bélyegkép|250px|A két ország földrajzi helyzete (zöld: Magyarország, narancs: Japán)
A hivatalos magyar–japán kapcsolatok 1869-ben kezdődtek, amikor az Osztrák–Magyar Monarchia diplomáciai kapcsolatot létesített Japánnal. Ez a kapcsolat 1914-ig maradt fenn, majd az első világháború után 1921-től 1945-ig új szakaszba lépett. Ezt követte a harmadik, 1959-es kapcsolatfelvétel. A diplomáciai kapcsolatok mellett kulturális, gazdasági és tudományos kötelék is van a két ország között. A magyar–japán kapcsolatok legfontosabb pillérei a két ország diplomáciai képviseletei: Magyarország Tokióban nagykövetséget, Hamamacuban és Oszakában tiszteletbeli konzuli irodát, Japán pedig Budapesten nagykövetséget tart fenn.
Története A kezdetektől 1914-ig bélyegkép|180px|Jelky András bajai szobra bélyegkép|180px|Benyovszky Móric 1771-ben ért Japán partjaihoz Az első nyomtatott írásban megjelenő Japánról szóló magyar tudósítás Apáczai Csere János 1655-ben kiadott Magyar encyclopaediájában jelent meg, amely száztíz évvel az első portugál hajósok partra szállása után keletkezett. Egyes források szerint Jelky András volt az első magyar, aki Japánba érkezett. Jelky 1770-ben a holland kormány követeként érkezett a szigetországba, hogy előkészítsék az utat a holland kereskedők számára. Feltehetően azonban csak a Nagaszaki melletti Desima szigetéig juthatott el, ahol engedélyezve volt a hollandok kikötése. Jelky keveset időzött Japánban, hamarosan továbbutazott. Őt Benyovszky Móric követte, aki 1771 nyarán Kamcsatkából hazatérve korvettjével végighajózott a szigetország Csendes-óceáni partvidékén, ahol az elfogyott élelem és ivóvíz pótlása miatt többször is kikötött. Az idegenekkel való érintkezés tilalma ellenére barátságosan fogadták őket, és Benyovszky nagy tiszteletnek örvendett, mivel egyik levelében ő figyelmeztette a japán vezetést az orosz terjeszkedésről.
1868-ban hivatalos szintre lépett az Osztrák–Magyar Monarchia és Japán közötti kapcsolat. Októberben Trieszt kikötőjéből két hadihajó, a Donau és az Erzherzog Friedrich korvett indult útnak, melyek báró Anton von Petz admirális parancsnoksága alatt Jokohamába kívántak eljutni. A Szuezi-csatornán áthajózó küldöttséget egy évvel később szívélyesen fogadták Japánban, és 1869. október 18-án barátsági, kereskedelmi és hajózási egyezményt kötöttek velük. Az egyezmény Ferenc József és Meidzsi császár aláírásával 1871. december 1-jén a XXIX. számú törvényként lépett hatályba.
Xántus János néprajzkutató, biológus is tagja volt az 1868-69-es diplomáciai és kereskedelmi küldöttségnek. Mivel a küldöttség osztrák tisztikara és az osztrák tudósok igyekeztek az utazást Ausztria számára kisajátítani, és a magyar utazók munkája elé akadályokat gördítettek, Xantus 1869 októberében megvált az expedíciótól. Ezt követően a magyar közoktatási minisztérium önálló gyűjtőjeként folytatta útját Celebesz, Borneó és Jáva irányába.
A diplomáciai kapcsolatfelvételt követően 1871-ben felállították a tokiói osztrák-magyar követséget, melynek első nagykövete Heinrich von Calice volt. A Bécsbe küldött japán követ Szano Cunetami lett, aki 1873. április 27-én adta át Ferenc Józsefnek megbízólevelét. Ezt követően, 1873 júniusában Bécsbe érkezett az Ivakura Tomomi vezette küldöttség, melyet június 5-én Andrássy Gyula külügyminiszter is fogadott. A küldöttség tiszteletére a császári és királyi pár díszvacsorát adott a schönbrunni kastélyban. Az ekkor zajlott bécsi világkiállítás, kedvező légkört teremtett a tárgyalásokhoz, ugyanis Japán is a kiállító országok között szerepelt. Az Andrássy és Ivakura közötti hivatalos tárgyalásokra, amely az első hivatalos japán-magyar találkozásnak is számít, június 15-én került sor, melyen a japán küldöttség vezetője felvetette a fennálló vámtarifa-egyezmény és a konzuli bíráskodás kérdését is. A bécsi kormány, egyeztetve álláspontját az angolokkal és a franciákkal, elutasította a szerződésmódosítást. Andrássy kifejtette, hogy a Monarchia és Japán kapcsolatai kiválóak, és a kormány ezen nem óhajt változtatni, így a japán diplomáciai erőfeszítések még hiábavalónak bizonyultak.
1877. december 4-én Széchenyi Béla, id. Lóczy Lajos geológus és Kreitner Gusztáv katonai topográfus kelet-ázsiai útra indultak. Útjuk során bejárták Indiát, Borneót és Kína nyugati felét, Jávát és Japánt. 1878-ban Kreitnerrel eljutottak a legészakibb japán szigetre, Hokkaidóra is, és feltehetően ő volt az első magyar, aki feljutott a japánok szent hegyére, a Fudzsira.
bélyegkép|A bokszerlázadást leverő nyolc nemzet szövetsége (jobbról az első a japán, a harmadik az osztrák-magyar hadsereg képviselője) Az 1900-ban kitört bokszerlázadás leverésére Kína több nagyhatalom segítségét kérte, köztük az Osztrák–Magyar Monarchiát és Japánt is. A két ország hadereje közösen vett részt a lázadás leverésében. Az 1904 és 1905 között lezajlott orosz–japán háborúba a Monarchia Dáni Béla és Ferenc Ervin katonatiszteket küldte megfigyelőként. A japán győzelemmel kapcsolatosan Magyarországon számos könyv és újságcikk látott napvilágot. A háborút követően 1911. augusztus 4-én Japán egyoldalúan felbontotta az 1897-es szerződést.A szerződést 1897. december 5-én Bécsben Goluchowski és Takahira írták alá. A kereskedelmi és hajózási szerződést a magyar parlament 1898-ban, a XXXII. törvénycikkelyként iktatta törvénybe. 1912. október 8-án a két fél aláírta a harmadik, egyenrangú kereskedelmi szerződését, mellyel Japán egy hosszú emancipációs folyamatnak is a végére ért.
1909-ben rövid ideig japán konzulátus létesült Budapesten. A tiszteletbeli konzuli feladatokat Palotay Ödön látta el.
A két világháború között A németeknek küldött hadüzenettel Japán 1914 augusztusában az antant hatalmak oldalán belépett az első világháborúba, így az osztrák-magyar–japán diplomáciai kapcsolatok megszakadtak. Japánnak az első világháborúba való belépése váratlanul érte a Monarchiát, és az eddigi baráti kapcsolatokat is kedvezőtlenül befolyásolta. A két államnak nem volt közvetlen oka arra, hogy ellenségként harcoljon egymással. A Monarchia szétesésével megváltoztak a magyar–japán kapcsolatok is. Tokióban a volt követség épülete az osztrákoké lett, ezért Magyarországnak önálló külföldi követséget kellett felállítania. A Magyar Királyság 1921-ben újra felvette a kapcsolatot Japánnal. Kezdetben a tokiói spanyol, később a holland nagykövetség intézte a magyar ügyeket, saját követségi szintre csak 1938-ban emelkedtek a kapcsolatok.
180px|bélyegkép|Takamacu herceg és Kikuko hercegnő Berlinben (1930) A külképviseleti akadályok ellenére a két ország közötti kapcsolatok egyre élénkebbek lettek. Egyre többen utaztak el a másik országba, köztük pedig sok volt a tudós és a művész is. A japán folyóiratokban és enciklopédiákban egyre gyakrabban jelentek meg Magyarországgal és a magyarokkal kapcsolatos írások. A japán kultúra iránt érdeklődőknek a Turáni Társaság és a Magyar Nippon Társaság nyújtott információkat. Többek között Pröhle Vilmos, Mezey István, Metzger Nándor és Felvinczi Takács Zoltán jártak Japánban, majd hazatérve könyveket adtak ki a szigetország kultúrájáról és népéről. A két szervezet szervezésében előadásokat, kiállításokat, nyelvoktatást tartottak, és a könyvkiadói tevékenység mellett japán vendégek látogatását is elősegítették. A korszak legtekintélyesebb vendége Hirohito császár öccse, Takamacu herceg és felesége, Kikuko hercegnő voltak, akik európai körútjuk alkalmával 1931. január 27-étől 30-áig látogatást tettek Magyarországon. 1934-ben pedig Kaja Cunenori herceg és felesége is meglátogatták Budapestet.
1929-ben az árucsere serkentése céljából kereskedelmi szerződést kötött a két ország. A megkötött kereskedelmi szerződés a gazdasági és az államközi kapcsolatok élénkítéséhez is hozzájárult.
Az 1920-as évek végén Japánban is megjelent a turanizmus fogalma, és a Daido (Nagy Erkölcsösség) nevű körökben összejöveteleket kezdtek szervezni. Hasonló címmel 1927-től 1931-ig lapot adtak ki. Megkezdte működését a tokiói Japán-Magyar Baráti Társaság, illetve a Liszt Ferenc Társaság és a Japán Turáni Társaság is. A Dai-Nippon Petőfi Kyoukai, azaz a Nagy Japán Petőfi Társaság 1936 januárjában alakult meg.
1938 novemberében a két ország Barátsági és szellemi együttműködési egyezmény címmel kulturális egyezményt kötött. Japánnak addig egyetlen más országgal sem volt ilyen nemzetközi egyezménye.
A második világháború idején a két ország szövetségessé vált, amikor Magyarország 1940. november 20-án csatlakozott a tengelyhatalmakhoz.
1945 és 1989 között A második világháború után ismét megszakadtak a kapcsolatok. 1945-től 1952-ig Japán amerikai megszállás alatt volt, Magyarország pedig a Szovjetunió befolyása alá került. Bár a diplomáciai kapcsolatok nem álltak helyre, az 1956-os forradalom és szabadságharc idején Japánban megalakult a Magyarokat Megsegítő Társaság, amely adományokat gyűjtött és előadásokat szervezett. 1959. augusztus 29-én a két ország felújította diplomáciai kapcsolatait, majd 1964-ben nagyköveti szintre emelték azt. A tokiói nagykövet mellett azóta Magyarországot két városban, Hamamacuban és Oszakában tiszteletbeli főkonzul is képviseli.
bélyegkép|180px|Akihito japán császár 1961-ben a két fél kereskedelmi szerződést kötött, és növekvő bilaterális áruforgalom mellett a kulturális és sportkapcsolatok is fejlődni kezdtek. A Kádár-korszak gazdasági reformja, az új gazdasági mechanizmus idején lassan megindult a hivatalos érintkezés. A második világháború után első ízben Miki Takeo külügyminiszter látogatott Budapestre, majd ezt követően egyre több japán kereskedelmi cég nyitotta meg magyarországi irodáját. 1973-ban újra megkötötték a kulturális szerződést, a japán látogatást pedig Péter János külügyminiszter viszonozta. Ajándékként átvette a japán kormánytól Imaoka Dzsúicsiró éppen elkészült magyar–japán kéziszótárának előzetes példányát. 1975-ben kereskedelmi és hajózási egyezményt, 1979-ben pedig műszaki-tudományos megállapodást kötött egymással a két fél.
1989-től napjainkig 1989 februárjában Hirohito császár temetésén Straub F. Brunó, az Elnöki Tanács elnöke képviselte Magyarországot. Kaifu Tosiki volt az első japán kormányfő, aki a rendszerváltás után, 1990. januárjában magyar földre látogatott. 1991 szeptemberében Antall József hivatalos látogatást tett Japánban, majd ezt követően, novemberben Göncz Árpád köztársasági elnök utazott a szigetországba, hogy részt vegyen Akihito császár ünnepélyes beiktatásán. Japán a közép-kelet európai országok közül elsőként Magyarországgal kötött vízummentességi egyezményt, így 1992-től a diplomaták, és hivatalos látogatáson lévők, 1997-től pedig a magánúton érkezők is vízum nélkül utazhatnak a másik országába. 1995 decemberben Horn Gyula miniszterelnök kereste fel Japánt. 2000. április 7-14. között Göncz Árpád hivatalos állami látogatás keretében újra meglátogatta Japánt. Ottléte során találkozott Akihito császárral és feleségével, a gazdasági élet szereplőivel és Kóno Jóhei külügyminiszterrel is.
Mádl Ferenc meghívására 2002. július 16-19. között Akihito császár és Micsiko császárné hivatalos állami látogatásra érkezett Magyarországra. Ez volt az első alkalom, hogy japán császár magyar földre lépett. Látogatásuk során meghívójukkal, a köztársasági elnökkel és Szili Katalinnal, az Országgyűlés elnökével, Demszky Gáborral, Budapest főpolgármesterével, Medgyessy Péter miniszterelnökkel, Göncz Árpád volt köztársasági elnökkel és Vizi E. Szilveszterrel, a Magyar Tudományos Akadémia elnökével is találkoztak. A látogatásnak nagy jelentősége volt, mivel japán császári pár még nem járt Magyarországon. Akihito császár ellátogatott Budapest nevezetességeihez, Visegrádra és Esztergomba is.
bélyegkép|Magyarország tokiói nagykövetsége