Une encéphalite est une inflammation non suppurative de l'encéphale (cerveau, tronc cérébral et/ou cervelet), généralement grave. Elle peut être d'origine infectieuse (bactérienne, parasitaire, mycosique, virale) ou immunologique (encéphalite auto-immune ou post infectieuse).
Une encéphalite infectieuse est le plus souvent associée à une méningite, d'où le terme de méningoencéphalite. Quand l'ensemble du névraxe est touché, le terme d'encéphalomyélite est parfois utilisé.
Une encéphalite qui ne touche que la substance grise est parfois appelée polioencéphalite, et que la substance blanche leucoencéphalite, et les deux panencéphalite.
La prise en charge d'une suspicion d'encéphalite est une urgence hospitalière, axée sur la recherche d'une cause curable pouvant justifier un traitement probabiliste.
Étymologie et définitions Le terme encéphalite, signalé en 1806, a été popularisé en 1823 par Jean-Baptiste Bouillaud (1796-1881). Il se compose du suffixe -ite (inflammation) et d' « encéphale » apparu en français au à partir du grec egkephalos « cerveau ».
Par convention, cette inflammation est non suppurative, ce qui exclut la méningite purulente et l'abcès cérébral.
Le terme encéphalite se distingue du terme encéphalopathie qui se rapporte à diverses maladies de l'encéphale où l'inflammation ne prédomine pas : comme celles d'origine toxique ou métabolique, neurodégénérative anatomique ou vasculaire, atteintes par agent transmissible non conventionnel (maladies à prions).
Épidémiologie Pour l'ensemble des encéphalites (tous types confondus), l'incidence annuelle est estimée, selon les études, de ou de 5 à 8 cas pour cent mille habitants.
Dans le Royaume Uni, on compte environ d'encéphalites (toutes causes confondues) par an, dans les années 2000, et aux États-Unis, près de par an dans les années 1980.
Dans les pays développés, l'incidence des encéphalites infectieuses (hors VIH) est de l'ordre de pour cent mille habitants et par an, soit environ par an en France.
Causes Les causes sont variées. Elles restent inconnues dans près de la moitié des casGranerod J, Ambrose HE, Davies NW et al. Causes of encephalitis and differences in their clinical presentations in England: a multicentre, population-based prospective study, Lancet Infect Dis, 2010;10:835-844. Le progrès du diagnostic (méthodes de biologie moléculaire) et l'identification croissante de syndromes auto-immuns pourrait conduire à réduire le nombre de cas d'encéphalites sans cause précise retrouvée.
Infectieuses Pour les causes connues, la principale cause est infectieuse : virale, bactérienne, parasitaire ou mycosique.
En Europe et en Amérique du Nord, l'encéphalite par herpès virus est responsable de 50 % des méningoencéphalites identifiées ; viennent ensuite le virus varicelle-zona, puis la tuberculose neuroméningée ; plus rares sont l'encéphalite par virus d'Epstein-Barr, par rickettsiose, la neuroborréliose (maladie de Lyme), l'encéphalite à tiques.
Virales Des infections à Entérovirus peuvent également causer une encéphalite, particulièrement dans le cas d'entérovirus 71 (bien que les coxsackievirus et echovirus soient également concernés). L'encéphalite à entérovirus 71 est notamment une des complications du syndrome pieds-mains-bouche.
Des encéphalites sont liées à une immunodéficience : VIH, cytomégalovirus, listériose, HHV6... ou à une transmission sexuelle (VIH, neurosyphilis).
Ailleurs dans le monde (ou par retour de voyages), les causes principales sont la rage, le neuropaludisme, l'encéphalite japonaise, l'encéphalite à virus West Nile, et autres virus émergents (virus Hendra, virus Nipah, virus La Crosse...).
Des encéphalites infectieuses autrefois fréquentes ont beaucoup diminué grâce à la vaccination (rougeole, oreillons, poliomyélite...) ou aux progrès sanitaires (typhus, typhoïde...).
Bactérienes En dehors de la tuberculose et de la listériose, les encéphalites bactériennes sont rares.
Auto-immunes Une cause auto-immune est retrouvée dans un cas sur cinq. Le système limbique est atteint de façon prédominante en étant associé avec des auto-anticorps dirigés contre des protéines des neurones et cellules gliales.
Les antigènes ciblés peuvent être situés à la surface des neurones. Par exemple, l'encéphalite auto-immune la plus fréquente (50 à 60 cas par an en France) est celle qui cible les récepteurs NMDA (récepteurs à la dopamine 2)Ramanathan S, Mohammad SS, Brilot F, Dale RC, Autoimmune encephalitis: recent updates and emerging challenges, J Clin Neurosci, 2014;21:722-730. Bien que cette encéphalite soit auto-immune, des agents infectieux (virus principalement, comme l'encéphalite herpétique) sont évoqués comme principale cause de la réaction auto-immune, une cause paranéoplasique étant moins fréquente.
D'autres encéphalites auto-immunes sont liées à des anticorps dirigés contre des protéines intra-cellulaires, comme le KLHL11Mandel-Brehm C, Dubey D, Kryzer TJ et al. Kelch-like protein 11 antibodies in seminoma-associated paraneoplastic cncephalitis, N Engl J Med, 2019;381:47-54. Elles sont le plus souvent d'origine paranéoplasique, induites par des tumeurs particulières telles que : tératome de l'ovaire, séminome du testicule, thymome, cancer bronchique à petites cellules.
Les encéphalites auto-immunes peuvent survenir à tout âge, mais certains types touchent surtout l'enfant et l'adulte jeune. Quelques-unes sont reconnaissables cliniquement, et la cause auto-immune peut être démontrée par des tests de laboratoire. Malgré la sévérité des symptômes, un diagnostic et un traitement rapide conduisent à l'amélioration ou la guérison dans la plupart des cas, alors que les encéphalites paranéoplasiques avec anticorps contre des protéines intracellulaire sont de moins bon pronostic.
La découverte croissante d'encéphalites auto-immunes modifie l'approche de nombreux syndromes neurologiques ou psychiatriques jusqu'alors considérés comme idiopathiques (sans cause reconnue).
Physiopathologie Dans les encéphalites infectieuses, l'agent pathogène (par exemple virus neurotrope) peut atteindre le système nerveux central soit par voie sanguine (phase de virémie ou de bactériémie), soit par voie neuronale. L'agression peut être directe, par atteinte immédiate des neurones ou des cellules gliales. Elle peut être indirecte ou retardée, à partir d'une réaction immune inflammatoire par démyélinisation ou par vascularite.
Dans les atteintes directes, l'agent pathogène peut être retrouvé dans le tissu cérébral, la substance grise est principalement touchée (c'est le cas d'une encéphalite virale proprement dite). Dans les atteintes indirectes, survenant au décours d'un épisode infectieux, l'agent pathogène ou ses composants ne sont pas retrouvés, et c'est surtout la substance blanche qui est lésée ; ces affections sont alors appelées encéphalomyélite aigüe disséminée ou ADEM acute disseminated encephalomyelitis.
Les facteurs liés à l'hôte sont mal compris. À l'exception du virus rabique qui aboutit à une encéphalite mortelle dans près de 100 % des cas, on ne sait pas pourquoi très peu de patients font une encéphalite à partir d'une infection courante, ni pourquoi des virus neurotropes s'attaquent principalement aux enfants, ou aux personnes âgées, ou au deux.
Clinique Tout syndrome confusionnel dans un contexte de fièvre doit faire évoquer un diagnostic de méningo-encéphalite. Cette confusion fébrile associe une fièvre et notamment des troubles de la vigilance, pouvant aller de l'obnubilation au coma, parfois précédés par des troubles du comportement (agitation ou prostration).
D'autres troubles peuvent s'associer comme des signes méningés (céphalées, nausées, vomissement, raideur de la nuque, photophobie...) ; des atteintes centrales ou focalisées (convulsions, signes extra-pyramidaux, signes cérébelleux dont l'ataxie) ; des signes déficitaires variés, moteurs ou cognitifs.
Deux grandes formes sont distinguées : celle où le syndrome méningé prédomine, celle où un syndrome tumoral semble au premier plan, tous les intermédiaires sont possibles, et des associations incomplètes constituent des formes atypiques.
Dans le cas des encéphalites auto-immunes, l'atteinte du système limbique s'observe le plus souvent par une triple association : trouble de la mémoire (amnésie antérograde), troubles psychiatriques (émotionnels et du comportement), et épilepsie temporale.
Diagnostic Une suspicion d'encéphalite nécessite une hospitalisation immédiate. L'objectif est d'identifier rapidement une cause curable, permettant d'instaurer un traitement d'urgence.
L'interrogatoire recherche des facteurs de risques : immunodépression, antécédents de voyage récent, épidémie en cours, contact avec des animaux (morsure, piqure...), séjour récent en milieu aquatique ou forestier... Des manifestations respiratoires, des adénopathies, une éruption cutanée... peuvent avoir une valeur d'orientation mais sont peu spécifiques.
La recherche d'une infection à HIV est systématique pour tous les patients suspects d'encéphalite, car une immunodépression peut perturber le diagnostic différentiel.
Ponction lombaire
La ponction lombaire est l'examen indispensable, à réaliser le plus souvent en urgence, sauf contre-indications ou situation particulière (telles que des signes d'engagement, la prise d'anticoagulants, une instabilité cardiovasculaire...).
En général, le liquide cérébrospinal (LCS) se montre clair, avec une abondance de cellules, plus de 5 éléments par mm3 à prédominance de lymphocytes. L'hyperprotéinorachie est inconstante ou modérée. Une hypoglycorachie (moins de 50 % de la normale) fait évoquer une tuberculose ou une listériose. Plus rarement le LCS est normal.
Le LCS fait l'objet d'un examen bactériologique standard (comparé à des hémocultures), et de recherche d'immunoglobulines M spécifiques (comparé à celles du sérum). L'examen clé est la PCR pour les causes les plus fréquentes d'encéphalite virale dont les résultats sont obtenus dans les 24-48 heures pour la plupart des laboratoires. Ce qui conduit initialement à démarrer un traitement probabiliste.
Des tests rapides de PCR de nouvelle génération peuvent détecter plusieurs pathogènes en un seul essai. De nouvelles approches bioinformatiques seraient susceptibles de révéler des agents pathogènes sous-diagnostiqués.
Les encéphalites auto-immunes comme l'encéphalite limbique sont diagnostiquées par le dosage des anticorps dans le LCS.
Imagerie cérébrale L'IRM est considérée comme le gold standard de l'imagerie d'une encéphalite. Elle est anormale dans 90 % des cas d'encéphalite herpétique, mais elle peut être normale dans des cas d'encéphalite auto-immune. Le scanner est moins sensible que l'IRM et donne souvent des résultats normaux dans les premiers jours.
Électroencéphalogramme L'EEG est utile pour identifier et surveiller des crises convulsives et des troubles de la vigilance, mais elle n'est pas toujours spécifique. Les décharges épileptiques se voient dans un tiers des cas. Des décharges périodiques d'ondes lentes en frontotemporal peuvent évoquer une encéphalite herpétique.
Biopsie cérébrale Le rôle de la biopsie cérébrale a perdu de son importance avec l'avènement de la PCR dans le LCS. Elle peut être encore utile dans des cas restant inexpliqués avec des anomalies à l'imagerie.
Diagnostic différentiel La ponction lombaire permet, entre autres, d'éliminer les méningites purulentes à manifestations d'encéphalite (non considérées comme des encéphalites au sens strict). De même, l'imagerie cérébrale permet d'écarter les diagnostic d'abcès cérébral, d'épanchement ou hématome sous-dural, de thrombophlébite cérébrale, d'hémorragie méningée, de tumeur.