Muhonen on suomalainen sukunimi, joka on muun muassa seuraavilla henkilöillä:
Alvar Muhonen (s. 2004), pikaluistelija Anne Muhonen (s. 1979), kuvataiteilija, kuvittaja ja sarjakuvantekijä Atte Muhonen (1888–1954), maanviljelijä ja kansanedustaja Jani Muhonen, kitaristi Juha Muhonen (s. 1982), fyysikko, professori Niilopekka Muhonen (s. 2006), jääkiekkoilija Oskari Muhonen (s. 1997), kilpapurjehtija Peter Muhonen (s. 1972), koripalloilija Sallamaari Muhonen (ent. Repo, Nieminen, s. 1964), virkamies, toimittaja, juontaja, laulaja Simo Muhonen (s. 1996), moottoriurheilija Tuomas Muhonen (s. 1986), jääkiekkoilija.