Entre 500 et l'an mil Arles, l'ancienne petite Rome des Gaules, est un témoin actif des transformations de la partie de l'Empire romain qui deviendra la Provence. Ville wisigothe et ostrogothe au début du , elle passe ensuite sous domination mérovingienne puis carolingienne avant d'être intégrée au royaume d'Arles, d'abord sous le duc Boson puis sous le comte Hugues d'Arles et le roi Conrad. À compter de 972, à la suite de l'intervention de Guillaume dit le Libérateur contre les Sarrasins, elle dépend de la première dynastie des comtes de Provence. Au cours de cette période, troublée à la fois par des événements politiques et des catastrophes naturelles, Arles se transforme ainsi de préfecture du prétoire des Gaules en capitale féodale du comté de Provence.
La fin de la romanité Les conflits du début du siècle : Arles, une ville convoitée
thumb|250px|left|Royaume wisigoth sous Alaric II. 250px|thumb|Campagnes franques dans le Midi (507-509). Passée sous la domination du roi burgonde Gondebaud au plus tard en 499Peut-être dès la mort d'Euric à la fin de 484., la ville d'Arles serait repassée en 500 à l'occasion d'un conflit entre Francs et Burgondes sous le contrôle des WisigothsÉdouard Baratier - Histoire de la Provence, page 88. ; en effet, pour se défendre de son frère Godégisile et de Clovis qui l'assiègent à Avignon, Gondebaud doit s'allier avec le roi Wisigoth Alaric II qui aurait profité de la situation pour récupérer la cité. Cette thèse évoquée par l'historien Édouard Baratier, n'est toutefois pas soutenue par Justin Favrod, qui sans se prononcer sur une occupation burgonde éventuelle précédente, signale qu'en 500 lorsque Gondebaud demande assistance à Alaric, la ville est déjà sous contrôle WisigothJustin Favrod - Les Burgondes : un royaume oublié au cœur de l'Europe - 80 « En délicatesse avec Clovis, Alaric II reçut alors avec bienveillance l'aristocrate gaulois Arédius que Gondebaud lui envoyait à Arles, où il tenait sa cour ».
Après les Burgondes, les Francs réconciliés avec Gondebaud et encouragés par l'Église à intervenir contre les Wisigoths ariens, essayent à leur tour d'accéder à la mer. Ils font alors plusieurs tentatives pour s'emparer de l'ancienne préfecture des Gaules. La première tentative se déroule au printemps 501 ou 502, plus probablement en 501 Justin Favrod - Les Burgondes : un royaume oublié au cœur de l'Europe - 91 Gondebaud et Clovis se rencontrent en 501, probablement au printemps, à proximité de la Cure, une rivière formant frontière entre leurs deux États.. Elle est conduite par « Thierry, fils de Clovis, [qui] après avoir remporté une victoire à Nîmes est battu près d'Arles, puis dans la plaine de Bellegarde » peu de temps avant la mort de l'évêque d'Arles d'origine bourguignonne ÉonAoût 501 ou 502.. Cette tentative transparait dans le testament de cet évêque, qui ayant reçu la promesse que ses volontés seraient accomplies, destine tout son bien au rachat des « captifs »Il s’agit certainement des prisonniers d'origine franque ou burgonde, c'est-à-dire de compatriotes, capturés par les Wisigoths lors de cette tentative de reprise de la cité d'Arles au début de 501 ou 502. La seconde tentative intervient après la bataille de Vouillé et la mort du roi wisigoth Alaric, c’est-à-dire en 507-508. Lors de ce nouvel assaut, la cité assiégée est secourue par les Ostrogoths de Théodoric le Grand qui quittent l’Italie le pour défendre la Provence menacéeArthur Malnory - Saint Césaire, évêque d'Arles : 503-543 - E. Bouillon - Paris, 1894 - page 92 (ici). L’évêque Césaire d'origine burgonde comme Éon, se comporte de la même façon que son parent et prédécesseur. Il fait fondre l’argenterie du diocèse pour racheter les captifs francs et burgondes, prises de guerre des Ostrogoths.
Le protectorat ostrogoth thumb|right|300px|Royaume ostrogoth de Théodoric le Grand
Après la libération de la ville par le duc ostrogoth Ibba à la fin de l'été ou à l'automne 508, Théodoric ravitaille les habitants, finance la restauration des remparts et prend la cité sous sa protectionCassiodore - Variae (Monumenta Germaniae) : Théodoric manifeste sa reconnaissance aux Arlésiens, comme en témoigne la lettre à Gémellus, préfet du prétoire à Arles, rapportée par Cassiodore.. Le roi ostrogoth profite de la nouvelle conjoncture politique qui se dessine en Gaule après la bataille de Vouillé (507) pour s’emparer de la Provence afin de protéger l’Italie de la poussée franque. Dès la libération de la cité en 508, il nomme un vicaire des Gaules (vicarius Galliarum) appelé GemellusÉdouard Baratier - Histoire de la Provence, page 90.. Il crée alors un grand royaume wisigo-ostrogothique comprenant l’Espagne, la Gaule du Sud et l’Italie dont la Provence constitue un enjeu territorial décisif pour le contrôle de ce vaste espace.
thumb|Portail du de l'ancienne abbaye Saint-Césaire (classée MHBase Mérimée) - Arles
Cette Pax ostrogothica qui correspond aux années 508-536Christine Delaplace - Annales du Midi, - La Provence sous la domination ostrogothique (508-536)., s'appuie sur deux grands acteurs locaux : Libérius, le préfet du prétoire des Gaules (præfectus prætorio galliarum) dont la fonctionComme de nombreuses institutions (comme le Sénat romain), la préfecture du prétoire survit en Occident à la chute de l'Empire romain en 476. Elle est attribuée par des souverains dits barbares qui gouvernent des territoires anciennement romains, et qui perpétuent les coutumes romaines. La nature exacte de leur rôle n'est pas connue, mais l'on sait que Libère nommé par l'ostrogoth Théodoric, roi de Ravennes et d'Italie, doit par exemple se battre contre les Burgondes dans les années 520, ce qui montre une nouvelle évolution : de strictement administrative, la fonction redevient probablement militaire. est rétablie en 510 par Théodoric, et l'évêque Césaire d'Arles, qui bien que suspecté à plusieurs reprises de trahison en raison de ses sympathies burgondes et franques, réussit à se justifier aussi bien devant Alaric à Bordeaux en 505 que devant Théodoric à Ravenne en 513. Lors de ce voyage en Italie, Césaire reçoit du pape Symmaque le droit de porter le pallium et devient par la suite son représentant en GauleIl reçoit le pallium en 513. De retour en Gaule, il a des démêlés avec l'évêque d'Aix au sujet des droits de l'Église d'Arles. Césaire charge l'abbé Aegidius et le prêtre Messin d'aller les défendre à Rome ; en juin 514, Symmaque déclare que l'archevêque d'Arles sera vicaire apostolique en Gaule et en Espagne. Dans les années qui suivent Césaire dirige de nombreux conciles dont celui de Vaison en 529, d'Orange qui condamne le semi-pélagianisme, toujours en 529, et de Clermont en 535.
Dans son évêché, le prélat arlésien évangélise les campagnes encore fortement imprégnées de cultes païens ou romainsJ. Delage (traduction de) - Sermones I, 12, 36 : Et ceci aussi, qui ne peut le dire : nul ne doit rendre un culte aux arbres, observer les augures, s’adresser aux enchanteurs ; nul ne doit s’enquérir auprès des magiciens et des devins, nul ne doit, à la façon sacrilège des païens, prendre garde au jour où il part en voyage et au jour où il rentre chez lui, mal auquel, non seulement les laïcs, mais même un certain nombre de clercs, je le crains, succombent à cause d’une coutume sacrilège. en transformant si nécessaire d'anciens lieux cultuels en édifices chrétiens. En 532, il crée ainsi un monastère ou une église en Camargue, aux Saintes-Maries-de-la-Mer, ce qui confirme la présence probable d'un temple païen plus ancien en ces lieux. À Arles même, après avoir fait une première tentative hors des murs dans les années 506-507, il installe finalement le le monastère Saint-Jean dans l'angle sud-est du rempart où sous le nom de Saint-Césaire, il est demeuré jusqu'à la Révolution. Les sermons238 de ses sermons nous sont connus. de saint Césaire nous apportent de nombreuses informations sur la vie quotidienne de la cité et sur ses artisans. On y apprend notamment que la majorité de la population, y compris le peuple, savait lire à cette époqueP.A Février (sous la direction de) - La Provence des origines à l'an mil, page 432 : ..quand Césaire presse ses ouailles de lire et relire la Bible, il est clair que le seul obstacle qu'il ait à vaincre est la paresse des fidèles, et non leur inculture : c'est bien qu'il avait en face de lui suffisamment d'auditeurs qui savaient lire et pouvaient se procurer facilement et à peu de frais une édition des textes sacrés..
Le rattachement aux Francs
thumb|250px|left|alt=Bourgogne dans l'empire franc|L'expansion de l’empire franc ; l'intégration de la Provence en 536. Cliquez sur l'image pour agrandir la légende. Protégée par le soutien militaire bienveillant de Théodoric qui repousse les Burgondes au-delà de la Drôme en 523Louis Duchesne - Fastes épiscopaux de l'ancienne Gaule - Tome 1 : Provinces du Sud-Est – page 80, la ville échappe jusqu'aux début des années 530 aux ambitions de ces turbulents voisins et des Francs. Elle est menacée une première fois en 532 par les Burgondes, puis après le départ de Libère rappelé à la cour d'Athalaric en 533Claude Lepelley - La fin de la cité antique et le début de la cité médiévale … - 1996 - page 157, ici, ou plus probablement en 534, par Thibert (ou Théodebert) qui peu de temps avant la mort de son père Thierry, en organise un siège en 534Grégoire de Tours - Histoire des Francs, livre III : Théodebert faisait alors le siège de la ville d’Arles, dont les Goths s’étaient emparés. Giwald s’enfuit dans cette ville ; mais, ne s’y croyant pas en sûreté, il se rendit en Italie et y demeura. Tandis que ces choses se passaient, on vint annoncer à Théodebert que son père était dangereusement malade, que, s’il ne se hâtait pour le trouver encore en vie, il serait dépouillé par ses oncles, et qu’il ne fallait pas qu’il poussât plus avant. À ces nouvelles, Théodebert quitta tout, et partit pour aller vers son père, laissant en Auvergne Deutérie et sa fille. Théodoric mourut quelques jours après l’arrivée de son fils, dans la vingt-troisième année de son règne [en 534] ;. D'après P.-A. FévrierP.A Février (sous la direction de) - La Provence des origines à l'an mil, page 446., Théodebert aurait même occupé Arles de façon éphémère.
La cité est ensuite cédée ou plus exactement vendue en 536 avec la Provence par les Ostrogoths qui en conflit en Italie sont dans l'incapacité de défendre cette province. Au cours de l'hiver 536-537, Thibert fils de Thierry et son oncle Childebert, accueillis par l'évêque Césaire, viennent prendre possession de leur nouvelle acquisition, président dans la cité des jeux à l'antique et font frapper des monnaies à leur effigieÉdouard Baratier (sous la direction de) - Histoire de la Provence, page 92. Arles devient ainsi ville franque sous l'autorité de princes chrétiens et non plus ariens, et pour la première fois, obéit à des maîtres nordiques étrangers aux traditions romaines. Toutefois, sauf la conformité de religion des nouveaux maîtres avec les habitants, ce qui est pour eux et leur évêque Césaire un gage de tranquillité, rien ne parait changé dans la province. Arles conserve, au moins pendant quelque temps, le rang de Préfecture. L'aristocratie sénatoriale continue de fournir les titulaires aux magistratures locales, ou retrouve à la cour des rois francs dignités qu'elle a occupées à la cour de RavenneArthur Malnory - Saint Cesaire Évêque D'Arles (503-543) – 1894 – page 161 ici. D'après Édouard Baratier, les souverains francs gouvernent cette province indivis, nommant un préfet des Gaules, Parthénius arlésien d'origine gallo-romaine averneClaude Lepelley - La fin de la cité antique et le début de la cité médiévale … - 1996 - page 157, ici :