La phagothérapie est une approche thérapeutique visant la détection, la duplication et l'action de virus spécifiques aux bactéries responsables de maladies cibles. Les virus utilisés sont appelés bactériophages ou simplement phages. Les bactériophages ne peuvent infecter les cellules animales, a fortiori humaines.
La stratégie bactériophagique est employée dans les années 1920 mais la découverte des antibiotiques la rend progressivement obsolète. Les pays de l'ancienne Union soviétique maintiennent une production locale, notamment la Géorgie, parfois problématiques (purifications insuffisantes pouvant entraîner des réactions dangereuses). Avec l'apparition de bactéries multirésistantes aux antibiotiques, on assiste à un regain d'intérêt depuis les années 2010.
Historique alt=Félix d'Hérelle|vignette|redresse|Félix d'Hérelle, inventeur de la phagothérapie.
Découverte Félix d'Hérelle raconte sa découverte dans son autobiographie.. Durant la Première Guerre mondiale, il avait remarqué que les selles de certains soldats qui guérissent spontanément de la dysenterie contiennent un agent inconnu qui provoque des zones claires sur des plaques d'agar ensemencées de Shigella dysenteriaeLa phagothérapie : la renaissance d’un vieux traitement ?.. Il remarque également que ces cultures de Shigella dysenteriae cultivée se retrouvent complètement lysées (tuées) en une nuit.. Il attribue ces plaques à , qu’il qualifie de bactériophage, du grec phagein (« manger »)..
En 1919 a lieu la première utilisation d'une préparation phagique à l’Hôpital Necker-Enfants malades de Paris. Plusieurs patients sont traités avec succès.. Encouragé par cette réussite, d'Hérelle prépare des préparations bactériophagiques ciblant la peste (Yersinia pestis, Égypte, 1925) et le choléra (Vibrio cholerae, Inde, 1926). Ces nouveaux médicaments sont administrés en masse en Asie et en Afrique..
D'Hérelle ouvre un laboratoire commercial, Les Laboratoires du Bactériophage et commercialise ses solutions bactériophagique. Il s'agissait d'« ampoule de bactériophages sélectionnés et adaptés pour détruire par lyse » les pathogènes..
Les premiers traitements de masse eurent lieu au Brésil et en 1925 l'Institut Oswaldo Cruz publia les résultats obtenus sur les premiers cas : il n'y eut qu'un insuccès et encore le malade avait finalement guéri.
Après la découverte des bactériophages par Félix d'Hérelle en 1917, l’utilisation des phages a été rapidement reconnue par un grand nombre de scientifiques comme étant une voie possible pour combattre les infections bactériennes et la phagothérapie a commencé son développement dans plusieurs pays.
Premiers développements en France alt=Couverture du Médecin d'Alsace et de Lorraine de 1933 mentionnant le traitement des anthrax et furoncles par bactériophages|vignette|Couverture du Médecin d'Alsace et de Lorraine de juillet 1933 mentionnant le traitement des anthrax et furoncles par bactériophages. Durant l'entre-deux-guerres, d'Hérelle part étudier les épidémies en Asie et publia en France de nombreux articles et ouvrages scientifiques sur les bactériophages et sur l'utilisation de la phagothérapie qui démontraient son efficacité.
Mais d'Hérelle n'était pas le seul Français à travailler sur la recherche en phagothérapie. À cet égard les Annales de l'Institut Pasteur de publient une recherche des Couvy, Lambert et Dufour sur l'utilisation thérapeutique du bactériophage du bacille de Yersin, cause de la peste bubonique, qui inclut des centaines de cas sur plusieurs années. La conclusion de ces essais thérapeutiques mentionne que « L'action curative d'un pestiphage approprié est incontestable et rapide même dans la peste septicémique ». L'étude se termine par la présentation de 66 des 119 cas de guérisons obtenus en 1931.
1928-1978 : 50 ans d'utilisation à large échelle en France
Après le départ de d'Hérelle de l'Institut Pasteur en 1921, la pratique de la phagothérapie s'est développée en France selon deux axes: les cocktails bactériophagiques standards des Laboratoires du bactériophage disponibles en pharmacie et un service spécialisé à l'Institut Pasteur : le Service des bactériophages.
Des cocktails standards en pharmacie de 1928 à 1977 vignette|Monographie publiée dans La Médecine – 1936 – Le bactériophage applications thérapeutiquesD'une part Félix d'Hérelle ouvrait les Laboratoires du bactériophage (initialement financés par Robert et Carrière, laboratoire à l'origine de Synthélabo lui-même absorbé en 1998 par Sanofi-Aventis) qui commercialisaient des cocktails phagiques conditionnées sous forme d'ampoules buvables. Les bactériophagiques des Laboratoires du bactériophage ont été disponibles en France de 1928 jusqu'à la fin des années 1970 et figuraient dans le dictionnaire Vidal jusqu'en 1977, en pages 194 et 195. Comme tout médicament, ils étaient visés par les autorités de santé, avec par exemple le visa 22 SV 1.023 pour le Bacté-pyo-phage. Ils étaient distribués par les pharmacies. Les produits des Laboratoires du bactériophage étaient largement employés dès avant la Seconde Guerre mondiale. En 1936, la revue La Médecine publia une monographie de 60 pages sur les applications thérapeutiques et qui s'appuyait sur des centaines de cas traités par phagothérapie dans plusieurs spécialités (dermatologie, chirurgie, urologie...) en utilisant notamment les bactériophagiques des Laboratoires du Bactériophage..
L'observation et la photographie des premiers bactériophages attend l'invention de la microscopie électronique : Helmut Ruska documente en 1940 un phage actif contre E. coli..
alt=Pétition en faveur de la renaissance de la bactériophagie |vignette|Pétition parue dans le Panorama du Médecin n° 565 du 8 juin 1978. Après une cinquantaine d'années d'existence, et soumis à la concurrence de plus en plus rude de l'industrie antibiotique, les Laboratoires du bactériophage cessent finalement leur activité en 1978, au grand dam des médecins de ville qui se retrouvent du jour au lendemain sans aucun phagique en pharmacie pour leurs patients. Le Raiga-Clemenceau fait d'ailleurs paraître en 1978 dans Panorama du Médecin une pétition pour alerter les autorités sanitaires sur cette disparition et sur les conséquences pour les patients, en vain.. C'est la fin de 50 ans de présence de bactériophagiques en pharmacie.
L'Institut Pasteur et son Service des bactériophages (1934-1988) : des bactériophagiques adaptés pour soigner à la demande À partir de la Seconde Guerre mondiale, l'arrivée des antibiotiques, plus faciles d'emploi et moins chers, rendent les solutions bactériophagiques obsolètes. Les collections de bactériophages de l’Institut Pasteur de Paris () et de l’Institut Pasteur de Lyon (), qui servaient de base à l'assemblage de cocktails bactériophagiques, sont oubliées et finalement détruites.. L'utilisation de la phagothérapie, prometteuse en raison des bons résultats rencontrés au début du , s'accompagne d'une exigence de bonne qualité pharmaceutique., même si la littérature ne rapporte aucun cas d'effets secondaires indésirables ou de problème de sécurité en général, à l'exception du risque de transfert de gènes inter-bactéries en cas d'utilisation de phages à cycle lysogénique, raison pour laquelle seuls les phages à cycle lytique sont recommandés.
D'autre part les chercheurs de l'Institut Pasteur continuaient l'étude des bactériophages et de la mise en pratique de la phagothérapie, notamment avec le Eugène Wollman, qui en 1940, crée le Service des Bactériophages de l'Institut Pasteur. Le Pierre Nicolle, fils du prix Nobel et pasteurien Charles Nicolle, succédera au Wollman à la tête du Service des Bactériophages de l'Institut Pasteur en 1943, après la déportation de Wollman à Auschwitz. En 1952, se tenait à Royaumont le premier Colloque International sur le Bactériophage sous la houlette de l'Institut Pasteur.. Le Service des Bactériophages sera ensuite dirigé par le Léon Le Minor en 1969 assisté de Michel Faguet, puis par le J.F. Vieu en 1971. Sous Léon Le Minor, le Service des Bactériophages est rattaché au Service des Entérobactéries, puis il disparaît en tant qu'entité administrative propre sous la direction du professeur Vieu. Vieu était par ailleurs secrétaire général de la Société française de microbiologie. Dans un rapport d’activité scientifique de J.-F. Vieu datant de 1980, il est mentionné qu’
Les Instituts Pasteur de Paris puis de Lyon et de Strasbourg constituèrent une collection de phages qui servaient à assembler des cocktails à la demande sur requête des praticiens de ville et des hôpitaux. En 1979, Pierre Nicolle témoigne que et souligne les résultats . Il retient de surprenants résultats obtenus en utilisant comme méthode d'administration une par voie intra-veineuse. À cette époque le service répond à l'appel de nombreux médecins en préparant des bactériophages thérapeutiques, exclusivement par adaptation aux souches des malades.. Cette activité s'est maintenue jusqu'à la fin des années 1980 et en 1988 l'Institut Pasteur de Lyon obtenait de l'Académie de Médecine un avis favorable à la demande des pharmaciens de cet institut d'en renouveler l'autorisation qui avait été accordée dans le passé () à le A. Bertoye, qui, parti à la retraite, avait été remplacé dans cette activité par le F. Guillermet. À l'époque de cette demande de renouvellement, l'activité de l'Institut Pasteur de Lyon en la matière s'était réduite à la fabrication d'une cinquantaine de cocktails bactériophagiques par an à destination des hôpitaux du sud-est de la France.. L'Institut Pasteur de Lyon entretenait une bibliothèque de 32 phages standards à laquelle venaient d’ajouter 20 à 50 phages isolés dans le laboratoire. Ces phages étaient actifs soit sur le staphylocoque doré, soit sur Pseudomonas aeruginosa, soit sur les entérobactéries. Les services destinataires étaient les Hospices civils de Lyon avec les Maladies Infectieuses et l’hôpital Saint Joseph Saint Luc, qui dispensait de la phagothérapie dans les services des Brûlés ainsi qu’en urologie..
L'étude expérimentale des préparations bactériophagiques se poursuit en France avec André Raiga-Clémenceau, dont d'Hérelle disait qu'il avait « les plus belles statistiques du monde. » et, à partir de 1976, avec Paul-Hervé Riche, auteur du Manuel de phagothérapie à l'usage des médecins du (2013). Un « Réseau Bactériophage France » se met en place en 2016.. La recherche se poursuit également ailleurs dans le monde, en particulier en Géorgie, à Tbilissi, où a créé en 1933 un Institut du bactériophage, première institution au monde intégralement consacrée au bactériophage et à ses applications thérapeutiques.
Après 1980, un retour difficile