thumb|Le dodo, un oiseau de l'Île Maurice, s'est éteint vers la fin du après que les humains eurent détruit les forêts où les oiseaux faisaient leur nid et introduit des animaux qui mangeaient leurs œufs. Il est souvent cité comme exemple d'extinction moderne.

Lextinction de l'Holocène (aussi nommée sixième extinction ou entrée dans l'Anthropocène) est le nom donné habituellement à l'extinction massive et étendue des espèces durant l'Holocène, en particulier à l'époque contemporaine, qui continue actuellement. L'extinction massive actuelle est entièrement due à l'activité humaine, ce qui inclut la fragmentation des territoires, la déforestation, la destruction des habitats, la chasse, le braconnage, l'introduction d'espèces invasives, la pollution et le changement climatique. Les effets cumulatifs et la synergie entre ces facteurs peuvent avoir un impact environnemental encore plus important.

Ces extinctions concernent de nombreuses familles de plantes et d'animaux. Au début de l'Holocène, après la dernière glaciation, ce sont surtout les continents et les îles nouvellement peuplés par Homo sapiens qui ont vu leurs grandes espèces disparaître. Depuis le début du , avec une accélération constante depuis les années 1950, les disparitions concernent des espèces de toutes tailles et ont surtout lieu dans les forêts tropicales humides, qui ont une grande biodiversité. Le taux d'extinction actuel pourrait être de 100 à supérieur au taux moyen naturel constaté dans l'évolution récente de la biodiversité.. En 2007, l'Union internationale pour la conservation de la nature évalue qu'une espèce d'oiseaux sur huit, un mammifère sur quatre, un amphibien sur trois et 70 % de toutes les plantes sont en péril, sur les un peu plus de qu'elle a évaluées« L'extinction des espèces s'accélère », L'Express.fr, mercredi 12 septembre 2007 (consulté le 13 septembre 2007).Christiane Galus, « La sixième extinction des espèces peut encore être évitée », Le Monde, 13 août 2008..

Chronozones de l'Holocène (années « calibrées AP », avant le présent)Périodes classiques de l’Holocène en Europe (d'après Blytt & Sernander in De-Beaulieu, Striae, 1982), Changements climatiques et leur impact sur les populations passées, Département de paléoclimatologie & paléoenvironnements marins / E.P.H.E. lire en ligne Préboréal : à AP Boréal : à AP Atlantique : à AP Subboréal : à AP Subatlantique : de AP à l'Anthropocène

Dénomination On parle d'une extinction massive et de sixième extinction. car le nombre des disparitions est comparable, sur une courte période, aux « cinq grandes » extinctions massives qui ont marqué le passé géologique de la Terre. L'expression « sixième extinction » a été popularisée par Richard Leakey et Roger Lewin en 1995 et ultérieurement par Elizabeth Kolbert. dont l'ouvrage La Sixième Extinction. Comment l'Homme détruit la vie (2014) a obtenu un vif succès et remporté le Prix Pulitzer de l'essai en 2015. Pour de nombreux scientifiques, le seuil d'une sixième extinction massive est la perte de 75 % des espèces, bien que la comparaison des taux avec les extinctions précédentes soit également utilisée. Si toutes les espèces « menacées » disparaissent dans les 100 prochaines années et que le taux d’extinction demeure constant, on s'attend à ce que les vertébrés atteignent ce seuil en environ 240 à 540 ans. Si toutes les espèces en « danger critique » disparaissent dans les 100 prochaines années, on s'attend à ce que ce seuil soit atteint en environ 890 à 2270 ans. Autrement dit, on craint que des taux correspondant à une extinction massive soient très prochainement atteints, mais ce n'est pas encore le cas.

Les extinctions qui se sont produites en Amérique du Nord à la fin du Pléistocène et durant l'Holocène, sont regroupées sous le vocable d'extinctions du Pléistocène du Nouveau Monde. Les premières extinctions sont rapides (à l'échelle géologique du temps) et concernent souvent de grands animaux, appartenant à des espèces ayant survécu à trois glaciations.

Causes

thumb|Les cinq grandes causes de régression de la biodiversité selon l'ONU et la Convention mondiale sur la biodiversité.Les flèches à double sens évoquent les relations d'exacerbations qui peuvent exister entre chacune de ses causes et les autres.

Quoique d'autres facteurs puissent jouer, la plus grande partie des indices indique les activités humaines comme cause directe ou indirecte des extinctions de l'Holocène.

Période préhistorique et protohistorique

Pour la période préhistorique et protohistorique, les principales causes sont les suivantes : l'extermination par « surchasse » de grands animaux ; la transformation du milieu (anthropisation) par incendies (écobuage), défrichement, mise en culture, et leurs effets notamment d'érosion ; les grandes destructions de forêts par le feu dès la fin de la préhistoire, en Chine notamment, il y a environ, ont conduit à un apport massif de sédiments et de carbone dans les cours d'eau et les estuaires ; le transport d'espèces dans de nouveaux milieux où elles entrent en concurrence avec les espèces locales et peuvent entraîner la disparition de celles-ci.

Période historique et moderne

Pour la période historique et moderne, les causes sont plus diverses et s'appliquent à plus vaste échelle : Selon l'ONU (dans la de Perspectives mondiales de la diversité biologiqueSecrétariat de la Convention sur la diversité biologique (2010) des Perspectives mondiales de la diversité biologique. Montréal, 94 pages.), cinq causes majeures cumulent et exacerbent mutuellement leurs effets. Ces causes sont : Les modifications des habitats des espèces (destruction, banalisation, fragmentation, artificialisation, déforestation, drainage, mise en culture, pollution lumineuse) ; La surexploitation (dont la surpêche) ; La pollution ; L'introduction d'espèces exotiques envahissantes ; Les changements climatiques. Les arbres cultivés (peupliers par exemple), les plantes cultivées en agriculture et certains animaux d'élevage sont également concernés par une perte de diversité génétique induite par la sélection et le clonage. Bien que cela ne concerne qu'un très faible nombre d'espèces, en réalité les biomasses cumulées de tous les humains avec leurs élevages et leurs plantations forment la part dominante (d'au moins un ordre de grandeur) de la macrofaune et de la macroflore, rendant d'autant plus préoccupant un manque de diversité génétique de plus en plus sévère de nos semences et cheptels. Par exemple chez le chien, les individus ont en moyenne 25 % d'homozygotie., soit l'équivalent d'avoir ses deux parents frère et sœur.

Description

Au sens large,La crise actuelle de la biodiversité, parfois appelée « sixième extinction », désigne l'accélération contemporaine des extinctions d'espèces le (une des disparitions notoires est celle du mammouth laineux). Plusieurs hypothèses ont été émises, par exemple une non-adaptation de la faune au changement climatique ou la prolifération de l'homme moderne. Ces deux hypothèses ne s'excluent pas l'une l'autre. On observe un continuum d'extinctions depuis . À ce titre la vague d'extinction depuis le milieu du Version 2006 de la Liste rouge de l'UICN : liste connue d'espèce disparue depuis 1500. s'inscrit dans la continuité de celle de l'Holocène et n'en constitue qu'une accélération.

Durant les cinquante derniers milliers d'années, à l'exception de l'Afrique et de l'Asie du Sud, les espèces de plus de ont disparu à 80 %, concomitamment à l'arrivée de Homo. Les espèces éteintes de moins de sont en comparaison en très faible quantité.

Durant le , entre et deux millions d'espèces se sont éteintes, mais le nombre total ne peut pas être déterminé avec précision du fait des limites de nos connaissances actuelles. Il est cependant notable que le rythme actuel de disparition constaté est supérieur à celui des cinq « grandes » extinctions. Il n'y a cependant pas d'accord général pour savoir s'il faut considérer les extinctions récentes comme un événement à part ou comme un processus en cours de croissance.

D'une manière générale, l'extinction de l'Holocène coïncide souvent avec la présence humaine et ce, pendant une très courte période à l'échelle des temps géologiques (centaines ou milliers d'années) par rapport à la plupart des autres extinctions. A cette échelle de temps et à celle inférieure des décennies, l'érosion de la biodiversité peut être mesurée par les variations d'abondance des populations et communautés qui précèdent nécessairement l'extinction éventuelle d'espèces. Les suivis de biodiversité, depuis une vingtaine d'années (et plus), montrent que les espèces les plus sensibles sont les espèces spécialistes, inféodées aux habitats en voie de destruction ou dégradation, peu fécondes, souvent de grande taille.

Des listes d'espèces disparues et en danger d'extinction ont été établies. L'Union internationale pour la conservation de la nature produit une liste rouge qui répertorie et répartit en cinq catégories les espèces animales récemment disparues ou menacées, selon le degré de menace.

Le 15 novembre 2017, cette liste a été actualisée par l'Union internationale pour la conservation de la nature et le Muséum national d'histoire naturelle. Depuis le premier état des lieux fait en 2009, la situation s'est très fortement dégradée pour les mammifères terrestres et marins de France métropolitaine. Sur les 125 espèces examinées, 17 sont classées comme « menacées » et 24 sont considérées comme « quasi menacées ». Il y a aujourd'hui 33 % des espèces terrestres et 32 % des espèces marines qui sont en péril, contre respectivement 23 % et 25 % il y a huit ans..

Extinctions préhistoriques

Causes des extinctions préhistoriques et protohistoriques

Aucune cause n'est aujourd'hui formellement ni précisément identifiée avec certitude, mais un faisceau d'indices laisse penser qu'elles sont principalement liées aux activités humaines.

Hypothèse humaine Le facteur souvent présenté comme le plus probable de la disparition de la mégafaune est l'humain, non seulement à cause de la chasse (le site Clovis en Amérique du Nord semble démontrer que cette hypothèse n'est pas suffisante) mais aussi à cause de la maîtrise du feu et des pratiques de culture sur brûlis Prideaux, G.J. et al. 2007. An arid-adapted middle Pleistocene vertebrate fauna from south-central Australia. Nature 445:422-425., ou des brûlis dans le seul objectif de chasse, qui modifient profondément la flore d'une écozone.

On observe que partout dans les zones actuellement tempérées (mais froides durant les dernières glaciations) la mégafaune et une partie des autres espèces a fortement décru de manière corrélée ou corrélable au développement des populations humaines, notamment là où elles se sont sédentarisées.

Certaines espèces (tigre à dents de sabre par exemple) ont disparu a priori spontanément, sans relations avec l'apparition des premiers établissements humains.

Ceci ne vaut pas dans les zones de jungles où la présence humaine ne semble pas avoir fait disparaître d'espèces (hormis peut-être le en Amérique). Des données archéologiques récentes, notamment au Brésil dans le site de Santa Elina (Mato Grosso) fouillé par Agheda et Denis Vialou, indiquent un décalage important entre l'arrivée des humains et la disparition de la mégafaune. Ce site montre la coexistence de l'humain et du Glossotherium dans deux couches respectivement datées de et .

Hypothèse climatique