Johanneksen seurakunta voi tarkoittaa seuraavia:
Johanneksen seurakunta, Johannes församling, Helsingissä toimiva ruotsinkielinen seurakunta Johanneksen seurakunta, Helsingissä 1956–1999 toiminut suomenkielinen seurakunta, aik. Helsingin eteläinen suomalainen seurakunta.
Nimi voi viitata myös seuraaviin: Pyhän Johanneksen luterilainen seurakunta, lähetyshiippakunnan seurakunta Tampereella Johanneksen seurakunta (Pyhä Johannes; St. Johannes), Johanneksen kunnassa ennen toista maailmansotaa toiminut seurakunta