L'histoire du Soudan est marquée par l'influence militaire et culturelle de ses voisins, dont l'Égypte, la péninsule Arabique, l'Éthiopie, les deux Congo, République du Congo et République démocratique du Congo et le Tchad, ainsi que, plus récemment, le Royaume-Uni et les États-Unis. Son territoire recoupe celui de plusieurs anciens royaumes dont le royaume de Koush, ceux du Darfour et de Nubie.
Préhistoire vignette|Les peintures rupestres de Geddi-Sabu Les fouilles archéologiques menées sur le Nil en amont d'Assouan ont confirmé l'occupation humaine de la vallée dès le paléolithique, il y a plus de , principalement vers Khashm El Girba et Khor Musa, avant 8000 avant notre ère, mais aussi Affad 23 et Djebel Sahaba.
Au , des peuples mésolithiques (8000-5000), puis néolithiques (4900-3300) s'y sont sédentarisés dans des villages fortifiés en briques, pratiquant l'agriculture et l'élevage : Ad-Damir, Abu Darbein, Wadi Howar, Shaqadud, puis Kadero, esh-Shaheinab, Kadruka, Kerma.
Les sociétés prédynastiques de Nubie et de Haute-Égypte étaient ethniquement et culturellement très proches, et ont évolué parallèlement vers des royaumes pharaoniques vers -3300, au néolithique. La Basse-Nubie semble ensuite s'être vidée de sa population dans le cadre d'un processus forcé d'égyptianisation et d'unification de la vallée du Nil par les royaumes établis au nord.
Le site rupestre de Geddi-Sabu reste une exception.
Antiquité au avant notre ère
La dénomination de premier royaume de Kerma ou Kerma ancien engloberait l'ensemble des cultures nilotiques du Soudan moyen qui se regroupèrent par chefferies autour d'un puissant monarque qui avait sa capitale à Kerma, site du cours moyen du Nil soudanais. La population de cette époque est en effet constituée d'un ensemble de groupes différents, davantage marqués par les influences du Sud du Soudan. Développement de la métallurgie (bronze) et des arts : ébénisterie, ivoire, céramique, dont on a retrouvé beaucoup de témoignages dans les sépultures de l'époque qui acquièrent alors leur forme définitive. Fosse circulaire contenant le défunt inhumé en position contractée et la tête à l'orient, avec son matériel funéraire, l'ensemble étant recouvert d'un tumulus autour duquel les offrandes alimentaires sont déposées et les sacrifices funéraires opérés.
vignette|Le site de Kerma.
Au nord de cette région, la Nubie (Ta-Seti) est occupée par des peuples que l'on regroupe sous le terme de « Groupe C »Sur « La culture du groupe C », comme sur l'Histoire du Soudan, en général, voir la page de l'Institut du Monde Arabe : . Ces informations peuvent nécessiter une mise à jour. et qui interdisaient l'accès au Sud en contrôlant étroitement le commerce, voire en pillant les convois qui revenaient en Égypte ou en partaient. À l'Ancien Empire, cette situation devenait critique pour les Égyptiens qui avaient besoin de cet accès pour obtenir des biens précieux et rares en provenance de l'Afrique centrale (ivoire, ébène, gomme) ou l'or du désert de Nubie. Avec le temps le Groupe C semble avoir peu à peu entretenu des relations pacifiques avec le voisin égyptien allant jusqu'à fournir des mercenaires aux troupes de Pharaon. En retour l'Égypte lui garantissait une relative sécurité aussi bien sur le plan militaire qu'économique en notamment palliant les périodes de famines par l'envoi de grain aux peuples de la région. Les débouchés sur les mines d'or du désert oriental y étaient certainement déjà pour quelque chose. En revanche le lointain royaume de Kerma représentait toujours un danger pour les expéditions commerciales qui entraient alors sans doute en concurrence avec le jeune royaume dont l'influence grandissait. Deux groupes de population et de culture distinctes occupaient donc toute la vallée du Nil soudanais jusqu'aux environs de la cinquième cataracte et formaient alors deux puissantes civilisations proto-urbaines avec lesquelles il fallait compter. On assiste en effet sur tout le long de la vallée à la sédentarisation progressive des peuples et à l'établissement de villages qui peu à peu deviennent de grosses bourgades. Kerma était alors déjà une cité étendue.
Du au avant notre ère Deuxième royaume de Kerma ou Kerma moyen : développement du royaume et de sa culture, notamment des pratiques funéraires ; les défunts sont toujours inhumés en position fœtale la tête à l'est avec un riche mobilier funéraire. On peut suivre à travers l'évolution de ces pratiques et le développement des tumuli une hiérarchisation de plus en plus marquée de la société. Une véritable classe aristocratique voit donc le jour et préfigure la puissance du royaume à la période suivante. De rares contacts directs ont lieu avec les voisins du Nord, mais le commerce est florissant et atteste de la stabilité de la région. On retrouve des traces de son réseau commercial sur les terres de Chillouk, au sud de la vallée du Nil, et jusque dans les montagnes du Tibesti. Au nord du pays, le Groupe C domine toujours la vallée jusqu'à ce que les pharaons du Moyen Empire annexent littéralement la région jusqu'au Batn el-Haggar. On assiste alors à une réaction du royaume de Kerma qui protégera ses cités derrière des remparts et, signe des temps, les défunts masculins sont alors inhumés avec leurs armes de manière systématique.
Du au avant notre ère
vignette|Ruines de la capitale de Kerma.
Troisième royaume de Kerma ou Kerma classique : un nouveau royaume de Koush étend son territoire depuis la première cataracte, aux environs d'Assouan, jusqu'à la quatrième cataracte, à la suite de l'alliance des peuples nubiens (Groupe C) et du royaume de Kerma qui en devient alors la capitale. Les relations avec le voisin du Nord sont au début pacifiques et le commerce est florissant avec toute la vallée du Nil et l'Afrique centrale. On assiste à un bond de l'agriculture et de l'urbanisation de la région. De grandes constructions apparaissent dans la capitale et des nécropoles royales sont dressées avec tumuli colossaux (certains dépassent les cent mètres de diamètre). Sur le plan culturel, on assiste à un maintien des coutumes et des traditions locales, bien que certains éléments architecturaux ou décoratifs soient empruntés à la culture égyptienne qui reste assez présente sur le Nord du royaume. Des relations diplomatiques entre Kerma et les dynastes Hyksôs du delta du Nil attestent que les deux puissances cherchent à faire alliance afin de contrer la montée en puissance d'une dynastie rivale située à Thèbes. L'un de ces souverains, Kamosé, reprend alors l'avantage sur le royaume de Kerma, repoussant sa frontière au sud d'Éléphantine. Son successeur poursuit cette conquête des territoires du Soudan.
Du au avant notre ère Domination égyptienne jusqu'à la : le royaume de Kerma est détruit par , puis par () ; L'Égypte exerce alors un contrôle sur les routes commerciales et les mines d'or du désert oriental. Elle fait construire les sites et monuments de Beit el-Ouali, Gerf Hussein, Kouban, Ouadi es-Seboua, Amada, Aniba, Derr, Ellessiya, Qasr Ibrim, Abou Simbel (Nubie égyptienne), Faras, Aksha, Bouhen, Semna, Ouronarti, Kouma, Amara (Nubie soudanaise), Saï, Sedeinga, Djebel Dosha, Soleb, Sesebi, Pnoubs, île d'Argo, Kaoua, Napata (Gebel Barkal), Kourgous. L'Égypte installe un Vice-Roi sur cette région, qui subit une égyptianisation affichée. La capitale est à Aniba.
Du avant notre ère vignette|Tête d'un colosse d'Aspelta trouvée à Napata.
La domination égyptienne sur le Soudan prend fin à la suite de l'éclatement de l'Égypte en plusieurs royaumes rivaux. La Nubie devient indépendante autour du Vice-Roi de Koush, dont le dernier représentant attesté est Panéhésy (règne de ). Elle permet ainsi le développement à nouveau des chefferies et des principautés au Soudan, qui semblent coexister pacifiquement, notamment au sud du pays.
avant notre ère Constitution d'une principauté autour d'une dynastie locale à Napata (Gebel Barkal). Cette dynastie trouverait ses origines dans la lointaine Méroé, alors encore simple place commerciale. Peu à peu, l'influence de la principauté s'étend sur l'ensemble des royaumes du Soudan et constitue un puissant royaume au cœur de l'Afrique occidentale et centrale. Les règnes de six souverains inconnus se succèdent. Au , à la suite d'une guerre civile qui plonge la Thébaïde dans le chaos, une partie du clergé de Karnak se réfugie à Napata sous la protection des princes de Koush.
avant notre ère Règne du prince Alara, puis du roi Kachta le Koushite. Ces souverains s'emparent de la Basse-Nubie, puis de la Haute-Égypte. C'est l'apogée du royaume de Napata, dont la dynastie se réclame de l'héritage de l'Égypte. Devant l'anarchie qui règne en Égypte, Piyé (Piânkhy), puis après lui ses successeurs, interviennent et montent sur le trône d'Égypte, fondant la . Leur royaume s'étend alors de la , aux environs de Khartoum, jusqu'à la Méditerranée.
Les rois Piyé, Chabaka, Chabataka, Taharqa, Tanoutamon règnent sur le royaume de Koush et d'Égypte.
Ils favorisent la construction des temples napatéens de Nubie et du Soudan. Cet empire prendra fin à la seconde moitié du , avec la conquête de l'Égypte par les Assyriens. Le royaume, qui conserve Napata comme capitale, retrouve alors ses frontières originales. Vers -591, le pharaon envoie une expédition contre le royaume de Koush, réduisant à néant les ambitions des rois de Napata sur l'Égypte. Les villes saintes de Kaoua, Pnoubs, Napata sont détruites, ainsi que les statues royales de la .
Du au avant notre ère vignette|Pyramides de Méroé.
Second royaume de Napata : à la suite de la perte de leur suzeraineté sur l'Égypte, les souverains de Koush développent leur royaume et leur culture de manière de plus en plus autonome. Développement de la civilisation du fer à Méroé et des routes commerciales avec le cœur de l'Afrique et la mer Rouge (route maritime de l'Inde). Reprise de l'influence jusqu'à la première cataracte aux environs de Philæ. Restauration des grands sanctuaires du royaume. Nécropoles et pyramides de Nouri et d'El-Kourrou.
Fin de la période antique vignette|Emplacement du Royaume de Kouch (). vignette|Afrique du Nord-Est, Antiquité tardive ().
avant notre ère au de notre ère Royaume de Méroé : la capitale et la nécropole royale sont transférées de Napata à Méroé. La culture méroïtique se diffuse dans toute la vallée du Nil, et entretient des relations commerciales étroites avec le royaume lagide d'Égypte. Mais un conflit éclate entre les deux puissances et trouve son paroxysme lors de la conquête romaine, au
En -24, conquête de Philæ et d'Assouan par la reine Candace Amanishakhéto. La Nubie est prise par les Romains mais ceux-ci sont stoppés par la reine. Un traité de paix est signé entre Rome et Méroé en -21, dit traité de Sámos. La frontière est fixée à Maharraqa, et à dater de cette époque les deux empires entretiennent des relations commerciales florissantes.
Durant la seconde moitié du de notre ère, des incursions répétées du royaume d'Aksoum affaiblissent le royaume de Méroé. C'est à cette époque que l'on situe traditionnellement sa chute, sous les coups des rois Ella-Amida et Ezana d'Éthiopie. Sont construits les sites et monuments de Dakka, Qasr Ibrim, Tabo, Méroé, Musawwarat es-Sofra, , Wad ban Naqa, Basa, El-Hassa, Hosh-Ben-Naga, Djebel Qeili, Soba et Khartoum. Les cultes des dieux soudanais se développent : Dédoun « le premier de Nubie », Apédémak « le grand dieu du Sud », Arsénouphis et Mandoulis. La nécropole de pyramides royales est aménagée à Méroé, et la dernière sépulture royale méroïtique date des environs de 350 de notre ère.
Du vignette|Couronne d'un roi nubien post-méroïtique trouvée à Ballana.