pienoiskuva|Siuntionjoki kesäkuussa 2022. pienoiskuva|Kirkkojoen tulva joulukuussa 2024. pienoiskuva|Näkymä Karhujärvelle heinäkuussa 2022. pienoiskuva|Lempansån syyskuussa 2023. pienoiskuva|Kivikoskenpuron koski huhtikuussa 2021. Siuntionjoen vesistö (vesistöaluetunnus 22) on Suomen päävesistöalue, jonka laskujoki Siuntionjoki laskee Suomenlahden Pikkalanlahteen.

Yleistä Vesistöalueen sijainti Siuntionjoen vesistön valuma-alueen pinta-ala on 487,07 neliökilometriä (km²) ja järvisyys 5,23 %. Valuma-alueen pituus on noin 40 kilometriä ja suurin leveys noin 25 kilometriä. Valuma-alue sijaitsee kokonaan Uudellamaalla. Se ulottuu neljän kunnan alueelle: Kirkkonummi, Siuntio, Lohja ja hieman Inkoon ja Vihdin puolellekin .

Valuma-alueen vedenjakaja seuraa pohjoisessa Ensimmäistä Salpausselkää, jonka takana sijaitsee Karjaanjoen vesistö (23). Siuntionjoen vesistön itäpuolella on Vantaanjoen vesistö (21) ja näiden väliin jää Suomenlahden rannikkoalueen (81) pieniä valuma-alueita ja välialueita. Niistä sijaitsevat Siuntionjoen vesistön vedenjakajan takana Estbyån valuma-alue (81.061), Mankinjoen valuma-alue (81.057) ja välialue 81V063. Siuntionjoen vesistön länsipuolella on lisää valuma-alueita ja välialueita. Niistä sijaitsevat vedenjakajan takana Ingarskila ån valuma-alue (81.064) ja välialue 81V063.

Pääuoman kulun ja pituuden määritys Siuntionjoen pääuoma muodostuu jokien ja järvien vuorottelevasta uomasta, jonka eri osuuksilla on paikallisia nimiä. Siuntionjoen sanotaan alkavan Enäjärvestä, mutta sille ei esitetä perusteluita. Ylennsä pääuomaan valitaan se jokihaara, jossa virtaa eniten vettä. Virtaamatietojen puuttuessa voidaan yleensä tehdä valinta vertaamalla jokihaarojen valuma-alueita, jossä lähialueilla sadan on samansuurista ja virtaamat korreloivat siten valuma-alueiden kanssa. Alajuoksu alkaa Vikträskistä ja laskee Pikkalanselälle Pikkalanlahteen Pikkalanjoen () nimisenä. Vikträskiin laskee kolme uomaa: Billskogbäcken, Bölebäcken ja Tjusträskistä alkava Sjundbyån. Näiden valuma-alueet ovat vastavasti 20,66 km², 19,39 km² ja 431,93 km². Pääuomaan valitaan näin Sjundbyån. Tjusträskiin laskee joitakin pieniä ojia ja pohjoisesta Siuntionjoki (). Siuntion kirkonkylällä yhtyvät toisiinsa lännestä tuleva Kirkkojoki () ja koillisesta tuleva Siuntionjoki. Niiden valuma-alueet ovat 141,01 km² ja 251,92 km². Pääuomaan jää siten edelleen Siuntionjoki. Sen yläjuoksulla on Myllykylässä Sågars fors, jossa yhtyvät pieni Lillträskin laskuoja ja Siuntionjoki, jonka ruotsinkielinen nimi on nyt Kanalaån. Joka alkaa Karhujärvestä, johon laskevat etelästä tuleva Harvsån, koilliseta tuleva Palojoki ja pohjoisesta tuleva Risupakanjoki (). Näiden valuma-alueet ovat 64,17 km², 43,21 km² ja 106,38 km². Pääuoman seuraava osuus onkin Palojärvestä alkavalla Palojoella. Palojärveen laskee Kypärjärven laskuoja, jonka valuma-alueen pinta-ala on 6,17 km², ja Humarjärven laskujoki Huhmarijoki, jonka valuma-alue on 87,26 km². Siuntionjoen vesistöalue supistuu latvoilla kapeaksi, jossa virtaa vain yksi varteenotettava joki. Sen reitti kulkee Huhmarjärveltä lueteltuna Tervalammen, Poikkipuoliaisen, Enäjärven ja Nummelassa Sveitsinmäen kautta. Enäjärvestä alaspäin on joen nimi Siuntionjoki.

Pääuoman pituus voidaan määrittää yhdistämällä vesistöviranomaisen esimerkiksi Paikkatietoikkunassa julkaisemien eri pääuoman osuuksien pituuksia toisiinsa. Näin voidaan esittää, että pääuomalla on pituutta mereltä Kirkkojokeen 13,4 kilometriä, Palojoen suistoon vielä 12,6 kilometriä lisää, siitä Enäjärvelle 19,6 kilometriä ja yläjuoksulla vielä 8,6 kilometriä lisää. Koko pääuoman pituus on näillä tiedoilla 54,2 kilometriä.

Vesistöalueen jako Vesistöalueen kolmannessa jakovaiheessa on seuraavat alueet tai valuma-alueet. Sisennys tarkoittaa luettelossa sitä, että vesistöalue laskee tai yhtyy ylempänä sijaitsevaan vesistöalueeseen. Samalle tasolle sisennetyt vesistöalueet laskevat kaikki yläpuoliseen vesistöalueeseen vastaavassa järjestyksessä niin, että ylin yhtyy lähempänä alajuoksua : Vikträskin alue (22.001) Tjusträskin alue (22.002) Kyrkån valuma-alue (22.006) Björnträskin alue (22.003) Harvsån valuma-alue (22.008) Risubacka ån valuma-alue (22.007) Palojärvenkosken alue (22.004) Enäjärven valuma-alue (22.005)

Hydrologiaa Vesistöviranomainen mittaa vesistöalueen vedenpinnankorkeuksia Tjusträskillä, Palojärvellä, Poikkipuoliaisella ja Enäjärvellä. Veden virtaamia mitataan Palojärvenkoskella ja Sjundbyånilla Siuntionjoen mittausasemalla. Kirkkojoen yhtymäkohta ja Siuntiojoki sijaitsevat tämän mittauspisteen yläpuolella.

Siuntionjoen vesistön virtaamia mitataan Sjundbyån mittausasemalla Siuntion asemanseudulla Oxhagenilla. Joen keskivirtaama (MQ) on 5,5 m³/s, keskiylivirtaama (MHQ) on 25,7 m³/s ja keskialivirtaama (MNQ) 0,63 m³/s. Suurin virtaama (HQ) on ollut 37 m³/s (16.4.1984) ja pienin virtaama (NQ) 0,03 m³/s (31.8.1999).

Vesistöalueella on havainnoitu virtaamia myös ylempänä pääuomassa ja sivujoilla. Palojoen keskivirtaama on 1–2 m³/s, mutta kesällä vain 0,2 m²/s, Kirkkojoen keskivirtaama on 1,4 m³/s, Risupakkajoen keskivirtaama on 0,58 m³/s ja Harvsånin keskivirtaama on 0,7–0,8 m³/s. Eräs toinen lähde antaa Palojoen keskivirtaamalle 0,88 m²/s ja Humarjoen Palojärvenkoskelle 0,95 m³/s.

Kalatalousalue Aikaisemmin oli olemassa Siuntionjoen kalastusalue, joka käsitti suurimman osan Siuntionjoen vesistöalueesta. Kalastusalueen pinta-ala oli 2 164 hehtaaria, josta järvialan osuus on noin 1 900 hehtaaria eli järvisyys oli noin 4,6 %. Kalastusalue on enimmäkseen maatalousvaltaista haja-asutusaluetta. Nykyään Siuntionjoen valuma-alue sisältyy Kirkkonummi-Siuntionjoen kalatalousalueeseen. Sen pinta-ala on 27 585 hehtaaria, johon kuuluu merialue, järvet ja joet Kirkkonummen ja Siuntion kunnaissa, sekä Vihdin kunnassa ja Lohjan kaupungissa olevat Siuntionjoen vesistön järvet ja joet.

Luontoarvoja Natura 2000-alue Siuntionjoen vesistöalueella sijaitsee Siuntionjoen Natura 2000-suojelualue (FI0100085, 385 hehtaaria, 47,59 km). Siihen sisältyy muutama järvi ja Siuntionjoen vesistön uomaverkoston uomia. Suojelualueeseen kuuluu Pikkalanjoki, Vikträsk, Sjundbyån, Tjusträsk, Siuntionjoki Sågarsforsille asti. Pääuoman lisäksi suojeltuja ovat Degermossenilta laskeva puro, Kynnarträskistä Tjusträskiin laskeva lyhyt puro, Lillträskistä Kvarnbyhyn laskeva puro sekä suurempi sivujoki Kirkkojoki, joka Munksinkosken jälkeistä latvauomista ovat mukana Lempanså ja Aiskosbäcken.

Vedenlaatu Länsi-Uudenmaan vesi ja ympäristö ry tutki uomaverkoston vedenlaatua vuonna 2016. Kokonaisfosforipitoisuus vaihteli Siuntionjoen vesistössä 34–170 mikrogrammaa litrassa vettä (μg/l). Arvot kuitenkin vaihtelivat niin, että pienimmät pitoisuudet (yli 50 μg/l) olivat Palojoella, Kvarnbybäckenissä ja Harvånissa. Vain Munkkaan jäteaseman ja Nummelan jäteaseman alueilta tulevat laskuojat alittivat pitoisuuden 35 μg/l. Muuta alhaiset pitoisuudet olivat läpivirtausjärvissä ja tietenkin pienissä metsien latvalammissa. Siuntionjoki luokitellaan koko pituudeltaan rehevöityneeksi ja esimerkiksi merilohien lisääntymisalueella Sågarsforsin alapuolella pitoisuudet ylittivät 100 μg/l. Korkeat pitoisuudet eivät näytä haittaavan taimenien lisääntymistä, mutta vedenlaatu kärsiin näistä. Myös Kirkkojoen ja Lempansånin ja sen latvauomien alajuoksujen pitoisuudet ylittivät 80 μg/l.

Kokonaistyppipitoisuudet vaihtelivat vesistössä ja jäteasemien kuormitus on fosforia suurempi. Siuntionjoen pääuomassa Sågarsforsin alapuolella olivat pitoisuudet 1 400–1 500 μg/l. Tätäkin suurempia pitoisuuksia mitattiin Risupakanpurossa. Kirkkojoessa oli korkeita (1 200–2 000 μg/l) rautapitoisuuksia, jotka ylitettiin vielä Brobäckenin ojassa.

Vesistöalueen rakenne Pääuoman sivu-uomia Sarakkeessa ”Etäisyys mereen” olevat luvut esittävät pääreitin kohta kilometreinä mitattuna Pikkalanlahdelta.. ”Joen pituus” tarkoittaa sivu-uoman pääuoman kokonaispituutta. Jos arvon edessä on tähti (*), on kyseessä vain lasku-uoman alajuoksun pituus. ”Virtaamalla” tarkoitetaan sivu-uoman keskivirtaamaa (MQ) ja ”valuma-alue” on sen pinta-ala. Huomaa, että Hulttilanjoki ja sen yläpuolinen Enäjärvi, kuuluvat pääuomaan, mutta on lisätty viimeiseksi joeksi, sillä se on vesistöalueen latvauoma. Taulukon lähteet on esitetty taulukon alla, ja ne on solukohdennettu rivin oikeassa sarakkeessa rivikohtaisesti. lasku-uomannimi  pääuomankohta  etäisyysmereen(km) joenpituus(km) virtaama(MQ)(m³/s) valuma-alue(km²) lähteet   Pääuoma laskee Pikkalanjokena Suomenlahden Pikkalanlahteen. Skepparbäcken Pikkalanjoki 0 3,3,6,–,–,– Billskogbäcken Vikträsk 5 6 21 3,3,4,6,–,4 Bölebäcken Vikträsk 4 9 19 3,3,4,4,–,4 Rudbäcken Sjundbyån 7 3 5 3,3,4,4,–,4 Brännmalmsbäcken asemanseutu 9 3,3,6,–,–,– Kynnarbäcken Tjusträsk 11 1* 3,3,6,–,–,– Brobäcken Tjusträsk 12 3 3,3,6,6,–,– Kirkkojoki kirkonkylä 14 8* 1,4 142 3,3,4,,,2 oja Luntoträsketistä Kurkis 16 1 3,3,6,6,–,– Nybybäcken Kurkis 17 2 3,3,6,6,–,– Kvarnbybäcken Myllykylä 20 3 9 ,3,4,4,–,4 Harvsån Karhujärvi 26 4* 0,8 63 3,3,4,4,,2 oja Dammkärristä Karhujärvi 21 3,3,6,–,–,– Risupakanjoki Karhujärvi 25 11,5 0,6 42 3,3,4,,,2 oja Vatilammista Palojoki 27 3,3,6,–,–,– Kypärinoja Kypärijärvestä Palojärvi 31 1* 7 3,3,4,4,–,4 oja Haukilammesta Palojärvi (kylä) 34 1* 3,3,6,4,–,– oja Kurjolammesta Tervalampi 38 3* 3,3,6,6,–,– oja Kaitlammesta Poikkipuoliainen 42 2 3,3,6,6,–,– Myllyjoki Poikkipuoliainen 45 3 3,3,6,4,–,– Hulttilanjoki Poikkipuoliainen 42 11 43 ,3,6,4,–,4 Valuma-alueen latvauomat laksevat Enäjärveen ja sieltä Hulttilanjokeen. Lähteet: 1 = tieto luettu joen omasta artikkelista, 2 = Ekholm, Matti: Suomen vesistöalueet , 3 = Karttapaikka-verkkopalvelu , 4 = Paikkatietoikkuna-verkkopalvelu , 5 =Virho ry , 6 =mittaamiseen käytetty Paikkatietoikkunaa ja Karttapaikkaa yhdessä.

Valuma-alueen virtavesiä Edellisten virtavesien, eli jokien, purojen ja ojien, lisäksi on muitakin merkittäviä uomia. Niitä käsitellään lähtien pääuoman alajuoksulta liikkeelle ja edetään yläjuoksulle päin. Bölebäckenin sivupurona on Lappträskistä alkava Lappträskbäcken. Tjusträsketiin laskeva Kynnarbäckenin sivuhaara on Långträskista alkava Skvallerbäcken.

Kirkkojoki on suhteellisen suuri sivujoki, vaikka sillä ei ole kovin paljon pituutta. Munksissa Kirkkojokeen yhtyy yksi latvahaara Lempansån. Sen sivu-uomia ovat alhaalta lukien pohjoisesta tuleva Norrbybäcken, pohjoisesta tuleva Munkkaanoja, jonka latvaa kutsutaan Kruotinojaksi, etelästä tuleva Kivikoskenpuro (), jonka sivu-uomia ovat Tupalabäcken ja Mustalammesta alkava oja, koillisesta tuleva Oravabäcken, jonka latvaa kutsutaan Lakiansuonojaksi, ja viimeiseksi Kivikoskenpuro. Munkissa Kirkkojoen toinen latvauoma on Myransbäcken, jonka latvaosuus on Maksjoki, ja kolmas Vejansbäcken, jonka sivuhaaroja ovat Lillbäcken ja Messmyrabäcken, jonka keskijuoksua kutsutaan myös Aiskosbäckeniksi, ja jonka kaukaisin latvahaara Teutarinpuro eli Tötarbäcken alkaa Hemträsketistä.

Karhujärveen laskevan Harvsånin latvat ovat monihaaraisia. Sen alin sivu-uoma on Kvarnbäcken, jonka latva on nimeltään Stenbäcken. Sen keskijuoksulla sijaitsee Stora Lonoksista alkava ja Lilla Lonoksiin laskeva lyhyt Lonoksån. Stora Lonoksiin laskee koillisesta tuleva Kvarnån ja Storträsketistä alkava Bysån.

Risupakanjoki () sivu-uomana on Mäyräoja.

Kosket ja padot Siuntionjoen koskien yhteenlaskettu pituus on noin 5,6 kilometriä. Joessa on laskettu olevan 18 koskea, joihin meritaimen kykenee nousemaan kudulle syyskaudella. Vesistöalueen koskia ovat esimerkiksi seuraavat kosket.

Pikkalanjoen suulle on rakennettu vuosina 1960–1961 säännöstelypato, jonka tarkoitus on estää meriveden nousu jokiuomaan. Uudenmaan TE-keskus, jota vastaa nykyään ELY-keskus, antoi vuonna 2008 lausunnon, jonka mukaan Pikkalanjoen padosta ei aiheudu merkittävää haittaa jokeen nouseville kaloille. Ongelmia voisi syntyä mikäli pienet virtaamat sattuvat vaellusajankohtien yhteyteen.