droite|sans_cadre L'histoire de Prague se déroule sur deux millénaires pendant lesquels la ville s'est développée d'un noyau d'habitation entre Vyšehrad et l'oppidum du château de Prague en une ville multiculturelle, capitale de l'État européen moderne qu'est la République tchèque.
Avant les grandes invasions La région de Prague est peuplée dès le paléolithique. Comme le reste de la Bohême, Prague est tout d'abord habitée par les Boïens, un peuple celte qui arrive ici aux environs de l'an -200 et qui occupe l'oppidum de Závist, situé à quelques kilomètres au sud de la ville actuelle. Ils sont chassés de la région par les Marcomans, une tribu germanique puis les Avars les remplacent avant de partir vers l'ouest sous la pression des Slaves qui s'y installent au .
Capitale du duché puis royaume de Bohême
thumb|Forteresse de Vyšehrad vue depuis la rive gauche de la Vltava. Selon la légende colportée par Cosmas de Prague, la ville est fondée par la princesse Libuše et son mari Přemysl, également fondateur (mythiques) de la dynastie des Přemyslides. Que la légende soit vraie ou fausse, des fouilles archéologiques attestent de la présence humaine au sur les hauteurs de Vyšehrad, sur la rive droite de la Vltava, et celles du futur château de Prague sur la rive gauche.
Située au centre des plaines de Bohême, au croisement des routes commerciales est-ouest et nord-sud qui traversent l'Europe, Prague se développe pour devenir la capitale du duché des Přemyslides et un centre commercial : la première trace écrite mentionnant Prague, en 965, est le fait d'un voyageur, marchand juif d'Andalousie, Ibrahim ibn Ya'qub, qui y note la présence d'un petit groupe de commerçants juifs rencontrés dans cette ville. Il indique :
La ville devient évêché en 973. vignette|Juifs brûlés et tués par le prêtre Volkmar lors de la Première croisade, Prague, Dès 1096, après d'autres villes d'Europe, la communauté juive de Prague subit la persécution pendant la première croisade (croisade populaire mais aussi barons croisés) avec son lot de massacres et de baptêmes forcés. À partir de cette date, le ghetto du Josefoc est muré. L'antijudaïsme activiste est condamnné par et l'Église catholique dans son ensemble. Une partie de la population s'enfuit en (Petite) Pologne en 1098, à la suite d'une sorte de premier pogrom officiel : persécutions, conversions forcées. Les positions juives dans le commerce sont en partie reprises par les commerçants allemands.
En 1170, fait construire, en bois, le premier pont sur la Vltava, le pont de Judith qui, écroulé en 1342 sera remplacé par un pont de pierre, le célèbre pont Charles.
, roi de Bohême (1173-1179) accorde une charte à la ville de Prague et un premier privilège à la communauté juive.
fonde Malá Strana en 1257 qui reçoit alors une charte municipale et héberge la communauté allemande qui s'autoadministre selon les droits de Magdebourg. Par son , il accorde de nouveaux droits civils aux Juifs. Sur l'autre rive de la Vltava, la Vieille Ville de Prague se développe autour de son noyau historique de Týn et est peuplée de Tchèques et d'une communauté juive dans ce qui deviendra Josefov.
Capitale du Saint-Empire thumb|left|Tour gothique du pont Charles. Incorporée à partir de 962 au Saint-Empire romain germanique, la Bohême connaît un âge d'or au Moyen Âge. est un prince énergique qui, avant même de devenir empereur, transforme radicalement la ville. En 1344 celle-ci est élevée au rang d'archevêché (élévation qui entraîne la reconstruction, en style gothique de la cathédrale Saint-Guy de Prague) et à laquelle il adjoint, en 1347 la Nouvelle-Ville de Prague qui double la superficie de la Vieille-Ville enserrée dans ses murailles du .
Pour faire face à la croissance démographique de sa capitale, le , signe un décret décidant la plus grande opération d'urbanisme du Moyen Âge, qui n'a pas son égal dans l'Europe du . Il décide de réunir les divers quartiers extérieurs pour en faire une ville neuve. Le plan d'urbanisation témoigne d'une volonté de rigueur, tant pour les règles et les délais de construction que pour le dessin géométrique des rues. Malgré la stabilité qu'il apporte, la hiérarchie catholique oblige à signer un décret pour le port d'un chapeau juif discriminant.
(1296-1346), roi de Bohême (1310-1346) surtout réputé hors de Bohême, fait régner une forme de terreur sur la communauté juive de la ville : pillages, destructions, arrestations, rançons.
1348 est marquée par la fondation de l'université Charles de Prague, la première université d'Europe centrale et première université allemande. Cette université aura pour premier recteur le prédicateur et réformateur religieux Jan Hus. Enfin, en 1355, fait de Prague la capitale du Saint-Empire romain germanique. En 1357, la construction du pont Charles est entreprise pour remplacer le pont de Judith détruit lors de la fonte des neiges en 1342.
En 1389, un incident anti-catholique entraîne une allégation antisémite de profanation d'hostie qui provoque une grave émeute encouragée par les prêtres au cours de laquelle meurent du ghetto de Prague, lors de la Pâque juiveLe rabbin Avizdor Kara qui, enfant, est témoin lors de ce massacre de la mort de son père, écrit une élégie en souvenir du pogrom, qui est aujourd'hui encore lue chaque année à Yom Kippour dans la synagogue Stare Nova de Prague.. Jean de Goerlitz, sous ce prétexte, ordonne l'année suivante l'expulsion de tous les Juifs de Görlitz (en Basse-Lusace ou Silésie).
Prague est alors la troisième ville la plus peuplée d'Europe. C'est un centre culturel et religieux de première importance et c'est ici que naissent les premiers balbutiements de la Réforme avec Jan Hus qui prêchant en la chapelle de Bethléem contre les abus de la hiérarchie catholique, en particulier contre le trafic des indulgences. Il sera excommunié puis sa mise à mort pour hérésie, en 1415, sur le bûcher, lors du concile de Constance met le feu aux poudres en Bohême et marque le début des croisades contre les Hussites.
En 1419, les Hussites prennent le contrôle de la ville, l'empereur Sigismond envoie une armée pour reprendre possession de la ville mais celle-ci est défaite. Ce n'est qu'à la bataille de Lipany, en 1434, que les Pragois seront mis en déroute. Toujours insoumise, la diète de Bohême, réunie dans l'hôtel de ville de la Vieille-Ville, élit pour roi Georges de Poděbrady le . Préférant un souverain slave plutôt qu'un Habsbourg, la diète élit Vladislas Jagellon en remplacement de . Mais sa fille, Anne Jagellon épouse Ferdinand d'Autriche, selon un accord dynastique arrangé par en 1515, et la ville repasse bientôt sous domination habsbourgeoise.
Sous les Habsbourg thumb|Gravure d'époque représentant la bataille de la Montagne-Blanche. Au cœur des conflits européens En 1526, après une succession de rois faibles, les Habsbourg autrichiens s'emparent de la couronne de Bohême pour établir un règne qui dura quatre cents ans. Sous les Habsbourg, Prague est avec Vienne et Budapest l'une des trois capitales de l'empire et balance entre des mouvements sporadiques de révolte (celle de la diète des États de Bohême en 1547 par exemple, réprimée par ) et de soumission, le plus souvent imposée. En conséquence, les privilèges municipaux, son influence politique et son indépendance vont en diminuant tout au long de la période.
En 1541 est promulgué un arrêt signant l'expulsion des juifs de la ville, avec l'accord du souverain, à l'exception de quelques familles qui paient pour pouvoir rester ou revenir. En 1543, les Juifs ayant précédemment perdu leurs droits, fuient massivement. Seul reste le ghetto de Prague, où la population doit porter un morceau de tissu jaune bien visible sur la poitrine gauche, imposé par un nouvel arrêt de Ferdinand 1 en 1551. vignette|Vues du château de Prague et de Prague, The Story of Prague par Francis Lützow, dessins de G. Hoefnagel, 1588 De 1583 à 1612, sous le règne de qui y apporte l'esprit de la Renaissance, Prague est de nouveau capitale impériale. Au moins un pogrom y a lieu en 1611. La ville connaît une ère de prospérité culturelle à laquelle met fin la défenestration de Prague (1618) qui déclenche la guerre ouverte de la noblesse tchèque, largement protestante, envers le pouvoir impérial (et catholique) des Habsbourg et, au niveau européen, la guerre de Trente Ans. La ville ne se relèvera qu'à partir du , en pleine époque baroque, style qui marqua nombre de palais et d'églises.
La défaite des armées tchèques à la bataille de la Montagne Blanche en et la décapitation, place de la Vieille-Ville, des vingt-sept meneurs de la révolte marquent, pour longtemps, la fin des espoirs d'indépendance des États de Bohême.
thumb|left|L'église Saint-Nicolas de Malá Strana, symbole de la Contre-Réforme en Bohême.Sur le plan religieux, la Contre-Réforme bat alors son plein, les Tchèques protestants (dont le plus célèbre est sans conteste Comenius) sont contraints de se convertir ou de s'exiler. Sur le plan politique, en 1627, annule la charte de Vladislav Jagellon (1500) et impose la Constitution renouvelée du pays (, ) qui impose la germanisation de l'enseignement et de l'administration.
La paix de Prague y est signée en 1635 entre l'empereur et certains princes allemands protestants. En 1648, à la fin de la guerre de Trente Ans, la rive gauche de la ville (Hradčany et Malá Strana) est envahie et pillée par les armées protestantes suédoises peu avant que les traités de Westphalie ne mettent fin aux hostilités qui ont mis l'Europe centrale à feu et à sang.
S'ensuit un siècle de paix qui voit la ville s'embellir avec l'édification de chefs-d'œuvre baroques comme l'église Saint-Nicolas de Malá Strana, les palais Kinský et Šternberk, l'archevêché de Prague et la complétion baroque du château de Prague.
En 1689, un incendie dans la Vieille ville se propage dans le ghetto, détruisant 318 maisons et 11 synagogues. En 1726, (1685-1740) établit un visant à limiter le nombre de Juifs : un seul fils par famille juive a le droit de se marier et fonder une famille. En conséquence, une grande partie de la communauté fuit. Cette loi reste valide (théoriquement) jusqu'en 1859.
En 1741, la guerre de Succession d'Autriche voit l'arrivée des troupes de , alliées à l'armée française du Maréchal de Belle-Isle qui mettent le siège et prennent la ville. Lors de la seconde guerre de Silésie (1744-1745), la communauté juive est accusée de soutenir la Prusse qui occupe alors Prague : dès la fin de la présence prussienne, le ghetto est perquisitionné et les Juifs expulsés par Marie-Thérèse d'Autriche (1717-1780) : 13 000 juifs quittent la ville. Devant le désastre économique ainsi provoqué, en 1748, l'impératrice accorde aux Juifs un séjour temporaire de dix ans, obligatoirement dans le ghetto devenu insalubre, assorti de fortes taxes.
Peu après, lors de la guerre de Sept Ans, la bataille de Prague, le marque la victoire des Prussiens sur les Autrichiens et les Russes mais, malgré leur victoire, les Prussiens ne peuvent s'emparer de Prague.
En 1781, est signé l'Édit de tolérance (Toleranzpatent) par l'empereur , qui garantit la liberté de religion à tous les sujets catholiques et protestants (et serbes-orthodoxes) de l'Empire des Habsbourg, et leur égalité d'accès à la vie publique (emplois publics, université, corps de métier…). La non inclusion des chrétiens orthodoxes et des Juifs est ensuite corrigée par d'autres édits qui leur accorde aussi quelques autres droits. Cependant, les Juifs sont tenus de remplacer par l'allemand le yiddish et l'hébreu en toute circonstance, et de prendre des noms allemands. Le joséphisme est la version autrichienne du despotisme éclairéLa synthèse en est établie en 1797 dans le Patent systemální židovský (1797) ou Systemal Jewish Patent..
Après des émeutes anti-juives en 1844, les Juifs obtiennent obtiennent l'égalité, deviennent citoyens de l'empire et les lois de restrictions familiales sont abolies.