Koirien värit muodostuvat tummasta pigmentistä eli eumelaniinista ja kellertävästä pigmentistä eli feomelaniinista, jotka molemmat ovat melaniineja. Lisäksi koirien väritys muodostuu pigmentin puutteesta eli valkoisesta. Koirat voivat olla monen värisiä, vaikka useissa rotumääritelmissä sallitut värit on rajattu muutamaan. C. C. Littleltä ilmestyi vuonna 1957 kirja The inheritance of coat color in dogs, jossa käsiteltiin kattavasti koirien värejä ja niiden periytymistä. Geenitutkimuksen avulla monet Littlen oletukset on saatu todistettua oikeiksi, mutta osa on myös todistettu vääriksi. Kaikkia koirien väreihin vaikuttavia geenejä ja alleeleja ei ole vielä löydetty. thumb|Soopelinvärisiä koiria. Molemmilla on myös musta maski. Vasemmanpuoleisella sp/sp, oikeanpuoleisella ainakin yksi S
A-lokus eli riistavärisarja A-lokus määrää eumelaniinin (mustan pigmentin) ja feomelaniinin (punaisen pigmentin) sijoittumisesta koiran karvapeitteessä. Lokus on saanut nimensä sanasta agouti ja vastaa monilla muilla nisäkkäillä kuten kissoilla ja hevosilla samoin toimivaa lokusta.
Agoutigeenin nimi on agouti signal peptide (ASIP) ja se kartoitettiin koiran kromosomiin 24 vuonna 2005. Sillä on enemmän kuin yksi eumelaniinin sijoittumista määrittävä promoottori.
Lokuksen alleeleille y ja a on kehitetty joillekin roduille soveltuva DNA-testi.
Riistavärisarjan alleelit dominoivimmasta resessiivisimpään ovat: Ay soopeli Aw sudenvärinen At merkkivärinen tai satulakuvioinen Aa resessiivinen musta
X y w t a y yysoopeli ywsoopeli ytsoopeli yasoopeli w ywsoopeli wwriistanvärinen wtriistanvärinen wariistanvärinen t ytsoopeli wtriistanvärinen ttmerkkivärinen tamerkkivärinen a yasoopeli wariistanvärinen tamerkkivärinen aaresessiivinen musta
Soopeli thumb|upright|Suomenpystykorvat ovat aina soopeleita. Soopeli on useimmiten kauttaaltaan punaruskea tai keltainen väri. Karvojen kärjissä voi olla eumelaniiniväriä; viiksikarvat ovat aina eumelaniiniväriset. Joillain roduilla (belgianpaimenkoira tervueren, -malinois, -laekenois, collie, shetlanninlammaskoira) väritykseen kuuluu huomattavasti enemmän eumelaniinia ja väritys muistuttaa riistanväristä. Erotuksena on se, että riistanvärisellä koiralla eumelaniini esiintyy karvoissa sekä kärjessä että tyvessä, soopelilla vain kärjessä.
Pitkään uskottiin, että soopelin koiran värin sävyn määrää se, onko koira homo- vai heterotsygootti y-alleelin suhteen, mutta tutkimukset ovat osoittaneet tämän harhaluuloksi: soopelien koirien sävy vaihtelee suuresti tsygoosista riippumatta. Sävyn määrää jokin toinen geenitekijä.
Riistanvärinen thumb|upright|Riistanvärinen alaskanhusky. Riistanvärinen on villien koiraeläinten väri, ja värityksestä vastaava alleeli (w) on nimetty tämän mukaan (villityyppi, wild type). Karvoissa on musta kärki ja tyvi. Niiden välissä on ruskehtava kohta. Alleeli ei ole kovin yleinen nykykoirissa.
Riistanväriseen väritykseen kuuluu suupielten, vatsan ja tassujen vaaleampi väri. Riistanvärinen koira voi olla harmahtava "sudenharmaa" tai ruskehtava "sudenruskea". Väristä käytetään myös nimitystä sudenvärinen, saksanpaimenkoirilla myös nimitystä soopeli (sable). Riistanvärisellä voidaan myös tarkoittaa tummempaa koiraa, joka on genotyypiltään aw/at ja jolla merkkiväri kuultaa läpi.
Merkkivärinen thumb|upright=0.75|Mustapohjainen ja maksapohjainen merkkivärinen puolanjahtikoira. thumb|upright=0.75|Satulakuvioinen airedalenterrieri.
Merkkivärisellä koiralla yleisvaikutelma on eumelaniinivoittoinen, jossa on feomelaniinia "merkkeinä" silmäkulmissa, kirsun ja suun ympärillä sekä yläkaulalla, hartioilla, vatsassa, raajojen sisäsivuilla ja kärkiosissa, istumaluilla ja hännän alla. Mustapohjaista merkkiväriä kutsutaan usein englanninkielisellä nimityksellä black and tan, "musta ja vaaleanruskea". Värityksen aiheuttaa A-lokuksen alleeli t, joka on resessiivinen alleelien AA ja Aw suhteen mutta dominoiva alleelin Aa suhteen.
Satulakuvioinen koira syntyy merkkiväristä muistuttavana, mutta koiran aikuistuessa ruskea kuvio laajenee ja lopulta eumelaniinia on enää niskassa, selässä, kyljillä ja hännän päällä satulaa tai viittaa muistuttavana kuviona. Satulakuvioisilla koirilla on sama at-alleeli kuin merkkivärsillä koirilla. Väritysten eron saattaa aiheuttaa jossakin muussa geenissä sijaitseva muuntelijageeni.
Merkkiväritys on yleinen esimerkiksi dobermannilla, lapinporokoiralla, hovawartilla, vetokoirilla ja pinserillä. Laikoilla värin nimitys on karamis. Satulakuvio on yleinen muun muassa saksanpaimenkoiralla ja monilla ajokoiraroduilla.
Resessiivinen musta thumb|Resessiivinen musta saksanpaimenkoira. Resessiivisen mustan aiheuttava a on melko harvinainen alleeli. Sitä esiintyy melko yleisenä saksanpaimenkoiralla, harvinaisena schipperkellä, amerikaneskimokoiralla, samojedinkoiralla, shetlanninpaimenkoiralla ja pulilla. Rotuja joilla esiintyy sekä resessiivistä että dominoivaa mustaa (K-lokus) ovat australianpaimenkoira ja belgianpaimenkoira groenendael.
Genotyyppi aa korvaa kaiken koifan feomelaniinin eumelaniinilla. Väritys voi olla esimerkiksi kokomusta (B_ D_), kokomaksa (bb D_) tai kokosininen (B_ dd).
B-lokus: eumelaniinin säätelijä thumb|upright=0.8|Mustalla koiralla on ainakin yksi B-alleeli ja maksanruskealla koiralla kaksi b-alleelia.
Koiran eumelaniinin eli mustan pigmentin tummuutta säätelevän B-lokuksen nimi on tyrosinase related protein 1 (TYRP1) ja se sijaitsee koiran kromosomissa 11. Lokuksen B-alleeli on dominoiva ja jättää mustan pigmentin mustaksi, b-alleeli vaalentaa homotsygoottina eumelaniinin punaruskeaksi.
X B b B BBmusta Bbmusta b Bbmusta bbmaksanruskea
Genotyypiltään ruskea ei-diluutti (bb D_) koira on muiden lokusten määräämiltä eumelaniinialueiltaan kuparinruskea, eikä siinä ole lainkaan mustaa. Myös sen iho, kirsu ja anturat ovat ruskeat tai nahanväriset. Silmät ovat keltaiset tai vihertävät. Lokuksen b-alleelia esiintyy muun muassa siperianhuskylla, labradorinnoutajalla, villakoiralla, dalmatiankoiralla ja englanninsetterillä.
Ruskeaa väritystä kutsutaan useimmiten ruskeaksi tai maksanruskeaksi, joskus suklaaksi, suomenlapinkoiralla parkiksi.
D-lokus: laimennus eli diluutio thumb|200px|Ruskea gończy polski tan-merkein (ei diluutiovärinen). thumb|200px|Liila dobermanni tan-merkein (diluutiovärinen ruskea merkein). Diluutiovärityksen aiheuttaa dominoivasti periytyvä melanofiliinigeeni (melanophilin, MLPH), joka sijaitsee koiran kromosomissa 25.Dilutions viitattu 19.8.2012 Diluutiovärisillä koirilla esiintyy rodusta riippuen joskus color dilution alopeciaa (CDA) ja black hair follicular dysplasiaa, jotka ovat synnynnäisiä ihosairauksia. Niitä on aiemmin kutsuttu myös "sinisen koiran oireyhtymäksi".
Diluutio haalistaa eumelaniinin (mustan ja ruskean värin) teräksenharmaaksi ja vaalentaa myös ihon ja kirsun väriä. Feomelaniini (punainen) haalistuu hieman.
Diluutioväritys näkyy koirassa syntymästä lähtien.
Diluutiotekijälle on kehitetty DNA-testi.
X D d D DDei-diluutti Ddei-diluutti d Ddei-diluutti dddiluutti
Genotyypiltään mustaa diluutioväristä (B_ dd) koiraa kutsutaan siniseksi. Ruskeaa diluutioväristä (bb dd) koiraa kutsutaan liilaksi, isabellaksi tai siniparkiksi.
Diluutiotekijää esiintyy ainakin tanskandoggilla, chow chow'lla, shar peilla, harvinaisena myös newfoundlandinkoiralla, dobermannilla, australiankarjakoiralla sekä muilla roduilla.
Weimarinseisojat ovat perinteisesti olleet kaikki liiloja, joskin nykyisin rotuun hyväksytään myös muita värityksiä.
E-lokus Tämä lokus sijaitsee koiran kromosomissa 5 ja se on tyypin 1 melanokortiinireseptori (melanocortin receptor 1, MC1R).
EM eumelaniinimaski EG grizzle eli dominoA New Mutation in MC1R Eh cockerspanielien "soopeli", joka muistuttaa grizzleä mutta periytyy eri tavalla E ei maskia, normaali eumelaniini eA (ancient red, northern domino) Tämä alleeli saa aikaan alaskanmalamuuttien ja siperianhuskyn tyypillisen värityksen, jossa feomelaniinin ilmenemisalue on laajentunut ja eumelaniinin supistunut. Alleelia tavataan myös useilla muilla roduilla. e ei eumelaniinia; koira keltainen, esimerkiksi kultainennoutaja Itse asiassa tästä alleelista on löydetty kolme eri versiota, jotka kaikki estävät eumelaniinin tuotannon.
M-alleeli tuottaa koiralle eumelaniinimaskin naamaan. Maskin väri riippuu muiden lokusten genotyypistä, ja voi olla musta, ruskea (bb), sininen (dd) tai liila (bb dd).
Genotyyppi ee estää eumelaniinin syntymisen täysin ja on näin ollen epistaattinen eumalaniinia säätelevien A-lokuksen (riistavärisarjan) ja K-lokuksen nähden.Agouti viitattu 20.8.2012] Soopeli ja ee-keltainen koira voivat olla niin samanvärisiä, että niitä ei voi erottaa kuin DNA-testillä tai suvun ja jälkeläisten perusteella. Soopelin koiran jäykät viiksikarvat ovat kuitenkin usein mustat, ee-keltaisella koiralla ei koskaan.
Grizzle eli domino Dominovärityksessä koiran ylälinjalla on merkkivärin satulamuunnosta muistuttava eumelaniinivärinen "huntu", joka ulottuu otsalle ja ohimoille ja venyy silmien välistä tunnusomaiseksi kapeaksi kärjeksi. Geneettisesti väritys on merkkiväritys, jonka eumelaniinialueet EG-tekijä supistaa kohti koiran ylälinjaa.
Väritystä kutsutaan salukeilla grizzleksi ja afgaaneilla ja suomenlapinkoirilla dominoksi. Se on saanut nimensä menestyneen näyttelykoiran, afgaani Tanjores Dominon mukaan. Sitä tavataan myös esimerkiksi alaskanmalamuuteilla. KB eli dominanttimusta ja Ay eli soopeli ovat siihen nähden epistaattisia eli estävät sen ilmentymisen koiran ulkomuodossa.
Cockerspanielisoopeli Cockerspanielilla esiintyy harvinaisena soopeliksi kutsuttua väritystä, joka muistuttaa dominoväritystä erittäin paljon. Dominon tavoin väritys on E-lokuksen tekijän muuntama merkkivärikuvio. Värityksen aiheuttaa vastikään tunnistettu E-lokuksen alleeli h.
Dominosta poiketen soopelit cockerspanielit ovat K-lokuksen suhteen KK tai Kk, siis dominanttimustia. kk-genotyypin yksilöt ovat fenotyypiltään "suttuisen punaisia", eivät "soopeleita".
G-lokus, harmaantuminen thumb|Nuori harmaa isovillakoiran pentu. Harmaantumisen alku on ilmiselvä ajellun naaman alueella ja otsan karvojen tyvissä, sen voi erottaa heikompana myös jalkojen alaosissa. G harmaantuu g ei harmaannu
Dominoiva G-alleeli vaikuttaa sekä eumelaniiniin että feomelaniiniin. Koira syntyy täyspigmentoituneena, mutta harmaantuu ja vaalenee karvanvaihdon myötä. Harmaantuvan pennun voi erottaa muista heti syntymän yhteydessä: harmaantuvalla pennulla on polkuanturoiden välissä hopeanvalkeaa karvaa. G-harmaat erottaa muista harmaista koirista tummemman pentuvärin perusteella.
Harlekiini thumb|Harlekiinivärinen tanskandoggi. H harlekiini h tavallinen
Harlekiinitekijä yhdessä merletekijän kanssa tekee koirasta laikukkaan. Laikut ovat repaleisen muotoisia ja niiden välissä on usein pieniä värillisiä pisteitä. Harlekiinitekijä esiintyy vain tanskandogilla. Homotsygoottina se on letaali alkiotasolla.HARLEQUIN COAT COLOR GENETICS by Neil O'Sullivan, Ph.D.
K-lokus: dominanttimusta ja brindle
thumb|upright=0.7|Kaikki labradorinnoutajat ovat K-lokuksessa genotyypiltään BB eli dominanttimustia. thumb|upright=0.7|Brindle-värinen eli tiikerinkirjava fila brasileiro.
K-lokus säätelee koiran mustaa pigmenttiä. Lokuksesta on tunnistettu kolme alleelia, jotka ovat dominoivimmasta resessiiviseen B (dominanttimusta), br (brindle) ja y (villityyppi). B- ja br-alleelit ovat A-lokuksen suhteen epistaattisia, eli esimerkiksi A-lokuksen suhteen genotyypiltään kokopunainen eli soopeli ja K-lokuksen suhteen dominanttimusta koira on fenotyypiltään kokomusta.
K-lokuksen on tutkittu olevan beta-defensin 103 (CBD103), ja se sijaitsee koiran kromosomissa 16. Toistaiseksi koiran K-geeni on ainoa tunnettu pigmenttiin vaikuttava defensin-geeni