Giovanni IV Crispo, né en 1499 et décédé en 1564, fut le dernier véritable duc de Naxos. Son règne, de 1510 à 1564, fut le plus long de l'histoire du duché. Giovanni IV Crispo succéda à son père Francesco en 1510. Comme il était encore mineur, la régence fut assurée par des représentants de la république de Venise, dont son oncle maternel Antonio Loredano.
Après la défaite des chevaliers de Rhodes en 1522 face à Soliman le Magnifique, Giovanni IV accueillit l'archevêché de l'Égée sur Naxos. En 1537, il subit une attaque ottomane menée par Barberousse qui l'obligea à payer un tribut annuel de ducats. Le duc appela alors à son aide les princes chrétiens occidentaux, qui organisèrent une Sainte Ligue qui échoua.
Devenu vassal du sultan, Giovanni vit ses revenus diminuer. La situation sociale et politique du duché s'aggrava. Des îles se dépeuplèrent. Des conflits religieux opposèrent catholiques et orthodoxes, attisés par les Ottomans.
Son fils Giacomo lui succéda, mais il fut déposé au bout de deux ans par le sultan qui le remplaça par un de ses favoris, Joseph Nassi, qui ne vint jamais dans le duché.
vignette|alt=photographie couleurs : un blason en marbre représentant trois losanges|Armes des Crispo, avec (probablement) les initiales de Giovanni IV, dans le kastro de Sifnos.
Contexte L'Égée au vignette|gauche|upright|alt=tableau : portrait de profil d'un homme moustachu avec un grand turban blanc|Soliman le Magnifique, sultan ottoman dans la première moitié du . À la suite des guerres turco-byzantines, les Ottomans avaient peu à peu conquis la région de l'Égée à partir du . Au siècle suivant, l'Empire byzantin avait définitivement disparu après la conquête de Thessalonique (1430) puis celle de Constantinople (1453) suivie d'Athènes (1456) et du Péloponnèse et Mistra (1460). Ce fut ensuite le tour des îles : Lesbos (1462), l'Eubée (1470) et Samos (1475). L'Empire byzantin déclinant fut remplacé par la seule réelle puissance maritime de la région : la république de Venise, installée depuis longtemps, d'abord commercialement, puis directement après la quatrième croisade. Ainsi, Thessalonique, Athènes ou l'Eubée étaient aux mains des Vénitiens. Une première guerre vénéto-ottomane se déroula de 1463 à 1479 avant une deuxième en 1500-1503 ; les opérations eurent lieu aussi dans le golfe de Corinthe ou les îles Ioniennes. Cependant, si la victoire ottomane ne fut pas décisive, c'était surtout du fait que le sultan devait combattre sur d'autres fronts (Perse, Syrie ou Égypte). Le fait que Venise se fût trouvée en première ligne face à l'avancée ottomane était plutôt dû aux circonstances qu'à une demande locale. L'attitude vénitienne, très catholique, dans ses terres et protectorats grecs et orthodoxes, était très mal supportée par les populations locales (la politique religieuse du duché de Naxos était différente). Aussi, bien souvent, les Grecs « préféraient le turban ». Au début du , Soliman le Magnifique fit avancer son Empire vers l'Europe centrale, la Crimée, les mers Noire et Rouge, l'Afrique du Nord. Il se heurta à nouveau à Venise (1537-1540) à qui il prit de nouvelles îlesC. M. Woodhouse, Modern Greece., ..
Duché de Naxos Les bases posées par Marco Sanudo Le duché de Naxos fut fondé au début du par Marco Sanudo, à la suite de la quatrième croisade. Vénitien d'origine, Sanudo essaya de maintenir une certaine indépendance par rapport à sa puissante patrie et d'éviter de finir simple gouverneur des îles au nom de Venise. Il choisit de devenir le vassal de l'empereur latin Henri de Hainaut, à qui il devait les services habituels de la féodalité : aide et conseil. Les soldats et les marins qui l'avaient accompagné devinrent ses feudati ou feudatori, ses vassaux. Marco Sanudo les avait faits chevaliers lui devant aide et conseil en échange de fiefs dont ils tiraient leurs revenus. Ils constituèrent une nouvelle élite sociale à côté de celle des archontés, les classes dominantes grecques, à qui le nouveau duc confirma biens, privilèges et liberté d'exercice de la religion orthodoxe. Les classes supérieures franques et grecques se mêlèrent rapidement. Dans un premier temps, seuls des hommes avaient quitté l'Occident et les familles hésitèrent à envoyer leurs filles. On se maria donc sur place.
Le système féodal « francC'est le terme générique que les Grecs utilisaient pour désigner tous les Occidentaux alors. » ou « latin » se surimposa au système administratif byzantin, conservé par les nouveaux seigneurs : les taxes et corvées féodales étaient appliquées aux divisions administratives byzantines et l'exploitation des fiefs continuait selon les techniques byzantines. La loi byzantine resta aussi en vigueur pour les mariages et les propriétés pour la population locale d'origine grecque Article « Naxos » in , .
vignette|upright|alt=Ruines d'un haut mur en pierres.|Restes du donjon que Sanudo érigea dans le kastro de Naxos.
Le problème religieux qui remontait au schisme de 1054 ne pouvait que se poser dans les terres de Marco Sanudo. Le duc, comme ses proches, était catholique romain et la population orthodoxe grecque. Installé en terre grecque, Marco Sanudo ne prévoyait cependant pas de se convertir à l'orthodoxie. Il ne semble pas qu'il y ait eu d'évêque grec dans le duché. Les prêtres orthodoxes furent dirigés uniquement par un protopapas. Cependant, tous les prélats orthodoxes furent confirmés dans leur paroisse et les monastères orthodoxes furent exemptés d'impôts. Sanudo réussit à ménager la susceptibilité religieuse de ses sujets, évitant ainsi une source de conflit. En fait, si la religion et la hiérarchie catholique dominaient politiquement, la religion orthodoxe subsistait et, parfois, lorsque le curé catholique n'était pas disponible, la messe était célébrée par le prêtre orthodoxe.
On attribue souvent à Marco Sanudo la création de toutes les institutions du duché, mais cela n'est pas tout à fait avéré. Il se serait entouré d'un conseil (università) inspiré du modèle vénitien de la Commune et composé de Grecs et Latins. À ses côtés se serait trouvé un vicario qui le remplaçait quand il était absent. Le commandant en chef des troupes portait le titre de megas kapetanios (en grec), grand capitaine. Il y avait un trésorier, un chancelier et une administration judiciaire. Le duc battait monnaie, le « ducat ». Il changea aussi le visage des îles, en faisant redescendre la population, réfugiée dans l'intérieur à cause des pirates, vers le littoral. Il se fit ainsi construire une nouvelle capitaleNáxos, aussi appelée Chóra., sur Naxos, au bord de la mer, sur le site de la ville antique abandonnée. Sur l'ancienne acropole antique, une forteresse, le kastro, fut construite. Elle englobait dans un mur d'enceinte complété de tours le palais ducal, avec un donjon et une chapelle ducale, les résidences des familles latines et la cathédrale catholique. Les Grecs s'installèrent entre le kastro et le port, dans les faubourgs de Borgo et Néochorio. Une forteresse du même genre fut construite sur Milos.
Les évolutions jusqu'au début du vignette|upright=1.5|alt=Carte des Cyclades|Duché de Naxos et seigneuries des Cyclades au temps de Giovanni IV Crispo Les successeurs de Marco Sanudo poursuivirent sa politique d'équilibre entre les puissants voisins qui se succédèrent : l'empire latin de Constantinople, l'empire de Nicée, la république de Venise, la principauté d'Achaïe des Angevins de Sicile, l'Empire byzantin de Michel VIII Paléologue, les Aragonais, la république de Gênes, les Catalans, les Turcs Seldjoukides, les chevaliers de Rhodes ou les Ottomans. Au fil du temps, en fonction des avancées ou des reculs de ces différentes puissances, le nombre d'îles appartenant au duché varia et Giovanni IV ne dirigeait plus, à son accession sur le trône, que Naxos, Syros, Milos, Santorin et Anafi, soit un territoire moitié moindre que celui de Marco Sanudo.
L'organisation de la féodalité dans le duché fut codifiée au lorsque furent adoptées les Assises de Romanie, la coutume de la principauté de Morée, après que le duc en fut devenu le vassal en 1248. La coutume locale (les osanze del loco sur Naxos par exemple) s'y ajoutait. L'application des Assises dans le duché de Naxos ne fit très vite plus la différence entre les seigneurs d'origine latine et ceux d'origine grecque : ils étaient tous désignés « archontès ». Par ailleurs, dans les conflits qui opposaient le duc aux seigneurs des autres îles, on finissait par s'en remettre à l'arbitrage de la république de Venise.
Le duc gouvernait directement son « île-capitale », Naxos, parfois aussi Milos. Sur les autres îles du duché, il était représenté par un gouverneur local, parfois un membre de sa famille qui avait l'île en apanage ou un proche allié. Sur toutes les îles, un conseil local, università, existait, plus ou moins puissant : celui de Milos put ainsi porter plainte contre l'administration ducale devant les tribunaux vénitiens. Les communes insulaires, comme Borgo sur Naxos, pouvaient avoir des institutions communales, voire un kapetanios. Les documents conservés montrent que les diverses institutions (gouverneur, università, communes et kapetanios) très interdépendantes, collaboraient. Le chancelier ducal avait un rôle assez restreint, concurrencé par les notaires locaux qui enregistraient par exemple les actes de vassalité.
L'économie du duché reposait essentiellement sur l'agriculture qui réussissait à nourrir la population et, pour les îles les plus grandes, à produire pour l'exportation. Le duc de Naxos avait des entrepôts (factores) en Crète où il vendait son coton produit sur Santorin. Les revenus commerciaux complétaient alors pour les grands propriétaires terriens les revenus habituels du fonctionnement féodal : les loyers et impôts (champart et corvées le plus souvent) payés par les paysans (villani). Comme pour le reste de la société cycladique d'alors, il y avait eu disparition des différences entre origine ethnique, religieuse et sociale : il y avait des villani latins travaillant sur les terres d’archontès grecs.
vignette|gauche|alt=photographie d'une maquette d'un navire à voiles et rames|Une galère des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem.
La défense du duché se faisait sur deux plans. Des postes de guet étaient installés sur les points élevés. Les paysans (villani) devaient y passer un peu de temps, dans le cadre de leurs corvées, le jour (merovigli) comme la nuit (nyktovigli)Ils ont laissé leur marque dans la toponymie : les vigla. et allumer des feux en cas d'apparition d'une flotte ennemie. Là, une troupe de cavalerie (à dos de mulets) intervenait. La cavalerie était la principale force de défense terrestre des îles ; sur Naxos, elle comptait en 1498. Elle pouvait se rendre rapidement au point supposé de débarquement pour le repousser. Pendant ce temps, les insulaires se réfugiaient dans les forteresses. Ils n'y craignaient rien, les attaques étaient uniquement des raids de pillage. Les assaillants se contentaient le plus souvent de coups de main sur une île mal défendue : ils n'étaient pas en mesure de mener une véritable campagne. Après le voyage inconfortable en mer, ils n'étaient souvent pas en état d'établir une tête de pont. De plus, s'ils ne rembarquaient pas rapidement pour s'éloigner tout aussi rapidement, ils risquaient la contre-attaque en mer par la flotte des galères du duché. Le service sur les galères était assuré dans le cadre de la corvée des villani, du service féodal des archontès mais aussi par les hommes libres, marins ou artisans.
vignette|alt=photographie couleurs : une prairie fleurie au pied d'un montagne|Prairie naxiote avec les églises Saint-Georges et Saint-Pâcome ().