Au début du Moyen Âge, Arles, profitant de l'affaiblissement du pouvoir comtal et de ses chevaliers urbains, essaye de s'émanciper d'abord par le consulat en 1130 puis par la république d'Arles à partir de la fin du . La ville avec la Provence, passe toutefois en 1251 sous la domination complète de la première dynastie Angevine et la cité, bien qu'ayant réalisé son unité, perd de son importance politique. En revanche Arles et son territoire se développent par l'agriculture, l'élevage et le commerce et accueillent dès le milieu du les ordres religieux militaires, notamment les Templiers, puis les cisterciens. Au siècle suivant, ils seront suivis par les ordres mendiants. À la fin du , Arles englobe de nouveaux quartiers dans une enceinte agrandie et atteint son optimum démographique du Moyen Âge avec une population d'environ avant les crises du Moyen Âge tardif.
Les évènements Dès les premières années du , les comtes Guillaume II dit le Pieux (993-1019) et Roubaud de Provence, son oncle, qui se partagent indivis le comté de Provence, ne sont plus en mesure de tenir les grands lignages en respect. En 1008, à la mort de Roubaud, s'ouvre donc une période de troubles Les deux branches de la famille comtale sont alors représentées par des filles ou des garçons en bas âge ; et les conseils de régence sont rapidement dépassés par les évènements., aggravée par la puissance croissante des grandes familles, le rattachement au Saint-Empire romain germanique et l'activisme politique de l'Église.
Affaiblissement du pouvoir comtal
Des féodaux de plus en plus puissants thumb|left|Une des tours de l’amphithéâtre qui datent probablement du . L'amphithéâtre est transformé en citadelle urbaine dès le .
Les différentes factions de la noblesse tentent d'imposer leur loi en recourant au recrutement de guerriers professionnels. Ainsi à Arles, les couches aisées de la population se militarisent (miles) à l'instar des Porcellet et adoptent un genre de vie guerrier. Une des conséquences en est la transformation du bâti de la ville avec la construction de nombreux bastions privés urbains.
Le pouvoir comtal vacille ensuite, entre 1018 et 1032, devant les révoltes des seigneurs de Fos. Une première révolte En 1018, les seigneurs de Fos tentèrent de transformer leurs seigneuries en alleux et refusèrent la suzeraineté du comte de Provence sur Fos et Hyères. S'ensuivit une guerre de trois ans menée par le comte Guillaume II de Provence qui y perdit la vie en 1019 et dont les alliés, les vicomtes de Marseille, occupèrent le château de Fos en 1020. (1018-1022) éclate contre le comte de Provence, Guillaume II, qui périra d'ailleurs lors du siège de ce château en 1018; elle est suivie d'une seconde sédition dans les années 1030-1032 quand le comte Bertrand combat de nouveau les seigneurs des Baux et de Fos. À la tête de l'ost comtal, composé par les vicomtes de Marseille et quelques seigneurs des Alpes, les combats s'engagent encore une fois sur les rives de l'étang de Berre où le prince réussit à battre ses vassaux révoltés. La paix seigneuriale revient en 1032. Enfin, au niveau de la richesse foncière, le patrimoine des grandes familles, notamment celle des Baux, des Porcellet et des vicomtes de Marseille, s'agrandit jusqu'aux années 1030-1040, moins par des spoliations de biens ecclésiastiques que par des concessions archiépiscopales en bénéfice ou précaire rapidement intégrées au patrimoine héréditaire. Ces concessions sont souvent les contreparties de l'appui à l'Église arlésienne des familles aristocratiques dont les prélats sont issus.
Le rattachement au Saint-Empire romain germanique
thumb|left|L'Europe et le Saint-Empire romain germanique aux XI et XIIe siècles thumb|upright|Le comté de Bourgogne, la Bourgogne transjurane, la Bourgogne cisjurane et la Provence sont terres du Saint-Empire romain germanique à partir de 1032.
La paix est à peine rétablie que le suzerain de la Provence Rodolphe de Bourgogne meurt en . Durant deux ans, suit une période trouble de lutte entre les prétendants, l'empereur Conrad le Salique et Eudes de Blois Mort sans postérité, le , Rodolphe III avait institué comme son héritier, l'empereur germanique Conrad le Salique. Mais son neveu Eudes II de Blois, fils de sa sœur aînée, suscita contre l'empereur, la révolte des féodaux et des prélats du royaume de Bourgogne, dont le comte Gérold de Genève, l'archevêque de Vienne, l'évêque de Maurienne et Burchard II, l'archevêque de Lyon, qui était le fils bâtard de Conrad le Pacifique. Eudes II envahit le royaume. La guerre entre les deux cousins dura deux ans et Eudes dut abandonner la partie devant une coalition formée par le nouvel empereur Conrad II et le roi de France Henri .. À l'issue de cette guerre, le comté de Provence devient terre d'Empire.
Les empereurs germaniques non possessionnés en Provence ne disposent, malgré leur titre et leur suzeraineté, d'aucun pouvoir supplémentaire et la Provence est dans les faits pratiquement indépendante. Néanmoins, en dépit d'un rejet initial, des liens étroits sont établis entre l'Empire et la ville d'ArlesJean-Pierre Poly, La Provence et la société féodale 879-1166, page 204 : Jean-Pierre Poly pense que les bonnes relations d'Henri III avec Odilon de Cluny incitent l'archevêque Raimbaud et les Provençaux à changer d'opinion.. Par exemple, en 1046 l'archevêque d'Arles Raimbaud (1030-1069) agit en prélat du Saint-Empire : il participe au synode de Sutri et assiste à Rome, au couronnement de l'empereur Henri III qu'il rencontre personnellement. L'archevêque devient en quelque sorte le vicaire de l'Empereur à Arles. Les Arlésiens vont par la suite profiter de cette situation jusqu'au milieu du Jusqu'en 1249, date de la mort de Frédéric II pour jouer l'empereur distant contre le comte relativement trop présent.
Les actions de l'Église Dans les années 1020-1040, l'insécurité, comme le rappelle l'historien Jean-Pierre Poly, règne en Provence : les seigneurs tuent, volent ou taxent sans contrôle Jean-Pierre Poly - La Provence et la société féodale 879-1166 - page 180..
La Trêve et la Paix de Dieu
Initialement, en réaction à cette violence, l'Église tente de promouvoir la Trêve puis la Paix de Dieu. Déjà entre 1031 et 1040, divers conciles et assemblées Jean-Pierre Poly - La Provence et la société féodale 879-1166 - pages 191,192 présidés par Raimbaud de Reillanne Raimbaud de Reillanne est le seul prélat arlésien du qui affirme encore la primauté de son siège sur les autres diocèses provençaux., archevêque d'Arles (cf. conciles d'Arles), essayent de contenir cette violence. Mais c'est surtout l'assemblée de Saint-Gilles d'un ou 1044, qui introduit en Provence la Trêve de Dieu. Cette assemblée de 17 évêques, dont cinq de la Narbonnaise, interdit le port des armes pendant une période de deux mois et décrète l'inviolabilité des églises. D'autres assemblées précisent les règles de la Paix de Dieu : les chevaliers ont interdiction de faire la guerre, d'abord le samedi, puis du mercredi soir jusqu'au lundi matin. Mais le recours à un bras séculier coûte cher à l'Église comme à l'archevêque Raimbaud qui à la suite de l'aide d'Uc des Baux doit lui céder de nombreux biens (dime du Vernègue, taxe sur les fourrures de vair versée par les Juifs d'Arles...)Jean-Pierre Poly, Op. cit., p. 207..
Après avoir tenté d'imposer la Trêve puis la Paix de Dieu, Église lassée de soutenir un comte de moins en moins reconnu par ses sires, s'aperçoit qu'elle est devenue plus puissante que lui. Les réformateurs de la génération suivante, enhardis par ces succès et instruits par ces expériences, vont essayer que ""ceux qui prient" gouvernent le mondeJean-Pierre Poly, Op. cit., p. 209.. Ainsi en Provence, la réforme grégorienne, va devenir le vecteur d'une politique visant directement l'archevêque d'Arles, représentant d'une grande famille aristocratique, les vicomtes de Marseille, et de manière plus subtile, le comte de Provence.
Les prémices de la Réforme grégorienne à Arles
L'Église tente de récupérer ses biens temporels. Par exemple à Arles une collégiale établie aux Alyscamps était tombée vers l’an 1035 entre des mains laïques. Raimbaud intervient et donne aux moines de Saint-Victor de Marseille l’antique église Saint-Genès ainsi que toutes ses dépendances, moyennant le cens d’une livre d’encens à fournir le jour de saint Trophime.
Dans le cadre de cette réforme, le Saint-Siège essaye aussi d'éliminer les prélats issus des grandes familles provençales qui ont tendance à mener une politique personnelle plus dans l'intérêt du patrimoine familial que de celui de l'Église. En Provence, cette politique se radicalise après l'archiépiscopat de Raimbaud (-† le ) qui bien que promoteur actif de la réforme grégorienne, ménage toutefois jusqu'à la fin de sa vie les plus grandes familles aristocratiques de Provence.
La crise politique et ecclésiastique de 1078-1096 : le cas de l'archevêque Aicard thumb|right|L'abbaye de Montmajour, ancienne nécropole des comtes de Provence
Le cas d'Aicard, archevêque de la ville, de la famille des vicomtes de Marseille, qui a pris parti pour l'empereur Henri IV contre le pape Grégoire VII dans la Querelle des Investitures à la fin des années 1070, en est un bon exemple.
En l'espèce à Arles, ces tensions d'ordre politico-religieux avec le pape se doublent d'un problème politique entre le comte et l'archevêque qui à cette époque est aussi un seigneur féodal. Le comte de Provence Bertrand (1063-1093) est triplement opposé à Aicard : d'abord à propos de la nomination controversée de Bermond comme abbé de Montmajour Les comtes considèrent en effet comme faisant partie de leur domaine cette riche abbaye qu'ils ont transformée en nécropole familiale, ensuite probablement comme le souligne l'historien arlésien Anibert, parce qu'Aicard s'est rapproché dès 1076 du comte de Saint-Gilles, excommunié par le pape et rival du comte de Provence, enfin et surtout parce qu'il redoute la puissance de la famille de l'archevêque, celle des vicomtes de Marseille.
Le comte de Provence est déjà affaibli : il a transféré la résidence comtale d'Arles à Tarascon en 1063 et, incapable d'assurer la paix, il demande en 1065 aux puissantes familles arlésiennes d'assurer la protection des biens de l'Abbaye de Saint-Victor de Marseille. De même, la justice comtale ne semble plus qu'un souvenir. Un scribe de Montmajour écrit en 1067 : « Il n'y a plus de duc ni marquis qui rende droite justiceMartin Aurell, Jean-Paul Boyer, Noël Coulet, La Provence au Moyen Âge, p. 22 ».
En 1078, le comte de Provence recherche l'appui du pape en accusant l'archevêque de simonie, puis en 1081, en se plaçant sous la suzeraineté papale Le 25 août 1081, le comte de Provence Bertrand prend ses distances à l'égard de l'autorité impériale en prêtant serment de fidélité au pape Grégoire VII après lui avoir abandonné son domaine et les églises de son patronage, reniant ainsi son lien de vassalité avec l'empereur., renie ses liens de vassalité avec l'Empereur Germanique. Le prélat arlésien est toutefois soutenu par le peuple, le clergé, les familles des Baux et des Porcelet et le comte de Saint-Gilles, Raimon IV. Ainsi, la ville refuse la destitution en 1080 de son archevêque Aicard et interdit l'entrée à Gibelin de Sabran Molesté physiquement, Gibelin de Sabran doit s'engager à ne jamais exercer la charge épiscopale d'Arles (Cf. Anibert)., le nouveau prélat désigné par le pape au concile d'Avignon Aicard est alors destitué.