thumb|Carte postale de Besançon-les-Bains, non datée. thumb|Carte postale de Besançon-les-Bains, non datée. Ici vue sur le Doubs et les quartiers de La Boucle et de Battant. vignette|Le casino de Besançon, de nos jours. Besançon-les-BainsLe nom de Besançon-les-Bains n'était pas un toponyme officiel (la ville s'appelait donc toujours officiellement Besançon). est un ancien établissement thermal de Besançon au .
L'expression « Besançon-les-Bains » est également utilisée par extension pour désigner une période durant laquelle Besançon était économiquement tournée vers les activités touristiques et les cures thermales, alors en vogue au Le cours hôtelier de Besançon : histoire d'un lieu hors du commun, page 19.. En 1891, la Compagnie des Bains salins de la Mouillère est crééeBesançon-les-Bains et le Kursaal de Besançon sur le site officiel de la ville (consulté le 3 septembre 2010)., et le tourisme se développe alors autour du produit d'appel de Besançon-les-Bains qui engendre la construction d'un établissement thermalLe à Besançon sur le site officiel de la ville (consulté le 3 septembre 2010)., de l'Hôtel des Bains, d'un casino, de la salle de spectacles du Kursaal et l'ouverture d'un syndicat d'initiative (office de tourisme) en C. Fohlen, Histoire de Besançon, t. II, ..
De Miserey à Besançon La région Franche-Comté est une terre qui, de par son histoire hydrographique et géologique notamment, est propice à la découverte d'éléments favorables au développement de la cure thermale, en particulier des bancs de selSarah Sergent, Besançon d'Antan : Besançon et ses environs à travers la carte postale ancienne, HC, 2007, 111 pages, page 72.. En effet une forte étendue d'eau recouvrait il y a d'années une zone couvrant un territoire allant de la Suisse à la Bourgogne et de la vallée de la Saône jusqu'à la vallée du Rhône, espace désigné comme faisant partie de la route du Sel. Avec le réchauffement climatique cette mer s'évapora en laissant une épaisse couche de sel gemme, dont cette dernière après avoir été pénétrée par des cours souterrains grâce aux plissements géologiques, produit des eaux résurgentes enrichies en oligoéléments et donc bienfaisantes pour l'organisme. Après avoir été exploitée à l'Antiquité mais oubliées, elles suscitent de nouveau l'intérêt en Europe à la Belle Époque, lorsque la mode était de « prendre les eaux » c'est-à-dire s'adonner aux bienfaits thermaux. gauche|vignette|Le village de Miserey-Salines près de Besançon, où des bancs de sels furent découverts en 1866 permettant l'approvisionnement des Bains de la capitale comtoise. Durant l'été 1866, l'ingénieur des mines Boyer et son successeur Résal se promènent dans le village de Miserey près de Besançon, et ils aperçoivent près d'une source des plantes d'un aspect inhabituel, sans rapport avec la flore locale : elles ressemblaient à des algues marinesBesançon autrefois, page 93.Médecines et superstitions en Franche-Comté autrefois et dans le Pays de Montbéliard, page 137.Le cours hôtelier de Besançon: histoire d'un lieu hors du commun, page 20.L'histoire de Besançon-les-Bains sur le site de l'Express (consulté le ). Les deux hommes décident alors de procéder à des analyses ainsi qu'à un forage pour déterminer si cette eau pouvait avoir des propriétés salines et ainsi peut-être ouvrir une activité thermale, ce qui était très en vogue à l'époqueBesançon autrefois, page 94.. Mais après des résultats infructueux en plus de la méfiance du propriétaire du terrain où était située la source qui ne voulait pas vendre son bien, Boyer et Résal doivent chercher d'autres lieux dans le village pouvant répondre à leurs critères. C'est ainsi qu'en 1868, soit deux ans après les premières recherches, les deux hommes trouvent à de la source un terrain contenant un banc de sel épais de Histoire de Miserey-Salines sur le site officiel de Grand Besançon Métropole (consulté le ). dont le propriétaire est plus indulgent.
Le secteur de Miserey se révèle alors être un gisement exceptionnel, comprenant une vaste nappe de sel donnant naissance à des eaux salines chlorurées sodiques fortes et iodo-bromurées parmi les meilleures d'Europe : elles sont plus actives que les eaux de mer et contiennent de chlorure de sodium par litre d'eau ainsi qu'environ d'éléments salés par litre d'eau dont de bromure et de potassium, rivalisant ainsi avec les eaux d'Allemagne, d'Autriche ou de Suisse connues pour être les meilleures du vieux continent. La ville de Besançon, qui n'est alors qu'à six kilomètres de ce petit village, offre le calme d'une agglomération de taille moyenne, tout en ayant un climat, une architecture et une qualité de vie exceptionnelles. À tout cela s'ajoute une médicalisation au-dessus de la moyenne, avec un praticien pour , de nombreux pharmaciens, dentistes... Le lieu et l'époque paraissent alors plus que favorables pour doter la capitale comtoise d'une station thermale. Un nouveau personnage fait son apparition : Achille Vialatte, un Parisien qui déclare avoir été directeur de station thermale, qui entretient de bonnes relations avec la municipalité de Besançon et qui désire faire fortune. C'est une bonne occasion pour lui, ainsi que pour Boyer et Résal, de s'entendre sur la réalisation d'une compagnie de cure thermale à Besançon.
Du projet à la conception gauche|vignette|Le cadre de la ville et notamment les espaces verts ont joué un rôle majeur quant au futur emplacement des Bains. Ici le parc Micaud, l'un des plus beaux de la ville. Les trois hommes décident donc de trouver un terrain où construire de nouveaux bâtiments pour accueillir le futur établissement thermal de Besançon-les-Bains. Les terrains proches de la Tour de la Pelote ne peuvent être constructibles car ils appartiennent à l'armée et ils refusent de l'annexer. Le centre historique est très vite écarté car trop exigu. Le secteur de Montrapon-Fontaine-Écu n'est pas retenu car trop excentré, Chamars est trop près des abattoirs et d'une fabrique de dynamite... c'est alors que le site de la Mouillère retient toutes les attentions. Le , Vialatte parlera de ce site avec enthousiasmeBesançon autrefois, page 95. :
Un groupe d'hommes imagine alors la création d'un établissement thermal, d'un casino et d'un hôtel entouré de jardins, le tout sur deux hectares. Mais dès , on revoit le projet à la baisse et le de la même année, Achille Vialatte doit faire face à certaines attaques : . En même temps, les devis explosent, passant d'un million de francs en à près de deux millions en septembre de la même année, le coût des matériaux et de construction des bâtiments variant jusqu'à 300 % d'une estimation à l'autre. Le coût total de la réalisation du complexe thermal est fixé en à francs-or. Vialatte tente tout pour limiter les coûts, c'est ainsi qu'il obtient de la part de la commune de Miserey le don des premières eaux mères pour commencer ses activités thermales ainsi que francs de subvention de la ville de Besançon et la gratuité des eaux douces pour dix ans.
thumb|upright|L'architecte Alfred Ducat, un des concepteurs des plans du grand hôtel des bains.
En contrepartie, Achille Vialatte accepte que la réalisation des bâtiments soit confiée à des architectes locaux, qu'au moins six cabines soient réservées aux indigents, que l'établissement comprenne un cabinet médical et que dix pour cent des bénéfices réalisés soient reversés au bureau de bienfaisance de la ville. En , actions sont proposées à la vente et le de la même année, les souscriptions sont clôturées avec la vente de actions. La plupart des administrateurs du casino et des bains tel que Vialatte, Forie, Pateu, Sandoz, Delavelle ou encore Savoye savent dès le début que s'ils veulent que leur complexe thermal fonctionne bien, ils doivent en faire le nouveau lieu phare de la villeBesançon autrefois, page 104.. On mise alors beaucoup sur la publicité, et on fait même appel à monsieur Dusso, ancien administrateur de la Villa des fleurs à Aix-les-Bains et actuel dirigeant du Cercle anglais de Paris, pour présider aux destinées de la nouvelle station thermale. Vialatte, qui acquiert 100 de ces actions, promet alors un gain annuel de 10 % et se réserve une part de 20 % des bénéfices annuels du casino.
On dénombre au total trois souscripteurs pour 20 actions, 10 pour 10 actions et 506 pour une seule action. On note que la grande majorité des souscripteurs sont des gens simples sans grande fortune, les bourgeois de la ville ayant pour une raison indéterminée boudé l'opération. En moins de trois mois, l'adjudication des travaux est réalisée, mais sans aucune préparation réelle des dossiers. C'est à la maison Pateu des Chaprais à qui revient l'adjudication du casino le , celle des bains le de la même année et enfin celle de l'hôtel au début de l'automne 1892. Achille Vialatte tiendra ses engagements, les architectes étant tous originaires de la ville : Maurice Boutterin et Louis Rouzet pour le plan des bains, Maurice Forien pour celui du casino ainsi que Alfred Ducat et de nouveau Boutterin pour les plans du grand hôtelBesançon autrefois, page 96.. Les peintres Antonin Fanart, Émile Isenbart, Édouard Baille, Raoul Maurice Trémolières, Léon Boudot, et les sculpteurs Jean-Antoine Injalbert et Just Becquet participeront eux aussi pour parfaire la grande œuvreSarah Sergent, Besançon d'Antan : Besançon et ses environs à travers la carte postale ancienne, HC, 2007, 111 pages, page 73.. Un pharmacien de renom, Arthur Nicklès, s'affaire pour créer le Guide du baigneur, et on prévoit de créer un syndicat d'initiative.
Construction du complexe thermal thumb|left|Le complexe thermal : de gauche à droite les salons de jeux, le restaurant, la salle des fêtes et le bâtiment des bains.
Les constructions des bâtiments commencent à partir de début et s'achèvent en 1893. Le , les plans d'ensemble du futur établissement thermal sont exposés dans la vitrine dite des Beaux-Arts, près du palais Granvelle et le de la même année le journal local Les Gaudes publie un article sur la Compagnie afin de confirmer la réalité du projet et de dissiper les rumeurs les plus insensées qui circulaient. Cependant les bains, qui sont moins rentables que le casino, sont sacrifiés au profit de ce dernier car la Compagnie manque de liquidités et commence à être endettée, et mise alors tout sur les tables de jeux. Mais après l'inauguration du casino le l'enthousiasme suscité par les bains retombe dans la capitale comtoise, notamment de la part des commerçants de la ville qui n'apprécient guère que l'on imprime un peu partout le nom de la nouvelle station, et que trop de publicité est faite autour d'elleBesançon autrefois, page 97..
Après la pose de la première pierre du grand hôtel, un autre problème survient : les matériaux, qui sont tous importés, sont jugés de mauvaise qualité par les ouvriers italiens, ce qui provoque leur colère. Ces mêmes ouvriers sont plus tard au cœur d'un débat féroce lorsque manifestants se pressent devant la mairie le pour réclamer que les Italiens soient remplacés par des Français. Large retentissement populaire et médiatique, notamment lorsque la presse locale titre ou , ce qui provoque le renvoi de ces ouvriers quelques mois plus tard. Ils sont remplacés par de la main-d'œuvre locale. Cet épisode est soigneusement caché par les historiens : le livre très complet de Gaston Coindre, intitulé Mon vieux Besançon, écrit de 1900 à 1912, racontant dans les moindres détails la vie de la capitale comtoise et de ses habitants, ne consacre pas une seule ligne à la nouvelle station thermale. Sans doute l'auteur, devant toute cette agitation autour des bains, a jugé un peu vulgaire et néfaste le nouveau Besançon.