thumb|250px|Le crapaud doré (Incilius periglenes), a été un des premiers indicateurs du déclin des populations d’amphibiens. Considéré dans les années 1980 comme abondant dans son habitat au Costa Rica, il a été observé pour la dernière fois en 1989. Les derniers chiffres de croissance de la population conformes à la normale datent de 1987. En 1988, seulement 8 mâles et 2 femelles ont été observés. En 1989, on n’a plus rencontré qu’un seul spécimen mâle, qui reste encore aujourd’hui le dernier individu observé.
Bien que les scientifiques observent une diminution des populations de plusieurs espèces en Europe depuis les années 1950Honegger R.E. (1978) Amphibiens et Reptiles menacés en Europe. Strasbourg, Conseil de l'Europe, 127 p., la prise de conscience du fait que le déclin des populations d'amphibiens puisse entraîner des extinctions massives d'espèces dans le monde entier ne date que des années 1980. En 1993 déjà, plus de 500 espèces de grenouilles et de salamandres présentes sur les cinq continents présentaient un déclin de population. Aujourd’hui, le phénomène de déclin des populations d'amphibiens affecte des milliers d’espèces dans tous les types d’écosystèmes et est ainsi reconnu comme une des menaces les plus sévères, en termes d'espèces disparues ou menacées, à l'encontre de la biodiversité de notre planète.
À l’origine, les rapports sur ce déclin n'étaient pas pris en considération par la totalité de la communauté scientifique. Certains scientifiques avançaient le fait que les populations animales, comme celles des amphibiens, connaissaient des fluctuations naturelles au cours du temps. Aujourd’hui, tous s’accordent à dire que ce phénomène de déclin prend une ampleur alarmante partout dans le monde. Corn PS. 1994. What we know and don't know about amphibian declines in the west. Insustainable Ecological Systems: Implementing an Ecological Approach to Land Management, ed. LF DeBano, WW Covington, . Fort Collins, CO:USDA For. Serv. Rocky Mountain For. Range Exp. Station. Waldman B, Tocher M. 1998. Behavioral ecology. generic diversity, and declining amphibian populations. In Behavioural Ecology and Conservation Biology, ed. T. Caro, pp. 394-443. Mew York: Oxford Univ. Press., et l’on s’attend à ce qu’il persiste encore longtemps.
Ces extinctions et chutes de populations d’amphibiens sont un problème mondial, aux causes diverses et complexes. Parmi elles figurent des facteurs locaux comme la fragmentation et la destruction des habitats naturels, ainsi que l'introduction par l’homme de nouveaux prédateurs dans les écosystèmes en question, la surexploitation des amphibiens (nourriture, médecine…), l’augmentation de la toxicité et de l’acidité des milieux de vie des amphibiens, l’émergence de nouvelles maladies, le changement climatique, l’augmentation des radiations ultraviolettes (conséquence des atteintes portées à la couche d’ozone) et les interactions probables entre ces facteurs.
Devant le nombre croissant d'espèces menacées, une stratégie de conservation s'est mise en place au niveau international afin de combattre les multiples causes du déclin des amphibiens. Les principaux moyens de lutte employés sont la protection des habitats naturels, l'élevage conservatoire, la réintroduction et l'éradication de certaines espèces invasives.
Le fait que la majorité des amphibiens aient un mode de vie à la fois terrestre et aquatique, et que leur peau soit très perméable laisse à penser qu'ils pourraient être plus vulnérables que les autres espèces de vertébrés terrestres Blaustein, A.R. and D.B. Wake. 1990. Declining amphibian populations: a global phenomenon? Trends in Ecology and Evolution 5:203-204. aux toxines présentes dans l’environnement, ainsi qu’aux modifications de température, de précipitations et d'hygrométrie. Les scientifiques commencent donc à considérer la biodiversité amphibienne comme un indicateur précurseur de référence, révélateur de la pollution engendrée par les activités humaines et des effets qu’elle pourrait avoir sur les autres espèces animales.
Contexte du problème Les amphibiens forment un groupe d’organismes vertébrés regroupant environ connues, rassemblant les anoures (grenouille, crapaud, sonneur, rainette…), les urodèles (salamandres et tritons) ainsi que les gymnophiones (apodes ou cécilies). Le groupe des amphibiens existe depuis environ 360 Ma, et il a déjà été décrit, dans la seule période 1970-2000, l’extinction probable d’environ . De plus, au moins connues (43 % des amphibiens) présentent un déclin avéré de leurs populations, ce qui indique que le nombre d’espèces menacées d'extinction continue probablement d’augmenter.
Une convention internationale de biologistes réunis en 2004 a indiqué que 32 % des espèces d’amphibiens du monde entier étaient en danger d’extinction (ce qui représente ) et que plus de se seraient déjà éteintes depuis 1980.
Les déclins de populations ont été particulièrement intenses dans l’ouest des États-Unis, en Amérique centrale et en Amérique du Sud, ainsi que dans l’est de l’Australie. Ainsi en 2006, 16 des 45 espèces d'amphibiens du Canada (36 %) ont tellement diminué que celles-ci sont maintenant considérées en voie de disparition, menacées ou préoccupantes. Cependant, des cas plus isolés d’extinctions massives d’amphibiens surviennent dans divers endroits du globe. Ainsi, l'UICN estimait en qu'un quart des amphibiens méditerranéens sont menacés d’extinction. Alors que les activités humaines causent à présent des pertes considérables de biodiversité au niveau mondial, il apparaît que leurs conséquences sont nettement plus graves et intenses sur les amphibiens que sur d’autres groupes d’espèces..
Étant donné que les amphibiens ont généralement un cycle de vie composé de deux phases, la première aquatique (têtard) et la seconde terrestre (organisme adulte), ils sont naturellement sensibles à des dérèglements environnementaux tant terrestres qu’aquatiques. De plus, ils peuvent être, du fait de leur peau nue très perméable, plus vulnérables aux toxines présentes dans l’environnement que d’autres organismes comme les oiseaux ou les mammifères. De nombreux scientifiques sont d’ailleurs convaincus que le phénomène de déclin des amphibiens annonce la possibilité, dans un futur proche, d'un phénomène beaucoup plus large d’extinction massive de la biodiversité, s’étendant cette fois aux autres groupes d'êtres vivants, animaux et plantes.
Le phénomène de déclin des amphibiens a été pour la première fois largement reconnu fin 1980, lorsqu’une assemblée d’herpétologistes a rapporté avoir repéré une régression globale des populations d’amphibiens. Parmi les espèces les plus touchées se trouvait le crapaud doré (Bufo periglenes) vivant dans la réserve de la forêt de nuage de Monteverde, qui était auparavant classé parmi les espèces communes du site. Le Bufo periglenes faisait à cette époque l’objet de nombreuses investigations scientifiques, jusqu’en 1987, date à laquelle sa population s’est mise à régresser pour finir par disparaître complètement en 1989.. D’autres espèces de Monteverde, comme la grenouille Atelopus varius (littéralement en espagnol Rana arlequin, Grenouille arlequin), ont également disparu à cette époque. Ces individus étant localisés à l’intérieur d’une réserve naturelle, leur destruction ne pouvait être liée aux activités humaines de la région. Il fallait en chercher les causes à une échelle plus globale, ce qui a engendré une grande inquiétude chez les scientifiques concernés.
Fluctuations naturelles ou déclin problématique ?
Des années 1950 à la fin des années 1980, certains chercheurs ont remarqué un déclin des populations d’amphibiens. Ce déclin était, selon eux un indice précurseur de la dégradation des milieux naturels. La communauté scientifique s'est montrée sceptique sur ce critère et sur l'importance de ce déclin. En effet, certains zoologistes avançaient que la population de la plupart des organismes, y compris celle des amphibiens, connaissait des variations naturelles. Le manque d’informations sur les fluctuations de populations sur un plus long terme ne permettait pas de déterminer si les observations faites étaient suffisantes pour conclure. Faute de consensus, il convenait donc d'attendre d'avoir les informations suffisantes pour mobiliser les ressources nécessaires à un programme de conservation.
Pour ce faire, on a amélioré les systèmes de surveillance des populations en affectant un nombre croissant d’étudiants aux projets d'observations directes de la mortalité des amphibiens pour déterminer le nombre et les causes des mortalités. Enfin, à la fin des années 1990, la communauté scientifique a reconnu dans son ensemble le déclin. des populations d’amphibiens au niveau mondial et la grave menace que cela constitue pour la biodiversité.
En effet, les amphibiens jouent un rôle déterminant dans le maintien de l’équilibre des écosystèmes. Ils sont tantôt les proies, tantôt les prédateurs de nombreuses autres espèces. Les œufs et les têtards sont une riche source de nourriture pour les oiseaux et les poissons. À leur tour, les amphibiens consomment d’énormes quantités d’insectes, et quelquefois même des rongeurs. Ils peuvent former une portion importante de la biomasse des vertébrés dans certaines régions, dépassant les biomasses combinées des oiseaux et des mammifères. En dépit de leur taille modeste, les amphibiens jouent un rôle majeur dans les écosystèmes. Lorsqu'une espèce d'amphibien disparaît, cela peut entraîner la disparition en cascade de plusieurs autres espèces, en commençant par les espèces commensales comme la mulette du Necturus (), dont le développement larvaire dépend de la présence de son hôte, le necture tacheté .
Causes potentielles du déclin En se basant sur les recherches de James P. Collins et Andrew T. Storfer, deux ensembles d'hypothèses sur le déclin ont été échafaudés..
Le premier inclut les facteurs généraux concernant la crise de la biodiversité planétaire : destruction, modification et fragmentation des habitats naturels, introduction d’espèces invasives et surexploitation des ressources. L’étude de ces menaces permet une meilleure compréhension du déclin des amphibiens, dans ses aspects liés aux mécanismes écologiques globaux. Cependant, le déclin touche aussi des populations d’amphibiens dans des environnements reculés sans perturbations apparentes.
Le second en appelle à des facteurs plus complexes et plus élusifs, et est vraisemblablement constitué par le changement climatique, l’augmentation des radiations UV-B, le rejet de polluants chimiques dans l’environnement, de nouvelles maladies infectieuses émergentes, ainsi que les déformations ou malformations des organismes. Les mécanismes sous-jacents à ces derniers facteurs sont complexes et peuvent s’additionner aux premiers facteurs, ainsi la destruction des habitats et l'introduction d'espèces étrangères introduites exacerbe le phénomène de déclin.
Il n’y a pas une seule cause isolée au déclin des amphibiens. Tous les facteurs susdits menacent ces populations à des degrés plus ou moins élevés. La plupart des causes de ce déclin sont finalement biens comprises et expliquées. Au-delà des amphibiens, d’autres groupes d’organismes souffrent des mêmes perturbations.
Destruction et fragmentation des habitats naturels thumb|280px|Les salamandres sont protégées de leurs prédateurs par un mucus toxique et des couleurs voyantes… qui ne leur sont d'aucune utilité face aux véhicules.