thumb|Le dodo est un exemple emblématique d'extinction souvent cité.
En biologie et en écologie, l' est la disparition totale d'une espèce ou d'un groupe de taxons, réduisant ainsi la biodiversité.
Les écologues distinguent cette extinction numérique de l'extinction fonctionnelle, qui est la réduction de taille de la population d'une espèce telle qu'elle conduit à la raréfaction ou à l'extinction d'autres espèces dans la communauté, ce qui altère la fonctionnalité et la stabilité de l'écosystème..
À travers l'évolution, de nouvelles espèces apparaissent par le processus de la spéciation — où de nouvelles variétés d'organismes émergent et se développent quand elles sont capables de trouver et d'exploiter une niche écologique — et des espèces disparaissent quand elles ne sont plus capables de survivre dans des conditions changeantes ou face à une concurrence qu'elles ne peuvent affronter. Typiquement, une espèce s'éteint en 5 à 10 millions d'années (hors période de crise bio géologique)., bien que certaines espèces, appelées fossiles vivants, survivent pratiquement inchangées pendant des centaines de millions d'années, comme la famille des Ginkgoaceae, qui date d'environ . Seulement 1/1000 des espèces ayant existé sont encore vivantes aujourd'hui..
Les données paléontologiques montrent que les taux d'extinction étaient invariablement faibles avant l'expansion humaine sur toute la planète, et que les extinctions de masse étaient des événements rares. Démarrant approximativement il y a et coïncidant avec la croissance du nombre et de la répartition des humains, l'extinction des espèces a augmenté à un taux sans précédent. depuis la grande extinction du Crétacé, atteignant un taux d'extinction de 1–2,2 % des espèces dans les dernières décennies du (une espèce sur tous les selon l'Évaluation des écosystèmes pour le millénaire).. Ce phénomène est connu sous le nom d'extinction de l'Holocène et représente la sixièmeextrait de la revue Entropia, http://www.entropia-la-revue.org/spip.php?breve140.De Wever P.(dir.), muséum d'histoire naturelle de géologie, http://geologie.mnhn.fr/biodiversite-crises/page7.htm.détail des cinq autres crises majeures: http://geologie.mnhn.fr/biodiversite-crises/page4.htm. extinction massive.
Au début des années 2000, des experts estiment que plus de la moitié des espèces alors vivantes pourraient s'éteindre avant 2100. Voir aussi .Agence Science-Presse, La , et La () : quelles conséquences?, .. Cette prévision a été contestée par Bjørn LomborgBjørn Lomborg, L'écologiste sceptique, et suivantes, mais cet ouvrage est très largement contesté par les pairs de l'auteur. 1989 “The past and future Amazon.” Scientific American, May 1989:102-8., mais fin 2014 une nouvelle évaluation publiée dans la revue Nature.voir aussi « Species in the red » (audio), associé à l'article de Nature cité ci-dessus. conclut qu'il reste impossible de précisément quantifier toute la biodiversité, mais que pour les espèces connues la situation s'aggrave : les amphibiens sont les plus menacés (41 % d'espèces en danger), devant les oiseaux (26 %) et les mammifères. 60 % des coraux pourraient mourir avant même 2050. Si l'on considère la fourchette d'une évaluation prospective (36 000 espèces disparaissant par an vers 2010-2014) la extinction (75 % des espèces auraient alors disparu) pourrait advenir vers 2200 (si rien de plus n'est fait pour l'éviter).
Aux causes anciennes et naturelles d'extinction (chasse, surexploitation...) se sont ajoutées des causes anthropiques récentes telles que les effets des pollutions, de la surexploitation des ressources naturelles, de la destruction des habitats ou de l'insularisation. induite par la fragmentation écologique croissante des paysages. Ces effets pourraient dans un proche avenir être exacerbés par les effets du dérèglement climatique. Depuis 1900, les disparitions d’espèces ont été multipliées par 100, soit un rythme sans équivalent depuis l’extinction des dinosaures.
Selon le de 2019, publié par la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques, la biomasse de mammifères sauvages a diminué de 82 %, les écosystèmes naturels ont perdu environ la moitié de leur superficie et un million d'espèces sont menacées d'extinction, tout cela en grande partie à la suite d'actions humaines. 25 % des espèces végétales et animales sont menacées d'extinction....
Définitions Une espèce est réputée « disparue » quand le dernier membre de cette espèce est mort. L'extinction devient donc une certitude quand il n'y a plus d'individu survivant capable de se reproduire et d'engendrer une nouvelle génération.
Une espèce est dite « fonctionnellement éteinte » lorsque les individus survivants ne peuvent plus se reproduire, à cause d'une santé faible, de l'âge ou d'une distribution éparse sur une grande étendue, d'un nombre trop réduit d'individus, ou encore à cause d'un manque d'individus d'un des deux sexes (pour les espèces à reproduction sexuée) ou pour d'autres raisons.
Établir l'extinction (ou pseudo-extinction, voir chapitre suivant) d'une espèce requiert une définition claire de cette espèce. Si elle est déclarée éteinte, l'espèce en question doit être identifiable de manière unique, bien différenciée de ses ancêtres, espèces descendantes ou proches. L'extinction d'une espèce (ou remplacement par une espèce descendante) joue un rôle clé dans l'hypothèse de l'équilibre ponctué de Stephen Jay Gould et Niles Eldredge.
En écologie, le terme extinction est souvent utilisé informellement en référence au phénomène d'extinction locale (ou extirpation), dans lequel une espèce cesse d'exister dans une zone d'étude donnée, mais vit encore ailleurs. Une extinction locale peut être suivie d'une recolonisation naturelle, ou d'une réintroduction d'individus de cette espèce prélevés dans d'autres régions (avec parfois des échecs, quand la niche écologique a été occupée ou modifiée par d'autres espèces).
L'extinction d'une population sauvage d'une espèce peut avoir des répercussions écopaysagères, et notamment provoquer des extinctions supplémentaires, dites « extinctions en chaîne » ou coextinctions..
Pseudo-extinction vignette|Certains scientifiques considèrent que les dinosaures sont pseudo-éteints, car certaines espèces de ce groupe, les oiseaux, existent encore aujourd'hui. ont voulu nuancer le phénomène d'extinction en distinguant : les espèces disparues sans laisser aucune espèce-fille (extinction totale, avec perte du patrimoine génétique) ; les espèces disparues qui ont laissé une ou plusieurs espèces-filles (qui leur ont survécu, en évoluant plus ou moins par rapport à leur espèce-mère, mais qui en porteraient la plupart de l'information génétique). Ils appellent ce type d'extinction pseudo-extinction.
Cette approche veut insister sur la continuité d'une partie du patrimoine génétique, mais outre que celle-ci est déjà prise en compte par la théorie de l'évolution, la notion de pseudo-extinction prend mal en compte la définition admise de l'espèce. De plus elle est porteuse d'ambiguïté, en effet les filiations et fonctions du patrimoine génétique sont encore mal comprises et il est difficile de savoir à partir de quand on pourrait considérer qu'une « espèce-fille » est devenue une espèce indépendante (toutes les espèces descendantes peuvent-être d'un même organisme originel, en poussant ce concept à son extrême, il faudrait reclasser toutes les extinctions en pseudo-extinctions). Les espèces domestiquées seraient alors à considérer comme leurs ancêtres ou parents sauvages proches, la disparition de l'aurochs ou du Hyracotherium n'étant par exemple qu'une pseudo-extinction.
La réalité d'une pseudo-extinction est délicate à établir autrement que par des faisceaux d'indices liant fortement une espèce vivante aux membres d'une espèce préexistante. Par exemple, il est parfois soutenu que le Hyracotherium disparu, qui était un ancien animal similaire au cheval, est pseudo-éteint plutôt qu'éteint, parce qu'il y a plusieurs espèces vivantes du genre Equus, incluant les zèbres et les ânes. Cependant, comme les espèces fossiles ne laissent pas ou peu de matériel génétique, il est impossible de dire si Hyracotherium a évolué vers les espèces de chevaux modernes ou simplement évolué depuis un ancêtre commun. La pseudo-extinction est plus simple à démontrer pour des groupes taxonomiques plus importants. Il est dit que les dinosaures sont pseudo-éteints, car certains de leurs descendants, les oiseaux, existent encore aujourd'hui.
« Réapparition » d'espèces vignette|Pendant plus de 100 ans, Petaurus gracilis fut considéré comme éteint, mais de nouveaux spécimens furent découverts en 1989. Pour les espèces ubiquistes et à large aire de répartition, déterminer le moment de l'extinction est difficile, et habituellement fait rétrospectivement, voire sans certitudes, comme l'illustre le phénomène dit de « taxon Lazare ». dans lequel une espèce présumée éteinte « réapparaît » subitement (typiquement dans un enregistrement fossile) après une période d'apparente absence.
Des espèces d'abord considérées comme « éteintes », faute d'individus observés pendant plusieurs années ou décennies, peuvent ainsi être redécouvertes. Ce fut le cas par exemple du pic à bec ivoire, du Petaurus gracilis, du Takahé du Sud ou du Fuligule de Madagascar ou le potorou de Gilbert, présumé éteint durant . Le cas le plus célèbre d'espèce « réapparue » est celui du cœlacanthe.
Cependant, les grands organismes de conservation comme l'UICN considèrent que ces espèces restent menacées de disparition si leur nombre d'individus et leur diversité génétique sont faibles, et qu'ils sont à un stade proche de l'incapacité à renouveler les générations.
Datation des extinctions Les dates d'extinction ne sont souvent qu'indicatives, car :
Pour les périodes anciennes ; elle est fixée par l'étude des fossiles par la paléontologie, avec donc des dates qui peuvent être comprises dans de larges fourchettes, mais susceptibles d'être précisées par de futures découvertes scientifiques. Des approches génétiques visant à remonter la radiation évolutive sont aussi en développement.
Pour les espèces contemporaines ou récemment disparues ; par commodité, la date d'extinction est généralement considérée comme étant celle de la mort du dernier individu connu de l'espèce, ce qui peut induire des biais ou erreurs dans l'analyse des conséquences écologiques de ces disparitions. En effet : Une espèce peut être considérée comme « non-éteinte » parce qu'il en reste au moins un individu vivant, même si celui-ci a perdu toute capacité à procréer, faute de partenaire sexuel suffisamment proche (situation qui peut perdurer des années ou siècles avant la mort des derniers individus dans le cas d'un arbre). Dans d'autres cas, des individus d'une espèce pourraient encore survivre, alors qu'il ne reste plus que des mâles ou plus que des femelles. Ceci peut par exemple être la conséquence d'une pollution thermique chez des espèces dont le ratio mâle/femelle est influencé par la température (tortues…) ; ou quand des perturbateurs endocriniens féminisent près de 100 % des individus de certaines espèces (comme chez certains poissons et coquillages). Une espèce peut être considérée comme « éteinte » alors qu'il en reste en réalité des propagules vivantes (par exemple, des graines ou des spores encore capables de germer). Mais même dans ce dernier cas, s'il s'agit d'un végétal supérieur, il est possible que l'unique pollinisateur de l'espèce, ou un symbiote nécessaire ait disparu, empêchant la reproduction sexuée et donc la diversité biologique intraspécifique. Et s'il s'agit d'animaux, il peut arriver que les géniteurs potentiels soient alors si éloignés les uns des autres ou si isolés par des barrières écologiques (nouvelles et anthropiques, ou naturelles) qu'ils n'ont statistiquement plus aucune chance de se rencontrer et de se reproduire.