La guerre de Dix Ans (1634-1644) est l'épisode comtois de la guerre de Trente Ans (1618 à 1648). Cette guerre a pris ce nom sous la plume de l'historien comtois Jean Girardot de Nozeroy, contemporain des faits.

Situation de la Franche-Comté au

Durant le règne de Charles Quint au , la Franche-Comté (Comté de Bourgogne) était une région prospère à l'abri des démêlés entre la France et l'Espagne ainsi que l'Autriche, grâce à son statut particulier garanti dans divers traités de neutralité avec les cantons suisses voisins.

Après l'abdication de Charles Quint, Philippe II devient roi d'Espagne et comte de Bourgogne. Il engage alors une lutte contre le protestantisme qui se diffuse en Franche-Comté, proche à la fois de la Suisse et du comté de Montbéliard.

Le parlement de Dole, fortement appuyé par Philippe II, aide au succès de la cause catholique et évite à la Franche-Comté les troubles des que l'Allemagne connut pendant plus de trente ans. Cependant, la région n'est pas épargnée par la guerre. Le , Henri IV, alors roi de France, déclare la guerre à l'Espagne. La France est victorieuse des Espagnols à Fontaine-Française (en duché de Bourgogne) ; durant le mois de , la région est envahie par Henri IV en personne, qui ne se soucie guère des traités de neutralité dans la région.

Plusieurs villes et villages sont alors maltraités, Baume-les-Dames et Lons-le-Saunier sont contraints de payer des sommes faramineuses sous peine d'être dévastés. Mais Henri IV, craignant que les Suisses n'interviennent pour faire respecter les traités de neutralité, décide de quitter précipitamment Lons-le-Saunier, non sans avoir brûlé ses deux faubourgs.

En 1598, la paix de Vervins est signée, rendant à la France et à l'Espagne leurs conquêtes mutuelles. Cette même année, Philippe II meurt ; il laisse derrière lui les Pays-Bas et la Franche-Comté à sa fille aînée, l'infante Isabelle-Claire-Eugénie d'Autriche, épouse de l'archiduc Albert d'Autriche.

La « guerre de Dix Ans »

Contexte et origines Isabelle-Claire-Eugénie d'Autriche renouvelle en 1611 le pacte de neutralité qui avait été convenu en 1522 entre la France et la Franche-Comté par Marguerite d'Autriche. Le pacte indiquait clairement que la neutralité devait être observée au moins jusqu'en 1640. Un répit de courte durée est alors attribué à la Franche-Comté, sous le gouvernement de l'archiduc Albert d'Autriche et d'Isabelle-Claire-Eugénie d'Autriche.

En 1621, l'archiduc Albert d'Autriche décède, et au même moment, Philippe IV, son neveu, accède au trône d'Espagne. Isabelle-Claire-Eugénie d'Autriche meurt à son tour quatorze ans plus tard, laissant la Franche-Comté à Philippe IV. Entre-temps, en , Richelieu écrit à Louis XIII : .

Louis XIII, excédé par l'agrandissement de la « maison d'Autriche », s'était allié à la Ligue protestante, composée des princes d'Allemagne et du roi de Suède Gustave Adolphe. Face à eux, la Ligue catholique est composée de l'empereur Ferdinand II, du roi de Hongrie, du roi d'Espagne Philippe IV, et du duc Charles IV de Lorraine. Or Gaston d'Orléans, frère de Louis XIII, et en rébellion contre lui, avait des liaisons avec Charles IV de Lorraine et Philippe IV.

Louis XIII rompt alors le traité de neutralité, prétextant que Besançon avait accueilli Gaston d'Orléans, et le déclare la guerre, malgré l'opposition du Parlement de Dole.

Le temps des succès comtois (1634-1637) vignette|Soldats comtois de la guerre de Dix Ans. Le conflit commence plutôt bien pour les Comtois : en 1634, est contrée à Lure une attaque suédoise venant d'Alsace par et en 1635, d'autres attaques dans le nord-est seront également repoussées.

En 1636, la menace se fait plus sérieuse : Richelieu concentre alors à Auxonne (frontière entre la Bourgogne et la Franche-Comté) une armée, composée de plus de , dont il confie le commandement au prince de Condé. Côté comtois, le parlement avait attribué deux ans plutôt, le commandement en chef des troupes du comté au maréchal de camp Gérard de Joux de Watteville, marquis de Conflans, assisté et secondé par le parlementaire Jean Girardot de Nozeroy. Les troupes comtoises, manquant de moyens et de munitions, s’élèvent à un peu plus de . Inférieur en nombre, Watteville ne veut pas attaquer frontalement les Français et opte pour un morcellement des troupes, qui sont cantonnées dans les villes les plus importantes. Le , le prince de Condé se présente devant Dole, qui était à l'époque la capitale de la Franche-Comté. Ce dernier pensait qu'après la chute de Dole, qui était siège du gouvernement et du parlement, la conquête de la Franche-Comté se ferait beaucoup plus facilement. Mais après un siège difficile de plus de trois mois et devant l'arrivée en renfort de comtois, impériaux et lorrains menés par Charles IV de Lorraine, le prince de Condé doit lever le siège, pour aller défendre Corbie, en Picardie. En , les français échouent également à pénétrer le nord-ouest du comté et doivent abandonner le siège de Champlitte. Les armées de Charles de Lorraine, saisissent l'occasion pour envahir le duché de Bourgogne. Mais si l'invasion est au départ un succès, elle sera stoppée lors du siège de Saint-Jean-de-Losne, en . Lorrains et impériaux refluent en Franche-Comté, ce qui ne sera pas sans problèmes.

En 1637, Watteville organise une double offensive pour reprendre l'initiative face aux Français. Il charge son fils, le comte de Bussolin, de lancer une grande offensive sur le Bugey français. Lui-même prend la tête d'une autre offensive en Bresse, où il remportera un grand succès à Savigny. Toutefois, même en ayant remporté les combats de Martignat et conquis une dizaine de places dont Oyonnax, les Comtois dans le Bugey ne pourront conserver ces territoires par manque de troupes. Fin février-début mars, les Comtois retournent chez eux, abandonnant la plupart de leurs conquêtes. Ces conquêtes n'ont pas été possibles car le parlement était en rivalité avec le commandement militaire. La campagne de Bresse avortée sera la cause du retour des Français dans le Comté de Bourgogne. Sans le soutien du parlement, qui lui refuse l'artillerie des impériaux rentrés du duché de Bourgogne ainsi que des éléments de cavalerie, Watteville souhaite s'en prendre à l'enclave française de Cornod. Une grave dissension entre ses officiers ainsi qu'une reconnaissance du terrain bâclée, causera la défaite de l'armée de Watteville, surpris par les Français lors du siège du château. La défaite de Cornod, le , marque la fin de cette période de succès comtois et le début des temps difficiles pour le comté. Watteville sera démis de ses fonctions et l'armée comtoise, qui a perdu les deux tiers de ses effectifs, sera placée sous les ordres de Charles IV de Lorraine. Les autorités comtoises n'ont plus leur mot à dire sur la suite de la conduite de la guerre.

Les Français prennent l'avantage (1637-1638) vignette|Les "Suédois" de Saxe-Weimar

Cette année-là, trois armées envahissent simultanément la région : le duc Bernard de Saxe-Weimar, par la Saône, le marquis de Grancey par Montbéliard, et le duc de Longueville par la Bresse. Le , la riche cité de Saint-Amour, dans le bailliage d'Aval, est assiégée par le duc de Longueville et, malgré une résistance d'une semaine de la part de ses habitants, le bourg tombe aux mains des Français, ainsi que plusieurs autres villages des environs.

La tactique des Français est simple et terriblement efficace : assiéger les petites localités de façon à éviter de devoir attaquer les grands centres de résistance souvent situés dans les grandes villes de la région. Ainsi, Saint-Claude et Moirans, sont pris, puis Lons le saunier, au bout d'un siège de 2 semaines. Le duc de Saxe-Weimar, qui était au service des Français, fit de même, en pillant et dévastant tout sur son passage. De nombreuses localités sont prises d'assaut et assiégées, notamment Jonvelle, Jussey et Bletterans ; d'autres villages subiront un sort encore plus cruel, comme Pierrecourt, qui fut totalement détruit par les flammes, et dont les habitants ont tous été exécutés. Le duc de Saxe-Weimar assiège également de nombreux châteaux et forteresses près de la Saône.

Dans le mois d'avril, le commandement des armées comtoises, est confié à Jean-Baptiste de la Baume, marquis de Saint-Martin. Si les Comtois n'ont plus vraiment d'armée en tant que telle, il leur reste encore les garnisons des grandes villes comme Gray, Dole ou Besançon. Mais on trouve également des contingents lorrains de plusieurs milliers d'hommes et quelques troupes impériales et espagnoles en plus faible nombre. Toutes ces forces combinées peuvent encore faire la différence face à la France. Charles IV, le duc de Lorraine, se voit confier le gouvernement de la Franche-Comté par Philippe IV. Il décide de rester à Besançon, alors que ses soldats ont la charge de défendre le bailliage d'Amont. Mais ses soldats indisciplinés se comportent comme de vrais pillards en dévastant la région. Le bailliage d'Amont sera saccagé et affaibli aussi bien par ses ennemis, les Français, que par ses alliés, les Lorrains.

En 1638, la région est donc en partie dévastée par la guerre, en plus d'être victime de la peste, qui poursuit ses ravages, commencés en 1636 lors du siège de Dole. En début d'année, le commandement ultime de toutes les armées alliées est confié à Charles IV de Lorraine. Une immense victoire remportée à Poligny sur les Français ne suffira pourtant pas à inverser le cours du conflit, qui devient toujours plus destructeur pour la région. Pire encore, les choix stratégiques de Charles de Lorraine à la suite de la bataille, mécontentèrent les alliés créant de profondes divisions. La seconde bataille de Poligny, ajouté à d'autres défaites en Allemagne, achève de saper la cohésion des alliés qui se divisent définitivement. Lorrains et Impériaux rentrent chez eux laissant la province quasiment sans défense.

La Franche-Comté ravagée (1638-1639) vignette|Château de Nozeroy, pris en 1639 et détruit pendant le conflit La Franche-Comté est alors confrontée à un autre fléau encore plus dévastateur : la famine. De nombreux Francs-Comtois fuirent la faim, et émigrèrent en Savoie, en Suisse, et même pour certains en Italie, à Milan et à Rome. Voici ce qu'en dit Girardot de Nozeroy dans ses écrits, intitulés Histoire de Dix Ans de la Franche-Comté de Bourgogne :

Après avoir attaqué les plaines du comté de Bourgogne, l'Alsace et le Comté de Montbéliard, la France voulait en plus, pour frontière, les montagnes du Jura. Bernard de Saxe-Weimar, qui avait déjà envahi l'Alsace, et qui n'arrivait plus à faire vivre ses troupes dans cette région, avait pour projet de se rapprocher de la Franche-Comté. À ce moment-là, Richelieu donne alors l'ordre à Bernard de Saxe-Weimar « d'envahir, de conquérir, au nom de la France, toute la Franche-Comté limitrophe de la Suisse », c'est-à-dire la région montagneuse beaucoup moins éprouvée par la famine que le plat pays, favorisant ainsi ses desseins. Il entre alors en Franche-Comté sans hésitations, par le village de Saint-Hippolyte, qu'il incendie. Peu après, Bernard de Saxe-Weimar pille Morteau et saccage Montbenoît.

Le , le comte de Guébriant assiège Nozeroy alors tenu par Roland de Montrichard, et y établit ses quartiers. Le , le château de Joux est pris par les Suédois, grâce à la peur ou à la corruption du lieutenant qui le commandait. Le , de Guébriant s'empare de Château-Vilain et, le lendemain, il prend le château de Chaux-des-Crotenay.