thumb|right|260px|Európa áttekintő nagyszerkezeti térképe Magyarország földtana a Kárpát-medence földtanának egy szelete. A Kárpát-medence nem egységes földtani szerkezet, a Kárpátok ívén belüli képződmények egy része az Afrikai-lemezhez, másik része az Eurázsiai-lemezhez tartozik, és e kettőben csak az alpi orogén ciklus középső szakasza után, a harmadidőszakban képződött kőzetek, azaz az alpi takarórendszer és a medencekitöltő üledékek, valamint a fiatal vulkanitok közösek. Magyarország földtani történetének két szakasza élesen elkülönül egymástól. Az elsőben a mai aljzat részei egymástól távol és függetlenül fejlődtek. Ezek a rögök mintegy 100 millió éve kezdtek közelíteni egymáshoz. A második szakasz elején, 25–20 millió éve már olyan közel kerültek egymáshoz, hogy a további alakulásuk már közös.
A mai Magyarország aljzatát alkotó mikrolemezek története rendkívül fontos a Pangea utáni földtanban, mivel ezek a kéregdarabok a Tethys-óceán kinyílását kísérő hasadékvölgy környezetében, majd a Tethys bezáródásának szubdukciós zónájában voltak. Ezek a töredékek választották el egymástól Afrikát és Európát, és ugyanezen tömbök gyűrték fel a Kárpátokat. Mindezek után a Kárpátok ívén belüli üledékgyűjtő medencében létrejött a világ egyik legnagyobb hordalékkúpja, a Pannon-medence feltöltése, amit ezen felül már csak a kainozoikumi eljegesedés során keletkező pleisztocén–holocén törmelékek fednek.
Regionális szerkezeti földtan Nagyszerkezeti egységek első megközelítés mai felosztás egység pászta főegység egységközponti-alpi egység soproni kristályos pala pászta Alcapa-főegység alsó-ausztroalpi egység kőszegi-hegységi mezozoós metamorfit pászta penninikum kisalföldi paleozoós pászta felső-ausztroalpi egység vepori egységmagyar-középhegységi egység középhegységi paleo–mezozoós pászta dunántúli-középhegységi egység„Pelso-blokk” gömöri egységközép-magyarországi főegység tokaji-hegységi kristályos pala pászta zempléni egység igal–bükki paleo–mezozoós pászta szávai egység bükki egységdél-magyarországi egység kaposfő–kecskeméti kristályos pala pászta tiszai főegységTisia mecsek–szolnoki egység mecseki perm–mezozoós pászta kelet-alföldi kréta–paleogén flis pászta görcsöny–kelet-alföldi kristályos pala pászta villányi–bihari egység villányi perm–mezozoós pászta dél-magyarországi kristályos pala pászta békési egység
A lemeztektonika elméletének elterjedése előtt a földkéreg vízszintes mozgásai nem kerültek szóba. Ezért minden geológiai képződményről azt gondolták, hogy autochton szerkezet. A tengerelöntéseket, hegységképződéseket egyszerű süllyedéssel és emelkedéssel magyarázták. Jellegzetes megközelítése: „… a mi devonrögeink és a nagy gráci devonmasszívum eredetileg összefüggő, nagy táblát alkottak. Később azonban, a karbon korszak vége felé, ez a táblás hegység összetöredezett és legnagyobb része a mélybe süllyedt…”
Magyarországon három nagyobb egység különíthető el. Alig néhány évtizede még úgy gondolták a geológusok, hogy a Kárpát-medence aljzata egységes kristályos tömb. Az 1970-es évekre világossá vált, hogy ez nem így van. Az alaphegységben északkelet–délnyugati általános csapású törésrendszert, elvonszolódási vonalakat és diszlokációs zónákat fedeztek fel. Ebből arra következtettek, hogy az alaphegység különböző eredetű rögei és lemeztöredékei bonyolult események eredményeként parkettaszerűen egymásba csúszva érkeztek jelenlegi helyükre. Ma meglehetősen érdekes elrendezésben találhatók: Magyarország északnyugati felének aljzata az Afrika-lemezhez tartozik, délkeleti fele az Eurázsia-lemezhez.
Az 1980-as években elkülönített zónák a központi-alpi egység, a magyar-középhegységi egység és a dél-magyarországi egység. Ezekben összesen tizenkét aljzatcsíkot különböztetnek meg; ezeket törésvonalak választják el egymástól. Az elmúlt két évtizedben pontosították az elhatárolást és az alaphegységi képződmények viszonyait. Nagy vonalakban megmaradt az eredeti felosztás, de a mélytörések lefutásának pontosításával kiderült, hogy egyes pászták több önálló részből állnak, néha kiékelődnek.
A központi-alpi egység a Kárpát-medence egészére érvényes nevezéktanban az Alcapa-főegység (az Alpok, Kárpátok, Pannon-medence neveiből képzett mozaikszó) nevet kapta, de lényegében megegyezik a korábbival. Pásztákra osztása is megmaradt, de a pászták nevei megváltoztak. A soproni kristályos pala pászta az alsó-ausztroalpi egység, a kisalföldi paleozoós pászta a felső-ausztroalpi egység, és a kőszegi hegységi mezozoós metamorfit pászta a penninikum nevet kapta az Alpok geológiája alapján. Önálló vepori-egységként említik a kisalföldi pászta Börzsöny-környéki részét.
Ezek a nevek az alpi kifejlődési terület nevezéktanát követik. A „penninikum” egy apró darabja az alpi penninikumnak, ami a Pennini-óceán környezetében képződött, késő jura–kora kréta korú kőzetsorozat. A két ausztroalpi egység az ausztroalpidák folytatása; üledékeik a Pennini-óceántól délre rakódtak le. (Az északi part környékének rétegsora a helvétikum, ami nálunk nem található meg.)
A magyar-középhegységi egységet közös eredetük miatt ma az Alcapa-főegységhez sorolják, de belső felosztása erősen átalakult. Eredetileg három pásztáját különítettek el: középhegységi paleo–mezozoós pászta, igal–bükki paleo–mezozoós pászta, és a tokaji-hegységi kristályos pala pászta (ennek csapása az előző kettőére merőleges). Az újabb kutatások szerint a Dunántúli-középhegység egészen a Mátráig egyetlen nagy rög, a dunántúli-középhegységi egység, amit Pelso-blokknak vagy Pelso-mikrolemeznek is neveznek. A klasszikus értelemben vett Bükk és a Mátra között húzódó Darnó-vonaltól keletre helyezkedik el a bükki egység, amit keletről a kiékelődő zempléni egység határol, északról pedig a gömöri egység. Az igal–bükki pászta így két részből áll, az önálló bükki egységből és a dunántúli szávai egységből.
A bükki és szávai pászta a Balaton–Darnó-vonal és a közép-magyarországi-vonal közti közép-magyarországi főegységhez tartozik; ez választja el egymástól a két főegységet. A korábbi dél-magyarországi egységet ma tiszai főegységnek nevezik. Területe ugyanaz maradt, de a korábbi hat feltételezett pászta helyett csak három, bonyolult törésvonalakkal elválasztott egységet különítenek el benne. A mecsek–szolnoki egység egy széles pászta, mellette a villány–bihari egység egy keskeny és kanyargós csík, majd a sort a békési egység zárja. A tiszai főegység (Tisia) a jura időszakban vált el az Eurázsia-lemeztől, majd visszatolódott hozzá.
A szerkezet kialakulása thumb|right|260px|250 millió éve a pfalzi fázis végén Kimméria nyugati végénél nyílt fel a hasadékvölgy, majd a széttördezett mikrolemezek a pfalzi fázisban és az ókimmériai fázis mozgásainak hatására összesodródtak, így alakult ki a Kárpát-medence aljzata Magyarország földtani nagyszerkezeti helyzete neoeurópai alaphelyzetű, vagyis az alaphegység tektonikája és a fedőhegység összletei az alpi ciklus által meghatározott keretekben alakultak ki. Az alpi ciklus igen hosszú időn keresztül tartó tektonikus folyamat, 280 millió éve kezdődött és gyakorlatilag ma is tart. Európa utolsó jelentős hegységképző mozgása, a Tethys-óceán végleges bezáródásának folyamata. A bezáródó ősóceán egyik medencéje, a Paratethys medencealjzata képzi az alaphegységet, majd az itt lerakódó üledékek, illetve az aljzat gyűrt redői a fedőhegységet. Az Alpok, Dinaridák és a Kárpátok kiemelkedése után az általuk bezárt terület feltöltődésével jött létre a medencekitöltő üledéksor.
Az alaphegységben egymástól messze keletkező, üledékek és vulkanitok metamorfitjaiból álló rögök találhatók, amelyek a kőzetlemezek mozgásai során kerültek egymás mellé. Ezek a metamorfitok általában nagyfokú metamorfózist szenvedtek a kaledóni és variszkuszi orogén fázisok során, mivel vagy a katametamorf zónában voltak, vagy dinamotermális regionális metamorfózison estek át a tektonikusan aktív zónák kompressziós öveiben. Ezeket a rögöket a kréta időszaktól az alpi takarók és kitöltő üledékek borították be. Ennek során helyenként retrográd metamorfózison is átmentek.
A triász második felében a két különböző eredetű lemezdarab már viszonylag közel volt egymáshoz, mivel a stabil Európáról leszakadó Tisia Afrika felé haladt a jura óta. Ekkor mindkettő közel volt az egyenlítőhöz. A Gondwanához tartozó Afrika-lemez és a Laurázsiához tartozó Eurázsia-lemez a Kimméria által elválasztott Paleo- és Neotethys öblének partjait alkották. Európa és Afrika ollóként zárták be később ezt a Tethys-darabot, innen gyűrődött fel az Alpok, miközben az Európától leváló tiszai főegység röge beékelődött az Afrika részét képező „Adria-tüskébe”, majd az egész egység ismét összeütközött Európával. Az Adria-tüske az Afrika-lemez egy kiálló szöglete, amely már a mezozoikum végén összeért Európával.
Az alpi takarók alapvetően három félék. A Pennini-óceán területén, illetve a déli és északi térségében keletkező összletek a penninikum (penniniek), ausztroalpikum (dél-alpiak) és helvétikum („svájciak”, vagyis északi-alpiak) neveket kapták. Ebből a mai Magyarország területén kettő megtalálható középhegységeink gyökérrégióiban, illetve az Alpokalja térségében felszínen is. Ezek a paleozoikumi kőzetek felgyűrt redői, amelyek általában kristályos metamorfitok, valamint a mezozoikum középmély és mély tengeraljzatain képződő karbonátok vonulatai. A Nyugat-Alpokra jellemző mélytengeri, bezárult óceánágakban kiülepedő slír hiányzik.
Alaphegység Alaphegységi kőzetek Magyarországon minden 100 millió évnél idősebb kőzet az alaphegységbe tartozik. A paleozoikumi kőzetek többsége metamorfit, míg a mezozoikumban keletkezettek nagy része üledékes vagy magmás eredetű. Prekambriumi kőzetek közvetlenül nem ismertek. Minden alaphegységi prekambriumi vagy ópaleozoós összlet metamorfizálódott és ma már az eredeti üledékképződési idő nem állapítható meg. Azok a metamorfitok, amelyek a radiometrikus datálással meghatározva még a prekambriumban, az asszinti ciklusban metamorfizálódtak, nyilván prekambriumi eredetű üledékek és vulkanitok. Ezek mindegyike erősen átalakult kristályos pala. Három csoport különíthető ezekben. Az alp–kárpáti kristályos palák csillámpalák, amfibolit palák, fillitek (például leukofillit), amiben orto- és parametamorf gneiszek jelzik a korabeli gránitos intrúziókat. Eredeti anyaguk arkóza (földpátdús homokkövek) és bázisos magmatit lehetett. Valószínűleg 980–960 millió éve metamorfizálódott (asszinti orogén fázis) a zempléni kristályos pala, orto- és paragneisz sorozata is, de diaftorizálódott az újherciniai orogén fázisok (saali és pfalzi) során, bizonytalanná téve a korbecslést.
Tisia területén diaftorizált gneisz, csillámpalák (gránátos csillámpala) és kvarcitok találhatók, valamint szericites, kloritos kvarcit, csillámkvarcit. Ezek homok vagy aleurolit frakciójú szilikátüledékekből keletkezhettek, illetve ezeken túl a kristályos mészkő mészüledékekből. A Tisia tehát valószínűleg geoszinklinális volt a prekambriumban, de emellett a mecseki migmatitosodott gránit szubvulkáni tevékenységet is jelez.
A dinári kifejlődést biotitos muszkovit-csillámpala és pragneisz jellemzi. Emellett fillit, amfibolit, szerpentinit, kristályos mészkő, metahomokkő és konglomerátum is akad. Az üledékes és magmás sorozat a dinári térség esetében is geoszinklinálist mutat. E feltehető fáciesek megadásán kívül azonban a prekambriumi és ópaleozoós ősföldrajzi vagy tektonikai viszonyok nem adhatók meg. Nem ismert az elsődleges keletkezés helye és pontos ideje, így a magyar alaphegység karbont megelőző időszakáról gyakorlatilag semmit sem tudunk, a kambrium pedig teljesen hiányzik Magyarország területéről.