Jalkapallon Mestarien liigan kauden 2008–2009 pudotuspelit pelataan 24. helmikuuta – 27. toukokuuta 2009. Pudotuspelien kaikki ottelut pelataan kaksiosaisina, paitsi finaali, joka pelataan yksiosaisena Olympiastadionilla, Roomassa.
Pudotuspelien ensimmäiselle kierrokselle selvisivät lohkojen ensimmäiseksi ja toiseksi sijoittuneet, yhteensä 16 joukkuetta. Ensimmäisellä kierroksella samaan ottelupariin ei voi päästä kahta joukkuetta samasta maasta. Puolivälieristä lähtien arvonta on vapaa.
Pudotuspeleissä joukkue, joka johtaa kahden ottelun jälkeen otteluiden yhteistuloksen perusteella etenee seuraavalle kierrokselle. Jos pudotuspeleissä joukkueiden yhteistulos kahdesta ottelusta on tasan, eikä kumpikaan etene jatkoon vierasmaalisäännön turvin, pelataan yhteensä 30 minuutin jatkoaika, kaksi kertaa 15 minuuttia. Jos ottelu on edelleen tasan jatkoajan jälkeen, seuraa rangaistuspotkukilpailu. Jatkoajalla vierasmaalisääntöä ei oteta huomioon.
Pudotuspelikaavio
Neljännesvälierät Ensimmäisen pudotuspelikierroksen arvonta suoritettiin 19. joulukuuta 2008. Ensimmäiset osaottelut pelattiin 24. ja 25. helmikuuta 2009. Toiset osaottelut pelattiin 10. ja 11. maaliskuuta 2009.
| colspan="5" | Kaikissa ottelupareissa ensimmäisen osaottelun kotijoukkue on ilmoitettu ensin.
Ensimmäiset osaottelut
Toiset osaottelut
Puolivälierät Toisen pudotuspelikierroksen arvonta suoritettiin 20. maaliskuuta 2009. Ensimmäiset osaottelut pelattiin 7. ja 8. huhtikuuta 2009. Toiset osaottelut pelattiin 14. ja 15. huhtikuuta 2009.
| colspan="5" | Kaikissa ottelupareissa ensimmäisen osaottelun kotijoukkue on ilmoitettu ensin.
Ensimmäiset osaottelut
Toiset osaottelut
Välierät Kolmannen pudotuspelikierroksen arvonta suoritettiin myös 20. maaliskuuta 2009. Ensimmäiset osaottelut pelattiin 28. ja 29. huhtikuuta 2009. Toiset osaottelut pelattiin 5. ja 6. toukokuuta 2009.
| colspan="5" | Kaikissa ottelupareissa ensimmäisen osaottelun kotijoukkue on ilmoitettu ensin.
Ensimmäiset osaottelut
Toiset osaottelut
Finaali Mestarien liigan finaali pelattiin Rooman Olympiastadionilla 27. toukokuuta 2009. Viidennen kerran peräkkäin vähintään yksi englantilainen joukkue oli selvittänyt tiensä finaaliin. Manchester United oli ensimmäinen joukkue, jolla oli mahdollisuus puolustaa mestaruuttaan finaalissa sitten Juventuksen vuonna 1997.
BARCELONA: GK 1 Víctor ValdésRB 5 Carles Puyol (c)CB 24 Yaya TouréCB 3 Gerard Piqué 16'LB 16 SylvinhoRW 10 Lionel MessiCM 6 XaviDM 28 Sergio BusquetsCM 8 Andrés Iniesta LW 14 Thierry Henry CF 9 Samuel Eto'oVaihtomiehet:GK 13 José Manuel PintoDF 2 Martín CáceresDF 46 Marc MuniesaMF 15 Seydou Keita FW 7 Eiður GuðjohnsenFW 11 Bojan KrkićFW 27 Pedro Rodríguez Valmentaja: Josep Guardiola300px|Barcelona vs Man Utd 27-05-2009.MANCHESTER UNITED: GK 1 Edwin van der SarRB 22 John O'SheaCB 5 Rio FerdinandCB 15 Nemanja Vidić 90+3'LB 3 Patrice EvraRW 13 Park Ji-seong CM 8 Anderson CM 16 Michael CarrickCM 11 Ryan Giggs (c) LW 10 Wayne RooneyCF 7 Cristiano Ronaldo 78'Vaihtomiehet:GK 29 Tomasz KuszczakDF 21 RafaelDF 23 Jonny EvansMF 17 NaniMF 18 Paul Scholes 81'FW 9 Dimităr Berbatov FW 39 Carlos Tévez Valmentaja: Sir Alex Ferguson
Luokka:Jalkapallosarjojen kausi 2008–2009/2009 Luokka:Mestarien liiga