vignette|Position de l'Altishahr (Xinjiang) par rapport au reste de la chine|droite
En 1759, la dynastie chinoise Qing vainc les Mongols Dzoungars et achève la conquête de la Dzoungarie. Parallèlement à cette conquête, les Qing occupent la région de l'Altishahr, dans le Turkestan oriental, qui a été colonisée par les partisans du leader politique et religieux musulman Afaq Khoja .
Après la conquête des Qing, les Chinois commencent à incorporer l'Altishahr et le bassin du Tarim dans leur empire. Au début, les adeptes d'Āfāq Khoja, qui sont alors connus sous le nom d'Āfāqī Khojas, résistent à la domination des Qing, mais leur rébellion est réprimée et les khojas sont chassés du pouvoir.
À partir de cette époque, et pendant une centaine d'années, les Āfāqi Khojas mènent de nombreuses campagnes militaires dans le cadre d'une guerre sainte, pour tenter de reprendre l'Altishahr aux Qing.
Khojas de la Montagne Blanche et rivalités internes Les Khojas sont une lignée fondée par Ahmad Kasani () (1461-1542), également connu sous le nom de Makhdūm-i`Azam, le grand maître de l'ordre soufi Naqshbandiyya, d'Asie centrale. De son vivant, Kasani affirmait être un descendant du prophète Mahomet par le biais de sa fille, dont les descendants sont connus sous le nom de Khojas (). À la mort de Kasani, sa famille se divise en deux groupes, chacun dirigé par un de ses fils : Les Khojas de la Montagne Noire (), dirigés par Āfāq Khoja, aussi appelés les Khojas Afaqiyya ou Khojas Āfāqī. Les Khojas de la Montagne Blanche (), dirigés par Ishāqi Khoja, aussi appelés les Khojas Ishaqiyya ou Khojas Iskàqís.
Les Khojas Ishaqiyya sont les premiers à quitter l'Asie centrale pour s'installer dans l'Altishahr; rapidement suivis par les Afaqiyya, qui bénéficient du soutien des dirigeants du Khanat de Yarkand. Dès lors, les deux factions sont connues sous le nom de Kojas de l'AltishahrPapas. .
Durant les plus de qui précédent la conquête de la région par les Qing, les deux factions khoja gouvernent l'Altishahr, y compris les six grandes villes (Aksou, Kachgar, Hotan, Tourfan, Yengi Hisar et Yarkand) qui bordent le bassin du Tarim. Durant cette période, les deux clans sont en concurrence et se traitaient généralement avec animosité.
Juste avant la conquête des Qing, les Iskàqís contrôlent le Turkestan oriental, bien que la population soit en faveur d'un changement de dirigeants en faveur des Āfāqī ou même des Qing. En 1755-1756, Jahān Khoja et Burhān al-Dīn Khoja, deux fils d'un leader exilé des Khoja Āfāqī, reprennent le pouvoir à Yarkand, Tachkent et dans la région de la rivière Ili en Dzoungarie. Mais le rétablissement du pouvoir des Āfāqī dans la région n'est que provisoire, les deux frères étant facilement vaincus par les Qing en 1759 et exécutés par la suite.
À cette époque, la région de l'Altishahr fait partie d'une zone frontière chinoise, où l'emprise des Qing est fragile. Cette région est dirigée par des gouverneurs mandchous et des fonctionnaires turcs, y compris des partisans des Iskàqís. Si certaines familles d'Āfāqī restent dans les territoires conquis par les Qing, d'autres s'installent à Kokand où elles peuvent se cacher, se regrouper et contre-attaquer les Qing. Finalement, le Khanat de Kokand se retrouve brusquement impliqué dans les expéditions militaires de Āfāqī Khojas visant les Chinois.
Gestion de l'Altishahr par les Qing
Pendant la période précédant le déclenchement de la guerre sainte, les tensions et les haines se multiplient entre les musulmans de l'Altishahr et les Qing, à cause d'un certain nombre d'incidents et du comportement des autorités mandchoues.
En effet, durant les premières années qui suivent la conquête, les fonctionnaires locaux nommés par les Qing, dont 'Abd Allah, le Hakim Beg de Ush, utilisent leur position pour extorquer de l'argent à la population locale. À cette époque également, le surintendant des Qing, Sucheng, et son fils enlèvent des femmes musulmanes et les gardent en captivité pendant des mois, au cours desquels elles sont victimes de viols collectifs. Ces abus de pouvoirs irritent tellement la population musulmane locale qu'il a été rapporté que "les musulmans de Ush ont longtemps voulu dormir sur leurs peaux (de Sucheng et de son fils) et manger leur chair".
En conséquence, en 1765, lorsque Sucheng réquisitionne pour apporter des "cadeaux officiels" (l'équivalent d'un tribut versé au pouvoir central par les autorités locales) à Pékin, les esclaves porteurs et les habitants de la ville se révoltent. Abd Allah, Sucheng, les troupes de la garnison Qing de la ville et d'autres fonctionnaires Qing, sont massacrés et les rebelles s'emparent de la forteresse Qing. En réponse à la révolte, le pouvoir central envoie sur place une armée qui reprend la ville et assiège les rebelles dans le fort pendant plusieurs mois jusqu'à ce qu'ils se rendent. Les Qing exercent ensuite de cruelles représailles contre les rebelles en exécutant plus de et en exilant quelque . Ce soulèvement est aujourd'hui connu sous le nom de rébellion Ush.
Durant cette période, le plus gros problème pour le pouvoir Qing n'est pas de se retrouver face à une rébellion armée isolée, mais bel et bien la conduite des représentants locaux du pouvoir central par rapport aux femmes musulmanes.
En effet, les soldats Qing en garnison dans la région ne sont pas autorisés à faire venir les membres de leur famille dans cette zone frontière si lointaine. Le résultat est que, malgré l'interdit officiel, ils recherchent activement la compagnie des femmes musulmanes. Si certains mariages sont célébrés, dans la plupart des cas il s'agit de relations sexuelles illicites et de prostitution : soit les femmes étaient amenées dans les forteresses Qing durant la nuit, soit les soldats passaient leurs nuits dans les villes.
En outre, les fonctionnaires Qing abusent du pouvoir lié à leur poste pour exploiter les femmes musulmanes d'une manière similaire à ce que Sucheng a fait à Ush Turfan. En 1807, Yu-qing, le surintendant de Karashahr, est accusé d'avoir commis une série d'abus sexuels à l'encontre de femmes musulmanes. Un autre fonctionnaire Qing, Bin-jing, est également accusé d'avoir commis un certain nombre de crimes au cours des années 1818-1820, dont l'un "a déshonoré" et causé la mort de la fille de Kokan Aqsaqal, un politicien et membre éminent de la communauté musulmane de Khoqand.
Bien que les détails des crimes de Bin-jing aient été effacés des archives officielles afin d'éviter toute nouvelle discorde, les musulmans sont tout à fait conscients de ce qui s'est passé et furieux face aux relations charnelles qui se multiplient entre les Qing et les femmes musulmanes.
Expéditions militaires avec le soutien du Khanat de Kokand En 1797, Sarimsaq, fils de Burhān al-Dīn Khoja, tente de lancer une campagne militaire afin de reprendre Kachgar, mais il est rapidement arrêté par Narbuta Biy, le Khan de Kokand.
Les attaques contre les Qing ne commencent réellement qu'environ vingt ans plus tard, en 1820. À cette époque, Jāhangīr Khoja, le fils de Sarimsaq, propose à Umar Khan, qui a remplacé Narbuta sur le trône de Khokand, de s'allier aux Āfāqī et de lancer une guerre sainte contre les Qing. Umar rejette son offre, ce qui n’empêche pas Jāhangīr de partir seul à la conquête de Kachgar, avec pour seule armée une troupe de . Si les troupes de Jāhangīr affrontent bien celles des Qing, il doit mettre fin à l'expédition avant même d'atteindre les portes de la forteresse de Gulbagh, située près de Kachgar .
En 1825, Jāhangīr et ses hommes tendent une embuscade à un petit détachement chinois et tuent la plupart des soldats qui le composent. Cette petite victoire incite les membres des tribus locales à rallier les troupes de Jāhangīr, qui peu de temps après, attaque la ville de Kachgar. Il s'en empare et fait exécuter le gouverneur turc de la cité. Les effectifs des troupes chinoises affectées à la défense de la région sont trop faibles pour mettre fin aux troubles, qui se transforment en révolte générale dans les villes de Yengi Hisar, Yarkand et Hotan où des civils chinois, capturés à l'extérieur de la ville, sont tués.
En 1826, Jāhangīr rassemble une nouvelle troupe armée composée de Kirghizes, de Kasghariens et de volontaires Khokandiens. Avec ses nouveaux soldats, il planifie une nouvelle attaque contre Kachgar, qu'il lance durant l'été de la même année. La ville tombe et Jāhangīr commence à assiéger la forteresse de Gulbagh. Comme l'année précédente, les victoires des Āfāqī Khoja déclenchent une rébellion générale.
Mais pour contrer l'attaque des Āfāqī, les Qing peuvent compter sur le soutien des marchands Hui ainsi que les Ishāqi Khojas qui s'opposent à la "débauche" et au "pillage" des Āfāqī de Jāhangīr. Les Dounganes aident également les Qing, en s'enrôlant dans l'Armée de l'Étendard Vert et en intégrant les milices marchandes qui participent à la défense de Kachgar et Yarkand.
Pendant ce temps, Madali Khan, le successeur d'Umar Khan, observe la situation et prend la décision de rejoindre la guerre sainte et soutenir Jāhangīr, afin de protéger les intérêts commerciaux Khokandiens dans la région. Ainsi, lorsque Jāhangīr demande de l'aide pour s'emparer de la forteresse de Gulbagh, Madali Khan arrive personnellement, à la tête d'une armée de . Après avoir participé aux combats pendant , Madali rentre chez lui en laissant sur place un détachement de soldats Kokandiens, dont il confie le commandement à Jāhangīr. Le , une fois les réserves de nourritures des soldats Qing totalement épuisées, la forteresse de Gulbagh tombe entre les mains de Jāhangīr. Cet été là, il réussit également à s'emparer des villes de Yengi Hisar, Yarkand et Hotan.
Les Qing ripostent au printemps 1827, en envoyant une armée de plus de combattre les Āfāqī Khoja. À la fin du mois de mars, les Qing ont récupéré tous les territoires perdus et capturé Jāhangīr, qui est emmené à Pékin où il est finalement exécuté.
Pour mieux protéger l'Altishahr contre de futures attaques, les Qing augmentent le nombre de soldats déployés dans la région, reconstruisent les villes les plus à l'ouest et renforcent les fortifications. Comme punition pour sa participation à la guerre sainte et son rôle de terre d'asile des Āfāqī, le Khanat de Kokand subit des restrictions commerciales et certains de ses produits sont même interdits à la vente en Chine.
Pendant ce temps, en 1828-1829, Yousouf Khoja, le frère aîné de Jāhangīr Khoja, prend la tête du combat des Āfāqīs pour retrouver leur patrie perdue. Il commence par demander l'aide du Khan de Khokand, tout comme son frère l'avait fait huit ans plus tôt. Même si Madali Khan ne souhaite pas vraiment provoquer les Qing, il ne peut ignorer que son Khanat ressent fortement l'impact des sanctions économiques qui lui ont été imposées. Finalement, il estime qu'il n'a pas grand-chose à perdre s'il part en guerre contre les Qing. En conséquence, il soutient la poursuite de la guerre sainte et permet à ses plus hauts dirigeants militaires, dont Haqq Quli, le commandant général de l'armée, de prendre le commandent d'une puissante armée devant attaquer les Qing.
Kachgar est facilement occupé dès et les envahisseurs commencent immédiatement le siège de la forteresse de Gulbagh, pendant qu'Yousouf Khoja prend avec lui une grosse partie des troupes pour tenter de s'emparer de Yarkand. Une fois sur place, les choses ne se déroulent pas comme prévu pour les Āfāqīs car, refusant le combat direct, les marchands chinois et les militaires Qing chargé de défendre la ville préfèrent rester à l'intérieur des fortifications et pilonner les soldats de Yousouf avec les fusils et les canons de la garnison. De plus, loin de se joindre aux Āfāqīs, les musulmans turcs de Yarkand participent activement à la défense de la cité.