La taxonomie ou taxinomie est une branche des sciences naturelles qui a pour objet l'étude de la diversité du monde vivant. Cette activité consiste à décrire et circonscrire en termes d'espèces les organismes vivants et à les organiser en catégories hiérarchisées appelées taxons. Elle propose des outils et des méthodes permettant d'identifier les taxons (notamment grâce aux clés de détermination). La reconnaissance par de ces catégories repose sur la pertinence de leur description, l'attribution d'un nom et leur classement au sein du Vivant.. La taxonomie contemporaine repose désormais sur une conception fondamentalement évolutive (approche notamment permise grâce à l'essor de la biologie moléculaire au cours de la seconde moitié du ), via le recours à la génétique des populations pour en mettre en évidence l'existence de nouvelles espèces, ou aux analyses phylogénétiques pour classer ces dernières.
Par extension, le terme est désormais utilisé dans d'autres sciences, telles que les sciences humaines et sociales, les sciences de l'information ou l'informatique.
Alpha-taxonomie et beta-taxonomie Deux branches de la pratique taxonomique, travaillant à des échelles différentes et présentant des finalités bien distinctes, peuvent être identifiées. : d’une part, l’alpha-taxonomie (ou microtaxonomie) consiste à identifier et caractériser les unités catégorielles élémentaires (les espèces vivantes ou éteintes), afin d’établir un inventaire du Vivant en espèces. Dans la pratique, les enjeux du travail taxonomique consistent essentiellement à analyser le polymorphisme au sein du taxon étudié afin de déterminer si les différences constatées entre les groupes qui le composent correspondent à des espèces distinctes ( loup, chacal, coyote…) et à décrire les espèces non encore connues de la science ainsi mises en évidence, ou si au contraire, ces différences observées ne représentent que de la variabilité au sein d'une seule et même espèce d'un point de vue biologique ( Chihuahua, Berger allemand, Bulldog) ; d’autre part, la beta-taxonomie (ou macrotaxonomie), vise quant à elle à classer ces espèces précédemment décrites les unes par rapport aux autres, c’est-à-dire à produire une classification du Vivant, en attribuant chacune d’elles à des rangs supérieurs, eux-mêmes hiérarchisés les uns par rapport aux autres ( l'espèce du chien, Canis lupus, appartient au genre Canis, qui appartient à la famille des Canidés, qui elle-même appartient à la classe des Mammifères).
Étymologie et usage du mot
Le mot taxinomie provient du grec () « placement », « classement », « ordre » et de () qui signifie « loi », « règle ». Le terme fut créé en 1813, sous la graphie de taxonomie, par le botaniste suisse Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) dans sa Théorie élémentaire de la botanique ou exposition des principes de la classification naturelle et de l'art de décrire et d'étudier les végétaux éd., Paris, Déterville, 1813, . , pour désigner dans sa « théorie des classifications » à la fois la méthode et ce qu'il a qualifié de « bases de la botanique philosophique » (Mémoires et souvenirs, Livre III, § 11Augustin Pyrame de Candolle, Mémoires et souvenirs (1778-1841), éd. Alphonse de Candolle, Genève, Cherbuliez, 1862 — réédité en 2004 sous la direction Jean-Daniel Candaux et Jean-Marc Drouin avec le concours de Patrick Bungener et René Sigrist. Georg Éditeur (Chêne-Bourg, Genève), collection Bibliothèque d’histoire des sciences : xv + 591 p. .).
Dans la seconde édition publiée en 1819 éd., Paris, Deterville, 1819, . , il considérait la graphie du mot taxonomie incorrecte dans sa forme originale en mentionnant : Charles Sauvage, « Taxinomie ou taxonomie », Bulletin de la Société Botanique de France, Vol.112, , 1965, . . Cela montre que De Candolle a en réalité fait dériver son terme taxonomie, non pas du nominatif () mais de son génitif ().
Le terme taxonomie est entériné en 1836 dans le Supplément au Dictionnaire de l'Académie française« taxonomie », dans F. Raymond, Supplément au Dictionnaire de l'Académie française, Sixième édition publiée en 1835, Gustave Barba, libraire, Paris, 1836, . ..
La graphie taxinomie était recommandée en 1864.. Émile Littré, dans son Dictionnaire de la langue française (version 1872-1877)Émile Littré, « taxinomie ou taxionomie », dans Dictionnaire de la langue française, Tome Quatrième : Q-Z, Librairie Hachette et Cie, Paris, 1874, . . précisait que le mot taxinomie ou taxionomie pouvait aussi être utilisé, formé sur l'étymon grec taxis (l'ordre). Le Grand dictionnaire terminologique, au Québec, confirme que « taxinomie » est recommandé par plusieurs auteurs considérant « taxonomie » comme « un calque de l'anglais », ce qui est pourtant historiquement faux. En effet, n'apparait en anglais qu'en 1819 sous l'influence du français, soit six ans après qu'il a été inventé par De CandolleOnline Etymology Dictionary. Des dictionnaires français continuent cependant à répandre cette erreur que la graphie taxonomie (De Candolle, 1813) correspondrait à l'anglais « taxinomie », dans Le Grand Robert de la langue française de Paul Robert, Deuxième édition entièrement revue et enrichie par Alain Rey, Tome IX : Suc-Z, Dictionnaires Le Robert, Paris, 1985, . . Au contraire, la plupart des dictionnaires anglais affirment correctement que le mot dérive du françaisTaxinomie dans le Grand dictionnaire terminologique de l’Office québécois de la langue française., et, pour le TLFI, l'anglais est apparu seulement en 1828 dans le dictionnaire américain Webster's.
Le terme de taxonomie ne dérive pas du mot taxon, ce dernier étant un concept apparu plus tardivement (mot créé par le botaniste Herman Johannes Lam en 1948 Herman Johannes Lam, "Proposal to indicate a taxonomic group of any rank with the term taxon (plural taxa)", in Joseph Lanjouw (ed.), Botanical nomenclature and taxonomy : A symposium organized by the International Union of Biological Sciences with support of UNESCO at Utrecht, the Netherlands, June 14-19, 1948, Chronica botanica, Vol.12, No.1-2, 1950, ; Series B : Colloquia, International Union of Biological Sciences, No.2, 1950, .). Ainsi, la taxonomie n'est pas, étymologiquement, l'étude des taxons mais bien les lois sur l'ordre, donc les règles de la classification. Certains spécialistes font une différence dans l'usage, particulièrement en botanique, entre la taxinomie qui, formée sur l'étymon grec nómos (loi, règle), concerne les questions de classification, et la taxonomie qui, formée sur l'étymon grec ónoma (nom), se rapporte aux questions de nomenclatureDidier Normand et Raymonde Chatelet, « Sur le bois de quatre espèces africaines (Césalpiniacées, Ochnacée et Huacée) », Journal d'agriculture tropicale et de botanique appliquée, vol.2, n°1-2, Janvier-février 1955, . Jean-François Leroy, « Taxon, Taxonomie, querelle de mots? querelle de fond! », Journal d'agriculture tropicale et de botanique appliquée, vol.5, , Janvier-février-mars 1958, . . D'autres savants font usage du terme taxionomie dans leur activité, particulièrement en zoologie, pour nommer les groupes d'êtres vivants.Marie-Louise Bauchot, Jacques Daget, Jean-Claude Hureau et Théodore Monod, "Le problème des « auteurs secondaires » en taxionomie", Bulletin du Muséum national d'histoire naturelle, tome 42, , 1970, . .. Cependant, le mot taxonomie est aussi et très souvent utilisé pour nommer la science de la description des taxons. Même les auteurs prônant l'usage du terme « taxinomie » ne parlent pas de « taxins » mais de taxons, à l'exception toutefois d'un spécialiste en entomologie invoquant la diffusion francophone des connaissances et déplorant l'influence de l'anglaisRemi Coutin, « Note de la rédaction à propos des deux articles précédents », Insectes, Revue d'écologie et d'entomologie de l'Office pour les insectes et leur environnement, , 1995, . . Les autres langues utilisent des termes similaires à « taxonomie », pas « taxinomie » ; ainsi, on écrit en allemand, en anglais, en espagnol (castillan), en portugais et en catalan, en italien, () en russe, etc.Fabien Raimbault, « Histoire des sciences : Remarques et réflexions en réaction à l'article d'Emmanuel Delfosse », Insectes, Revue d'écologie et d'entomologie de l'Office pour les insectes et leur environnement, , 1995, . .
En 1957, en France, l'Académie des sciences adopte le nom de « Taxinomie » pour désigner la science de la classificationAcadémie des sciences, Comptes rendus hebdomadaires des séances de l'Académie des sciences, séance du , Tome 245, Paris, 1957, . ..
Dans la pratique, le terme « taxonomie » peut aussi désigner la méthode utilisée (on parlera par exemple de « taxonomie moléculaire ») que le résultat obtenu avec cette méthode (la « taxonomie des Agaricales »).
Le terme est devenu d’usage courant au , soit dans la graphie originale, taxonomie., même si celle-ci est étymologiquement contestée Georges Pasteur, "The Proper Spelling of Taxonomy", Systematic Biology, Vol.25, No.2, 1976, . Marc Travers, « Sur quelques questions de terminologie scientifique », La Banque des mots, , 1981, . Sur la controverse étymologique, voir : Fisher, Jean-Louis et Rey, Roselyne, « De l’origine et de l’usage des termes taxinomie-taxonomie », in Documents pour l’histoire du vocabulaire scientifique (1983), vol. V, .Christine Tardieu, La bonne orthographe du mot taxinomie, PALEO, 22-2011, p. 331-334.Michel Casevitz, « Taxi- ou Taxo- ? », Revue française d’Entomologie, N.S. 12 (1), 1990, , republié par l'auteur, . voire considérée comme fautive., soit sous la graphie corrigée par Émile Littré, taxinomie avec un « i »François Dagognet, « Taxinomie », dans Encyclopædia Universalis, Corpus 22 : Tacite - Trust, Encyclopædia Universalis France S.A., Paris, octobre 1995, . ...« taxinomie (ou taxonomie) », dans Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Tome 2, édition (revue et augmentée), Belin, Paris, 2017, . , même si cette dernière est sciemment réfutéeMichel Boulard, « Taxi, Taxo, entomique et phéromone », L'Entomologiste, tome 47, fascicule , février 1991, . . Le remplacement du « o » par un « i » est perçu par certains comme du purisme, qui lui préfèrent le terme « taxonomie », en faisant valoir un usage majoritaire, la cohérence et un « principe de priorité »Tancoigne, E. (2011). Évaluer la santé de la taxonomie zoologique: histoire, méthodes et enjeux contemporains (Thèse de doctorat, Muséum national d'histoire naturelle-MNHN PARIS). Aubert, D. (2016). Doit-on parler de « nomenclature binomiale » ou bien de « nomenclature binominale » ? La Banque des mots 91, 7–14. .
Définition selon le code de nomenclature zoologique Le mot « taxonomie » est employé dans les appendices du Code international de nomenclature zoologique bilingue (publié en français et en anglais) en 1961 pour la première édition (1961) du CINZ, sur le site de l’American Association for Zoological Nomenclature. et en 1964 pour la deuxième édition (1964) du CINZ, sur le site de l’American Association for Zoological Nomenclature..
Le texte en français de la troisième édition du Code international de nomenclature zoologique (1985) mentionne le terme « taxonomie ». Dans le glossaire, la « taxonomie » est définie comme étant « La théorie et la pratique de la classification des organismes ; partie de la systématique, l'étude des catégories d'organismes et de leur diversité » (1985) du CINZ, sur le site de l’American Association for Zoological Nomenclature, ..
Le texte en français de la quatrième édition du Code international de nomenclature zoologique (1999) mentionne les deux termes « taxinomie » et « taxonomie ». Dans le glossaire, la « taxinomie ou taxonomie » est définie comme étant la « Théorie et pratique de la classification des organismes » (1999) du CINZ, sur le site de l’American Association for Zoological Nomenclature, ..
Différences entre taxonomie et systématique