A cerimonia de entrega da XIII edición dos Premios Goya tivo lugar no Palacio Municipal de Congresos de Madrid o 24 de xaneiro de 1999. A dirección e presentación estivo a cargo de Rosa María Sardà. A película Abre los ojos foi a gran decepción da noite, pois malia contar con 10 nomeamentos, non acadou premio algún.
Mellor película: La niña de tus ojos. Mellor director: Fernando León de Aranoa por Barrio. Mellor director novel: Santiago Segura por Torrente, el brazo tonto de la ley. Mellor interpretación feminina protagonista: Penélope Cruz por La niña de tus ojos. Mellor interpretación masculina protagonista: Fernando Fernán Gómez por El abuelo. Mellor interpretación feminina secundaria: Adriana Ozores por La hora de los valientes. Mellor interpretación masculina secundaria: Tony Leblanc por Torrente, el brazo tonto de la ley. Mellor actriz revelación: Marieta Orozco por Barrio. Mellor actor revelación: Miroslav Taborsky por La niña de tus ojos. Mellor guión orixinal: Barrio (Fernando León de Aranoa). Mellor guión adaptado: Mensaka (Luis Marías). Mellor dirección de produción: La niña de tus ojos (Angélica Huete). Mellor fotografía: Mararía (Juan Antonio Ruiz de Anchía). Mellor montaxe: Los amantes del círculo polar (Iván Aledo). Mellor música orixinal: Los amantes del círculo polar (Alberto Iglesias). Mellor dirección artística: La niña de tus ojos (Gerardo Vera). Mellor deseño de vestiario: La niña de tus ojos (Lala Huete e Sonia Grande). Mellor maquillaxe e peiteado: La niña de tus ojos (Gregorio Ros e Antonio Panizza). Mellor son: Tango, no me dejes nunca (Jorge Stavropulos, Carlos Faruolo e Alfonso Pino). Mellores efectos especiais: El milagro de P. Tinto (Raúl Romanillos e Félix Berges). Mellor película de animación: ¡Qué vecinos tan animales! (Extra, Extremadura de Audiovisuales S.A). Mellor curtametraxe de ficción: Un día perfecto (Jacobo Rispa). Mellor curtametraxe documental: Confluencias (Pilar García Elegido). Mellor película europea: El boxeador (Jim Sheridan). Mellor película estranxeira de fala hispana: El faro del sur (Eduardo Mignona). Goya de honra: Rafael Alonso Ochoa (actor).
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