Bahrainin saari muodostaa muinaisissa mesopotamialaisissa lähteissä mainitun Dilmunin saarivaltion. Dilmunin tiedetään olleen merkittävä levähdyspaikka Mesopotamian ja Intian välisellä kauppareitillä. Vuosituhansia myöhemmin paikka oli eurooppalaisten Kaakkois-Aasiaan suuntautuneen maustekaupan reitillä. 1700-luvulla valtaansa alueella kasvattivat erityisesti britit. Samalla ajanjaksolla alueelle suuntautui Bani Utba -siirtolaisten vaellus, joiden joukossa Bahrainiin saapuivat nykyisen Al Khalifa -hallitsijasuvun esi-isät. Brittien ja Al Khalifa -hallitsijoiden toimet tulivat pitkälti muokkaamaan modernin Bahrainin historian. Bahrain itsenäistyi Ison-Britannian alaisuudesta vuonna 1971. Maa oli brittivallan aikana omaksunut oman identiteettinsä, eikä se liittynyt Yhdistyneisiin arabiemiraatteihin.
Antiikin aika Muinainen Dilmun Nykypäivän Bahrainin alue muodostaa muinaisen Dilmunin saarivaltion, josta muinaisen sumerilaisen eepoksen mukaan Urukin kuningas Gilgameš löysi ikuisen nuoruuden kukan. Muinaisen Mesopotamian mytologian mukaan Dilmun oli puhdas ja pyhä paikka. Sen makean veden kaivojen ja rehevän kasvillisuuden sanottiin olleen maanpäällinen paratiisi, johon saatettiin paeta sairauksia ja kuolemaa. Sumerilaisen luomismyytin mukaan juuri Dilmunilla viisauden ja makeiden vesien jumala Enki, saattoi raskaaksi jumalatar Ninhursagin. Aiemmin jotkut tutkijat ovat myös tulkinneet Raamatussa mainitun Eedenin puutarhan viittaavan Dilmunin. Raamatullisia spekulaatioita ruokkii nykyisinkin keskellä Bahrainin saarta sijaitseva elämän puu, joka on jotenkin säilynyt hengissä keskellä autiomaatasankoa. Nykyajan tutkijat ovat kuitenkin hylänneet nämä spekulaatiot. Nimi Dilmun on saattanut tarkoittaa aikoinaan vain kaukana etelässä sijaitsevaa maata.
Bahrainin nykyiset saaret ovat olleet asuttuja ainakin 6000-luvulta eaa. lähtien. Tuolloin suurin osa sen saarista oli todennäköisesti vielä yhteydessä Arabian mantereeseen. Seuraavien vuosituhansien aikana Bahrainin alue erottui Arabian niemimaasta. Tällöin Persianlahden ilmasto muuttui vähitellen kuivemmaksi, jolloin saaret makeanveden lähteineen ja palmulehtoineen erottuivat ympäröivästä alueesta. Dilmunin paratiisimyytin alkuperä saattaa siksi juontaa juurensa jo paljon varhaisemmista tarinoista. Tarinaa ovat saattaneet levittää kauppiaat, jotka kulkivat rannikkoreittejä Mesopotamian ja Dilmunin välillä. 4000–3000-lukujen eaa. taitteessa aluetta asuttivat pienet yhteisöt, jotka kävivät kauppaa mesopotamialaisten kanssa. Mesopotamian ja Indus-kulttuurin välisen kaupankäynnin on arveltu alkaneen jo noin 3000 eaa. Tällä merimatkalla sijannut nykyinen Bahrainin alue oli merkittävä myös makeanveden lähteidensa vuoksi. Vesi oli kallisarvoinen resurssi pitkiä laivamatkoja ajatellen.
3000-luvun lopulla eaa. kaupankäynti vaikuttaa loppuneen. Arkeologiset todisteet osoittavat, että noin vuoteen 3200 eaa. asti saarta asuttivat vain pienet kalastaja- ja maatalousyhteisöt. Vasta noin 2500 eaa. pääsaaren rannikolle alkoi ilmestyä suurempaa asutusta. Dilmun näyttää tuolloin vakiinnuttaneen asemansa alueellisia hyödykkeitä tuottavaksi alueeksi, josta saatiin puuta, taateleita ja helmiä.
Hellenisaatio ja sassanidit Ensimmäinen Persianlahden rannalle saapunut eurooppalainen valloittaja oli Makedonian kuningas Aleksanteri Suuri. Kun hän oli kukistanut akhaimenidit vuonna 331 eaa. hän lähetti retkikuntia tutkimaan Persianlahtea. Aleksanteri kuoli vuonna 323 eaa., ja samana vuonna hänen aluksensa saavuttivat nykyisen Bahrainin rannikon. Tulokkaat antoivat saarelle nimen Tylos. Saaren hellenisaatio jatkui Aleksanterin seuraajien seleukidien ja näiden seuraajien parthialaisten valtakaudella. Saarella on säilynyt joitakin hellenistisen kauden raunioita.
Parthialaisten kaudella saaresta käytettiin edelleen nimeä Tylos. Tänä aikana saari vaikuttaa olleen vauras. Ensimmäisellä vuosisadalla jaa. elänyt roomalainen historioitsija Plinius vanhempi kirjoitti saaren olleen kuuluisa helmiensä laadusta. 400-luvulla sassanidit syrjäyttivät parthialaiset. Sassanidit olivat kiinnostuneita kaupankäynnistä, ja he hallitsivat Persianlahden etelärannikkoa paikallisten arabiheimojen välityksellä. Sassanidit olivat zarathustralaisia ja he pidättyivät paikallisesti suorasta vallankäytöstä. Tämä antoi mahdollisuuden Arabian kristillisille nestoriolaisille harjoittaa omaa uskontoaan, kun taas heidän uskonveljiään Persiassa vainottiin. 400-luvun alkuun tultaessa monet Tyloksen asukkaista näyttävät olleen kristittyjä, kun taas toiset luultavasti jatkoivat muinaisten paikallisten jumalien palvomista. Islam levisi alueelle 600-luvulla, ja muslimien perinnetiedon mukaan Tyloksen kristitty arabikuvernööri omaksui islamin. Islam juurtui saarelle kuitenkin hitaasti. Nestoriolainen kristinusko on saattanut pysyä saarella hallitsevana uskontona vielä vuosisadan tai kauemminkin.
Keskiaika Islamilaiset dynastiat Bahrainin varhaisesta islamilaisesta historiasta ei tiedetä paljoa. Vuosina 661–750 umaijadien Damaskoksesta käsin hallinnut dynastia hallitsi aluetta todennäköisesti vain epäsuorasti. Umaijadit kutsuivat aluetta nimellä Iqlim al-Bahrayn, mistä tulee alueen nykyinenkin nimi. Umaijadien valtaan kuului Persianlahden eteläinen rannikko saarineen. Umaijadien jälkeen valtaan nousivat Abbasidit, jotka siirsivät valtakeskuksensa Bagdadiin. Abbasidien kaupankäynti suuntautui itään, jolloin muinaiset kauppareitit Persianlahdelta Intiaan nostivat jälleen merkitystään, mistä Bahrainin asukkaat hyötyivät.
Myöhemmällä keskiajalla monet bahrainilaiset vaihtoivat islamin tulkinnan kaksitoistašiialaisuuteen, joka ei provosoinut tuon aikakauden sunnalaisia. 1200-luvulla saaresta tuli tämän islamin tulkinnan keskeisin alue, vaikka suurin osa asukkaista oli todennäköisesti edelleen ismailiitteja. Näiden muodostaman lahkon, karmaattien, kukistumisen jälkeen paikallinen valta siirtyi Jarwanidien dynastialle 1300-luvun alussa. Jarwanid-dynastia hallitsi Bahrainia ja sitä lähellä olevaa Arabian rannikkoa. Ormusin kuningaskunta kukisti Jarwanit vuonna 1330, jolloin Jarwanidien oli hyväksyttävä Ormusin sunnalaiset kuninkaat yliherroikseen. Šiialaiset papit säilyttivät kuitenkin asemansa ja Bahrain säilyi kaksitoistašiialaisuuden henkisenä keskuksena. Noin vuonna 1460 Keski-Arabian Najdista kotoisin ollut Jabridien dynastia kukisti Ormusin kuningaskunnan. Uudet valloittajat pakottivat Bahrainin šiialaispapit kääntymään sunnalaisuuteen, mutta lopulta jabridit eivät kuitenkaan onnistuneet kitkemään šiialaisuutta Bahrainista.
Eurooppalaisten tulo Ormusin kuningaskunta ja siitä riippuvaiset alueet rikastuivat myöhäiskeskiajalla Aasian ja Euroopan välisen maustekaupan ansiosta. Portugalilaiset olivat ensimmäiset eurooppalaiset, jotka rakensivat kauppa- ja sotilastukikohtien verkoston Etelä-Aasiaan ja Kaukoitään. Hallitsemastaan Goasta käsin he käänsivät huomionsa Persianlahdelle, ja vuonna 1515 portugalilaiset valtasivat Ormusin ja vuonna 1521 Bahrainin. Bahrainia portugalilaiset osittain linnoittivat, mutta he hallitsivat aluetta vain epäsuorasti Ormusin kautta.
Vuonna 1602 persialaiset Safavidit syrjäyttivät Bahrainin portugalilaisvallan. Safavidit olivat šiialaisia ja näin šiialaisuus elpyi Bahrainissa. Safavidien aikana sunnalaisia vainottiin, minkä seurauksena huomattava määrä paikallisia sunnalaisia pakeni saarelta tai kääntyi šiialaisuuteen. Safavidit hallitsivat Bahrainia vuoteen 1717 asti, jolloin Omanin imperiumi kukisti saaren safavidivallan. Tästä alkoi epävakaa poliittinen aikakausi, jonka jälkeen muiden yläpuolelle nousi kaksi valtaa; brittiläiset ja Al Khalifa -suku. Nämä tulivat yhdessä muovaamaan Bahrainin modernin historian.
Moderni historia Bani Utba -siirtolaisten vaellus Bahrainin nykyisen hallitsevan suvun Al Khalifan esi-isät kuuluivat sunnalaisiin Bani Utba -beduiiniheimoihin, jotka muuttivat Keski-Arabiasta Persianlahden rannikolle 1700-luvun alussa. Al Khalifat asettuivat ensin nykyisen Kuwaitin alueelle, mistä he siirtyivät nykyisen Qatarin alueelle vuonna 1766. Tämä sijainti oli siksi otollinen, että Qatarin niemimaalta saattoi vallata myös Bahrainin. Al Khalifa -suku ei kuitenkaan kyennyt pitämään hallussaan Qatarin niemimaata, vaan sen hallinta menetettiin toiselle Bani Utba -suvulle, Al Thaneille.
Persialaiset ja omanilaiset yrittivät karkottaa Bahrainille asettuneet tulokkaat, mutta saari säilyi Al Khalifan hallinnassa. Al Khalifan voiton seurauksena klaani sai Bahrainin saarilla poliittisen ylivallan. Saarella oli šiialainen enemmistö, mutta Al Khalifan voitto rohkaisi muitakin Bani Utba -siirtolaisia muuttamaan saarelle. Al Khalifa -dynastian ensimmäinen hallitsija Ahmed bin Khalifa hallitsi vuoteen 1794 saakka, ja hän onnistui estämään Omanin ja Persian yritykset palauttaa valtansa Bahrainin alueelle. Hänen yhdessä hallinneiden seuraajiensa Ahmedin ja Salmanin aikana Bahrain kuitenkin joutui alistumaan Najdia hallinneen Al Saud -dynastian ylivaltaan. Lisäksi Salmanin kuoltua vuonna 1825 kuningashuone ajautui sisäiseen valtataisteluun kahden kilpailevan sukuhaaran kesken. Tämän hajaannuksen myötä ulkovallat pääsivät sekaantumaan Bahrainin asioihin, tukien kiistan eri osapuolia.
Brittiläinen Bahrain Brittiläinen Itä-Intian kauppakomppania oli ollut Persianlahdella läsnä 1600-luvun alusta lähtien. Vuonna 1816 yhtiön Persian edustaja vieraili Bahrainissa yhteishallitsija Abdullah bin Ahmad Al Khalifan kutsusta. He allekirjoittuvat sopimuksen, joka rauhanomaisen kaupan edistämisen lisäksi mahdollisti brittien yritystoiminnan Bahrainissa. Ensimmäiset alueelle saapuneet ulkomaiset tulivat Intiasta. Tämä merkitsi samalla brittiläis-intialaisen poliittisen vaikutuksen alkua Bahrainin sisä- ja ulkosuhteissa. Seuraavan sadan vuoden aikana britit allekirjoittuvat usean Persianlahden rannikon hallitsijan kanssa sopimuksia, joissa oli määritetty laaja-alaisia taloudellisia ja poliittisia vaikutuksia. Tämän seurauksena ensimmäisen maailmansodan loppuun mennessä Persianlahden rannikkovaltioiden ulkosuhteiden hallinta oli siirtynyt Britannialle.
Bahrainissa brittivalta oli huipussaan Ensimmäisen maailmansodan jälkeen. Britit painostivat sunnalaista Al Khalifa -sukua antamaan enemmän oikeuksia šiialaisille, jotka muodostivat maan enemmistön. Al Khalifa -suvun valloittaessa Bahrainin Persialta 1700-luvun lopulla, joutuivat šiialaiset alisteiseen asemaan sunnalaisiin nähden. Britit olivat jo joutuneet puuttumaan tilanteeseen karkottamalla maasta šiialaisia vastaan hyökänneitä sunneja. Myös Persia puuttui tilanteeseen viemällä kiistan Bahrainin hallinnasta Kansainliittoon sillä perusteella, että šiiat olivat Bahrainissa sorretussa asemassa. Britit puuttuivat vuonna 1923 tilanteeseen syrjäyttämällä vuodesta 1861 hallinneen Isa ibn Ali Al Khalifan maan johdosta ja nostamalla hänen tilalleen tämän pojan Hamad ibn Isa Al Khalifan. Tämän toivottiin lievittävän jännitteitä. Brittiläistä valtaa Bahrainissa käytti Hamad ibn Isa Al Khalifan neuvonantajaksi vuonna 1926 nimetty Charles Belgrave. Hän käytti todellista valtaa Bahrainin sisäisissä asioissa.
Bahrainista löydettiin öljyä vuonna 1932. Osa öljytuloista käytettiin Bahrainin siirtomaahallinnon rakentamiseen. Maahan luotiin vahvat poliisivoimat ja poliittisia toisinajattelijoita karkotettiin Intiaan. Näillä toimilla luotiin pohja sortavalle poliittiselle järjestelmälle, johon Al Khalifa -hallitsijat turvautuivat itsenäistymisen jälkeen. Uudistusten taustalla oli Charles Belgrave.