfica) Ruud van Nistelrooy (PSV)

4 maalia: Andy Cole (Manchester United) Sonny Anderson (Barcelona) Paul Scholes (Manchester United) Siniša Gogić (Olympiakos) Ryan Giggs (Manchester United) Jürgen Rische (Kaiserslautern) Carsten Jancker (Bayern München) Stefan Effenberg (Bayern München) Mario Basler (Bayern München) Serhi Rebrov (Dynamo Kiova)

3 maalia: Andrei Tihonov (Spartak Moskova) Rivaldo (Barcelona) Sigurd Rushfeldt (Rosenborg) Clarence Seedorf (Real Madrid) Raúl (Real Madrid) Giovane Elber (Bayern München) Roberto Baggio (Inter) Uwe Rösler (Kaiserslautern) Hakan Şükür (Galatasaray) Roy Keane (Manchester United) Antonio Conte (Juventus)

Luokka:Vuoden 1998 jalkapallo Luokka:Vuoden 1999 jalkapallo Luokka:Mestarien liigan kaudet