Le TER Alsace est le réseau de trains express régionaux (TER) de l'ancienne région Alsace, exploité principalement par la SNCF. Le conseil régional d'Alsace était l'autorité organisatrice du réseau à partir de 1998. Les dessertes ferroviaires sont complétées par des dessertes routières assurées par autocar, le plus souvent en suivant le tracé d'anciennes lignes ferroviaires inexploitées ou déclassées.
L'Alsace est l'une des six régions à avoir expérimenté le transfert de l'organisation et du financement des transports régionaux à partir de 1998, avant que cela ne soit généralisé en 2002. Avec l’arrivée du en 2007, le réseau a subi un important remaniement pour s'adapter aux nouvelles dessertes. La même adaptation a eu lieu pour la mise en service du , en 2011. Ces changements ont permis une croissance de 206 % de la fréquentation depuis 1997, atteignant par jour fin 2012.
Depuis le , le fait partie du réseau , aux côtés des réseaux et . La convention entre et la région (issue de la fusion des anciennes régions Alsace, Lorraine et Champagne-Ardenne) est la première signée en France, depuis la réforme territoriale entrée en vigueur le « Naissance du TER Grand Est », article des DNA du 20 décembre 2016..
Histoire Le conventionnement du transport régional de voyageurs avant la naissance du TER vignette|gauche|Rame RIB 76 sur un service en Alsace. Le TER Alsace est préfiguré par le service Métralsace créé en sur le modèle du lorrain Métrolor. Durant l'hiver 1980, la région Alsace et l'État français signent une convention pour une meilleure desserte de l'axe Strasbourg - Mulhouse... Il s'agit de cinq allers-retours Strasbourg - Mulhouse avec un nombre d'arrêts réduit (desserte de Sélestat, Ribeauvillé, Colmar et Bollwiller notamment), pour partie en remplacement de trains omnibus existants. Auparavant, les services se voulaient moins attractifs, avec des fréquences faibles. Toutefois, on note la mise en service d'autorails X 4300 sur les axes autres que Strasbourg - Mulhouse, améliorant le confort et la capacité sur ces lignes. Les services Métralsace sont assurés par deux segments RIB 76, renforcés en 1981 par deux segments RIB 80, et tractés par des locomotives BB 16500. Cette nouvelle desserte engendre une hausse de la fréquentation et dès 1982, Métralsace est prolongé vers Bâle et dessert ainsi la ville de Saint-Louis184..
De la naissance du TER en 1986 jusqu'à la régionalisation en 1998 vignette|gauche|Un autorail X 4300, semblable à ceux qui ont circulé en Alsace. Le TER Alsace est lancé en 1986 en application de la convention relative au trafic régional au sein de la région Alsace, entrant en vigueur au mois de janvier en vertu d'un contrat signé avec la SNCF, valable pour une durée de cinq ans. La région obtient la possibilité de décider des modifications de la desserte régionale, mais doit en contrepartie rembourser à la SNCF un manque à gagner éventuel, tout en bénéficiant d'un bonus sur les lignes qui engendreraient un trafic supplémentaire. La SNCF ne répercute pas d'éventuelles hausses des coûts de l'exploitation et touche directement une contribution de l'État pour l'exécution du service public régional. Jusqu'à la fin de l'exercice 1992, le TER n'inclut pas encore les express d'intérêt régional. « TER » traduit une stratégie commerciale nouvelle sur le plan des transports ferroviaires régionaux, jusque-là négligés et souffrant d'une mauvaise image. Pour la première fois, une telle initiative est mise en œuvre sur le plan national et s'accompagne de conventions avec toutes les régions (sauf trois, retardataires)232-237, 307 et 314-320.. L'âge du TER commence en Alsace avec la première mise en service d'un matériel roulant neuf depuis quinze ans, les automotrices de la série Z 11500 dont vingt-deux sont stationnées à Thionville en Lorraine entre 1986 et 1988. En Alsace, elles assurent notamment les TER entre Strasbourg et Nancy, Strasbourg et Metz, ainsi que quelques roulements entre Strasbourg, Mulhouse et Belfort.
Pendant les premières années du TER Alsace, la Région augmente l'offre de trains en semaine, au prix d'une forte réduction de l'offre du week-end (cas également des Pays de la Loire, de la Picardie, du Nord-Pas-de-Calais et de la région Centre)258.. Avec l'entrée en vigueur du service d'hiver 1986/87, le service voyageurs sur la ligne de Mulhouse-Ville à Chalampé est supprimé sans service routier de substitution, une ligne routière privée existant toutefois sur cette relation. Comme particularité, ce service avait été pris en charge par le département du Haut-Rhin en date du , quinze jours après une première suppression sur décision de la SNCF. Le Conseil général avait financé le service grâce au versement, par l'État, des économies réalisées avec la fermeture de la ligne, en vertu d'un décret du sur la décentralisation régionale. Or, ce versement était limité à une durée de sept ans, et menaçait à la fin de ne plus être suffisant, malgré la réduction de la desserte de six à quatre aller-retours : la fréquentation était en baisse, et la ligne n'était plus viable depuis la perte de la correspondance avec Fribourg-en-Brisgau. Le Conseil général n'avait pas non plus montré une volonté politique pour la pérennisation de la desserte187-189 et 240-241..
vignette|Rame RIO, anciennement Métralsace. La desserte transfrontalière cadencée MétroRhin entre Strasbourg, Kehl et Offenbourg fait son apparition le avec dix au lieu de deux navettes par jour, se substituant partiellement aux dix aller-retours existants par trains grandes lignes, dont huit appartenant au service intérieur allemand. Ce sont alors les autorails X 4300 de la SNCF qui se chargent du service, excepté certains services assurés par une rame allemande tractée par une locomotive DB série 181. Grâce aux bonnes correspondances avec les trains IC et EC de la DB, le nouveau service est bien accepté et rapidement porté à quatorze aller-retours. Mais la fréquentation baisse à partir de 1992, et la moitié des trains sont supprimés en deux étapes jusqu'au 295.Autre source : anciens indicateurs officiels de la DB, tableau 716..
Après des travaux (notamment le renforcement de la caténaire et des voies, des suppressions de passage à niveau, l'adaptation de certains ouvrages d'art, l'installation de la préannonce et la mise à niveau des équipements de sécurité), la ligne Strasbourg - Mulhouse peut être parcourue à . La participation de la région est de , soit 78 % des investissements globaux. Le reste est pris en charge par la SNCF371.. Dès le , des rames Corail tractées par des locomotives BB 26000 remplacent les anciennes rames Métralsace. Cette desserte prend le nom de et porte sur six aller-retours entre Strasbourg et Mulhouse, dont quatre prolongés jusqu'à la gare de Bâle SNCF. Certains de ces trains remplacent des Métralsace plafonnés, eux, à . Grâce aux gains de temps importants, le succès commercial est immédiat, et l'offre TER 200 passe à dix aller-retours en 1994, douze aller-retours en 1995, et seize aller-retours en 1998, soit deux trains à l'heure pendant les heures de pointe. Le nombre de voyageurs par jour atteint alors les six mille369-370..
vignette|Marquage TER 200, en janvier 2013. vignette|Les rames Corail TER 200 remplacent les rames Métralsace à partir de septembre 1991. Grâce à la qualification de la section Mulhouse - Saint-Louis pour une vitesse de en 1994, avec une participation régionale, cette fois-ci minoritaire, de , le temps de voyage peut être raccourci de nouveau. En 1997, deux lignes purement régionales bénéficient pour la première fois d'une rénovation complète avec relèvement considérable de la vitesse autorisée. Il s'agit de la ligne de Lutterbach à Kruth (à l'exception du tronçon final Wesserling - Kruth), avec une participation régionale de , et de la ligne de Vendenheim à Haguenau, avec une participation régionale de . Après les travaux, les trains peuvent rouler à entre Vendenheim et Bischwiller, entre Lutterbach et Cernay, et entre Cernay et Thann. Ce n'est qu'un début, car les autres lignes régionales bénéficient progressivement de modernisations à leur tour, seule la ligne de Kalhausen à Sarre-Union ne faisant pas encore l'objet d'un projet.
Jusqu'à la régionalisation, sur le plan comptable, la SNCF distribue elle-même la compensation globale pour les dessertes régionales versée par l'État entre les régions. Il apparaît ainsi un solde négatif de pour l'exercice 1992 et un solde également négatif de pour l'exercice 1993, alors que l'Alsace ne fait pas partie des dix régions ayant subi une baisse de trafic depuis 1990 et avait présenté des soldes légèrement positifs de 1988 à 1990. Ces résultats sont publiés, avec des chiffres provisoires, seulement dans le courant de 1994 et en . Les responsables de la SNCF ne parviennent pas à justifier de façon satisfaisante ces mauvais résultats, tout en demandant aux régions concernées de lui verser des contributions à concurrence des déficits. Cette expérience instille la méfiance des régions à l'égard de la SNCF, l'opacité des chiffres ne permettant pas d'exclure que cette dernière répercute les charges financières du réseau à grande vitesse sur les dessertes régionales308-310.. Pendant la période 1985-1992, la région Alsace a investi dans les infrastructures des transports régionaux et dans le matériel, figurant à la respectivement à la des régions françaises, ou à la en considérant le total des investissements292-294..
La desserte ferroviaire entre Niederbronn et Bitche est supprimée en .
Depuis la régionalisation en 1998 vignette|Rame suisse Colibri du Regio S-Bahn Bâle à Saint-Louis, en décembre 2009. La loi du 4 février 1995 d'orientation pour l'aménagement et le développement du territoire du prévoit, dans son article 67, l'expérimentation du transfert de l'organisation et du financement des transports régionaux vers les régions. Parmi les onze régions se portant candidates, six sont retenues, dont l'Alsace. Les conventions d'expérimentation sont signées pendant les premiers mois de 1997 et deviennent effectives en 1998. La principale nouveauté est que l'ensemble des financements passe désormais par les régions, ce qui leur donne un moyen de pression sur la SNCF, qui auparavant ne fournissait qu'un minimum d'informations aux régions et se comportait en autorité organisatrice de transports (AOT) tout en bénéficiant des contributions de l'État. Les nouvelles AOT des TER sont les régions, réunissant enfin la fonction de décideur et payeur. En outre, les régions pilotes ont obtenu un effort financier supplémentaire de l'État, le niveau des anciennes contributions et les moyens pour le renouvellement du matériel roulant ayant été insuffisants340-343.. Afin de favoriser la prise en compte des besoins locaux, la région met progressivement en place des comités de ligne, présidés par des élus et formés par les maires des communes desservies par une ligne, et accessoirement de représentants d'associations d'usagers. Le rôle de ces comités est consultatif, la décision appartenant au Conseil régional après consultation avec la SNCF369..