vignette|upright|Les zones rouges concentrent le plus grand nombre d'espèces animales, végétales, fongiques et probablement microbiennes. vignette|Brookesia perarmata La faune de Madagascar, tout comme sa flore, est très riche. En effet celle-ci présente entre 80 % et 90 % d'espèces endémiques. Cette notion d'endémisme bien qu'elle ne soit pas inexacte reste subjective, puisque dépendante du niveau taxonomique (Espèce-Genre-Famille-Ordre) à partir duquel se positionne l'observateur et de la surface ou du milieu considéré. De nombreux taxons spécifiques (Daubentonia) ou génériques (Brookesia), sont strictement endémiques à Madagascar, mais aussi, plus rarement au niveau de la famille (Opluridae) et atteignent donc des taux d'endémisme proche ou égaux de 100 %.
L'île de Madagascar est considérée comme un point chaud de biodiversité, cette exceptionnelle originalité est due notamment au fait que Madagascar est totalement isolée dans l'océan Indien depuis la fin du Crétacé ( d'années), cause des radiations adaptatives et migrations du monde animal.
De nombreux autres facteurs ont aussi contribué à l'évolution originale et à la diversification des espèces animales actuelles de l'île: L'absence de certains prédateurs, les fragmentations successives des masses continentales dont l'île a fait partie entre et , l'influence des changements paléoclimatiques, la dérive de l'île vers le Nord jusqu'à sa position actuelle, le développement d'écosystèmes forestiers particuliers (émergence des angiospermes il y a environ ), la topographie de l'île etc.
C'est l'ensemble de ces facteurs qui a contribué à l'importante diversification des niches écologiques et donc à l'apparition d'une multitude d'espèces animales souvent très spécialisées et uniques au monde.
Invertébrés vignette|Chrysiridia rhipheus les deux faces du même specimen Muséum de Toulouse. vignette|upright|Nephila inaurata. vignette|« Scarabée girafe » Trachelophorus giraffa.
Les scientifiques étudiant les invertébrés de Madagascar ne peuvent faire qu'une estimation grossière de la diversité de ces animaux sur l'île. Et parmi les différents groupes de micro-organismes de l'île, les invertébrés sont les moins bien connus : du fait, d'une part, que la diversité est remarquable, voire gigantesque, avec des distributions souvent très limitées et des niveaux de micro-endémisme élevés ; d'autre part, car les modes de vie de ces organismes sont très spécifiques, posant des difficultés de collecte, comme c'est le cas pour les animaux vivant dans le sol ou dans la canopée. Pourtant, les invertébrés, et tout particulièrement les arthropodes, représentent une part considérable de la biomasse animale des écosystèmes du monde et de Madagascar.
Arthropodes La faune des arthropodes de Madagascar montre de nombreuses relations avec celle de l'Afrique continentale. À l'instar de nombreux éléments endémiques de la faune et de la flore de l'île, de nombreux groupes d'arthropodes autochtones présentent des taux d'endémisme qui excèdent 80 %, et approchent même 100 % pour les coléoptères carabides et les fourmis. Même les Odonates, qui ont la capacité de voyager sur de très grandes distances et donc une bonne capacité de colonisation, montrent des taux d'endémisme élevés avec 23 % des genres et 73 % des espèces endémiquesDonnelly & Parr. 2003..
Parmi les arthropodes emblématiques de Madagascar, on peut citer : l'araignée pélican Eriauchenius gracilicollis, endémique de Madagascar, aux chélicères disproportionnées et à la tête étroite, haute et mince lui donnant son air de pélican ; l'épeire ou Néphile dorée Nephila inaurata madagascariensis, non endémique de Madagascar, elle peut atteindre une envergure de plus de , et tisse des toiles extrêmement étendues, comme dans le Parc National de Ranomafana, où ces épeires ont réussi à tisser des toiles au-dessus de la rivière Namorona sur une largeur de près de ; les Diplopodes (Mille-pattes), tels que Aphistogoniulus corallipes, endémique de l'île, ou autres du genre Aphistogoniulus qui contiennent des produits chimiques de défense comme le cyanure et des terpènes. Le plus étonnant est certainement que le lémurien Eulemur macaco ait appris à tirer profit de ces mille-pattes, qu'ils mâchent en salivant abondamment avant de couvrir sa fourrure de cette décoction aux propriétés insecticides et antiparasitairesBirkinshaw. 1999. ; la blatte géante de Madagascar Gromphadorhina portentosa, pouvant atteindre de long et de large, ne possède pas d'ailes mais des sacs spéciaux sur le quatrième segment abdominal, employés à la manière d'un soufflet pour expulser de l'air, produisant une sorte de sifflement. Élevées en captivité depuis de nombreuses années, elles sont transformées en croquettes pour animaux de compagnie. Elles sont également prisées pour les mitochondries géantes de leurs cellules, objets d'étude pour les biologistes cellulaires ; les homoptères de la famille des Flatidae, qui regroupe des centaines d'espèces végétariennes au corps aplati dorsoventralement pour se mêler à la texture brute de l'écorce de l'arbre dont elles se nourrissent. La plupart sont cependant aplaties latéralement telle Flatida rosea qui se regroupe souvent sur des lianes ou des tiges de manière à ressembler à des inflorescences ; l'Uranie Chrysiridia rhipheus, endémique papillon spectaculaire, ou encore le papillon comète de Madagascar Argema mittrei pouvant atteindre d'envergure. Le mâle du papillon comète arbore des filets de queue sur la partie terminale de ses ailes postérieures atteignant 200 à de long, censés apporter une protection contre les oiseaux et les chauves-souris.
Insectes Il n'existe pas de famille d'insectes endémiques à Madagascar, cependant beaucoup de familles présentes en Afrique subsaharienne sont absentes de l'île. Il s'agit principalement de familles de l'ordre des Odonates et de l'ordre des Trichoptères. Au niveau spécifique, la différence entre l'entomofaune africaine et malgache est tout de même notable, avec à Madagascar des taux d'endémisme allant de 90 % à 100 % selon les groupes. vignette|Criquet (Phymateus saxosus).
Coléoptères Le charançon girafe (Trachelophorus giraffa) est endémique de Madagascar..
Lépidoptères On a observé plus de trois mille espèces de papillons, pour la plupart endémiques, notamment dans les forêts humides de l'Est. Certains sont particulièrement appréciés des collectionneurs, tels le Comète de Madagascar (Argema mittrei) ou l'Urania (Chrysiridia rhipheus), ce qui est une des causes de leur régression.
Diptères La faune des moustiques de Madagascar comprend 235 espèces, parmi lesquelles 138 sont endémiques, et 64 (27 %) ont un intérêt médical ou vétérinaire parce qu'elles sont connues pour transmettre des maladies.
Poissons Il est coutume de dire que l'ichtyofaune d'eau douce de Madagascar est typique des îles isolées, c'est-à-dire relativement pauvre d'un point de vue taxonomique, comparée à celle des zones continentales plus étendues. En effet, de nombreuses familles africaines ou asiatiques en sont absentes. Le fait que l'île de Madagascar soit isolée et entourée par les océans depuis le Crétacé (environ ) explique en partie le nombre limité de familles de poissons d'eau douce. Cependant, si l'on considère le nombre d'espèces avec la superficie de l'île, la notion d'ichtyofaune insulaire appauvrie ne s'applique plus vraimentPaysages et biodiversité de Madagascar - Steeven M. Goodman / WWF / MNHN. vignette|Paretroplus kieneri Cette espèce vit dans le cours inférieur de plusieurs rivières et lacs à l'ouest de Madagascar. Elle est menacée par la concurrence et la prédation des espèces de poissons introduites, ainsi que par la dégradation de son habitat en raison de la déforestation des bassins versants et l'aménagement agricole des rivières. De plus la majorité des familles représentées à Madagascar sont d'abord d'origine marine et sont fréquemment des colonisateurs d'îles. Il s'agit des membres des familles des Gobiidae, Eleotridae, Mugilidae, Ariidae, Syngnathidae, Anguillidae, Ambassidae et Kuhliidae.
L'ichtyofaune dulçaquicole autochtone n'en est pas moins remarquable, puisqu'elle se compose de , réparties dans et dont (66 %) sont endémiques. On retrouve aussi des groupes tels que les Cichlidae et les Bedotiidae, qui montrent des caractères primitifs également présents chez des groupes d'autres parties du Gondwana. Ainsi, ces groupes pourraient avoir existé sur l'île avant même la dislocation du super-continent. Il est intéressant de noter qu'à part les anguilles indigènes du genre Anguilla (Anguilla marmorata, Anguilla bicolor et Anguilla mossambica), l'île est dépourvue de grandes espèces prédatrices, si l'on ne tient pas compte des espèces allochtones introduites.
L'ichtyofaune dulçaquicole malgache est menacée au même titre que de nombreux autres groupes d'êtres vivants, pour plusieurs raisons : l'introduction d'espèces carnivores, comme le poisson à tête de serpent d'Asie Fibata (Channa maculata) et l'Achigan à grande bouche (Micropterus salmoides) se nourrissant des poissons autochtones et de leurs œufs ; la destruction des forêts, et plus particulièrement celles qui touchent aux systèmes hydrologiques, du fait de la destruction des habitats de certains poissons et des problèmes d'envasement des voies de communication aquatiques inhérents ; la transformation d'un certain nombre de rivières et de marais en zones exploitées par l'homme.
Par ailleurs, la protection de ces poissons se heurte à plusieurs problèmes : l'utilisation de l'eau douce est en priorité réservée à l'Homme, et à Madagascar la présence humaine est concentrée le long des rivières ; étant donné que de nombreux poissons occupent des portions de cours d'eau différentes selon leur cycle de vie, il est difficile de trouver une protection adéquate.
Amphibiens vignette|Boophis anjanaharibeensis.
À Madagascar, la classe des amphibiens est uniquement représentée par les Anoures (Grenouilles - Crapauds). Les Urodèles (Salamandres - Tritons) sont principalement distribués dans l'hémisphère Nord et sont absents de tous les pays africains au sud du Sahara y compris Madagascar. Les Gymnophiones sont aussi absents de l'île et sont principalement distribués sur les masses continentales de l'hémisphère sud (Amérique centrale et latine - Indonésie - Afrique).
Les Anoures malgaches n'en sont pas moins remarquable, bien au contraire puisque 99 % des espèces qui constituent ce groupe sont endémiques de Madagascar. Actuellement, 288http://www.sahonagasy.org/ Consulté le 23/06/2013 espèces y ont été décrites, mais selon Goodman & al, il pourrait y avoir près de d'Anoures à Madagascar. Si l'on ne considère que les espèces décrites, Madagascar abrite 4 %http://research.amnh.org/vz/herpetology/amphibia/ Amphibian Species of the World 5.6, American Museum of Natural History de la faune des Amphibiens du monde.
vignette|gauche|Heterixalus alboguttatus.
L'ordre des Anoures compte , mais à Madagascar celles-ci ne sont réparties que dans (Ptychadenidae, Microhylidae, Mantellidae, Hyperoliidae, Dicroglossidae). Paradoxalement, le plus vieux fossile pouvant être considéré comme l'ancêtre des grenouilles contemporaines a été découvert dans le Nord de Madagascar. Nommé Triadobatrachus massinoti, il vivait il y a près de d'années (Rage & Rocek. 1989).
Les grenouilles malgaches sont inégalement réparties sur le territoire. Les régions humides de l'Est et le Nord de l'île concentrent le plus d'espèces, les habitats plus arides du Sud et de l'Ouest de l'île leur sont moins favorables. Seul, le genre endémique monospécifique Laliostoma est principalement localisé dans les régions sèches du Nord-ouest de l'Ouest et du Sud de l'île.
Le batracien adulte est principalement carnivore, le têtard par contre ne cherche pas à capturer des animaux vivants et se contente de végétaux et d'animaux morts.